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斑马鱼全脑水流感知映射
斑马鱼全脑水流感知映射 1 2 缩写标题：斑马鱼全脑水流感知映射 3 4 Gilles Vanwalleghem 1*、Kevin Schuster 2、Michael A. Taylor 3、Itia A. Favre-Bulle 1、4 和 5 Ethan K. Scott 1* 6 7 1 昆士兰脑研究所 8 昆士兰大学 9 昆士兰州圣卢西亚 4072 10 澳大利亚 11 12 2 生物医学科学学院 13 昆士兰大学 14 昆士兰州圣卢西亚 4072 15 澳大利亚 16 17 3 澳大利亚生物工程和纳米技术研究所 18 昆士兰大学 19 昆士兰州圣卢西亚 4072 20 澳大利亚 21 22 4 数学和物理学院 23 昆士兰大学 24圣卢西亚，昆士兰州 4072 25 澳大利亚 26 27 28 * 通讯作者：g.vanwalleghem@uq.edu.au 和 ethan.scott@uq.edu.au 29 30 23 页数 31 32 7 图表 33 4 表格 34 5 多媒体 35 0 3D 模型 36 37 摘要中 250 字 引言中 627 字 39 讨论中 1499 字 40 41 作者声明不存在竞争性经济利益。 42 43 致谢： 44 我们感谢昆士兰大学生物资源水生动物团队对动物的照顾。 NHMRC 项目拨款（APP1066887）和三项 ARC 发现项目拨款（DP140102036、DP110103612 和 DP190103430）为 EKS 提供了支持，EMBO 长期奖学金为 GV 提供了支持；人类前沿科学计划为 MAT 提供了奖学金，澳大利亚国家制造设施（ANFF）、昆士兰州节点也提供了支持。50
自由移动斑马鱼的全脑成像
神经科学的圣杯之一是记录大脑中每个神经元的活动，而动物自由移动并执行复杂的行为任务。最近在啮齿动物模型的大规模神经记录中采取了重要的步骤，但整个哺乳动物大脑的单个神经元分辨率仍然难以捉摸。相比之下，幼虫斑马鱼在这方面有很大的希望。斑马鱼是与哺乳动物大脑具有实质同源性的脊椎动物模型，但它们的透明度允许使用光学显微镜技术在单神经元分辨率下对遗传编码的泛型指标进行全脑记录。此外，斑马鱼从很小的时候就开始显示出复杂的自然行为曲目，包括使用视觉提示狩猎小型，快速移动的猎物。直到最近致力于解决这些行为的神经碱基，主要依赖于在显微镜物镜下固定鱼的测定法，并且实际上介绍了诸如猎物之类的刺激。最近在开发未固定的斑马鱼的脑成像技术方面取得了显着进步。在这里，我们讨论了最近的进步，特别关注基于光片显微镜的技术。我们还提请人们注意几个重要的杰出问题，这些问题仍有待解决，以提高所获得的结果的生态有效性。
平原和格雷维的斑马的胃肠道线虫
均衡性被长期感染了寄生虫线虫。有关于马势力的丰富文献，但是它们很难在形态学上识别出关于感染其他等均等物种的强叶的遗传研究很少，这阻碍了对宿主特异性的研究。，我们对肯尼亚中部两个同胞斑马种的蠕虫进行了排序，以扩大强烈的系统发育，并使用对粪便样品上的DNA metabarcodode进行了遗传表征斑马nemabiomes的遗传表征。我们生成了新的与公共遗传参考数据库的几种物种的序列，所有这些物种都是野生斑马中的典型强人（即，三种cylopharynx和Cyathostomum montgomeryi），并确定了其最亲密的亲戚。我们还发现了一种明显的真菌感染了四分之一的被驱逐的crossocepephalus viviparus蠕虫，这是Atractidae家族中的过度生物线虫物种，暗示了Zebra宿主 - 寄生虫动力学可能涉及Zebra-parasite动力学的可能性。这两个斑马物种具有类似的五个斑马生物。我们在它们所携带的线虫物种列表中发现了一个完全重叠的重叠，并且针对不同线虫物种非常相似的患病率（即受感染的宿主的比例）。我们的研究表明，斑马强的宿主特异性有限，并且在平原斑马和濒危的格雷维（Grevy）的斑马之间进行跨跨任务的高潜力。
对斑马鱼中的人类肌肉营养不良进行建模
材料（ISSN 1996-1944）于2008年推出。The journal covers twenty-five comprehensive topics: biomaterials, energy materials, advanced composites, advanced materials characterization, porous materials, manufacturing processes and systems, advanced nanomaterials and nanotechnology, smart materials, thin films and interfaces, catalytic materials, carbon materials, materials chemistry, materials physics, optics and photonics, corrosion, construction and building materials, materials simulation and design, electronic materials, advanced and功能性陶瓷，眼镜，金属和合金，那么吗？物质，聚合物材料，量子材料，材料力学，绿色材料，一般。材料提供了一个独特的机会，可以贡献高质量的文章并利用其庞大的读者。
斑马鱼的 Crispant 分析作为 1 的快速功能筛选工具
。CC-BY 4.0 国际许可证永久有效。它以预印本形式提供（未经同行评审认证），作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权持有者于 2024 年 11 月 7 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2024.06.27.601074 doi：bioRxiv 预印本
斑马鱼（Danio rerio）脑中压力的多个面孔
由于暴露于压力源而变化的某些基因的表达尚未在大脑中进行详细研究。因此，进行了斑马鱼的压力试验，旨在识别大脑不同区域中相关的基因调节途径。作为此试验中的急性压力源，已经使用了奖励，进食限制和空气暴露。通过主成分分析（PCAS）分析了来自实验性鱼大脑的基因表达数据，从而根据大脑的调节途径对单个基因进行了编译。结果并未表明整个治疗和性别组的相互反应。评估属于大样本量的类似样品结构是否可以根据处理的基因表达模式进行分类，因此数据已被引导并用于构建随机森林模型。这些揭示了分类的高精度，但是发现雌性和雄性斑马鱼的不同基因最大程度地促成了分类算法。这些分析表明，在大多数情况下，少于八个基因对于准确的分类而言是足够的。主要是属于应力轴，同位素调节途径或5-羟色胺能途径的基因对分类模型的结果具有最强的影响。
回顾斑马鱼中光化学工具的开发和应用
摘要：斑马鱼是基础和翻译研究中最广泛采用的动物模型之一。斑马鱼的这种流行是由于几个优点，例如与人类基因组相似的高度，遗传和化学扰动的易感性，具有高繁殖力，透明且快速发展的胚胎的外部受精，以及相对较低的成本效率。尤其是人体半透明是斑马鱼的独特特征，它不能与其他脊椎动物生物充分获得。动物的独特光学清晰度和小尺寸使其成为光学调制和观察的成功模型。更重要的是，显微注射和高胚胎通透性的便利性易于使大小分子有效地递送到活动物中。最后，从一对动物获得的众多兄弟姐妹提供了大量重复和改进结果的统计分析。在这篇综述中，我们描述了基于各种策略的光化学工具的开发，这些分层以前所未有的时空分辨率控制生物学活性。我们还讨论了这些工具在斑马鱼中的应用，并强调了光化方法的当前挑战和未来的可能性，尤其是在单细胞水平上。
EFEMP1 促进斑马鱼光依赖性眼部生长
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者，此版本于 2024 年 5 月 2 日发布。；https://doi.org/10.1101/2023.12.18.572096 doi：bioRxiv 预印本
新型转基因斑马鱼系用于研究 CHRNA3‐...
摘要 乙酰胆碱 (ACh) 是周围神经系统 (PNS) 和中枢神经系统 (CNS) 的重要神经递质，它通过烟碱型乙酰胆碱受体 (nAChR) 和毒蕈碱型乙酰胆碱受体 (mAChR) 发出信号。在这里，我们探讨了三个 nAChR 亚基 chrna3 、 chrnb4 和 chrna5 的表达模式，它们位于进化保守的簇中。在多种脊椎动物中，这种紧密的基因组定位可能表明共同功能和/或共同表达。通过新型转基因斑马鱼系，我们观察到 PNS 和 CNS 内广泛表达。在 PNS 中，我们观察到 chrna3 tdTomato 、chrnb4 eGFP 和 chrna5 tdTomato 在肠道神经系统中的表达； chrna5 tdTomato 和 chrnb4 eGFP 位于侧线的感觉神经节中；而 chrnb4 eGFP 位于耳朵中。在中枢神经系统中，chrnb4 eGFP 和 chrna5 tdTomato 的表达出现在视网膜中，这三种基因均在大脑的不同区域表达，其中一部分 chrna3 tdTomato 和 chrnb4 eGFP 细胞被发现是投射到侧线的抑制性传出神经元。在脊髓内，我们在运动网络内识别出表达 chrna3 tdTomato、chrnb4 eGFP 和 chrna5 tdTomato 的不同神经元群，包括表达 dmrt3a 的中间神经元和表达 mnx1 的运动神经元。值得注意的是，每个半节段的三到四个初级运动神经元均被 chrna3 tdTomato 和 chrnb4 eGFP 标记。有趣的是，我们在每个半节段中发现了一个 sl 型次级运动神经元，该神经元强烈表达 chrna5 tdTomato 并同时表达 chrnb4 eGFP。这些转基因系为 nAChRs 在运动网络中的潜在作用提供了见解，并为探索它们在整个神经系统一系列组织中尼古丁暴露和成瘾的作用开辟了途径。
斑马鱼中的定向接近依赖性生物素标记
抽象蛋白质相互作用网络对于复杂的细胞过程至关重要。然而，在高度专业的细胞和组织中阐明发生的蛋白质相互作用具有挑战性。在这里，我们描述了整个斑马鱼中依赖性生物素标记的新方法的开发和应用。使用有条件稳定的GFP结合纳米病毒将生物素连接酶靶向感兴趣的GFP标记的蛋白，我们使用现有的GFP标记的转基因斑马鱼线显示了组织特异性的蛋白质组学分析。我们证明了这种方法的适用性，称为Blitz（标记的斑马鱼中的生物素标记），在不同的细胞类型（如神经元和血管内皮细胞）中。我们应用了这种方法来识别骨骼肌中洞穴外套蛋白的相互作用。使用此系统，我们为密切相关但功能上不同的cavin4和cavin1蛋白定义了体内肌肉细胞内的特定相互作用网络。