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单细胞分析和斑马鱼头像揭示了LGALS1作为胶质母细胞瘤的免疫调节靶标的
胶质母细胞瘤（GBM）仍然是最恶性的原发性脑肿瘤，中位生存期很少超过2年。肿瘤性质和免疫抑制微环境是导致当前治疗方法反应率较差的关键因素。GBM相关的巨噬细胞（GAM）经常表现出可促进肿瘤进展的免疫抑制特征。但是，他们与GBM肿瘤细胞的动态相互作用仍然很熟悉。在这里，我们使用了患者衍生的GBM干细胞培养物，并结合了GAM-GBM共培养的单细胞RNA测序，并在正局主题斑马鱼异种移植模型中对GAM-GBM相互作用的实时监测进行实时监测，以洞悉细胞，分子和空间异质性。我们的分析表明，GBM诱导的GAM极地和吸引和激活GAM的能力（与患者生存相关的特征），GBM患者的定位异质性。差异基因表达分析，原始肿瘤样品的免疫组织化学以及斑马鱼中的敲除实验随后将LGALS 1鉴定为免疫抑制的主要调节剂。总的来说，我们的工作高光可以在临床上研究GAM-GBM相互作用
评估Musa Acuminata Corm（Rhizome）的水提取物在链霉菌素（STZ）诱导的糖尿病性斑马鱼中的抗糖尿病潜力
抽象背景信息：糖尿病（DM）在新兴国家和发达国家都大大峰值，并且使用营养方法来控制糖尿病控制，最近引起了很多关注。香蕉（Musa spp。）在世界热带地区无处不在。在热带和亚热带气候中发现了野生植物穆萨·阿克米纳塔（Musa acuminata），也称为卡文迪许香蕉。近年来，敏锐的敏锐的健康优势引起了很多关注。植物的每个组成部分都被用于传统医学治疗多种疾病。虽然已经报道了Musa Acuminata各个部分的抗糖尿病潜力，但尚未对CORM进行广泛的研究。目的：考虑到缺乏有关抗糖尿病性抗糖尿病潜能的数据，我们建议使用斑马鱼模型评估相同的数据。材料和方法：腹膜内施用链霉菌素（STZ）在斑马鱼中诱导糖尿病。将鱼类维持在2％的蔗糖溶液中，用于48小时，以诱导糖尿病，然后将其转移到10、20或30 µg/ml的相应的含有CORM提取物的治疗罐中；在第8天，它们都被安乐死并用于生化和组织病理学分析。结果：在10、20和30 µg/ml时，穆萨·阿克米纳塔（Musa acuminata Corm）提取物（MACE）在糖尿病斑马鱼模型中引起了明显的葡萄糖降低作用。这是从酶分析中可以明显看出的。在这一点上，这项研究中鉴定出的MACE的抗糖尿病潜力的精确作用方式无法完全解密。组织病理学分析还揭示了绒毛的生长增长，并且在经过MACE治疗组的肠道中增加了杯状细胞的数量。结论：MACE在预防糖尿病并发症等高胆固醇和高脂血症等糖尿病并发症中的作用支持其主张，即它可以用作辅助药物或替代其他糖尿病药物。需要进行其他研究才能缩小负责这种效果的主动植物成分以及发挥这种作用的机制。
斑马鱼药物筛选证实厄洛替尼是 T 细胞急性淋巴细胞白血病中 Wnt/β-Catenin 信号和自我更新的抑制剂
图 1：6xTCF/LEF-miniP:GFP 斑马鱼系对 Wnt 信号通路的小分子调节剂产生可量化的反应。(A) Wnt/β-catenin GFP 报告基因 6xTCF/LEF-miniP:dGFP 转基因斑马鱼系的示意图。(B) 受精后 48 小时 (hpf) 的 6xTCF/LEF-miniP:dGFP 斑马鱼幼虫。GFP 荧光表明 Wnt 信号活跃，尾鳍 (虚线框) 用于量化。(C) 用 DMSO、Wnt 通路抑制剂 XAV939 或 Wnt 通路激活剂 BIO 处理 24 小时的 6xTCF/LEF- miniP:dGFP 幼虫中的代表性尾鳍荧光。从左到右的面板显示了明场图像、GFP 荧光和使用 ImageJ 软件对荧光进行标准化阈值处理。图中标出了与 DMSO 相比荧光增加或减少的百分比。比例尺 = 500 μm。
使用斑马鱼研究多外观跳过作为啮齿动物的心肌病和心力衰竭的啮齿动物模型，用于翻译研究和治疗发现微生物
摘要：shot弹枪宏基因组测序用于研究切达干酪的微生物群落的多样性，在32个月内成熟。比较了从基于组装的，基于非组装和Motus2测序管道的分类单元丰度的变化，以描绘每个年龄段的社区预计。从58个样品中获得了11种通过质量阈值的元基因组组装基因组（MAG）。尽管cremoris lactocococcus cremoris和paracasei在shot弹枪样品中占主导地位，但使用MG-Rast鉴定了其他物种。NMDS对微生物群落的β多样性的分析揭示了年龄段（7个月至32个月）中奶酪的相似性。正如预期的那样，克雷莫氏乳糖菌的丰度因成熟而始终减少，而可渗透细胞的比例增加。在成熟时期，生存的乳酸酶杆菌的相对丰度逐渐增加，但在试验之间的速度可变。读取归因于siphoviridae和ascomycota的相对丰度低于1％。PMA处理的奶酪的功能性纤维与未经PMA处理的奶酪的功能不同。起动器旋转在乳球菌的单个核苷酸变体pro纤维中反射（使用motus2的SNV），而输入的牛奶是区分乳酸乳酸菌 / casei casei snv pro的领先因素。从Kraken2，非组装基于非组装的（MG-RAST）和标记基因簇（MOTUS2）的相对丰度估计值在两个主要分类单元的年龄组之间是一致的。宏基因组学启用了序列变体分析，低于细菌种类水平和功能性培养，可能会影响成熟过程中奶酪亚群之间的代谢相互作用，这可以帮助解释奶酪的整体膨胀。未来的工作将使微生物变体与挥发性释放物相结合，以将与奶酪粉的化合物的开发相关联，在每个成熟阶段。
比较单细胞谱分析揭示了斑马鱼心脏必不可少的不同心脏居民巨噬细胞
抽象的斑马鱼具有强大的受伤后心脏再生的能力，并且免疫系统在此过程中起着关键作用。我们先前表明，即使在受伤后的第一周内恢复了浸润性的巨噬细胞数量，也会延迟延迟通过氯膦酸盐脂质体（–1D_CL，巨噬细胞延迟模型）会损害中性粒细胞的分辨和心脏再生（Lai等人，2017年）。因此，通过比较心脏修复期间的这些晚期巨噬细胞与对照巨噬细胞的比较，学习再生巨噬细胞的证明是很有趣的。在这里，我们通过将非再生性巨噬细胞模型与再生对照进行比较，进一步研究了心脏再生的机理见解。时间RNASEQ分析表明，–1D_CL治疗导致炎症分辨率破坏，反应性氧稳态和心脏修复过程中能量代谢。对再生性与非再生性心脏的发炎细胞的比较单细胞RNASEQ分析进一步鉴定出异质的宏观斑点和中性粒细胞，显示出替代性激活和细胞串扰，导致中性粒细胞保留和慢性炎症。在巨噬细胞中，仅在再生心脏中富集了两个住宅亚群（HBAA + MAC和TIMP4.3 + Mac 3），并且在 + 1D_CL处理后几乎没有恢复。为了耗尽居民巨噬细胞而不会延迟循环巨噬细胞的招聘，我们通过在CryoInjury之前的8 d（–8d_cl）在8 d（–8d_cl）中管理CL来建立了居民巨噬细胞的模型。引人注目的是，常驻巨噬细胞缺乏斑马鱼仍然表现出血运重建，心肌细胞存活，碎屑清除和细胞外基质重塑/疤痕的缺陷，而无需从循环/单核细胞衍生的巨噬细胞中获得功能补偿。我们的结果表征了炎症细胞与识别独特的居民巨噬细胞之间的不同功能和相互作用的特征。斑马鱼心脏再生的先决条件。
用于疾病建模和再生的斑马鱼调控基因组资源
在过去的几十年里，斑马鱼因其发育快、基因操作简单、成像简单、与人类共享保守的疾病相关基因和途径等优势，成为一种越来越受欢迎的疾病模型。与此同时，疾病机制的研究越来越多地关注非编码突变，这需要增强子和启动子等调控元件的基因组注释图。与此同时，斑马鱼研究的基因组资源正在扩大，产生了各种基因组数据，有助于定义调控元件及其在斑马鱼和人类之间的保守性。在这里，我们讨论了生成斑马鱼基因组调控元件功能注释图的最新进展，以及如何将其应用于人类疾病。我们重点介绍了社区驱动的发展，例如 DANIO-CODE，以生成斑马鱼基因组数据和功能注释的集中和标准化目录；考虑当前注释图谱的优势和局限性；并提供解释和整合现有图谱与比较基因组学工具的考虑因素。我们还讨论了开发标准化基因组学协议和生物信息学流程的必要性，并为开发分析和可视化工具提供建议，这些工具将整合各种多组学批量测序数据以及快速扩展的单细胞方法数据，例如使用测序对转座酶可及染色质进行单细胞测定。此类整合工具对于利用批量基因组学提供的多组学染色质表征以及新兴单细胞方法提供的细胞类型分辨率至关重要。总之，这些进展将构建一个广泛的工具包，用于探究斑马鱼的人类疾病机制。
斑马DNA云2.6
• Enterprise Browser 3.4 added to Zebra Collection • Enterprise Home Screen 6.0 added to Zebra Collection • Enterprise Keyboard 4.2 added to Zebra Collection • Now supports device(s) being managed by third-party EMM systems • Adds search functionality for Advanced Setup and Managed Configurations for Apps • Automatically replaces package names of older Zebra apps at installation when necessary
基于系统的基于图像的基于斑马鱼幼虫中复杂性状的遗传筛选
摘要具有数以千计的基因组关联研究对复杂特征鉴定的基因座，需要在体内模型系统中可靠，迅速推断大量候选基因的作用。基于F 0斑马鱼中的基于CRISPR/CAS9的功能屏幕代表这样的系统。然而，到目前为止使用的负面对照 - 包括加扰的指南RNA（GRNA），灭活的CAS9和假注射 - 不会引起与CRISPR/CAS9相同的细胞和有机反应，并且可能会加剧结论。在这里，我们表明，靶向KITA促进了成功的诱变，更高质量的成像数据以及病例和对照的有效分类的有效的光学预筛查。我们鉴定并测试了两个靶向具有类似高诱变效率和对色素作用的kita的GRNA，并且没有对心脏代谢性状的脱靶效应或主要影响。我们提出了几种方法，这些方法将得出有效的，公正的结论。
乳腺癌研究斑马鱼模型的进展：揭示生物标志物、靶向治疗和个性化医疗
乳腺癌 (BC) 是全球女性中最常见的恶性肿瘤。尽管 BC 的治疗方法多种多样，但其结果并不令人满意，尤其是在三阴性乳腺癌 (TNBC) 患者中。高效肿瘤学的主要挑战之一是实现评估肿瘤分子基因型和表型的最佳条件。因此，迫切需要新的治疗策略。动物模型是 BC 的分子和功能表征以及开发靶向 BC 疗法的重要工具。斑马鱼作为一种有前途的筛选模型生物，已广泛应用于患者来源的异种移植 (PDX) 的开发，以发现新的潜在抗肿瘤药物。此外，在斑马鱼胚胎/幼虫中生成 BC 异种移植可以描述肿瘤的生长、细胞侵袭以及肿瘤与宿主体内的系统相互作用，而不会对移植的癌细胞产生免疫原性排斥。有趣的是，斑马鱼可以进行基因操作，其基因组已被完全测序。斑马鱼的遗传学研究描述了与 BC 致癌作用有关的新基因和分子途径。因此，斑马鱼体内模型正在成为转移研究和发现 BC 治疗新活性剂的绝佳替代方案。在此，我们系统地回顾了斑马鱼 BC 模型在致癌作用、转移和药物筛选方面的最新前沿进展。本文旨在回顾斑马鱼 (Danio reiro) 在生物标志物识别和药物靶向的临床前和临床模型中的作用的现状，以及 BC 个性化医疗的发展。
斑马鱼作为精神障碍综合模型的研究进展
精神疾病作为国际疾病的重要组成部分，严重危害人类的健康和社会稳定，其发病机制复杂，发病率逐年上升。为了尽快分析精神疾病的发病机制，寻找针对性的精神疾病药物治疗，迫切需要建立更加合理的动物模型。斑马鱼因与人类基因组同源性高，脑组织与人极为相似，且易于实现全身光学可视化和高通量筛选，在众多的精神疾病动物模型中脱颖而出。通过模拟人类的行为测试和社会学分析，结合分子分析等检测手段，可以建立有价值的优质斑马鱼精神疾病模型。本文重点综述了斑马鱼模型模拟人类精神疾病的研究进展，综述了各种行为表征手段、所用设备、工作原理，总结了各种精神疾病斑马鱼模型的建模方法；提出了当前面临的挑战和未来的发展趋势，为探索精神障碍的机制和治疗策略提供理论支持。