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World File Search System致癌
BigPICC：一种基于图的方法，用于鉴定突变数据中的致癌基因组合
来自癌症患者的基因组数据代表了患者基因突变的存在与癌症发生之间的关系。人类中不同类型的癌症被认为是由两个至九个基因突变的组合引起的。通过传统的详尽搜索来识别这些组合，需要与组合大小成倍扩展的计算量，即使对于尖端超级计算机也是棘手的。我们提出了一种无参数的启发式方法，该方法利用基因患者突变的内在拓扑来鉴定致癌组合。通过使用它们来预测以前看不见的样品中肿瘤的存在来测量鉴定组合的生物学相关性。所得的16种癌症类型的分类器在详尽的搜索结果中表现出色，平均敏感性为80.1％的敏感性和91.6％的特异性，每种癌症类型的命中率最佳选择。我们的方法能够找到较高的致癌组合靶向，这将需要多年的计算进行详尽的搜索。
DOI:10.31557/APJCP.2024.25.6.2069 针对口腔癌：植物化学物质与致癌分子标记物的计算机对接研究
口腔癌变是一个多方面的复杂过程，其中调节正常细胞生理的信号转导通路内的遗传事件发生定性或定量改变 [1]。口腔鳞状细胞癌 (OSCC) 是最常见的口腔癌，占口腔所有恶性肿瘤的 80-90%。美国国家癌症研究所 (NCI) 发布的流行病学数据表明，OCSCC 的总体 5 年生存率为 63%，范围从早期的 83% 到晚期的 38%。在口腔癌中，某些分子靶点已被确定为疾病进展中的重要因素。两个这样的例子是 Cyclin D 和 PI3k-RAS 结合蛋白的异常，这有助于控制细胞周期。这些靶点非常重要，因为它们可以改变肿瘤的生长和扩散方式。为了做出新的分子治疗和化疗选择，我们需要充分了解这些分子靶点 [2]。细胞周期蛋白依赖性激酶 (CDK) 是保守的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶家族之一，对于维持体内平衡和调节细胞至关重要
病毒学年度评论 APOBEC3：人乳头瘤病毒感染和致癌作用中的朋友还是敌人？
人乳头瘤病毒 (HPV) 感染是多种人类癌症的病原体，包括宫颈癌和头颈癌。在这些 HPV 阳性肿瘤中，体细胞突变是由 DNA 突变因子的异常激活引起的，例如载脂蛋白 B 信使 RNA 编辑酶催化多肽样 3 (APOBEC3) 胞苷脱氨酶家族的成员。APOBEC3 蛋白最为显著的特点是能够限制各种病毒，包括抗 HPV 活性。然而，APOBEC3 蛋白在 HPV 诱发的癌症进展中的潜在作用最近引起了广泛关注。正在进行的研究源于以下观察结果：APOBEC3 表达升高是由 HPV 致癌基因表达驱动的，并且 APOBEC3 活性可能是 HPV 阳性癌症中体细胞诱变的重要因素。本综述重点介绍 APOBEC3 蛋白及其在 HPV 感染和 HPV 驱动的致癌作用方面的最新研究进展。此外，我们还讨论了我们在理解 APOBEC3 在病毒相关癌症中的作用方面存在的关键差距和未解答的问题。
miRNA 在致癌作用中的矛盾作用：参与肾细胞癌及其临床应用
1 意大利福贾 71122 福贾大学医学和外科科学系分子医学中心临床病理学部；federica.spadaccino@unifg.it（FS）；giuseppestefano.netti@unifg.it（GSN）；elena.ranieri@unifg.it（ER）2 意大利福贾大学临床和实验医学系，福贾 71122；mariateresa.rocchetti@unifg.it 3 意大利巴里大学急诊和器官移植系肾脏病、透析和移植部，巴里 70124 巴里，意大利；rossana.franzin@uniba.it（RF）； loreto.gesualdo@uniba.it（LG）4 肾脏病透析和移植科，福贾大学医学和外科科学系，71122 福贾，意大利；giuseppe.castellano@unifg.it（GC）；giovanni.stallone@unifg.it（GS）* 通信地址：gigantem@libero.it；电话：+39-0881-732611 † 对本手稿有同样贡献。
酪氨酸激酶蛋白相互作用图揭示肺癌中可靶向的 EGFR 网络致癌作用
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据 未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是 由 此预印本的版权持有者（此版本于 2020 年 7 月 3 日发布。 ; https://doi.org/10.1101/2020.07.02.185173 doi: bioRxiv preprint
南瓜种子提取物的抗生素针对富含致癌细菌的强生物膜生产菌株的菌株
这项研究通过生态学方法来解决龋齿，强调使用天然成分保持平衡的口服微生物组并产生稳定的免疫口腔。关于微生物群落，饮食习惯和口腔卫生实践之间的相互作用，该研究突出了南瓜种子提取物的潜在益处，包括其抗炎性，抗菌和抗氧化特性。与传统的化学干预措施不同，这种方法促进了可持续和自然的口腔健康。这项研究使用了南瓜种子提取物和两种类型的细菌形式的天然成分，即Sanguinis ATCC链球菌ATCC 10556和嗜酸乳杆菌ATCC 4356，它们包括在强生生物膜生产国类别中。该研究使用的工具是一个微板读取器，波长为490 nm，用于在两种细菌中读取生物膜。这项研究的结果是，在45％南瓜种子提取物的浓度下，具有抗脂肪膜活性可抑制sanguinis at canguinis atcc 10556的生长（MBIC），价值为52.42％，其浓度为45％的45％南瓜种子提取物的浓度为60.6.60.6. 60.60.60.10.10.60.6 （MBEC）为51.45％。对于所有生物膜测量组，方差分析测试的结果均显着。这项研究得出的结论是，南瓜种子具有良好的抗生素活性，用于sanguinis stanguinis atcc 10566和嗜酸乳杆菌ATCC 4356。得出的结论是，南瓜种子含有L-精氨酸化合物，可以触发口腔环境中的变化到更稳态的pH。
以无法用药的磷酸酶为目标，通过抑制多致癌激酶来克服曲妥珠单抗耐药性。
a 暨南大学第一附属医院普通外科，广州，中国 b 暨南大学医学院生物活性分子与药物活性评价国家重点实验室、肿瘤分子生物学教育部重点实验室、精准肿瘤医学与病理研究所，广州，中国；暨南大学珠海研究所，中国珠海 c 暨南大学附属第一医院胸外科，中国广州 d 荷兰格罗宁根大学医学中心格罗宁根大学血液科 e 汕头大学医学院，中国汕头 f 暨南大学附属第一医院泌尿外科，中国广州 g 上海市浦东新区公利医院病理科，中国上海 h 长治医学院和平医院病理科，中国长治 i 费城骨科医学院生物医学系，美国宾夕法尼亚州费城 j 汕头大学医学院第二附属医院甲状腺、乳腺和疝外科，中国汕头 k 德克萨斯大学 MD 安德森癌症中心急诊医学科，美国德克萨斯州休斯顿 l 德克萨斯大学 MD 安德森癌症中心内分泌肿瘤和激素紊乱科，美国德克萨斯州休斯顿 m 公利医院病理科上海市浦东新区生物活性分子与药物活性评价国家重点实验室、肿瘤分子生物学教育部重点实验室、暨南大学医学院精准肿瘤医学与病理研究所，广州，暨南大学附属第一医院普通外科，广州，汕头大学医学院第二附属医院甲状腺、乳腺和疝外科，汕头，
外泌体介导的 CRISPR/Cas9 递送靶向胰腺癌中的致癌基因 KrasG12D
CRISPR/Cas9 是一种很有前途的基因编辑技术。迄今为止，CRISPR/Cas9 的细胞内递送载体受到免疫原性、包装能力受限和耐受性低等问题的限制。在此，我们报告了一种基于工程化外泌体的 CRISPR/Cas9 替代非病毒递送系统。我们表明，非自体外泌体可以通过常用的转染试剂包裹 CRISPR/Cas9 质粒 DNA，并可以递送到受体癌细胞中以诱导靶向基因缺失。作为原理证明，我们证明装载有 CRISPR/Cas9 的外泌体可以靶向胰腺癌细胞中的突变 Kras G12D 致癌等位基因，以抑制增殖并抑制胰腺癌同源皮下和原位模型中的肿瘤生长。因此，外泌体可能是一种很有前途的 CRISPR/Cas9 基因编辑递送平台，可用于靶向治疗。
LncRNA NFYC-AS1 通过自噬、细胞凋亡和 MET/c-Myc 致癌蛋白促进肺腺癌的发展
Li 等人分析了来自 Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据库的肺腺癌 (LAUD) 的 RNA-seq 数据和 miRNA-seq 数据，以鉴定关键的 lncRNA 并确定分子发病机制。核转录因子 Y 亚基 C 反义 RNA 1 (NFYC-AS1) 被揭示为一种潜在的预后生物标志物 (14)。然而，作者并没有进一步验证 NFYC-AS1 在肺癌细胞系中的作用。关于 NFYC-AS1 功能的研究很少。例如，van der Plaat 等人通过分析全基因组关联研究 (GWAS) 数据发现 NFYC-AS1 可能在从不吸烟者的气流阻塞中发挥作用 (15)。然而，作者也没有在细胞系或动物模型中进一步验证 NFYC-AS1 的功能。目前，尚无关于NFYC-AS1基因的分子功能、表型、动物模型、miRNA、转录因子靶点或HOMER转录等的数据。后续分子检测表明，NFYC-AS1可能通过自噬和凋亡以及MET/c-Myc致癌蛋白促进LAUD的增殖。
针对嵌合体的蛋白水解诱导表皮细胞的降解
• 基于吉非替尼的 EGFR PROTAC 以剂量、时间和蛋白酶体依赖的方式降低致癌突变 EGFR 的水平 • PROTAC 下调 EGFR 通路的靶点并抑制细胞增殖，消除致癌蛋白的所有致癌功能 • EGFR PROTAC 的高特异性可以降低肺癌治疗的毒性 • PROTAC 是针对突变 EGFR 和其他致癌蛋白的有效策略