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World File Search System遗传变异
遗传变异调节炎症体活性
在炎症体启动和激活后，对骨row衍生的巨噬细胞（BMDM）进行了白细胞介素-1 B释放的抽象定量性状基因座映射（BMDM）。最强的相关基因座映射到7号染色体上的Pycard基因，该基因座的染色体基因编码为炎症体适配器蛋白凋亡相关的斑点样蛋白（ASC）（ASC）。DBA/2和AKR Pycard基因在其3'未翻译区域（UTR）中仅在单核苷酸多态性（SNP）上有所不同。DBA/2与AKR BMDM的pycard mRNA表达和ASC蛋白水平升高，并增加了炎性体斑点的形成，这与Pycard mRNA稳定性的增加有关，而转录率没有提高。crispr/cas9基因编辑在DBA/2胚胎干细胞上进行，以将pycard 3'utr SNP从dba/2更改为AKR等位基因。由于pycard mRNA稳定性降低，将细胞分化为巨噬细胞后，这种单碱基的变化显着降低了Pycard表达和炎症体活性。
与HIV-1载荷附近的非洲特异性人遗传变异
HIV-1仍然是全球健康危机1，强调了确定疗法新目标的必要性。在这里，在非洲的HIV-1负担不成比例并明显人类基因组多样性2，我们评估了3,879名患有HIV-1的非洲祖先的Setpoint病毒负荷控制的遗传决定因素参与了HIV 3的国际基因组学国际合作。我们在1号染色体上确定了先前未描述的关联信号，其中峰值变体辅助每毫升每毫升较低的设定点病毒载荷每个小等位基因副本均具有大约0.3 log 10转化的副本，并且针对非洲下降的种群。顶部相关的变体是基因间的，位于长的基因间非编码RNA（Linc00624）和编码基因CHD1L之间，该基因CHD1L编码与DNA修复有关的解旋酶4。在IPS细胞衍生的巨噬细胞和其他永生的细胞系中的感染分析显示，CHD1L敲低和CHD1L-敲除细胞中HIV-1复制增加。 我们提供了人群遗传研究的证据，表明CHD1L附近的非洲特异性遗传变异与体内的HIV复制相关。 尽管实验研究表明，CHD1L能够限制某些细胞类型中的HIV感染，但需要进一步研究以了解我们观察到的基础机制，包括CHD1L对基于细胞基于细胞的测定的HIV散布的任何潜在间接影响，以致我们的基于细胞的测定无法概括。在IPS细胞衍生的巨噬细胞和其他永生的细胞系中的感染分析显示，CHD1L敲低和CHD1L-敲除细胞中HIV-1复制增加。我们提供了人群遗传研究的证据，表明CHD1L附近的非洲特异性遗传变异与体内的HIV复制相关。尽管实验研究表明，CHD1L能够限制某些细胞类型中的HIV感染，但需要进一步研究以了解我们观察到的基础机制，包括CHD1L对基于细胞基于细胞的测定的HIV散布的任何潜在间接影响，以致我们的基于细胞的测定无法概括。
基于 3,366 个基因组测序的鹰嘴豆遗传变异图
Rajeev K. Varshney 1,2 ✉ , Manish Roorkiwal 1 , Shuai Sun 3,4,5 , Prasad Bajaj 1 , Annapurna Chitikineni 1 , Mahendar Thudi 1,6 , Narendra P. Singh 7 , Xiao Du 3,4 , Hari D. Upadhyaya 8,9 , Aamir W. Khan 1 , Yue Wang 3,4 , Vanika Garg 1 , Guangyi Fan 3,4,10,11 , Wallace A. Cowling 12 , José Crossa 13 , Laurent Gentzbittel 14 , Kai Peter Voss-Fels 15 , Vinod Kumar Valluri 1 , Pallavi Sinha 1,16 , Vikas K. Singh 1,16 , Cécile Ben 14,17 , Abhishek Rathore 1 , Ramu Punna 18 , Muneendra K. Singh 1 , Bunyamin Tar'an 19，Chellapilla Bharadwaj 20，Mohammad Yasin 21，Motisagar S. Pithia 22，Servejeet Singh 23，Khela Ram Soren 7，Himabindu Kudapa 1，DiegoJarquín24，Philippe Cubry 25，Lee T. IT A. Deokar 19，Sushil K. Chaturvedi 28，Aleena Francis 29，RékaHoward30，Debasis Chattopadhyay 29，David Edwards 12，Eric Lyons 31，Yves Vigourox 25，Ben J. Hayes 15 、 Henry T. Nguyen 35 、 Jian Wang 11,36 、 Kadambot H. M. Siddique 12 、 Trilochan Mohapatra 37 、 Jeffrey L. Bennetzen 38 、 Xun Xu 10,39 和 Xin Liu 10,11,40,41 ✉
常见的遗传变异会影响大脑的压力反应
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。该预印本版的版权持有人于2023年12月28日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.12.27.573459 doi：Biorxiv Preprint
非编码遗传变异在心肌病中的作用
心肌病仍然是全球发病率和死亡率的主要原因之一。环境风险因素和遗传倾向是大多数心肌病病例。与所有复杂疾病一样，解释与心肌病相关的遗传变异的分子机制的解释中存在显着挑战。鉴于DNA序列技术的技术改进和成本降低，现在越来越多的患者正在接受基因检测，从而导致不断扩大的新型突变列表。然而，许多患者携带非编码遗传变异，尽管新兴证据支持其对心脏病的贡献，但他们在心肌病中的作用仍然在很大程度上得到了研究。在这篇综述中，我们总结了已发表的研究报告，该研究报告了不同类型的非编码变体与各种类型的心肌病的关联。我们专注于转录增强子，启动子，内含子位点和可能与心脏病相关的未翻译区域内的变体。鉴于该主题的广泛本质，我们提供了相对较新的研究概述，并且具有足够的证据来支持一定程度的因果关系。我们认为，对非编码遗传变异的额外验证的更多研究将为心脏疾病的发展提供进一步的机理见解，而非编码变体将越来越多地纳入未来的遗传筛查测试中。
灌木（桤木）全新世叶绿体遗传变异
图 5 在七个 Alnus alnobetula 个体的整个叶绿体侏儒排列中检测到的单核苷酸多态性 (SNP)。随后绘制了参考叶绿体基因组和通过杂交捕获和散弹枪测序方法从核心样本中检索到的 sedaDNA，以评估它们与 SNP 位置相对应的变体。SNP 的位置对应于参考叶绿体基因组。如果 SNP 位于基因内，则在第一行中给出相应的基因名称。如果未从核心样本中检索到任何读数，则不会报告任何变体。颜色代码：Taymyr 特定变异 = 黄色；Omoloy 特定变异 = 橙色；Kolyma 特定变异 = 绿色；Taymyr 地理歧视的潜在标记 = 以红色突出显示的位置；Kolyma 地理歧视的潜在标记 = 以蓝色突出显示的位置；Omoloy 地理歧视的潜在标记 = 以浅绿色突出显示的位置
与遗传变异相关的基因组编辑脱靶的可扩展评估
1. 波士顿儿童医院血液科/肿瘤科、丹娜法伯癌症研究所儿科肿瘤科、哈佛干细胞研究所、麻省理工学院和哈佛大学布罗德研究所、哈佛医学院儿科系，马萨诸塞州波士顿 02115，美国
人类遗传疾病中辅助蛋白和 G 蛋白的遗传变异
摘要 我们介绍了一系列关于 G 蛋白偶联受体 (GPCR) 遗传学和药物遗传学的三篇文章。在第一篇文章中，我们讨论了与人类表型相关的 G 蛋白亚基和辅助蛋白的遗传变异；在第二篇文章中，我们在此基础上讨论了“G 蛋白偶联受体 (GPCR) 基因变异和人类遗传疾病”，在第三篇文章中，我们概述了“G 蛋白偶联受体药物基因组学”。在本文中，我们将在由辅助蛋白和 G 蛋白的致病变异导致的人类遗传疾病的背景下，回顾配体结合、GPCR 活化、失活以及受体运输到膜的过程。在不同表型中检查了编码 G 蛋白 α 和 β 亚基的基因的致病变异。编码修饰或组织 G 蛋白偶联的辅助蛋白的基因变异与疾病有关；这些包括 G 蛋白信号调节器 (RGS) 变异对高血压的贡献； G 蛋白信号传导激活剂 III 型变体在缺氧等表型中的作用；RGS10 基因变异对身材矮小和免疫功能低下的影响；以及 G 蛋白偶联受体激酶 (GRK) 变体（如 GRK4）在高血压中的作用。本文概述了编码参与 GPCR 信号传导的蛋白质的基因变异，这些变异可能与人类表型相关的结构和功能变化。
通过汇集主要编辑对人类遗传变异进行高通量筛选
。CC-BY 4.0 国际许可，可在未经同行评审认证的情况下使用）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者（此版本于 2024 年 4 月 1 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.04.01.587366 doi：bioRxiv 预印本
表达定量性状基因座结构的神秘遗传变异秀丽隐杆线虫
在不同遗传背景中的遗传扰动会导致物种内的一系列表型。这些表型差异可能是遗传背景与扰动之间相互作用的结果。以前，我们报道说，秀丽隐杆线虫发育控制的重要参与者GLD-1的扰动释放了影响不同遗传背景的适应性的隐性遗传变异（CGV）。在这里，我们研究了转录体系结构的变化。我们发现了414个基因，具有顺式表达定量性状基因座（EQTL）和991个基因，具有跨eqTL，这些基因在GLD-1 RNAI处理中特异性发现。总共检测到16个EQTL热点，其中7个仅在GLD-1 RNAi处理中发现。对这7个热点的富集分析表明，受调节的基因与神经元和咽部有关。 此外，我们在GLD-1 RNAi处理的线虫中发现了加速的Tran术语衰老的证据。 总体而言，我们的结果表明，研究CGV会导致发现隐藏的多态性调节剂。对这7个热点的富集分析表明，受调节的基因与神经元和咽部有关。此外，我们在GLD-1 RNAi处理的线虫中发现了加速的Tran术语衰老的证据。总体而言，我们的结果表明，研究CGV会导致发现隐藏的多态性调节剂。