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World File Search System等位基因
使用 CRISPR/Cas9 对无融合生殖四倍体草皮和牧草（Paspalum notatum Flügge ́）进行多等位基因编辑
多倍体在禾本科植物中很常见，对传统育种提出了挑战。基因组编辑技术绕过了杂交和自交，能够在一代中对多个基因拷贝进行有针对性的修改，同时保持许多多倍体基因组的杂合背景。巴哈草（Paspalum notatum Flügge ́；2 n =4 x =40）是一种无融合生殖的四倍体 C4 物种，在美国东南部广泛种植，作为肉牛生产和公用事业草坪的饲料。叶绿素生物合成基因镁螯合酶（MgCh）被选为在四倍体巴哈草中建立基因组编辑的快速读出目标。含有 sgRNA、Cas9 和 npt II 的载体通过基因枪法递送到愈伤组织培养物中。通过基于 PCR 的检测和 DNA 测序对编辑植物进行了表征，并观察到高达 99% 的 Illumina 读数的诱变频率。野生型 (WT) 巴哈草的测序显示，MgCh 的序列变异水平很高，这可能是因为存在至少两个拷贝，可能包含八种不同的等位基因，包括假基因。MgCh 突变体表现出明显的叶绿素消耗，叶片绿度降低了 82%。两种品系显示出随时间推移的编辑进展，这与体细胞编辑有关。获得了嵌合 MgCh 编辑事件的无融合生殖后代，并允许在一系列叶绿素消耗表型中识别出统一编辑的后代植物。高度编辑的突变体的 Sanger 测序显示 WT 等位基因的频率升高，可能是由于频繁的同源定向修复 (HDR)。据我们所知，这些实验是首次报道将基因组编辑应用于多年生暖季草皮或牧草。该技术将加速巴哈草品种的开发。
环境条件的影响以及胞质谷氨酰胺合成酶对玉米杂化核产生的等位基因变化
胞质谷氨酰胺合成酶（GS1）是主要负责玉米叶中的铵同化和重新合并的酶。通过检查酶在叶细胞中酶的过表达的影响，研究了GS1在玉米核产生中的农艺潜力。使用在该领域生长的植物产生并表征了表现出三倍的叶子GS活性增加三倍的转基因杂种。在不同位置，在叶片和束鞘鞘中的叶片和束鞘鞘中的几种过表达GLN1-3（GLN1-3）的基因（GS1）在不同位置生长了五年。平均而言，与对照组相比，转基因杂种中的核产量增加了3.8％。但是，我们观察到，给定领域试验的环境条件和转基因事件同时依赖于这种增加。尽管从一个环境到另一个环境变化，但在不同位置的两个GS1基因（GLN1-3和GLN1-4）多态性区域和核产量之间也发现了显着关联。我们建议使用基因工程或标记辅助选择的GS1酶是产生高屈服玉米杂种的潜在潜在领导者。但是，对于这些杂种，产量增加将在很大程度上取决于用于种植植物的环境条件。
等位基因特异性基因编辑方法用于恢复 RHO 相关视网膜色素变性患者的视力丧失
。CC-BY 4.0 国际许可证永久有效。它是在预印本（未经同行评审认证）下提供的，作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权持有者于 2022 年 11 月 16 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2022.11.16.516784 doi：bioRxiv 预印本
跨等位基因频谱的人类代谢基因图谱
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证 它是永久可用的。 是作者/资助者，已授予 medRxiv 许可以显示预印本（未经同行评审认证）预印本 此版本的版权所有者于 2025 年 2 月 2 日发布。；https://doi.org/10.1101/2025.01.30.25321073 doi：medRxiv 预印本
使用长读测序对扩增的亨廷顿基因进行单倍型 SNP 等位基因特异性基因编辑
亨廷顿舞蹈症 (HD) 是一种常染色体显性神经退行性疾病，由亨廷顿蛋白 ( HTT ) 外显子 1 的 CAG 三核苷酸重复扩增引起。目前，HD 尚无治愈方法，HD 患者的临床治疗侧重于症状管理。之前，我们展示了使用 CRISPR-Cas9 通过靶向附近 ( < 10 kb) 的 SNP（在外显子 1 附近产生或消除原间隔区相邻基序 (PAM)）来特异性删除扩增的 HTT 等位基因 ( mHTT )。在这里，我们使用 Oxford Nanopore 平台上的多重靶向长读测序方法，全面分析了 983 名 HD 个体中 HTT 外显子 1 两侧 10.4 kb 基因组区域内的所有潜在 PAM 位点。我们开发了计算工具（NanoBinner 和 NanoRepeat）来对数据进行解复用、检测重复并对扩增或野生型 HTT 等位基因上的读数进行分阶段。通过此分析，我们发现 30% 具有欧洲血统的 HD 患者共有一个 SNP，这被证实是人类 HD 细胞系中 mHTT 等位基因特异性删除的有力候选者。此外，多达 57% 的 HD 患者可能通过组合 SNP 靶向成为等位基因特异性编辑的候选者。总之，我们提供了受 HD 影响的个体中 HTT 外显子 1 周围区域的单倍型图。我们的工作流程可应用于其他重复扩增疾病，以促进用于等位基因特异性基因编辑的指导 RNA 的设计。
Müller等。 - Aurora -A通过CDK12 1 阻止TRC JAX动物行为系统（JABS） 混合猪中等位基因特异性调节变化的多摩尼克表征1 质膜修复需要Septin细胞骨架 RNA-Seq基因融合检测工具的荟萃分析 量表，新颖壁ches的高分辨率微生物分析 壳聚糖金纳米颗粒基于敏感的视觉检测组氨酸标记的重组蛋白 强化学习和工作记忆系统的双重过程障碍是生理焦虑中学习缺陷的基础 合成PPR蛋白的翻译激活阐明了拟南芥叶绿体中PSBA翻译的控制 在某些选定的白色念珠菌基因中对镜面重复序列的内部评估 生成人工智能执行基本的结构生物学建模 研究了模拟的两组分凝胶系统的组织再生 动物和机器人建模和模拟框架
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等位基因特异性C表达的多组织图表揭示了...
数据集异质性。有趣的是，具有相反方向效应的ASE变体的绝对效应大小明显低于具有一致方向效应的ASE变体，这表明较小的效应大小可能促进方向移动，从而增强了不同环境中的弹性。该假设进一步支持了与免疫相关组织中ASE变体数量相对较高的变异性。玉米中的类似发现表明，具有相反方向效应的ASE变体可能
Swachhta Pakhwada的每日报告28.12.2024 科学部的特别规定 印度药品2025年1月特刊。pdf 入围的预先提交完整项目建议的预先列表*战略领域“植物中的生物技术，基因组学，代谢组学和等位基因采矿 C Kannan .pdf 博士 icar_ib cuet（icar-ug）2024 年度报告-2021-22 科学设备政策 广告pre-proposals-2024.pdf 2024年9月20日子 '3！:: - 。r -.- 1 2024年9月23日在上 k^＆* - 入围完整建议 Krishi Bhawai {：New Delhi-II0 001 L。 （Ravi Ranjan）'
作为正在进行的Swachhta Pakhwada庆祝活动的一部分，农业研究与教育部（DARE）/印度农业研究委员会（ICAR）今天侧重于废物管理和可持续农业实践的关键方面。当天的主题围绕废物管理系统的库存进行，特别强调了有机废物的利用以及从废物中产生的财富。此外，评估了各种位置的无聚苯乙烯状态，并促进了厨房和家庭废料的堆肥，强调了减轻垃圾填埋场负担的重要性。符合促进环境可持续性的目标，为鼓励清洁和绿色技术做出了努力，特别关注有机农业实践。在住宅殖民地举行了活动，以促进厨房园艺和堆肥，以及附近的一个村庄，当场提供了有机农业和废物管理的技术解决方案。
Geny：杀伤细胞免疫球蛋白样受体基因等位基因分解的基因分型工具
自然杀伤 (NK) 细胞是人类先天免疫系统的重要组成部分，是宿主抵御感染、病毒和疾病的第一道防线。这些细胞负责快速应对各种病理挑战，例如病毒感染细胞和癌细胞 ( 1 – 3 )。NK 细胞受细胞表面受体的调节，这些受体与体内各种细胞表面的主要组织相容性复合体 I 类 (MHC-I) 分子相互作用 ( 4 )。这些受体又由杀伤细胞免疫球蛋白样受体 (KIR) 基因编码，该基因位于人类 19 号染色体上白细胞受体复合体 (LRC) 的 150kb 区域内，其表达和相互作用对于区分健康细胞和异常细胞至关重要。由于个体之间存在巨大的遗传多样性，KIR 基因导致个体之间出现各种各样的免疫反应，这也影响疾病易感性 ( 5 )。因此，KIR 基因属于高度多态性基因家族，因此包含大量存在于人类群体中的已知基因相（也称为等位基因，或在某些情况下称为基因型）（ 6 ）。重要的是，这种变异不仅限于编码区，还涵盖指导 KIR 基因表达的调控区。有人提出，这种巨大的遗传多样性可能源于不断进化的病毒带来的进化压力（ 7 ）。这种复杂的遗传结构意味着不到 2% 的无关个体具有相同的 KIR 基因型（ 8 ）。十七 (17) 个 KIR 基因根据其胞外免疫球蛋白样 (lg-like) 结构域（指定为 2D 或 3D）和其胞质尾的长度（标记为 L 表示长胞质尾，标记为 S 表示短胞质尾，标记为 P 表示假基因）命名。一般规则是，短尾 KIR 是激活受体，而长尾 KIR 是抑制受体。基于这些名称，KIR 基因可分为以下几类： (a) 六 (6) 个基因，具有两个结构域和长胞质尾巴（ KIR2DL1 – KIR2DL5B ）， (b) 五 (5) 个基因，具有两个结构域和一个短胞质尾巴（ KIR2DS1 – KIR2DS5 ）， (c) 三 (3) 个基因，具有三个结构域和长尾巴（ KIR3DL1 – KIR3DL3 ）， (d) 一 (1) 个 KIR3DS1 ，其特征是具有三个结构域和一个短尾巴，以及 (e) 两 (2) 个假基因（ KIR2DP1 和 KIR3DP1 ）1. 全区域 KIR 单倍型分为两类：组 B（具有 KIR2DL5 、 KIR2DS1 、 KIR2DS2 、 KIR2DS3 、 KIR2DS5 和 KIR3DS1 之一）和组 A（没有这些基因中的任何一个） （ 7 ） （图 1 ）最后，单个基因等位基因的命名，大致遵循基因注释中使用的星号等位基因命名法（ 9 ， 10 ），其中每个等位基因被分配一个数字来表明其功能（ 8 ）。目前已知的 KIR 等位基因已在 IPD-KIR 数据库中进行了汇编和分类（11）。由于不同的 KIR 等位基因会导致不同的免疫反应，因此有必要对 KIR 基因进行精确的基因分型和分期，以更好地了解这些基因在免疫系统中的作用。一种经济有效的方法是使用高通量测序 (HTS) 技术，该技术已成功用于
使用 EasyGuide CRISPR 系统设计适应大肠杆菌在蔗糖上生长的等位基因
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2024 年 12 月 22 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.12.20.629655 doi：bioRxiv 预印本