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应力测试对活检和手术标本的前列腺癌检测的深度学习模型
1案例西部储备大学，美国俄亥俄州克利夫兰2号2雪松西奈医学中心，美国加利福尼亚州洛杉矶3宾夕法尼亚州宾夕法尼亚州宾夕法尼亚州宾夕法尼亚州宾夕法尼亚州，美国4印第安纳州印第安纳州，印第安纳州，印第安纳州，美国5核心，美国5 Coreplus，Carolina，Puerto ricico 6 Emory Winship Cancer Institute catnate aTlanta Spter，catein aCtlanta Spter，美国7号，美国7号公共服务。加拿大伦敦科学中心，加拿大9号伦敦科学中心，加拿大埃德蒙顿市10跨癌症研究所10 Wellspan Health，宾夕法尼亚州约克，美国11号马萨诸塞州综合医院，哈佛医学院，马萨诸塞州波士顿，美国马萨诸塞州，美国，美国12号德克萨斯州安德森癌症中心，德克萨斯州休斯敦，德克萨斯州，美国德克萨斯州休斯敦，美国，美国，美国13福克斯癌症中心，美国宾夕法尼亚州费城癌症中心，美国14号医学院。美国加利福尼亚州旧金山的Biospecimen Bank，美国16 NRG肿瘤学统计和数据管理中心，美国宾夕法尼亚州费城，美国17加利福尼亚大学旧金山大学，美国加利福尼亚州旧金山，美国18亚特兰大退伍军人事务医疗中心，亚特兰大，佐治亚州亚特兰大，乔治亚州
基于深度学习的多类方法，用于液体活检数据的癌症分类
摘要癌症诊断领域已经通过液体活检进行了革新，这些活检提供了实验室研究和临床环境之间的桥梁。这些测试比传统活检的侵入性较小，并且比常规成像方法更方便。液体活检允许研究体液中的肿瘤衍生标记，从而可以开发更精确的癌症诊断测试，以进行筛查，疾病监测和治疗个性化。本研究提出了一种基于深度学习的多类方法，以基于血小板RNA分析和分类疾病。它的主要目标是通过利用深度学习的能力以及液体活检的高通量测序来增强临床环境中的癌症诊断。最终，该研究证明了这种方法可以准确识别患者的癌症类型的潜力。方法：开发的方法使用热图图像对患者进行了分类，该图像基于根据基因和基因组途径的京都百科全书排列的基因表达产生。这些图像代表了卵巢癌，子宫内膜癌，胶质母细胞瘤，非小细胞肺癌和肉瘤的样本以及脑转移的癌症患者。结果：在区分癌症起源的6个站点和90.5％的平衡精度上，我们基于深度学习的模型达到了66.51％的平衡精度，在特定于位置的数据集中，将癌症类型分组为癌症类型。使用可解释的基于人工智能的方法（XAI）-Shap进一步研究了开发的模型。他们返回了一组60个基因，对模型的决策过程产生了最大影响。结论：我们的结果表明，深度学习方法是癌症检测的有前途的机会，并且可以支持临床医生的决策过程，以找到黑盒问题的解决方案。
心脏、肝脏和皮下包虫囊活检期间发生过敏反应
患者在镇痛和局部麻醉下接受了背部病变活检。然而，在活检过程中，患者出现了过敏反应，随后心肺骤停。患者每 15 分钟接受 80 毫克甲基强的松龙和 0.3 毫克盐酸肾上腺素注射。此外，患者还接受了经口气管插管和心脏按摩。值得庆幸的是，急救队成功稳定了患者，随后的超声心动图检查发现了一个大的包虫囊肿。超声心动图检查发现患者的收缩功能正常。MRI 和计算机断层扫描 (CT) 图像在室间隔和左肝叶中检测到包虫囊肿病变（图 2）。此外，从肩胛区抽取的液体被送去进行细胞学和病理学检查。包虫囊肿间接血凝试验（棘球绦虫抗体）结果为 1/640 阳性。包虫血清学检查呈阳性，基于酶联免疫吸附试验 (ELISA) 的细粒棘球绦虫免疫球蛋白 (IgG) 抗体定性评估证实了包虫病的诊断。开始抗原虫药物治疗。患者病情稳定后，被转诊至三级心脏中心，安装心脏起搏器治疗完全性房室传导阻滞。患者父母和/或法定监护人已获得书面知情同意书。
免疫检查点抑制剂引起的肝损伤的危险因素和肝活检的重要性
摘要：免疫检查点抑制剂（ICI）诱导的肝损伤（LI）是常见的不良事件，但是基于肝细胞损伤和胆固醇类型的分类的临床特征尚未得到充分评估。本研究旨在分析与ICI诱导的LI分类有关的危险因素和组织学发现。在2014年9月至2022年3月之间，在1086名ICI治疗中，总共254例ICI诱导的LI患者根据药物诱导的LI（DILI）的诊断标准进行了分类，并评估了其危险因素和结果。kaplan – Meier分析表明，肝内受害型LI患者的总生存率明显比其他患者长大（P <0.05）。关于治疗前因子，ICI诱导的LI患者，尤其是在肝细胞伤害型LI中，淋巴细胞计数明显更高。Gamma谷氨酸转移酶（γGTP）和碱性磷酸酶（ALP）也显着降低。多元分析表明，提取恶性黑色素瘤，高淋巴细胞计数和低ALP水平，作为导致肝细胞伤害型LI的因素。在肝活检中诊断为ICI诱导的37例患者中的组织学发现还表明，在肝细胞内型型LI中，斑点/局灶性坏死显着频繁。建议LI患者的组织学炎症模式与DILI类型密切相关。
神经训练的疗效在深座脑病变中进行活检
如今，由于技术的出现（例如计算机断层扫描（CT）扫描和磁共振成像（MRI），2,3，2,3，。 此外，系统疾病患者的治疗方法的进展和增加的存活率增加，导致转移到中枢神经系统或中枢神经系统感染的高发病率中，部分是由于免疫系统缺乏症（因受到免疫缺陷症的接受或辅助症而受到免疫治疗的患者）的一部分，或引起了免疫缺陷的（辅助因素），这是由于受到免疫缺陷的（辅助因素）的影响。系统癌的化学疗法）；多样性和中枢神经系统神经病理学的数量增加了需要对大脑空间病变（SOLS）的组织学和细胞学的更准确详细鉴别诊断（SOLS）4,5的需求。 在大多数患者中，可以通过临床和实验室发现准确诊断脑病变。 例子是多发性硬化症，继发性感染和寄生虫疾病，转移性肿瘤以及全身性疾病的大脑参与。 但是，在CT扫描或MRI中诊断出的许多脑部病变是该疾病的唯一可证明的文件，其治疗设计取决于组织学诊断6,7如今，由于技术的出现（例如计算机断层扫描（CT）扫描和磁共振成像（MRI），2,3，2,3，。此外，系统疾病患者的治疗方法的进展和增加的存活率增加，导致转移到中枢神经系统或中枢神经系统感染的高发病率中，部分是由于免疫系统缺乏症（因受到免疫缺陷症的接受或辅助症而受到免疫治疗的患者）的一部分，或引起了免疫缺陷的（辅助因素），这是由于受到免疫缺陷的（辅助因素）的影响。系统癌的化学疗法）；多样性和中枢神经系统神经病理学的数量增加了需要对大脑空间病变（SOLS）的组织学和细胞学的更准确详细鉴别诊断（SOLS）4,5的需求。在大多数患者中，可以通过临床和实验室发现准确诊断脑病变。例子是多发性硬化症，继发性感染和寄生虫疾病，转移性肿瘤以及全身性疾病的大脑参与。但是，在CT扫描或MRI中诊断出的许多脑部病变是该疾病的唯一可证明的文件，其治疗设计取决于组织学诊断6,7
癌症诊断液体活检中基于液滴的微流体的最新进展
图2用于循环肿瘤细胞（CTC）基于液体活检的基于液滴的微流体。（a）使用交叉芯片进行CTC隔离的实验设置。根据CC的条款通过许可证复制。67版权所有2019，Ribeiro -Samy等。67（b）单个细胞水平上点突变分析的流动。经许可复制。68版权2021，Elsevier。 （c）方案说明显示了基于声学液滴定位技术的多功能酶 - 响应性GNP芯片，用于捕获和释放单个CTC的需求。 经许可复制。 69版权所有2019，美国化学学会。 （d）数字WGS平台的设计和操作。 根据CC的条款复制了NC许可证。 70版权所有2019，Ruan等。 70（e）数字 - rna -seq的示意图。 经许可复制。 77版权2020，美国化学学会。 （f）基于大小的纯化和细胞的封装（SPEC），然后进行酶分泌的荧光分析。 根据PANS许可条款复制。 80版权所有2018，Dhar等。 80（g）基于虚拟液滴的SCPS平台的总体工作原理。 经许可复制。 81版权2020，Elsevier。 （H）基于配对芯片的单个细胞免疫测定的工作原理。 经许可复制。 85版权2022，美国化学学会。 根据CC的条款复制了NC许可证。68版权2021，Elsevier。（c）方案说明显示了基于声学液滴定位技术的多功能酶 - 响应性GNP芯片，用于捕获和释放单个CTC的需求。经许可复制。69版权所有2019，美国化学学会。 （d）数字WGS平台的设计和操作。 根据CC的条款复制了NC许可证。 70版权所有2019，Ruan等。 70（e）数字 - rna -seq的示意图。 经许可复制。 77版权2020，美国化学学会。 （f）基于大小的纯化和细胞的封装（SPEC），然后进行酶分泌的荧光分析。 根据PANS许可条款复制。 80版权所有2018，Dhar等。 80（g）基于虚拟液滴的SCPS平台的总体工作原理。 经许可复制。 81版权2020，Elsevier。 （H）基于配对芯片的单个细胞免疫测定的工作原理。 经许可复制。 85版权2022，美国化学学会。 根据CC的条款复制了NC许可证。69版权所有2019，美国化学学会。（d）数字WGS平台的设计和操作。根据CC的条款复制了NC许可证。70版权所有2019，Ruan等。70（e）数字 - rna -seq的示意图。经许可复制。77版权2020，美国化学学会。（f）基于大小的纯化和细胞的封装（SPEC），然后进行酶分泌的荧光分析。根据PANS许可条款复制。80版权所有2018，Dhar等。80（g）基于虚拟液滴的SCPS平台的总体工作原理。经许可复制。81版权2020，Elsevier。（H）基于配对芯片的单个细胞免疫测定的工作原理。经许可复制。85版权2022，美国化学学会。根据CC的条款复制了NC许可证。（i）使用MA芯片从患者液体活检中分离出代谢活性细胞的实验工作流程。87版权2020，Rivello等。87（j）使用滴剂 - 需求喷墨打印技术和MALDI MS的开放空间平台中基于代谢的捕获和分析肿瘤细胞的插图。经许可复制。88版权2021，美国化学学会。
人工智能在前列腺癌活检诊断和格里森分级中的应用现状及后续步骤
活检中前列腺癌的诊断和格里森分级对于前列腺癌男性的临床管理至关重要。尽管如此，病理学家之间的高度分级差异性导致治疗不足和过度治疗的可能性。人工智能 (AI) 系统在协助病理学家进行格里森分级方面显示出良好的前景，这可能有助于解决这一问题。在这篇小型评论中，我们重点介绍了有关癌症检测和格里森分级的人工智能系统开发的研究，并讨论了广泛临床实施所需的进展以及预期的未来发展。患者摘要：这篇小型评论总结了与验证人工智能 (AI) 辅助癌症检测和活检中前列腺癌格里森分级有关的证据，并强调了广泛临床实施之前所需的其余步骤。我们发现，尽管有强有力的证据表明人工智能能够像经验丰富的泌尿病理学家一样进行格里森分级，但仍需要做更多的工作来确保人工智能系统在不同患者群体、数字化平台和病理实验室的不同环境中的结果准确性。© 2021 作者。由 Elsevier BV 代表欧洲泌尿外科协会出版。这是一篇根据 CC BY 许可开放获取的文章（http://creativecommons. org/licenses/by/4.0/）。
液体活检方法用于捕捉癌症免疫治疗期间的肿瘤演变和临床结果
摘要 循环游离肿瘤 DNA (ctDNA) 可作为肿瘤负荷的实时生物标记，并能为了解在免疫疗法的选择性压力下癌症分子格局的演变提供独特的见解。追踪 ctDNA 中检测到的基因组变异格局可能会揭示转移级联的克隆结构，从而提高我们对治疗反应分子连接的理解。虽然液体活检可以快速准确地评估免疫治疗期间的肿瘤负荷动态，但单特征 ctDNA 分析无法完全捕捉抗肿瘤免疫反应的复杂性。这强调需要对肿瘤和免疫区进行综合研究，以了解肿瘤清除动力学与抗肿瘤免疫反应质量之间的关系。通过检测基因组生物标志物（例如肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性），以及实时监测循环肿瘤负荷和评估早期治疗反应，ctDNA 检测在接受免疫检查点抑制剂治疗的患者中的临床应用已显示出预测和预后价值。这些努力凸显了液体活检在选择接受癌症免疫治疗的患者、监测治疗效果、确定最佳治疗持续时间以及最终指导治疗选择和排序方面发挥的新兴作用。免疫肿瘤学领域越来越多的 ctDNA 指导的介入临床试验推动了液体活检的临床转化，标志着液体活检在精准免疫肿瘤学中的实施迈出了关键一步。
Concert Genetics Oncology：循环肿瘤 DNA 和循环肿瘤细胞（液体活检）
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在精确肿瘤学中实施超敏感液体活检方法的挑战
在此观点强调的文章中，Semenkovich等人对ctDNA利用的各种来源，实验室技术，临床应用和Challenges进行了全面综述。目前，当没有足够的组织可用于分析时，ctDNA测试越来越多地用于临床实践中，有足够的效用来进行基因分型。例如，批准CTDNA血液基于EGFR突变的批准，以鉴定有资格获得EGFR指导的靶向疗法的患者。Food and Drug Admin- istration subsequently granted approval for two ctDNA platforms (Guardant360 CDx and FoundationOne Liquid CDx) to detect genomic alterations in multiple solid tumor types to identify targetable tumor muta- tions which now include KRAS , BRAF , EGFR exon 20, MET exon 14, and KRAS G12C in non-small cell lung cancer and BRCA 1/2 in ovarian cancer among others.然而，在临床应用中，在癌症筛查，MRD评估和监测以及治疗反应监测之前仍有许多工作要做。在这里，我们概述了这些技术的临床挑战和下一步，以改善整个癌症连续体的患者结果（图1）。