筛查和评估个体的疾病时,当不符合快速整体外显子组测序(RWES),快速整个基因组测序(RWGS)或超增强整个基因组测序(URWGS)的使用时,尚未证实,并且不是医学上必不可少的。整个转录组测序和整个基因组光学映射被认为未经证实,并且由于疗效的证据不足而在医学上无需医学上。注意:癌症的评估已在标题为“分子肿瘤学伴侣诊断测试”,分子肿瘤学测试,用于血液学癌症诊断,预后和治疗决策的分子肿瘤学测试以及用于固体肿瘤癌症诊断,预后和治疗决策的分子肿瘤测试。此外,整个外显子和整个基因组测序的政策(非肿瘤条件)仅限于门诊环境中的基因检测或从住院环境出院时。医疗记录文件用于审查卫生服务的福利覆盖范围由成员特定的福利计划文件和可能需要特定服务覆盖的适用法律确定。可能需要医疗记录文件来评估成员是否符合承保范围的临床标准,但不能保证对所请求的服务的承保范围;请参阅标题为“医疗记录”文档的协议。
目的:性发育障碍 (DSD) 是指染色体、性腺和解剖性别发育不典型的先天性疾病。尽管进行了广泛的实验室和影像学检查,但超过 50% 的患者仍无法查明 DSD 的病因。方法:我们通过全外显子组测序 (WES) 对 9 名平均年龄为 10 岁的患者进行了 DSD 病因评估,这些患者通过激素、影像学和候选基因等多种方法进行了广泛的评估,但未能确定病因。结果:8 名 46,XY 患者出生时患有小阴茎、隐睾和尿道下裂,46,XX 患者患有大阴唇融合。在 7 名患者 (78%) 中,发现了 RXFP2、HSD17B3、WT1、BMP4、POR、CHD7 和 SIN3A 的致病变异。在两名患者中未发现致病变异。之前报道了三种基因突变,它们具有不同的表型:一名 11 岁男孩携带新的 BMP4 从头变异;此类变异主要与小眼畸形有关,少数情况下与男性外生殖器异常有关,这支持了 BMP4 在男性外生殖器发育中的作用;一名 12 岁男孩携带已知的 RXFP2 致病变异,该变异编码胰岛素样 3 激素受体,之前在患有隐睾的成年男性中也有报道;一名患有综合征性 DSD 的 8 岁男孩携带 SIN3A 从头缺失。结论:我们在 78% 的患者中发现了 DSD 的分子病因,这表明 WES 在早期 DSD 诊断和管理中发挥着重要作用,并强调了在婴儿早期快速进行分子诊断对于抚养性别决策的重要性。
摘要 背景 患有低度不典型增生 (LGD) 病变的溃疡性结肠炎 (UC) 患者罹患晚期肿瘤 (AN;结直肠癌和/或高度不典型增生) 的风险各不相同且难以预测。这是有效临床管理面临的一大挑战。 目的 我们旨在为患有 LGD 的 UC 患者提供准确的 AN 风险分层。我们假设 LGD 病变中体细胞基因组拷贝数变异 (CNA) 的模式和负担可以预测未来的 AN 风险。设计 我们进行了一项回顾性多中心验证病例对照研究,使用了来自 122 名 UC 患者的 270 个 LGD 样本。如果患者在 LGD 诊断后约 5 年内被诊断为 AN,则指定为进展者 (n=40),如果他们在随访期间仍无 AN,则指定为非进展者 (n=82)。从基线 LGD 病变中提取 DNA,进行低覆盖率全基因组测序并处理数据以检测 CNA。生存分析用于评估 CNA 作为未来 AN 风险的预测因子。结果进展者的 CNA 负担明显高于无进展者(发现队列中 p=2×10 −6),并且在单变量分析中是 AN 风险的非常显著的预测因子(OR=36;p=9×10 −7 ),优于现有的临床风险因素,如病变大小、形状和局限性。将 CNA 负担与已知的 LGD 切除不完全的临床风险因素相结合的多变量模型实现了最佳风险预测。LGD 病变内的遗传异质性不会影响风险预测。结论 LGD 中的 CNA 测量是炎症性肠病 AN 风险的准确预测因子,并可能支持临床管理。
瑞士成人胶质母细胞瘤患者的下一代测序:多中心决策分析 Zeitlberger AM 1 、Putora PM 2 、Hofer S 3 、Schucht P 4 、Migliorini D 5 、Hottinger AF 6 、Roelcke U 7 、Läubli H 8,9 、Spina P 10 、Bozinov O 1 、Weller M 3 、Neidert MC 1 、Hundsberger T 11,12 1 瑞士圣加仑州立医院神经外科部 2 瑞士圣加仑州立医院放射肿瘤科 3 瑞士苏黎世苏黎世大学医院神经内科 4 瑞士伯尔尼大学医院神经外科部 5 瑞士日内瓦日内瓦大学医院肿瘤科瑞士洛桑大学神经科学和肿瘤学系 7 瑞士卢塞恩州立医院神经病学系 8 瑞士巴塞尔大学医院肿瘤医学科治疗诊断学系 9 瑞士巴塞尔大学生物医学系癌症免疫疗法系 10 瑞士提契诺州立医院病理学研究所 11 瑞士圣加仑州立医院神经病学系 12 瑞士圣加仑州立医院血液学/肿瘤学系 通讯作者:PD Dr. med. Thomas Hundsberger 神经病学系 Rorschacher Strasse 95 9007 瑞士圣加仑 thomas.hundsberger@kssg.ch 电话:0041 71 494 3095 ORCID iD:0000-0002-4419-2767 致谢:我们感谢当地跨学科 CNS 肿瘤委员会的所有成员为本次研究提供数据。
基因组技术的快速演变已大大改变了医学和药物基因组研究的景观。在可用的众多方法中,整个外显子组测序(WES)是一种强大的工具,可以全面分析基因组的蛋白质编码区域。从WES中受益的最重要领域之一是研究ADME(吸收,分布,代谢和排泄)基因的遗传变异。这些基因在药物的药代动力学中起着至关重要的作用,从而影响了它们的效率和安全性。本文深入研究了ADME基因中遗传变异的重要性,探讨了WES在识别这些变体方面的影响,并突出了这项研究对个性化医学的未来影响[1-3]。
然而,诸如全基因组测序,转座酶访问的染色质 - 序列或RNA测序(RNA-SEQ)之类的技术暴发可能通过在编码区域外部编码区外的基因组改变区域,分别为3个表面签名,4,5和Gene Cresessional cressions profiles。6在这项研究中,我们选择评估RNA-seq的诊断值,因为该技术允许探索3个遗传信息:基因序列,基因融合和基因表达。有趣的是,这些不同级别的分析都带来了有关肿瘤细胞的独立信息,因此,它们的整合应完善诊断的精度。For example, acute myeloid leukemia (AML) patients prognosis is evaluated by cytogenetics (copy number abnormalities and struc- tural variants), further refined by the analysis of the mutational status of a few genes, and could maybe be improved by transcrip- tomic signatures such as the 17-gene leukemia stem cell score (LSC17) which is a proxy of the number of leukemic stem细胞。已经描述了7种不同的RNA-seq库制备技术,从而可以分析样品的所有RNA分子,或者使用富集步骤来靶向感兴趣的基因,例如Messenger RNA或小RNA物种。值得注意的是,图书馆准备的选择应优化感兴趣的目标数量和所需的测序深度之间的平衡,以便在常规环境中保持经济负担。迄今为止,大多数涉及癌症的基因已经通过整个外显子组测序的大型程序来识别。迄今为止,大多数涉及癌症的基因已经通过整个外显子组测序的大型程序来识别。8基于这些考虑因素,我们决定评估涉及癌症生物学的1385个基因的靶向RNA-seq面板的性能。我们在这里介绍了靶向RNA-Seq检测融合转录本的分析性能,以鉴定与临床相关实体相关的转录曲线,并检测血液恶性肿瘤中临床意义的复发突变。
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背景:在所有癌症中,肺癌的死亡率最高,免疫疗法经常会导致耐药性。了解肺癌患者免疫逃生背后的分子机制并开发了预测性和治疗靶标,我们使用单细胞测序进行了分析实验。方法:我们从八名肺腺癌患者中收集了八个肿瘤组织样品,并根据程序性细胞死亡配体1(PD-L1)表达水平的阳性反应对它们进行了分类。单细胞测序分析用于创建全面的细胞景观。均匀的歧管近似和投影用于显示免疫和内皮细胞的比例,以及描述不同细胞类型的分布的地图。细胞细分;根据PD-L1水平和肿瘤标记阳性反应对亚群体进行分组。探索了PD-L1反应的发生与免疫细胞的反应时间之间的相关性;两组之间的差异基因表达被阐明。最后,使用定量聚合酶链反应(QPCR)检查关键表达的基因与PD-L1免疫逃逸检查点响应之间的关系。结果:总共分析了58,810个单细胞,确定了七种不同的细胞类型。在PD-L1阳性样品组中,B细胞,星形胶质细胞,内皮细胞,外皮细胞和组织干细胞的比例较高,而T和Dendritic细胞是PD-L1阴性样品组中的主要细胞。根据分子标记,将七种细胞类型分为17个细胞簇,一个簇归类为肿瘤细胞,显示PD-L1阳性。同时筛选具有不同表达水平的11个分子标记物(NAPSA,MUC1,WFDC2,MyO6,Lyz,IgHG4,IglG4,Igll5,IglM5,IGHM,IGKC,AQP3和IGFBP7),以及与PD-L1/PD-L1/PD-1/PD-1/PD-1/PD-1/PD-1/PD-1/PD-1/PD-1/PD-1/PD-1/PD-1/PD-1免疫响应的关联。结论:我们的研究表明,PD-L1介导的免疫逃逸可能发生在肿瘤进展的后期,涉及PD-L1阳性和阴性免疫细胞。此外,我们确定了11种差异表达的基因,可以提供有关肺癌患者免疫逃生的潜在机制的见解。这些发现提供了有希望的分子靶标,用于检测和治疗临床环境中的免疫逃逸。
背景:口腔健康取决于复杂的口腔微生物环境。此可变的口服微生物组包括牙齿,牙龈和舌头上的微生物种群。遗传学,食物,口腔卫生和健康状况都影响了这些微生物生态系统。这种生态学是敏感的,中断可能导致口腔失调。口腔粘膜炎和种植体周围感染经常是由于这种失衡而引起的。 这种广泛的分析检查了口腔病原体,例如链球菌,乳酸杆菌和卟啉念珠菌。 16S rRNA基因测序用于研究这些细菌如何引起口腔疾病。 这种强大的分子方法照明了口服微生物动力学。 这项研究通过检查这些致病性微生物与口腔健康之间的复杂相互作用来照亮疾病的发展。 本文还强调需要使用尖端的科学方法来治疗口腔疾病。 它描述了这些工具如何改变了口腔病理研究。 这项研究的发现对于改善治疗和预防方法至关重要。 评论强调口腔卫生并鼓励其他研究。 牙科治疗可能会变得更加个性化和有针对性,从而改善了口腔健康管理。口腔粘膜炎和种植体周围感染经常是由于这种失衡而引起的。这种广泛的分析检查了口腔病原体,例如链球菌,乳酸杆菌和卟啉念珠菌。16S rRNA基因测序用于研究这些细菌如何引起口腔疾病。这种强大的分子方法照明了口服微生物动力学。这项研究通过检查这些致病性微生物与口腔健康之间的复杂相互作用来照亮疾病的发展。本文还强调需要使用尖端的科学方法来治疗口腔疾病。它描述了这些工具如何改变了口腔病理研究。这项研究的发现对于改善治疗和预防方法至关重要。评论强调口腔卫生并鼓励其他研究。牙科治疗可能会变得更加个性化和有针对性,从而改善了口腔健康管理。
不幸的是,在大多数情况下,癌症都是在晚期才被诊断出来。众所周知,如果在早期发现,癌症基本上是可以治愈的。造成这种晚期诊断的主要原因是缺乏认识、社会耻辱、全国大部分地区缺乏足够的设施(专科医生和后勤支持)。传统上,癌症治疗被认为是手术(外科肿瘤学)、放疗(放射肿瘤学)和化疗(肿瘤内学)的结合。尽管如此,诊断或肿瘤诊断学不仅被认为是医学中最重要的领域,而且并没有被公认为是。然而,癌症预防和早期发现是最值得强调的步骤。随着靶向治疗(单克隆抗体和酪氨酸激酶抑制剂)和免疫疗法的出现,分子检测对于癌症管理的重要性日益增加。