恒星质谱仪用于发现和靶向定量分析,对从供体池中提取的消化细胞外囊泡(EV)进行了神经退行性下降。为了创建目标库,将500 ng的EV消化物加载到列上,并使用LC-DIA MS使用100个顺序2季度的DIA DIA扫描事件进行分析。在400–1,200个DA前体M/z范围内进行了四次重复注射。使用Thermo Scientific™Proteome Discoverer™软件处理所得的DIA数据。使用Thermo Scientific™PRM导体工具将搜索结果上传到天际线中,以进行过滤和靶向MS2(TMS2)方法,该方法根据用户定义的LC和MS标准将11,092个确定的肽过滤为最终的8,686。重复以确定TMS2方法的可重复性。样品由华盛顿大学迈克尔·J·麦科斯教授提供。
在一种方法中,MS 1完全扫描和基于PRM的实验均以量化小鼠粪便样品中的胆汁酸,旨在提高注释率和准确的定量。基于RP-LC的方法表现出较高的灵敏度(对于大多数分析的胆汁酸,柱上的LOQ 12.7 fmtololes)和一个线性动态范围,跨越了5个数量级,图6A。同位素标记的胆汁酸被用作内部标准标准(IS),以确保精确的定量并评估数据质量,可靠性和测量鲁棒性,并评估了保留时间,质量准确性和信号响应等指标。最小的色谱移动和一致的信号响应,这是样品重复的变化系数较低,而在整个采集期间,所有内部标准均始终达到可再现的峰面积,图6B。
图7:用于监视用户访问和评估审计跟踪的SCIEX OS软件的功能。审核跟踪视图允许用户轻松过滤高危事件,并启用数据完整性功能以满足合规性要求。该软件具有中央管理员控制台(CAC),可在所有系统中管理用户和组,角色定义,工作站和项目。CAC功能支持受监管和不受监管的依从性标准。配置模块使用户可以快速为管理员,方法开发人员,分析师和审阅者级别设置角色和访问级别。
我衷心感谢斯克里普斯代谢组学和质谱中心的同事们,他们的辛勤审阅和编辑非常宝贵。特别感谢 Mirna Tobea,她参与了本书的许多细节工作,以及 Elizabeth Billings、Winnie (Heim) Uritboonthai、Linh Hoang、Bill Webb、Corey Hoang 和 Aries Aisporna 的杰出奉献。我非常感谢 Martin Giera、Carlos Guijas、Caroline H. Johnson、Oscar Yanes、Julijana Ivanisevic、Gary J. Patti、Ralf Tautenhahn、Colin A. Smith、Richard A. Lerner、Benjamin F. Cravatt、Xavier Domingo-Almenara 和 Markus M. Rinschen 的开创性工作,他们的创新贡献对活动代谢组学的成功至关重要。最重要的是,我要深深感谢我的人生伴侣 Mary E. Spilker,她的无限好奇心和支持让我的每一步都取得了成功
https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2024-vptmp-v2 orcid:https://orcid.org/0000-0000-0000-500-5216-8353不通过chemrxiv对内容进行peer-review。 许可证:CC BY-NC-ND 4.0https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2024-vptmp-v2 orcid:https://orcid.org/0000-0000-0000-500-5216-8353不通过chemrxiv对内容进行peer-review。许可证:CC BY-NC-ND 4.0
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蛋白质组学是指从相同样品中的全面基因组,转录组和蛋白质组学测量的整合,目的是充分理解将基因型转化为表型的调节过程,通常强调要获得对疾病过程的更深入了解。尽管已知特定的遗传突变已知可以推动多种癌症的发展,但仅基因突变并不总是预测预后或对靶向治疗的反应。蛋白质组学研究的益处在于,从蛋白质获得的信息及其相应的途径提供了对治疗靶标的见解,这些靶标可以通过提供有关肿瘤的潜在机制和病理生理学的额外维度来补充基因组信息。本综述描述了对蛋白质组分析产生的肿瘤生物学和耐药性的新见解,同时着重强调了蛋白质组学观测的临床潜力以及技术和分析工具的进步。
图3中枢神经系统(CNS)组织中脂质物种的MALDI成像在不同的神经退行性疾病中。(a)多模式的MALDI-MSI显示在双极性的双极性中与淀粉样菌斑相关的脂质和冠状动脉小鼠脑组织剖面的肽(Tgarcswe)。离子以10μm空间分辨率获得的脂质的图像:磷脂酰肌醇(PI 38:4,m/z 885.6)为阴性(绿色),溶物磷脂酰胆碱,LPC 16:0,M/z 496.3,在正(RED)AM-AM-Z Pallitive and-Z-pallition and-Z-paltem-Z-β(RED)中的emiD-emiD and-amy noid a i riD-amy in noID a a a i.pallie n imy。 4257.6)在同一成像区域中的肽(蓝色)离子图像。109(b)硫化物种类的MALDI-MS离子图像(A)Shexcer(41:2),(B)Shexcer(42:2)和(C)在对照(左)和MPTP杀伤力的Macaque Macaque Brain Tissue,帕克森氏病动物模型中。横向分辨率为150μm。 76(c)脂质的代表性3D图像在斑马鱼模型的中枢神经系统中 - 挑选疾病1.通过重建样品的20个连续部分来制备3D图像。此处显示的脂质是神经酰胺(CER 34:1,CER 37:1),磷脂酰甲酯(PS 44:11)和磷脂酰乙醇胺(PE 40:5)。MALDI MSI以50μm的空间分辨率在负离子模式下获得。 81
简介:代谢组学是一种快速增长的领域,旨在了解健康和疾病所涉及的复杂代谢途径。基于液态色谱质谱法(LC-MS)的非靶向代谢组学已成为研究与各种疾病相关的代谢变化的强大工具,并用于鉴定早期疾病检测和治疗监测的潜在生物标志物。本评论提供了基于LC-MS的非靶向代谢组学及其临床应用的全面概述。内容:讨论了未靶向代谢组学的优点和挑战,包括样本预先处理,数据处理,样本存储,获取模式选择,列策略和注释。审查了LC-MS技术和数据分析技术的最新进步,这些进步已促进了生物样品中代谢物对代谢产物的更高和敏感检测。强调了未靶向的代理学的临床应用,包括其在疾病诊断,治疗监测和个性化医疗中的利用。提供了有关如何通过应用不靶向的代谢组学的应用来鉴定出各种疾病的生物标志物,例如癌症,冠心病和疾病。 摘要和展望:总体而言,基于LC-MS的非靶向代谢组学是研究与各种疾病相关的综合代谢变化的强大工具,并且有可能改变临床诊断,治疗和个性化医学。提供了有关如何通过应用不靶向的代谢组学的应用来鉴定出各种疾病的生物标志物,例如癌症,冠心病和疾病。摘要和展望:总体而言,基于LC-MS的非靶向代谢组学是研究与各种疾病相关的综合代谢变化的强大工具,并且有可能改变临床诊断,治疗和个性化医学。
细菌精氨酸脱节酶系统(ADS)的抽象精氨酸分解代谢具有通过氨的生产来调节口腔环境的pH值。鉴于ADS途径的潜在保护能力,通过预或益生菌应用对ADS功能的口服微生物的开发是防止牙齿衰减的有前途的治疗靶标。迄今为止,大多数对口腔中的广告及其与龋齿的关系的研究集中在间接的活动或特定细菌群上,但是在口腔健康和疾病的多种混合微生物社区中,ADS操纵子的普遍性和表达率仍然是一个悬而未决的问题。在这里,我们使用多元方法,将超深的元文字测序与配对的metataxonomic和体外柑橘丁物定量相结合,以表征微生物群落和ADS操纵子在健康和晚期洞穴中的表达。虽然健康牙齿的ADS活性较高,但我们鉴定了多个细菌谱系,在熟牙上具有上调ADS活性的多个细菌谱系,这些谱系与使用基于参考的映射和从头组装方法的健康牙齿上的牙齿不同。我们的双重metataxonomic和metatranscriptomic方法证明了物种丰度对基因表达数据解释的重要性,并且差异表达的模式可以被低含量的群体偏斜。最后,我们确定了物种内的几种潜在候选益生菌细菌谱系,这些谱系可能是预防牙齿衰减的有用治疗靶标,并提出,鉴于此处确定的整个健康组所识别的分类群的异质性,鉴于菌株特异性,混合菌益生菌的发展可能是一种有益的方法。
