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finaleme：通过无血浆细胞DNA
与基因组DNA（GDNA）不同，CFDNA不是随机碎片的，其碎片化模式与局部表观遗传背景高度相关。17,18。最近的几项研究已经确定了甲基化和未甲基化的CFDNA分子之间的DNA片段化模式显着不同，7,19,20。这些发现表明，从CFDNA片段化模式中推断DNA甲基化水平的可能性。最近的一项研究提供了一种概念验证解决方案，以通过深度学习模型19预测超高覆盖WGB中DNA甲基化的二元状态。但是，从CFDNA WGS预测甲基化状态的能力仍未得到探索。2020年美国妇产科医生学院（ACOG）指南建议所有怀孕的非侵入性产前测试（NIPT），无论风险如何，这最终将导致美国每年在美国每年都会导致数百万个浅层覆盖率（〜0.1x-1x）CFDNA WG。此外，已经将数十万个CFDNA WGS样品被学术社区和商业实体在全球范围内进行了癌症早期检测和其他目的。21。Given the potential to leverage cfDNA WGS datasets to advance understanding of gene regulation and human health 22 , we developed a computational method, named FinaleMe ( F ragmentat I o N A na L ysis of c E ll-free DNA Me thylation), to predict the DNA methylation status in each CpG at each cfDNA fragment and obtain the continuous DNA methylation level at CpG sites, mostly accurate in CPG富裕地区。我们直接从CFDNA WGS中的碎片模式直接预测了相关的原始组织状态。我们使用对不同生理条件的同一血管（〜16-39x）和浅（〜0.1x）WGS的同一血液中的血浆CFDNA的配对WGS和血浆CfDNA的甲基化水平和原生蛋白状态的预测。
Tagraxofusp 治疗母细胞性浆细胞样树突状细胞肿瘤
母细胞性浆细胞样树突状细胞肿瘤 (BPDCN) 是一种罕见的血液系统恶性肿瘤，表现为特征性的深紫色皮肤丘疹、斑块和肿瘤，但也可能影响骨髓、血液、淋巴结和中枢神经系统。该疾病通常影响老年男性，但也可能出现在儿童中，与独特的免疫表型有关，包括普遍表达 CD123，即白细胞介素 3 受体的 α 链。最近，tagraxofusp 是一种 CD123 靶向药物，由 CD123 的配体白细胞介素 3 与截短的白喉毒素有效载荷结合而成，已获批用于治疗 BPDCN。这是首个专门针对 BPDCN 的药物，也是肿瘤学中首个针对 CD123 的药物。在这里，我们回顾了 tagraxofusp 的开发，以及导致其获批的关键临床前见解和临床数据。 Tagraxofusp 治疗与一种独特的毒性——毛细血管渗漏综合征 (CLS) 有关，这种症状可能很严重，但只要选择和监测患者、早期识别和进行有针对性的干预，这种症状是可以控制的。我们概述了使用 Tagraxofusp 的方法，并讨论了 BPDCN 治疗中的未决问题。总体而言，Tagraxofusp 是一种独特的靶向疗法，是满足这种罕见疾病患者未满足需求的一步。
浆细胞的DNA甲基化分析用于卵巢癌检测：病例对照研究和卵巢癌筛查试验的样品分析
图4在早期检测设置中CFDNAME得分的灵敏度和特异性。在所有样本中或具有较低或更高GDNA污染的样本中都证明了所有度量。gDNA污染，并计算了一个比率（见图S3）。的样品高于中值CfDNA/gDNA比率较低，反之亦然。（a）UKFOCS样本中CFDNAME得分的特异性。（b）所有卵巢癌患者中CFDNAME评分的敏感性，（c）来自高危卵巢癌患者的样本，或（D）高危卵巢癌患者的样本，<诊断为1年。对于具有匹配的CA125数据的样品，CFDNAME，CA125和组合得分（当CFDNAME或CA125呈阳性时为阳性）在（E）所有癌症或（F）高风险癌症中，无论GDNA污染如何。CA125和组合得分重叠，可能是由于样本量较小的数据量有限。（g，h）评估CA125负面样本中的灵敏度和特异性，包括所有或仅是高风险癌症。
5-羟基甲环胞嘧啶在无血浆细胞DNA中的测序鉴定了前列腺癌患者的独特表观基因组特征
结果和局限性：5hmc-sequesting的平均每样本读数为18.6（6.03至4243）的读数为98％（95-99％）可映射率。基线样本比较确定了20例进展患者和35例没有进展的患者的23,433个基因中的1,642个显着的5HMC差异（错误发现率，FDR <0.1）。进展的患者在多个标志性基因集中表现出明显的富集，并作为雄激素反应作为最大的富集基因集（FDR = 1.19E-13）。有趣的是，这种富集是由疾病进展的一组亚组驱动的，其基因组的5HMC高甲基化涉及AR，FOXA1和GRHL2。为了量化这些基因集的整体活性，我们使用整个基因集中基因读数的log2比率的平均值开发了一种基因集活性评分算法。我们发现，这些基因组中的活性得分在该亚组中的进展患者中明显高于其余患者，而不论进展状态如何。此外，这些基因集中的高活性评分与无进展的生存率差有关（p <0.05）。纵向分析表明，在3个月ADT后，该亚组中的活动得分显着降低，但在疾病进展后恢复了高水平。
浆细胞样树突状细胞在肿瘤免疫中的新兴作用
抽象的浆细胞样树突状细胞（PDC）是一种先驱细胞类型，可产生I型干扰素（IFN-I）并促进抗病毒免疫反应。然而，它们具有耐受性，当招募到肿瘤微环境（TME）时，扮演着长期以来一直是研究重点的复杂作用。PDC与TME的其他组件之间的相互作用，无论是直接或间接的，都可以促进或阻碍肿瘤的发展。因此，PDC是治疗干预的有趣靶标。本综述提供了TME中PDC串扰的全面概述，包括具有各种细胞类型，生化因素和微生物的串扰。对TME中PDC串扰的深入了解应促进基于PDC的新型治疗方法的发展。关键字浆细胞类动物树突状细胞；肿瘤微环境；细胞串扰；免疫激活；免疫抑制
多模式分析甲基甲基和片段学在无浆细胞DNA中用于多癌的早期检测和定位
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浆细胞的RNA PD-L1和免疫检查点抑制剂疗法的存活中的转移性非小细胞肺癌
液体活检免疫生物标志物对ICI益处的预测不会受到这些组织测试局限性的限制，也可以轻松地通过治疗以及癌症复发和/或进展进行动态评估PD-L1表达。然而，通过酶连接的免疫吸附测定法对可溶性PD-L1进行可溶性PD-L1的测定尚未预测ICI益处。可溶性蛋白PD-L1的水平升高与ICI治疗的生存率较差有关[6,7]。分泌的PD-L1蛋白也已被证明包含诱饵PD-L1变体作为ICI治疗耐药性的介体（8）。循环肿瘤细胞PD-L1表达也不是基于血浆的免疫生物标志物。它与组织PD-L1表达的总体相关性较差，并且与预测性ICI治疗益处没有关系[9-10]。
多模式分析甲基甲基和片段学在无浆细胞DNA中用于多癌的早期检测和定位
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浆细胞的无细胞DNA分析阐明了新型机制...
核DNA的片段通过各种细胞死亡在生物流体中以无细胞的DNA（CFDNA）释放。在该项目中，我们通过研究细胞类型 - 特定的DNA甲基化模式来确定神经脊髓炎谱障碍（NMOSD）患者的血浆CFDNA来源。nmoSD是中枢神经系统（CNS）的一种自发疾病，其特征是在视神经和脊髓中主要观察到严重的炎症。NMOSD中血浆CFDNA的主要来源揭示为中性粒细胞。进一步的分析表明，源自NMOSD的血浆CFDNA在外周血单核细胞（PBMC）中增强了Type1干扰素的表达，从而阐明了中性粒细胞在建立NMOSD免疫特征的基础中的新作用。我们识别生物流体CFDNA起源的生物信息学方法是一种强大的方法，可以应用于各种类型的疾病，并有望阐明新型的病原机制。
CRISPR/CAS9介导的屏幕确定早期浆细胞分化的决定因素
Results: Among known genes whose deletion preferentially or mostly affected plasmablast formation were the transcription factors Prdm1 (BLIMP1), Irf4 and Pou2af1 (OBF-1), and the Ern1 gene encoding IRE1a, while deletion of XBP1, the transcriptional master regulator that speci fi es the expansion of the secretory program in plasma cells, had no effect.由ERN1缺失引起的缺陷浆形形成无法通过XBP1的活跃的，拼接的形式来挽救其处理取决于IRE1A的下游和下游，这表明在早期的血浆细胞分化中，IRE1A在XBP1独立于XBP1独立于XBP1。此外，我们刚鉴定出涉及NF-KB信号传导（NFKBIA），囊泡Traffiffiffiffiking（ARF4，PERB）和表观遗传调节剂的几个基因，这些基因构成了NURD COMPLEX（HDAC1，MTA2，MBD2）的一部分。ARF4的缺失，ARF4是Copi囊泡形成所需的小GTPase，浆膜形成受损和抗体分泌阻塞。HDAC1缺失后，浆质分化始终降低约50％，而密切相关的HDAC2基因的缺失无效。HDAC1敲除导致控制浆细胞与B细胞身份的拮抗转录因子的强烈扰动蛋白表达（通过降低IRF4和Blimp1以及增加Bach2和Pax5）。