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一种新型的生物信息学管道，用于鉴定免疫抑制受体作为潜在的治疗靶标
。cc-by 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本发布于2024年6月12日。 https://doi.org/10.1101/2023.10.24.563834 doi：Biorxiv Preprint
一种新型的台式模型，用于定量心室导管中的抗性分析
脑积水是一种慢性疾病，导致脑室异常增大。最常见的脑积水治疗方法是使用手术植入的分流器将多余的CSF排入其他身体部位，例如腹膜腔。但是，这些分流的失败率不高：大约50％的小儿脑积水分流器在植入的两年内失败，几乎所有脑积水患者在其一生中至少需要一个分流的修订[1，2]。尽管对该主题的工作数量不足，但分流器的机制仍然很少了解。许多研究已经调查了流动动力学，孔几何形状和阻力影响障碍物等因素如何[3，4]。为了促进有关此主题的研究，在韦恩州立大学（WSU）创建了多中心国家生物座席。在一项研究中使用了该生物库来检查众多FACTOR对患者进行修订的数量的影响以及对失败的细胞导管的成像分析[5，6]。文献表明导管的几何形状，阻塞和对CSF流量的抗性是分流故障的相互链接因素。因此，拥有一种研究人员可以用来收集和分析用于治疗脑积水的导管的大量定量流数据的设备将很有用。
一种新型的合成DNA疫苗会引起针对Powassan病毒的保护性免疫反应
Powassan病毒（POWV）感染是美国和北美的一种新兴传染病。像寨卡病毒一样，Powv是Flaviviridae家族的成员。POWV会导致严重的神经系统症状，脑膜炎，脑炎，并可能导致死亡。尽管人类POWV感染的风险很低，但在过去16年中在美国发病率增加了300％以上，敦促立即关注。尽管疾病的严重程度及其越来越多的威胁人口的潜力，但目前尚无许可疫苗可保护POWV。我们通过关注POWV前膜和包膜（PRMENV）基因的保守部分，开发了一种称为POWV-SEV的新型合成DNA疫苗。对POWV-SEV的单一免疫产生了与其他黄素的交叉反应性最小的小鼠中的宽T和B细胞免疫。抗体表位图显示了POWV-SEV诱导的免疫反应与在POWV感染的患者中自然引起的反应之间的相似性。最后，在致命挑战实验中，POWV-SEV诱导的免疫力为POWV疾病提供了保护。
ngia：一种新型的基于基因序列聚类的基于贪婪的增量对准算法✩
基因序列聚类在计算生物学和生物信息学中非常重要且重要，用于研究系统发育关系和基因功能预测等。随着生物学数据量的快速生长（基因/蛋白质序列），基因序列聚类算法在低精度和效率方面面临着更多挑战。 基因序列数据库中增长的冗余序列通常有助于大多数聚类方法的记忆和计算需求的增加。 例如，原始的基于贪婪的增量比对（GIA）聚类算法获得了很高的精度聚类结果，但效率非常低。 已经开发了有效的贪婪增量聚类算法，其精确成本降低了，通常可以关闭速度的贸易聚类精确度以提高速度。 需要在精度和速度之间取得更好平衡的算法。 本文提出了一种新型的基于贪婪的增量比对算法，称为NGIA，用于具有高效率和精度的基因聚类。 ngia由一个预滤波器，修改后的短词过滤器，一种新的数据包装策略，一种修改的贪婪增量方法组成，并通过GPU并行化。 四个独立数据集上的实验评估表明，所提出的工具可以以99.99％的高精度聚类。 与CD-HIT，VSEARCH和UCLUST的结果相比，NGIA平均快13.6倍，6.2倍和1.7倍。 此外，我们开发了一个多节点版本来处理大型数据集。 该软件可从https://github.com/siat-hpcc/gene-sequence-clustering获得。随着生物学数据量的快速生长（基因/蛋白质序列），基因序列聚类算法在低精度和效率方面面临着更多挑战。基因序列数据库中增长的冗余序列通常有助于大多数聚类方法的记忆和计算需求的增加。例如，原始的基于贪婪的增量比对（GIA）聚类算法获得了很高的精度聚类结果，但效率非常低。已经开发了有效的贪婪增量聚类算法，其精确成本降低了，通常可以关闭速度的贸易聚类精确度以提高速度。需要在精度和速度之间取得更好平衡的算法。 本文提出了一种新型的基于贪婪的增量比对算法，称为NGIA，用于具有高效率和精度的基因聚类。 ngia由一个预滤波器，修改后的短词过滤器，一种新的数据包装策略，一种修改的贪婪增量方法组成，并通过GPU并行化。 四个独立数据集上的实验评估表明，所提出的工具可以以99.99％的高精度聚类。 与CD-HIT，VSEARCH和UCLUST的结果相比，NGIA平均快13.6倍，6.2倍和1.7倍。 此外，我们开发了一个多节点版本来处理大型数据集。 该软件可从https://github.com/siat-hpcc/gene-sequence-clustering获得。算法。本文提出了一种新型的基于贪婪的增量比对算法，称为NGIA，用于具有高效率和精度的基因聚类。ngia由一个预滤波器，修改后的短词过滤器，一种新的数据包装策略，一种修改的贪婪增量方法组成，并通过GPU并行化。四个独立数据集上的实验评估表明，所提出的工具可以以99.99％的高精度聚类。与CD-HIT，VSEARCH和UCLUST的结果相比，NGIA平均快13.6倍，6.2倍和1.7倍。此外，我们开发了一个多节点版本来处理大型数据集。该软件可从https://github.com/siat-hpcc/gene-sequence-clustering获得。强可伸缩性测试表明，NGIA的多节点版本可以以31％的并行效率扩展32个线程。©2022 Elsevier B.V.保留所有权利。
一种新型的硫代酸官能化杂种网络，用于固体...
由于离子电导率低，界面稳定性差和伴随的侧面反应，用于固态金属电池的固体电解质的开发是具有挑战性的，并且有限。本文是一种基于杂交异质3D交联网络的新型硫氯二氧化官能化的固体电解质，设计和合成了二十个二葡萄酸。硫代酸使软PEGDA聚合在硬P（VDF-HFP）矩阵中形成坚硬的混合异质的3D 3D交联网络，而无需引发剂，从而同时将离子运输并调节锂金属表面上的锂沉积。此外，通过聚合形成的C-S键可以提高LI +的迁移速率，而该无引发剂的聚合过程消除了残留的自由基侧反应和副产品，从而有效地提高了固体电解质与锂阳极的兼容性。由于合理设计，在环境温度下，硫酸官能化的杂交网络电解质电解质在环境温度下表现出高离子电导率为0.11 ms cm-1。对称的LI // LI细胞可在1800 h循环中实现Lifepo 4 // Liepo 4 //全稳态电池在25°C时在0.5 c时在300 c上提供高容量保留率（> 80％）。这项工作表明了Thicotic酸官能化的杂种网络的合理设计，其离子电导率和稳定性大大提高了高性能固态电池。
一种新型的VAE分子生成模型与变压器结合了未见结构的生成
最近，在药物发现中积极研究了使用深度学习的分子产生。在该领域，变压器和VAE被广泛用作强大的模型，但由于结构和性能不匹配，它们很少被用作组合。本研究提出了一个模型，该模型通过处理多种分子的结构和参数优化结合了这两个模型。所提出的模型显示出与现有模型生成分子相当的性能，并且在具有看不见的结构的产生分子时表现出了较高的性能。该VAE模型的另一个优点是它从潜在的表示中产生分子，因此可以很容易地通过它预测或条件，实际上，我们证明该模型的潜在表示成功地预测了分子特性。消融研究表明，VAE比其他生成模型（如语言模型）在产生新分子方面具有优势。还表明，潜在表示可以缩短为〜32维变量而不会丢失重建，这表明比现有的分子描述符或模型更小。这项研究有望提供一个虚拟化学文库，其中包含多种化合物用于虚拟筛选并实现有效筛选。
p329g - engager：一种新型的基于通用抗体的癌症免疫疗法的适配器平台
图1。选择的抗原靶向衔接子和适应器的免疫细胞与选择的抗体可以形成基于功能性抗体的治疗方式，并提供通用的，可自定义的抗体平台。a）基于肿瘤抗原谱的抗原靶向衔接抗体的选择，以及基于肿瘤中所需的免疫效应的适应器靶向细胞参与者的选择，提供了架子上的固定式免疫免疫治疗剂； b）基于在适配器IgG的FC部分（FC沉默突变）中p329g突变的结合。描绘的p329g粘合剂的晶体结构与p329g突变的FC结合； c）比较经典的直接T细胞双特异性抗体（TCB）和p329G-TCB之间的作用模式，并识别p329g突变的适配器IgG； d）抗P329G IgG与p329x突变的Huigg1s结合的SPR数据。
使用新型的高通量方法探索噬菌体 - 宿主相互作用的转录景观
在过去十年中，出现了强大的高通量测序方法，以分析全球尺度的微生物转录组。迄今为止，这些方法应用于噬菌体等微生物病毒的应用仍然很少。根据感染病毒感染的细菌量身定制这些技术有望获得感染过程中未充分倍增的RNA生物学和分子过程的详细图片。此外，受感染细菌宿主噬菌体引起的应激和扰动的转录组研究可能揭示了细菌代谢和基因调节的新基本机制。在这里，我们提供参考和蓝图，以实施新兴的转录方法，以解决转录组体系结构，RNA – RNA和RNA - 蛋白质相互作用，RNA修饰，结构和转录谱的异质性和异质性的感染细胞中的转录谱性，这些概况将为噬菌体构型式治疗和微生物的未来指导提供指导，并提供指南。
新型的脑疾病指数原型在Covid-19期间通过远程医疗培训改进了
大脑健康是一个比心理健康作为一种概念更具政策性的概念，“心理健康”一词被广泛使用，但术语相当有限，专注于情感福祉。迄今为止，“心理健康”一词未能捕获“思维”的广泛方面以及其他精神能力和维度的相互依存关系。“大脑健康”一词不太熟悉，但由于多种原因，我们认为，对于公共卫生政策行动而言，更有用。首先，精神健康一词不能解决认知能力或“认知资本”，即人群的总体认知能力。这至关重要，因为已经证明，更大的认知资本可以预测更高水平的身体和心理健康水平[例如，（3）]。一个国家的认知资本对于其经济繁荣也至关重要，因为它使人口能够在面对经济冲击，快速的技术变革和环境挑战的情况下更加熟练，适应性地转移（4，5）。缺乏或减少这种灵活的心态会导致经济和社会恶化，这会使精神和身体健康恶化（6）。第二个原因是，大脑健康比心理健康更具政策性为一种概念，它涵盖了预计是世界面临的最大健康挑战之一，这特别影响了低收入和中等收入国家（7）。这一健康挑战是痴呆症的螺旋式流行，与世界所有国家的老年人的加速比例相关，其次是预期寿命的延长（8）。此外，幸福感受损与痴呆有关，但由于忽略了相互关系，因此在治疗方面经常被忽略（9）。心理健康作为一个概念并不会对这一巨大的健康挑战产生政策影响，如果不检查，将淹没卫生提供者和服务的资源和领域。大脑健康是“准备好烤箱的”，作为一个要测试的概念，对政策具有明显的影响，其中一些我们将在本文中描述。
新型的野生型Pediococcus和Lactiplantibacillus菌株作为益生菌候选者，以管理与肥胖相关的胰岛素抵抗
1分子生物学与遗传学系，德拉斯民主大学，希腊68100 Alexandroupolis； swmalouparaskevi@gmail.com（P.S.）; iprapa@mbg.duth.gr（i.p.）; elastyl@gmail.com（E.S.）; aikspiridopoulou@gmail.com（K.S.）; gskavdis@mbg.duth.gr（G.S.）; mgrigor@mbg.duth.gr（M.E.G.）2克里特岛克里特大学医学院实验室医学系临床化学实验室，希腊克里特岛71003； eleftheriaier@hotmail.com（e.i。 ）; tsatsani@uoc.gr（C.T。） 3应用技术中心应用科学研究所，希腊塞萨洛尼基57001； riafeidaki@gmail.com（k.f. ）; Argiriou@certh.gr（A.A.）4阿埃吉亚大学食品科学与营养系，希腊81400，希腊5 QLC，26442 Patras，希腊； panas@qlc.gr 6分子生物学与生物技术研究所，希腊赫拉克里昂71100 *通信：ikourkou@mbg.duth.gr;电话。 ： +30-25510-30633†这些作者对这项工作也同样贡献。2克里特岛克里特大学医学院实验室医学系临床化学实验室，希腊克里特岛71003； eleftheriaier@hotmail.com（e.i。）; tsatsani@uoc.gr（C.T。）3应用技术中心应用科学研究所，希腊塞萨洛尼基57001； riafeidaki@gmail.com（k.f.）; Argiriou@certh.gr（A.A.）4阿埃吉亚大学食品科学与营养系，希腊81400，希腊5 QLC，26442 Patras，希腊； panas@qlc.gr 6分子生物学与生物技术研究所，希腊赫拉克里昂71100 *通信：ikourkou@mbg.duth.gr;电话。： +30-25510-30633†这些作者对这项工作也同样贡献。