这是接受纸的作者版本。请注意,本手稿可能会在出版前进行写作的较小编辑更改。未经许可就不会传播。可能被引用如下:Rueda,J.,Pugh,J。&Savulescu,J。(即将到来)。重生增强技术的道德破坏性未来。生物技术的趋势,印刷中。
使用 RNA 靶向小分子治疗疾病的可能性正在成为药物发现和开发的下一个前沿。与蛋白质靶向小分子相比,与 RNA 结合的小分子的化学特性仍然相对不太清楚。为了填补这一空白,我们生成了前所未有的大量 RNA 小分子结合数据,并利用这些数据得出可用于定义富含 RNA 结合剂的化学空间区域的物理化学经验法则 - 小分子靶向 RNA (STaR) 经验法则。这些规则已应用于公开的 RNA 小分子数据集,并被发现具有很大的可推广性。此外,许多获得专利的 RNA 靶向化合物和 FDA 批准的化合物也通过了这些规则,以及包括 Risdiplam 在内的关键 RNA 结合批准药物案例研究。我们预计这项工作将大大加速对 RNA 靶向化学空间的探索,以释放 RNA 作为小分子药物靶点的潜力。
摘要:螯合剂在微电子工艺中常用于防止金属离子污染,螯合剂的配体片段在很大程度上决定了其与金属离子的结合强度。寻找具有合适特性的配体将有助于设计螯合剂以增强微电子工艺中对基底上金属离子的捕获和去除。本研究采用量子化学计算模拟十一种配体与水合态的Ni 2+ 、Cu 2+ 、Al 3+ 和Fe 3+ 离子的结合过程,用结合能和结合焓来量化金属离子与配体的结合强度。此外,我们利用前线分子轨道、亲核指数、静电势和基于分子力场的能量分解计算探讨了结合作用机制,并解释了十一种配体结合能力的差异。根据我们的计算结果,提出了有前景的螯合剂结构,旨在指导新螯合剂的设计以解决集成电路工艺中的金属离子污染问题。
Apelin受体(APJR)属于A类G蛋白偶联受体(GPCR)组,该组与心脏发育,心血管稳态和心脏收缩密切相关[1,2]。APJR信号通路的激活可以减轻或治疗许多与心血管相关的疾病,例如心力衰竭和高血压(图1)。许多制药公司,例如Amgen,BMS和Sanofi,都试图开发有效的APJR激动剂配体;但是,到目前为止,还没有成功销售药物。要开发APJR的新激动剂,尤其是小分子药物,了解小分子结合模式的分子机制至关重要。To investigate the molecular mechanism of a small- molecule ligand, we chose a potent small-molecule agonist, (1S,2R)-N-(4-(2,6-dimethoxyphenyl)-5-(6- methylpyridin-2-yl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl)-1-hydroxy- 1-(5-甲基吡啶蛋白-2-基)丙烷-2-磺酰胺(称为CMPD644),类似于开发用于治疗心力衰竭的临床阶段药物候选药物(美国专利WO2016187308A1,AMGER INC。)。经过几轮优化后,我们通过冷冻方法在复合物中获得了CMPD644结合的APJR结构,其下游异三聚体G A I G BG [3]。有趣的是,我们观察到来自一个Cryo-EM数据集的两种类型的APJR-GI耦合化学测定法。二聚体APJR和单体APJR采用2:1和1:1(受体:G蛋白)化学计量比(图2)。这提供了第一个直接的结构证据,表明配体结合和G蛋白偶联APJR信号复合物中同型和单体共存。了解小分子配体结合
设计并准备抑制DDR(DNA损伤修复)相关蛋白的八面体Pt(IV)前药,CIS-WOG,含有Wogonin衍生物作为生物活性轴向配体。体外生物学研究表明,具有轴向官能团(CIS-WOG)的Pt(IV)前药显示出优于顺铂的细胞毒性,并反转了其对两对顺铂敏感和抗抗性细胞系的耐药性。进一步的机械研究表明,CIS-WOG的强大抗肿瘤活性是由于其对JWA的抑制以及与XRCC1的多相互作用以修复由Wogonin引起的DNA单链断裂(SSB)。可以得出结论,CIS-WOG是一种有前途的细胞毒性剂,可用于增强其相应的PT(II)基于PT(II)的药物的抗肿瘤活性,并通过衰减JWA介导的SSBS修复途径并引起凋亡。
Tyrobp TMD在膜上旋转蓝色。从T18和T25控制质粒获得的颜色背景来自偶然的细胞质结合。b)与空质粒相比,相对强度的中值,四分位数和范围值。在不同配置下对X-GAL滴的半定量分析(T18/T25 N = 99; ZIP :: T18/ZIP :: T25 N = 81; TREM2TMD :: T18/Tyrobp TMD :: T25 :: T25 N = 57)。25
FANCM是一种DNA修复蛋白,可以识别停滞的复制叉,并招募下游修复因子。fancm活性对于利用端粒(ALT)机制替代延长的癌细胞的存活也至关重要。FANCM通过其对分支DNA结构的强亲和力有效地识别基因组或端粒中停滞的复制叉。在这项研究中,我们证明了N末端易位酶结构域驱动了这种特定的分支DNA识别。易位酶内的HEL2I子域对于有效的底物参与至关重要,夫妻DNA与催化ATP依赖性分支迁移结合。去除HEL2I或该结构域中的关键DNA结合残基的突变减少了FANCM对连接DNA和废除分支迁移活性的亲和力。重要的是,这些突变的粉丝变体未能挽救细胞周期停滞,与端粒相关的复制应力或替代内源性粉丝的替代阳性癌细胞的致死性。我们的结果表明,HEL2I结构域是FANCM正确接合DNA底物的关键,因此通过限制ALT途径的过度激活,在其肿瘤抑制功能中起着至关重要的作用。关键字:fancm,易位酶,DNA结合,端粒的替代延长,携带杂合或纯合的粉丝突变的个体易于早期发作癌症,并且对化学疗法诱导的骨髓抑制(4-7)易感性(4-7)。这是因为FANCM是DNA修复的重要介体,这是抑制引起癌症的突变以及对化学疗法诱导的DNA损伤做出反应所需的细胞过程(8)。fancm缺乏细胞积累了停滞的复制叉,单链DNA间隙和姐妹染色单体交换,它们在用DNA损伤剂处理后升高(9,10)。相反,FANCM缺乏对使用基于重组的端粒维持机制(称为端粒替代延长或ALT)的癌细胞有害。我们先前表明,Alt阳性癌细胞中的FANCM敲低既引起极高的复制应力,又引起了持续的重组中间体的诱导。
摘要:随着SARS-COV-2在全球范围内传播以引起19009年的大流行,冠状病毒(COV)的人畜共动性传播的威胁变得更加明显。作为人类感染是由α-和β-蛋白库引起的,结构表征和抑制剂设计主要集中在这两个属上。然而,来自三角洲和伽马属的病毒也感染了哺乳动物,并构成潜在的人畜共患传播威胁。在这里,我们确定了来自beluga鲸鱼的Delta-CoV猪HKU15和GAMMA-COV SW1的主要蛋白酶(M Pro)的抑制剂结合的晶体结构。与我们在此处也提出的SW1 M Pro的APO结构进行了比较,启用了在活性位点抑制剂结合时识别结构排列。两个共价抑制剂PF-00835231(lufotrelvir)与HKU15和GC376结合到SW1 M Pro的结合模式和相互作用,揭示了可能将其杠杆性冠状病毒和基于pan-cov抑制剂的结构设计的特征揭示。关键字:冠状病毒;主要蛋白酶; GC376;晶体结构; Lufotrelvir; HKU15;伽马罗龙病毒;蓝鲸;直接作用抗病毒药;药物设计;泛氧化病毒抑制剂
(未通过同行评审认证)是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2025年1月29日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.27.633179 doi:Biorxiv Preprint
菌丝结合的复合材料是一类新的可持续性和负担得起的生物复合材料,最近已将其引入包装,时尚和建筑中,作为传统合成材料的替代品。近年来,广泛的研究和研究已致力于探索生产和加工方法,并为菌丝体结合的复合材料找到潜在的应用。但是,这种新型生物复合材料在建筑行业中的应用仅限于小规模的原型和展览装置。机械性能低,高吸水和缺乏用于生产和测试菌丝体结合复合材料的标准方法的问题仍然是主要挑战,当用作非结构或半结构元素时,需要解决。此简短的评论旨在以热和声学绝缘的形式展示菌丝体结合的复合材料的潜力,以及用于干墙和瓷砖的替换。本评论总结了有关菌丝体结合的复合材料的特性的主要可用信息,这些信息已在建筑领域使用,同时为这些生物复合材料在建筑行业中的应用中提出了未来的研究和开发方向。
