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World File Search System构象
AffLecto：一个生成Alphafold模型柔性蛋白质构象合素的Web服务器
本质上无序的蛋白质和区域（IDP/IDR）利用其结构性挠性来实现必要的细胞功能，并且功能障碍通常与严重疾病有关。然而，它们的序列，结构动力学和功能角色之间的关系仍然很少理解。将这些复杂关系熟悉的对于特性的发展至关重要，强调了对产生质量IDP/IDR构象异构体的方法的需求。 虽然Alphafold（AF）在建模结构域中表现出色，但它无法准确地代表无序区域，而蛋白质组织的很大一部分不准确。 我们提出了Afflecto，这是一种用户友好的Web服务器，用于生成蛋白质的大构象合奏，其中包括AF结构模型的结构化域和IDR。 通过分析其结构上下文，将IDR识别为尾部，接头或循环。 此外，它结合了一种方法来识别有条件折叠的IDR，AF可能错误地预测为本质上折叠的元素。 使用有效的随机采样算法在全球探索构象空间。 AffLecto的Web界面允许用户通过修改有序区域和分配区域之间的边界以及在几种采样策略之间进行选择来自定义建模。 Web服务器可在https://moma.laas.fr/applications/afflecto/免费获得。对于特性的发展至关重要，强调了对产生质量IDP/IDR构象异构体的方法的需求。虽然Alphafold（AF）在建模结构域中表现出色，但它无法准确地代表无序区域，而蛋白质组织的很大一部分不准确。我们提出了Afflecto，这是一种用户友好的Web服务器，用于生成蛋白质的大构象合奏，其中包括AF结构模型的结构化域和IDR。通过分析其结构上下文，将IDR识别为尾部，接头或循环。此外，它结合了一种方法来识别有条件折叠的IDR，AF可能错误地预测为本质上折叠的元素。使用有效的随机采样算法在全球探索构象空间。AffLecto的Web界面允许用户通过修改有序区域和分配区域之间的边界以及在几种采样策略之间进行选择来自定义建模。Web服务器可在https://moma.laas.fr/applications/afflecto/免费获得。
DNA 纳米笼的可调构象波动
https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2025-zx11g ORCID：https://orcid.org/0000-0002-0143-8894 内容未经 ChemRxiv 同行评审。许可：CC BY-NC-ND 4.0
间日疟原虫枯草杆菌蛋白酶样药物靶标 SUB1 的 3D 结构揭示了构象变化以适应底物衍生的-酮酰胺抑制剂
多重耐药性疟原虫的不断选择和繁殖要求我们鉴定出参与尚未被靶向的代谢途径的新的抗疟药物候选物。枯草杆菌蛋白酶样 1（SUB1）属于新一代药物靶点，因为它在寄生虫生命周期的不同阶段从受感染的宿主细胞中逃出时起着至关重要的作用。SUB1 的特点是具有一个不寻常的脯氨酸区域，该区域与其同源催化结构域紧密相互作用，因此无法对酶-抑制剂复合物进行 3D 结构分析。在本研究中，为了克服这一限制，采用严格的离子条件和控制重组全长间日疟原虫 SUB1 的蛋白水解，以获得没有脯氨酸区域的活性稳定催化结构域 (PvS1 Cat) 晶体。 PvS1 Cat 的高分辨率 3D 结构（单独存在以及与-酮酰胺底物衍生的抑制剂 (MAM-117) 复合存在）表明，正如预期的那样，SUB1 的催化丝氨酸与抑制剂的-酮基形成共价键。氢键和疏水相互作用网络使复合物稳定，包括抑制剂的 P1 0 和 P2 0 位置，尽管 P 0 残基在确定枯草杆菌蛋白酶的底物特异性方面通常不太重要。此外，当与底物衍生的肽模拟抑制剂结合时，SUB1 的催化槽会发生显著的结构变化，尤其是在其 S4 口袋中。这些发现为未来设计优化的 SUB1 特异性抑制剂的策略铺平了道路，这些抑制剂可能定义一类新的抗疟候选药物。
利用低温电子显微镜对恰加斯疫苗候选物 TcPOP 的开放和封闭构象进行分析，并对其抗体反应进行表征
细化参数 闭合构象 开放构象 地图分辨率（掩蔽） 3.54Å 4.02Å 地图分辨率（未掩蔽） 3.55Å 4.03Å FSC（模型）（掩蔽）= 0.143 2.28Å 3.35Å 相关系数（掩蔽） 0.77 0.60 Ramachandran 允许值 100% 98.53% 表 2 PHENIX 40 中实空间细化的闭合和开放构象的冷冻电镜统计数据。447
生物分子冷凝物的固有无序蛋白质的构象熵
最近已经发现，真核细胞宿主具有多种生物分子冷凝水。这些冷凝水通常包含具有内在无序区域（IDR）的蛋白质和/或RNA成分。虽然已经提出并证明了IDR在冷凝物生物学中扮演许多角色，但我们在这里建议IDR的另外至关重要的作用，这是将不需要的“入侵者”排除在冷凝水之外。这种排除效应来自IDR的较大构象熵，即，占用空间的自由能成本很高，否则IDR将可以使用。通过将聚合物理论与贴纸模拟相结合，我们表明，相关的插入自由能随着冷凝水中的IDR浓度以及入侵者的大小而增加，从而使大型入侵者的表面积达到线性缩放。我们发现，在逼真的IDR浓度下，颗粒的颗粒与平均蛋白质的大小（直径为4 nm）可以超过97％，将其排除在冷凝水之外。要克服这种熵屏障，分子必须与凝聚力成分相互作用，以招募作为客户进入冷凝水。将开发的尺寸排斥理论应用于生物冷凝水中表明，冷凝水IDR可能在生物体和冷凝物类型中起一般的排他性作用。
染色质构象的原发性骨关节炎软骨细胞图揭示了新型候选效应基因
抽象目标骨关节炎是一种复杂的疾病，具有巨大的公共卫生负担。基因组广泛的关联研究（GWAS）已经鉴定出数百个骨关节炎相关的序列变体，但是这些信号支撑的效应基因在很大程度上仍然难以捉摸。了解三维（3D）空间中的染色体组织对于以组织方式（例如，基因和调节元件之间的遥远基因组特征（例如，基因和调节元素之间）之间的长距离接触至关重要。在这里，我们生成了原发性骨关节炎软骨细胞的第一个整个基因组染色体构象分析（HI-C）图，并确定了该疾病的新型候选效应基因。方法从8例膝关节骨关节炎患者收集的原发软骨细胞进行了HI-C分析，以将染色体结构与基因组序列联系起来。然后将鉴定的环与骨关节炎GWAS结果和来自原发性膝关节骨关节炎软骨细胞的表观基因组数据结合在一起，以通过增强子启动子相互作用来鉴定与基因调节有关的变异。结果，我们确定了与77个骨关节炎GWAS信号相关的染色质环锚固中的345种遗传变异。例如，PAPPA与胰岛素类似生长因子1（IGF-1）蛋白的周转直接相关，而IGF-1是修复受损软骨细胞受损的重要因素。结论我们构建了第一张原代人软骨细胞的高图，并将其作为科学界的资源提供。Ten of these variants reside directly in enhancer regions of 10 newly described active enhancer- promoter loops, identified with multiomics analysis of publicly available chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP- seq) and assay for transposase- accessible chromatin using sequencing (ATAC- seq) data from primary knee chondrocyte cells, pointing to two new candidate effector genes SPRY4 and PAPPA（妊娠与血浆蛋白A）以及对已知参与骨关节炎的基因SLC44A2的进一步支持。通过将3D基因组学与大规模的遗传关联和表观遗传学数据相结合，我们确定了骨关节炎的新型候选效应基因，从而增强了我们对疾病的理解，并可以作为假定的高价值新型药物靶标。
α-突触核蛋白 C 末端结构域的构象转换可控制其纤维多形性
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2024 年 12 月 22 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.02.10.479831 doi：bioRxiv 预印本
构象命令行文档2.3
配置： - keep-Input-sd-tag [= arg（= 1）]保留构象的输入SD标签。- -max-nof-conf arg（= 1）设置要生成的最大构象数。-rmsd-ensemble [= arg（= 1）]计算集合内的最小RMSD。仅当要求2构象异构体带有-max-nof-conf时可用。暗示 - Write-Log-File。-RMSD输入[= arg（= 1）]计算输入构象最接近的集合成员的最小RMSD。暗示 - Write-Log-File。- Write-log-file [= arg（= 1）]编写一个日志文件，其中包含有关构象异构体计算结果的其他信息（例如，每个分子的构象异构体数，如果要求，RMSD）。以相同的基本名称和“ .log”扩展名的输出文件旁边放置日志文件。
使用分子建模方法探索碳水化合物构象和连接
机器学习的最新进展为算法交易开辟了新的可能性，从而在复杂的市场环境中优化了交易策略。本论文旨在通过开发机器学习模型来改善算法交易方法，以实现限制顺序书籍的现实模拟和学习最佳策略。由三篇论文组成，论文结合了理论见解与实际应用。第一篇论文介绍了使用经常性神经网络的限制顺序簿的动态探索的生成模型。该模型通过将每次限制订单簿的每个过渡的概率归结为订单类型，价格水平，订单大小和时间延迟的条件概率的产品，从而捕获了限制订单簿的完整动态。这些条件概率中的每一个都是通过复发性神经网络建模的。此外，本文引入了与订单执行相关的生成模型的几个评估指标。生成模型均经过由马尔可夫模型和纳斯达克斯德哥尔摩交换的真实数据进行的合成数据训练。第二篇论文提出了一种迭代性确定性政策方法，用于金融中随机控制问题，这使临时市场和永久性市场影响不大。该方法基于派生的策略梯度定理，并使用Mini Batch随机梯度下降进行优化。它都应用于OR-der执行和选项对冲，表明了几种目标和市场动态的表现始终如一。第三篇论文研究了具有基于参数的探索的策略梯度方法，其中在情节开始时采样单个确定性策略，并在整个情节中使用。显示了基于参数的和基于操作的外观之间的边际等效性，促进了以基于动作的指示的策略梯度方法的先前建立的收敛结果的适应。在温和的假设下呈现到一阶固定点的收敛速率，并且在引入的Fisher-Non-Non-depentore条件下建立了全球收敛，以基于参数 - 基于参数。
针对特异性STAT2抑制的黄病毒NS5的构象选择机制
实验在验尸后24小时内完成，这些健康细胞在单细胞转录组学实验中产生高质量的数据。这些血管细胞可以进行培养，转移和扩展，以进行许多体外测定，包括矩阵血管管形成，微流体腔室和代谢测量。在这些培养条件下，初级血管细胞至少三周保持细胞类型标记的表达。最后，我们描述了如何使用原代血管细胞将其移植到皮质器官中，该细胞捕获了产前人脑发育中神经血管相互作用的关键特征。就时间，组织加工和染色而言，大约需要3个小时，然后再花费3个小时的FACS。原发性FACS纯化的血管细胞中的移植程序需要额外2小时。不同的转录组和表观基因组协议所需的时间可能会根据特定应用而有所不同，我们提供了减轻批处理效果和优化数据质量的策略。总的来说，这种以Vasculo为中心的方法提供了一个综合平台来询问神经血管相互作用和人脑血管发育。