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研究差异丰度研究的统计能力
识别小组之间丰度不同的微生物分类单元（对照/治疗，健康/患病等）对于基础科学和应用科学都很重要。与所有科学研究一样，微生物组研究必须具有良好的统计能力，才能检测出治疗之间的丰度大大不同的分类单元。低功率通过“获胜者的诅咒”导致精确度和偏见估计。几项研究引起了对微生物组研究中低功率的担忧。在这项研究中，我们研究了差异丰度分析中的统计能力。特别是，我们提出了一种新的方法，用于估算在单个分类单元的水平上检测效果的效果大小（折叠变化）和平均丰度的效果的新方法。我们分析了七个实际病例对照微生物组数据集，并开发了一种模拟微生物组数据的新方法。我们说明了力量如何随效应大小和平均丰度而变化；我们的结果表明，典型的差异丰度研究无法检测单个分类单元的变化。
生物炭和枯草芽孢杆菌生物学剂的结合降低了Panax Notoginseng的根际土壤中致病细菌的相对丰度
摘要：在Panax Notoginseng的连续种植中，根际土壤中的致病真菌增加并感染了Panax Notoginseng的根，导致产量降低。这是一个紧迫的问题，需要解决，以有效克服与Panax Notoginseng的连续种植相关的障碍。先前的研究表明，枯草芽孢杆菌抑制了Panax Notoginseng根际中的致病真菌，但抑制作用不稳定。因此，我们希望引入生物炭，以帮助枯草芽孢杆菌在土壤中定植。在实验中，对Panax Notoginseng种植了5年的田地进行了翻新，并同时混合了生物炭。将应用的生物炭量设置为四个水平（B0，10 kg·Hm -2; b1; b1，80 kg·Hm -2; b2; b2，110 kg·hm -2; b3，140 kg·hm -hm -hm -2）和二级生物杆菌的生物学剂，将三个水平设置为三个水平（C1，10 kg）。 2; C3，25 kg·Hm -2）。使用了完整的组合实验和空白对照组（CK）。实验结果表明，整体蛋白酶在门水平下降低了0.86％〜65.68％。基本肌cota增长-73.81％〜138.47％，而Mortierellomy-Cota增加了-51.27％〜403.20％。在属水平上，Mortierella升高-10.29％〜855.44％，镰刀菌降低了35.02％〜86.79％，而Ilyonectria则增加了-93.60％〜680.62％。镰刀菌主要引起急性细菌枯萎的根腐，而伊利诺克里亚主要会导致黄色腐烂。good_coverage指数均高于0.99。在不同的治疗方法下，香农指数增加-6.77％〜62.18％，CHAO1指数增加了-12.07％〜95.77％，Simpson指数增加了-7.31％〜14.98％，ACE指数增加了-11.75％〜96.75％〜96.12％。随机森林分析的结果表明，Ilyonectria，pyrenochaeta和Xenopolyscytalum是土壤中最重要的三种最重要的物种，弯曲曲霉的值分别为2.70、2.50和2.45。fusarium排名第五，其弯曲的值为2.28。实验结果表明，B2C2治疗对镰刀菌具有最佳的抑制作用，并且在B2C2处理下，Panax Notoginseng Rothosphere土壤中镰刀菌的相对丰度降低了86.79％。 B1C2治疗对伊利诺克里亚的抑制作用最佳，而在B1C2处理下，Panax Notoginseng Rothizosphere土壤中伊甘元的相对丰度降低了93.60％。因此，如果我们想用急性摩尔斯托尼亚卵巢根腐烂改善土壤，则应使用B2C2处理来改善土壤环境；如果我们想通过黄色腐烂疾病改善土壤，我们应该使用B1C2处理来改善土壤环境。
人类 DHFR2 基因的差异翻译能力表明存在低丰度的发育和组织特异性内源性蛋白质
根据预测翻译蛋白的重组版本的酶活性，人类二氢叶酸还原酶 2 ( DHFR2 ) 基因已被归因于功能性作用。然而，其体内功能仍不清楚。DHFR2 与其亲本同源物 DHFR 之间的高氨基酸序列同一性 (92%) 使内源性蛋白质的分析具有挑战性。本文介绍了一种针对几种人类细胞系和组织类型的靶向质谱蛋白质组学方法，以识别 DHFR2 特异性肽作为其翻译的证据。我们提供了确凿的证据，表明线粒体中的 DHFR2 活性实际上是由 DHFR 而不是 DHFR2 介导的。 Ribo-seq 数据分析和使用蔗糖垫进行的核糖体关联实验评估表明，Ensembl 注释的 DHFR2 的两个主要 mRNA 异构体 201 和 202 与核糖体存在不同的关联。这表明它在 RNA 和蛋白质水平上都发挥着功能性作用。然而，尽管 DHFR2 的各种 RNA 异构体相对丰富，但我们无法在大多数细胞类型中检测到可检测水平的 DHFR2 蛋白。我们确实在胚胎心脏中检测到了 DHFR2 特异性肽，这表明该蛋白质可能在胚胎发生过程中发挥特殊作用。我们认为 DHFR2 基因在成体细胞中的主要功能很可能出现在 RNA 水平上。
对视频语义标签的开放物的分析
以前，我们表明在Harsha湖水样品中预防性添加葡萄糖可以抑制蓝细菌的生长，至少在短时间内。当前的研究在整个Harsha Lake Bloom季节都用葡萄糖测试了蓝细菌对照。水样（1000毫升）从6月9日开始从Harsha Lake收集，从6月9日开始，一直持续到2022年8月24日。到两个7升聚丙烯容器中的每个容器中，加入了500毫升的Harsha湖水，并将容器放置在受控环境室中。添加了一个标记为“处理过的”的容器，添加了0.15 g的葡萄糖，并且在标有“控制”的容器中没有任何添加。之后，收集了每个容器的三个25 mL样品，并每周用于16S rRNA基因测序。然后，每周新收集1000毫升Harsha湖水，每个容器中添加500毫升，并在“处理过”的容器中添加0.15 g葡萄糖。示例数据用于检查处理容器和对照容器之间细菌群落组成的差异。用葡萄糖治疗通过1）减少分类分类的多样性，2）在很大程度上消除了蓝细菌分类群，以及3）增加非细菌分类群的子集的相对丰度（例如proteeeabobacteria and Proteeebacteria and actacinobacteriota）。尽管每周直接从湖水衍生出投入，但在时间上观察到了这些影响。在每周接收湖水中添加葡萄糖的情况下，在整个夏季布鲁姆季节中抑制了蓝细菌种群。葡萄糖似乎以氰基细菌为代价刺激某些细菌类群的多样性。
使用 DNA 宏条形码进行丰度估计
全球生物多样性正以惊人的速度下降，迫切需要进行大规模监测以了解其变化及其驱动因素。虽然传统的物种分类学鉴定耗时耗力，但与基于 DNA 的方法相结合可以扩大监测活动的规模，以实现更大的空间覆盖范围和增加采样工作量。但是，当需要估计每个物种的个体数量和/或生物量时，基于 DNA 的方法仍然存在挑战。已有多种方法学进展可提高 DNA 宏条形码用于丰度分析的潜力，但仍需要进一步评估。在这里，我们讨论了实验室以及一些生物信息学对 DNA 宏条形码工作流程的调整，以了解它们从节肢动物群落样本中估计物种丰度的潜力。我们的综述包括标本拍照等实验室前处理方法、使用掺入 DNA 作为内标等实验室方法以及校正因子等生物信息学进展。我们得出的结论是，标本摄影与 DNA 条形码相结合目前最有可能实现对每个物种个体数量和生物量估计的估计，但诸如峰值和校正因子等方法是有希望进一步研究的方法。
核HDAC4的丰度增加会损害神经元的发育和长期记忆
失调与神经发育和神经退行性疾病均相关，并且这些疾病中的许多特征是认知功能受损。HDAC4在脊椎动物和无脊椎动物中的细胞核和细胞质之间穿梭，核和/或细胞质HDAC4的量的改变与这些疾病有关。在果蝇中，HDAC4在记忆的调节中也起着至关重要的作用，但是，其作用的机制尚不清楚。核和细胞质限制的HDAC4突变体，以研究HDAC4亚细胞分布，转录变化和神经元功能障碍之间的机械联系。在蘑菇体形态发生，眼睛发育和长期记忆中的定义与核HDAC4的丰度增加相关，但与最小的转录变化有关。尽管HDAC4在神经元核内将MEF2隔离为点状灶，但在HDAC4的过表达时未观察到MEF2活性的改变，而MEF2的敲低对长期记忆没有影响，这表明HDAC4可能不会通过MEF2作用。为此，HDAC4中MEF2结合位点的突变也对核HDAC4诱导的长期记忆或眼睛发育中的损伤没有影响。相反，MEF2结合位点的突变以及通过MEF2 RNAi的共表达来改善蘑菇体形态发生的缺陷，因此核HDAC4通过MEF2起作用以破坏蘑菇体的发育。这些数据提供了有关HDAC4亚细胞分布失调的机制，会损害神经功能，并为进一步研究提供了新的途径。
有机材料添加通过增强中国东北部氮气循环微生物的复量细菌丰富性来优化土壤结构
摘要：使用有机肥料和玉米稻草作为友好的修正措施，可有效改变农田中的土壤氮（N）循环。然而，有机肥料与稻草返回对土壤质量的综合作用尚不清楚，尤其是在响应土壤硝化作用和硝化微生物方面。我们在中国东北部的毛毛土壤中建立了一个实验，主要包括四种治疗方法：CK（没有传统化肥的没有添加），O（有机肥料施用），S（稻草返回）和OS（有机肥料与稻草返回）。使用高通量测序进一步研究了土壤硝化和硝化微生物。我们的结果表明，与CK相比，土壤水含量，容量，直径> 0.25 mm，平均重量直径，总碳，总氮，铵，硝酸铵，硝酸盐，微生物生物量碳和微生物生物氮的含量不正确，并渗透了尤其均匀的尤其尤其是尤其是尤其尤其均匀的压缩性，并渗透了尤其均匀的尤其是尤其是尤其均匀的尤其均匀的尤其尤其是屈光度，并且渗透于尤其是尤其是尤其的渗透性，并取代了尤其的渗透性，并取得S和OS治疗。此外，OS处理有效地增加了可用的钾和可用的磷含量，并减少了三相R型。有机肥料和稻草的应用有效地优化了土壤结构，尤其是OS处理。与CK，O，S和OS治疗相比，氨氧化古细菌（AOA）的丰度较高，并进一步增强了α多样性和较低的氨氧化细菌（AOB）和NIRK -，NIRK-，NIRS-和Nosz -nosz -Type denitpe denitpe denitpe。AOA和NIRK分别是氨氧化过程和亚硝酸盐还原过程的关键驱动因素。同时，有机肥料和稻草的施用调节了硝基磷酸盐（AOA），γ-杆菌（NIRK和NIRS），α），甲状腺酸细菌（NIRK）和贝protebacteria（Nirk）和β（Nirs）（NIRS（NIRS）。有机肥料和稻草通过增强硝化和反硝化微生物群落中的含量丰富，返回土壤结构。在一起，OS治疗是一种合适的稻草返回实践，用于优化中国东北部农田生态系统的营养平衡。但是，这项研究并未确定如何在有机肥料应用和稻草返回下减少传统的氮肥施用；因此，我们旨在在未来的工作中进行相关研究。
DNA元法估计的丰度估计 微生物中的作用在动物入侵中：范围评论 一个具有零排放的新过程，用于真正的生物降解... 一个具有零排放的新过程，用于真正的生物降解... 评估环境DNA的五个引物对...
作者格式，未经同行评审的文件发布于2023年7月7日。doi：https：//doi.org/10.3897/arphapreprints.e109709
豆科植物和p受精会增加微生物活性，并减少潘帕斯天然牧场中AM真菌的相对丰度
摘要：天然草原为牲畜放牧提供了宝贵的资源。在南美许多地区，豆科植物和p受精通常用于提高初级生产率。这种实践对植物社区的影响已经建立了良好的确定性。但是，这种管理状态如何影响土壤微生物组是鲜为人知的。在这里，为了填补这一知识差距，我们分析了荷花subbi subbi -lof of sepeding的影响，以及p受精，对乌拉圭潘帕地区土壤微生物群落多样性和活动的影响。结果表明，天然草地围场中的植物群落与托管围场的植物群体显着不同。相比之下，尽管细菌和真菌群落的结构与植物群落的结构相关，但微生物生物量和呼吸和微生物多样性均未受到管理的显着影响。真菌相对丰度以及几种酶活性受到管理的显着影响。这可能会对这些土壤中SOM的C，N和P含量产生后果，进而影响SOM降解。