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针对政策关注的生物和组织(BOPCO)的条形码设施(BOPCO)提供了一个专业知识论坛,以促进比利时和欧洲识别政策关注的生物学样本。Bopco由比利时科学政策办公室(BELSPO)资助。被引入欧洲的非本地物种,无论是偶然的还是故意的,都可能引起政策关注,因为其中一些可以在新的领土上迅速繁殖和散布,建立可行的人群,甚至是胜过本地物种。由于它们的存在,自然和托管的生态系统可能会受到破坏,庄稼和牲畜影响,并且可能引入媒介传播的疾病或寄生虫,从而影响人类健康和社会经济活动。引起这种不良反应的非本地物种称为侵入性外星物种(IAS)。为了保护本地生物多样性和生态系统,并减轻对人类健康和社会经济活动的潜在影响,欧盟第1143/2014/2014号欧洲议会和理事会解决了IAS问题。IAS法规规定了在所有成员国中采取的一系列措施。定期更新工会关注的侵入性外星物种清单。但是,要实施拟议的动作,遇到可疑的生物材料时需要进行准确的物种识别方法。因为基于形态的物种鉴定并不总是可能的(例如结果将结果显示为使用公开可用的DNA序列数据和从各种来源汇总的信息编制的情况表(一个)。[1]。隐秘的物种,痕量物质,早期生命阶段),本工作的目的是调查和评估DNA序列数据的有用性,以识别欧盟调节中包含的每一个IAS。每个事实表都由两个主要部分组成:(i)对特定IAS的简短介绍,并提供有关其分类法和当前发生/分布在欧洲的信息,(ii)对公开可用的DNA序列的有用性进行调查,以确定该IAS的实用性,以确定DNA barcods在EUU列表中列出的分类级别。有关应用方法背后的推理以及有关材料和方法的详细信息的更多信息,请参见下文和Smitz等。有关Bopco的更多信息,请访问https://bopco.be或通过bopco@naturalsciences.be与我们联系。有关http://ec.europa.eu/environment/nature/invasivealien/index_en.htm的欧盟法规的更多信息。
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与其他语言一样,条形码技术已发展为适用于不同应用的许多符号体系。已开发了 200 多种不同的条形码符号体系。最熟悉的符号体系是用于食品等消费品的通用产品代码 (UPC)。UPC 标签简单、格式严格,旨在让高度复杂的阅读器读取低质量的标签。商品上的 UPC 代码具有在手持阅读器或多光束扫描仪可以移动到标签上许多位置的环境中使用的优势。可能需要扫描数百次才能确定良好的扫描效果。校验和包含在编码方案中以验证扫描。作为最后的手段,UPC 标签通常具有人可读部分,可由操作员输入到终端中。
与其他语言一样,条形码技术已发展为适用于不同应用的许多符号体系。已开发了 200 多种不同的条形码符号体系。最熟悉的符号体系是用于食品等消费品的通用产品代码 (UPC)。UPC 标签简单、格式严格,旨在让高度复杂的阅读器读取低质量的标签。商品上的 UPC 代码具有在手持阅读器或多光束扫描仪可以移动到标签上许多位置的环境中使用的优势。可能需要扫描数百次才能确定良好的扫描效果。校验和包含在编码方案中以验证扫描。作为最后的手段,UPC 标签通常具有人可读部分,可由操作员输入到终端中。
1北苏门答腊大学,20155年印度尼西亚北部苏门答腊大学卓越中心2生物学学院,苏迪尔曼大学,北部PURWOKERTO,BANYUMAS 53122,印度尼西亚中部Java 6 Revering and Development 6 Revering and Development自然遗产和生物多样性,Hasanuddin University,Hasanuddin University,Makassar 90245,Indonesia 7 70245,Indonesia 7海洋和ALLIED SCICIENCE菲律宾8 Iriomote Station,热带生物圈研究中心,Ryukyus University,Thatemony,okinawa,907-1541,日本
全球生物多样性正以惊人的速度下降,迫切需要进行大规模监测以了解其变化及其驱动因素。虽然传统的物种分类学鉴定耗时耗力,但与基于 DNA 的方法相结合可以扩大监测活动的规模,以实现更大的空间覆盖范围和增加采样工作量。但是,当需要估计每个物种的个体数量和/或生物量时,基于 DNA 的方法仍然存在挑战。已有多种方法学进展可提高 DNA 宏条形码用于丰度分析的潜力,但仍需要进一步评估。在这里,我们讨论了实验室以及一些生物信息学对 DNA 宏条形码工作流程的调整,以了解它们从节肢动物群落样本中估计物种丰度的潜力。我们的综述包括标本拍照等实验室前处理方法、使用掺入 DNA 作为内标等实验室方法以及校正因子等生物信息学进展。我们得出的结论是,标本摄影与 DNA 条形码相结合目前最有可能实现对每个物种个体数量和生物量估计的估计,但诸如峰值和校正因子等方法是有希望进一步研究的方法。
在细菌中,天然转座子动员可以驱动自适应基因组重排。在这里,我们以这种能力为基础,并开发了一个可诱导的,自传播的转座子平台,用于整个基因组诱变和细菌中基因网络的动态重新布线。我们首先使用该平台研究转座子功能对平行大肠杆菌种群进化对各种碳源利用和抗生素耐药性表型的影响。然后,我们开发了一个模块化,组合装配管道,用于用合成或内源基因调节元素(例如,诱导型启动子)以及DNA条形码的转座子功能化。我们可以在交替的碳源上进行平行的发展,并证明了诱导性,多基因表型的出现,并且可以持续地跟踪条形码的转座子的易于性,以识别基因网络的致病性重新旋转。这项工作建立了一个合成的转座子平台,可用于优化工业和治疗应用的菌株,例如,通过重新布置基因网络来改善各种原料的增长,并有助于解决有关已雕刻出了极端基因网络的动态过程的基本问题。
对植物物种的快速准确鉴定越来越多地寻求采用分子技术。ITS2区域在DNA条形码中高度评价,因为它的短长度和易于测序,使其成为物种识别的理想候选者。在这项研究中,通过对广泛植物分类群的底漆序列进行细致的分析和比较,我们策划了一系列具有证明普遍性的底漆,能够有效地扩大不同植物物种的ITS2区域。为了验证识别引物的普遍性,我们均采用了硅和体外方法。在计算机分析中涉及生物信息学工具,以评估公共数据库中可用的大量植物DNA序列的底漆结合位点。随后,使用从各种植物标本中提取的DNA样品进行了体外实验,以验证引物的扩增成功。通过这个全面的验证过程,我们确保了选定的引物用于DNA键编码目的的可靠性和适用性。我们发现的重要性在于使用ITS2区域建立了标准化的DNA栏编码方法,这有助于准确而有效的植物物种识别。通过为研究人员提供一组普遍适用的底漆,我们旨在简化底漆选择过程,从而减少实验设计所涉及的时间和精力。该标准化协议促进了DNA条形码研究中的一致性和可重复性,最终促进了我们对植物生物多样性的理解并有助于保护工作。
在过去的几十年里,非法砍伐对热带非洲森林生态系统的完整性和生物多样性保护构成了严重威胁。尽管已经实施了减少非法砍伐的国际条约和监管计划,但大部分木材都是从热带非洲森林地区非法砍伐和交易的。因此,开发和应用分析工具来提高木材和相关产品的可追溯性和识别性对于执行国际法规至关重要。在现有技术中,DNA 条形码是一种很有前途的植物物种分子鉴定方法。然而,虽然它已成功用于区分动物物种,但还没有一套可用于普遍识别植物物种的遗传标记。在这项工作中,我们首先使用基因组略读方法表征了 17 种非洲高价值木材物种的遗传多样性,这些物种来自五个属(Afzelia、Guibourtia、Leplea、Milicia、Tieghemella),分布在西非和中非的范围内,以便重建它们的叶绿体基因组和核糖体 DNA。接下来,我们确定了单核苷酸多态性 (SNP),以区分近亲物种。通过这种方式,我们成功开发并测试了用于物种识别的新型物种特异性遗传条形码。