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从 DNA 到 RNA：RNA 转录和 mRNA 加工
9/03/24 Alberts 的第 6 章 – 第 1 部分：DNA 到 RNA • RNA 转录 • RNA 加工 • 一些相关的 CMB 技术 9/05/24 第 7 章 - 基因表达的控制 • 转录因子 • 激活因子和抑制因子 • RNAi + 文章讨论
具有转录控制计算和可塑性的混合晶体管
。cc-by-nc 4.0国际许可（未获得同行评审证明），他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2023年8月18日。 https://doi.org/10.1101/2023.08.16.553547 doi：Biorxiv Preprint
转录因子的基因沉默，敲除和过表达
摘要背景：番茄（Solanum lycopersicum L.）是全球经济上有价值的作物。由于使用无菌性雄性会降低F1种子产量的成本，因此男性不育的创新对于番茄育种具有重要意义。中止的微孢子基因（AMS）编码为基本的螺旋 - 环螺旋（BHLH）转录因子编码，以前已被指定为拟南芥和水稻中tape虫发育的必不可少的基因。确定SLAM基因的功能（来自S. lycopersicum的AMS基因），并验证它是否是产生番茄中雄性无菌性的潜在候选基因，我们使用病毒诱导的基因沉默（VIGS），CRIS/CAS9介导的介导的基因组编辑和过度表达技术来通过AgrobstermaTer transfote transfortium tomato tonrestim tonrection tonrys tomato。结果：在这里，来自S. lycopersimum的1806 bp的全长猛击基因（登录号MK591950.1）从花粉cDNA克隆。花粉颗粒染色的结果表明，猛击的不可行的花粉比例 - 沉默（75％）， - 敲除（89％）和超过表达植物（60％）明显高于野生型植物（小于10％； p <0.01）。在三种情况下，不可生存的花粉颗粒的形态似乎是四方，循环，萎缩，萎缩或以其他方式形状的形态，而野生型的形态则显得椭圆形和丰满。更重要的是，QRT-PCR分析表明，在大满贯和敲除的植物的花药中的猛击的表达明显低于野生型的表达（p <0.01），但在大量过表达的植物中的表达（p <0.01）（p <0.01）。
epizoic seisonidea的基因组学和转录组学（...
背景：Seisonidea（也是Seisonacea或Seisonidae）是一群生活在海洋甲壳动物（Nebalia Spec。）到目前为止仅描述了四个物种。它的单系起源是主要是自由活动的轮动物（单核，bdelloidea）和内寄生虫棘手的蠕虫（acanthocephala）。然而，rotifera-acanthocephala进化枝（rotifera sensu lato或syndermata）内部的系统发育关系受到持续的争论，这是我们对基因组和生活方式如何发展的理解的后果。为了获得新的见解，我们分析了基因组和主要分类单元Seisonidea的转录组的初稿。结果：对GDNA-SEQ和mRNA-SEQ数据的分析发现了法国通道海岸附近的塞森·尼巴里亚·格鲁伯（Seison Nebaliae Grube）的两个遗传学谱系。尽管基因顺序相同，但他们的线粒体单倍型仅具有82％的序列身份。在核基因组中，不同基因紧凑性，GC含量和密码子的用法反映了不同的弦。单倍体核基因组跨越大约。46 MB，其中96％被重建。根据约23,000个超级转录，S。nebaliae中的基因编号应在rotifera-acanthocephala的其他成员发布的范围内。与此相一致，在nebaliae基因组组装中的后唑核直系同源物和ANTP型转录调节基因在所分析的其他组件中相应数量之间。我们还提供了证据表明，旋转 - acanthocephala中seisonidea的基础分支可以反映出对外组的吸引力。因此，通过重建的祖先序列生根，导致了Hemirotifera（bdelloidea+Pararotatoria）内的单系寄生虫（Seisonidea+acanthocephala）。
小谷子对非生物胁迫的转录组响应
由于气候变化的迅速和有害影响，全球粮食和营养安全正受到干旱、盐碱、寒冷和炎热等非生物胁迫的威胁。小米是一种极具前景的农作物，因其对气候变化和营养食品和饲料日益增长的需求的适应能力，有可能确保全球粮食安全。小米是一种多样化的小种子 C4 禾本科植物，考虑到其对气候变化的持久性和对营养食品和饲料日益增长的需求，在保障世界粮食供应方面具有巨大的潜力。随着通过微阵列和下一代测序获得的基因组信息迅速增加，转录组学促进了对非生物胁迫带来的变化的广泛检查和量化。这规定了一种确定重要基因表达的必要方法。这项技术进步旨在破译支撑分子机制/途径的基因表达模式。其他技术，例如全基因组表达分析（可深入了解控制细胞过程的调控网络）、全基因组位置分析（可阐明转录调控蛋白对基因的控制）和基因组选择，可增强小米育种群体中抗逆性预测的可靠性。本综述通过整理小米中对非生物应激反应特有的差异表达基因 (DEG) 和转录因子 (TF)，强调了转录组学对小米改良的影响，这可以为培育具有气候适应力的品种开辟有利的途径和令人着迷的机会。
人类细胞类型的转录基础模型
涉及调节序列和蛋白质之间复杂相互作用的抽象转录调节指导所有生物过程。转录的计算模型缺乏在看不见的细胞类型和条件下准确推断出精确外推的概括性。在这里，我们介绍了Get，这是一种可解释的基础模型，旨在发现213种人类胎儿和成人细胞类型的法规语法。仅依靠染色质可访问性数据和序列信息，即使在以前看不见的细胞类型中，也可以在预测基因表达方面获得实验级的准确性。在新的测序平台和测定中获得出色的适应性，从而在各种细胞类型和条件上实现调节推断，并揭示了通用和细胞类型的特定转录因子相互作用网络。我们评估了其在预测调节活性，调节元素和调节因子的推断以及转录因子之间物理相互作用的情况下的表现。具体来说，我们在预测基于慢病毒的大规模并行记者测定读数中显示出胜过当前模型，并减少了输入数据。在胎儿红细胞中，我们确定了先前模型所遗漏的远端（> 1MBP）调节区域。在B细胞中，我们确定了淋巴细胞特异性转录因子转录因子相互作用，该因子解释了白血病风险易受生殖线突变的功能意义。总的来说，我们提供了一个可推广和准确的转录模型，以及基因调控和转录因子相互作用的目录，均具有细胞类型特异性。主要的转录调节构成了一个关键但在很大程度上未解决的领域，这是不同的生物过程，包括与人类遗传疾病和癌症相关的生物过程。保守的调节机制策划了转录变化，包括与调节序列结合的转录因子；共激活因子，介体和核心转录因素；和RNA聚合酶II 2–4。虽然不同的细胞类型可能具有不同的调节区域，但是当固定表观遗传条件时，蛋白质 - 蛋白质相互作用和蛋白质-DNA相互作用的生物化学在细胞类型中基本相同。已知转录因子结合位点基序的聚类5显示了转录因子DNA结合结构域中的功能冗余，进一步降低了调节相互作用的组合变异性。但是，我们对转录调节的理解通常仅限于特定的细胞类型，尚不清楚不同转录因子的组合相互作用如何决定跨细胞类型观察到的表达曲线的多样性。测序技术的进步和采用复杂的机器学习体系结构的采用使得能够探索各种细胞类型的表达和相关的非编码调节特征。传统方法（例如Expecto 6和Basenji2 7）利用卷积神经网络用于较短的输入序列，而诸如Enformer 8扩展功能的最先进方法具有变压器体系结构。尽管如此，现有模型带来了挑战。关键限制是他们只能对训练细胞类型做出预测，从而阻碍模型的普遍性和效用。
营养不良改变肺间隙内的转录程序
图1。三轴分类系统是分析肺间充质细胞成分的策略。（a）图显示了基于其支持的结构的单个间质细胞类型的一般解剖位置：血管树（血管平滑肌[VSM]，周围树），上皮树（Airway平滑肌[ASM]，导管和肺泡的肌肉肌纤维细胞和肌肌纤维细胞）和植物（proircimal instrastial superstitial institial softistial softsitial confiral [pic] pic]（b）表总结了间充质细胞类型的标记。（Narvaez del Pilar，O。et al。2022）
转录因子相互作用会协调免疫...
利什曼病是一组异质疾病，在几个国家中被认为是重要的公共卫生问题。这种被忽视的疾病是由属于利什曼原虫属的20多种原生动物的寄生虫物种引起的，并由雌性静脉巴诺氏菌的咬伤散布。取决于寄生虫的规格和患者的免疫状态，利什曼病可以呈现各种临床表现。作为强制性细胞内寄生虫，利什曼原虫在吞噬细胞中定居，主要是巨噬细胞，这些巨噬细胞策划了宿主免疫反应并确定感染的命运。一旦在巨噬细胞内，利什曼原虫就会触发调节宿主细胞免疫和代谢反应的不同信号通路。各种转录因子调节这种免疫代谢反应以及与入侵寄生虫相关的利什曼杀剂和炎症反应。在这篇综述中，我们将重点介绍这些反应，它们的相互作用及其对免疫反应的建立和进展以及它们对疾病生理病理学的影响。
人类心脏发展期间的转录网络
摘要：人类心脏发育由控制动态和时间基因表达改变的转录因子（TF）网络控制。因此，为了全面地表征这些转录法规，在整个定向的心脏差异中产生了日常转录组素，从三种不同的人类诱导的多能干细胞系中，来自健康的供体（32天）。我们将基于表达的相关评分应用于TF基因的时间顺序表达式，并将它们聚集到12个顺序基因表达波中。然后，我们确定了一个超过23,000个激活和抑制链接的调节网络。在该网络中，我们观察到以前未知的推断转录激活将IRX3和IRX5 TF连接到三个主心脏TFS：GATA4，NKX2-5和TBX5。荧光素酶和共免疫沉淀分析表明，这些五个TF可以（1）激活彼此的表达； （2）物理相互作用作为多蛋白复合物； （3）共同调节SCN5A的表达，编码主要的心脏钠通道。总的来说，这些结果揭示了TF之间的数千种相互作用，从而产生了统治人类心脏发展的多种强大假设。
分析谈话的工具第1部分：聊天转录...
开发，9。Homebank（https://homebank.talkbank.org）用于家庭录音，10。Phonbank（https://phon.talkbank.org）用于语音发展，11。rhdbank（https://rhd.talkbank.org）在右半球损害中使用语言，12。samtalebank（https://samtale.talkbank.org）进行丹麦对话。13。Slabank（https://slabank.talkbank.org）用于第二语言，14。tbibank（https://tbi.talkbank.org）用于创伤性脑损伤的语言，当前的手册保持了一些早期对儿童语言的重视，尤其是在第一部分，同时将处理的治疗方法扩展到这些方面和格式，并以新代码和几个新部分和几个新部分和几个新的分段。我们将不断地向每个单独的收藏中添加语料库。在2018年，文本数据库的大小为800MB，还有5TB的媒体。TalkBank中的所有数据都可以自由开放下载和分析，但临床语言库中的数据除外，这些数据使用密码向临床研究人员开放。氏族程序和相关的词法标记符都是免费的，并通过github开源。