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amplicon宏基因组学
Amplicon宏基因组学是基于微生物RRNA基因的NGS测序。由于ngs读取长度受到限制，因此只能放大和测序rRNA基因的一部分。对于原核生物，该分析靶向16S rRNA基因的高变量区域（V1-9），而对于真菌，内部转录的间隔区域（ITS）用于分类分析（见图1）。理想的底漆系统应该足够通用，以涵盖广泛的分类群体，而随之而来的扩增子必须提供足够的分类信息来进行可靠的分类学分类。根据我们的经验和16S/ITS分析管道的验证，我们建议表1中显示的引物系统。我们的服务不仅限于显示的标记基因和底漆系统，还限于其他系统发育标记基因（例如，细胞色素C氧化酶I）和底漆系统可以使用。试点研究对于为您的特定研究问题找到最佳的底漆系统非常有帮助。
PCR 实验室中的 DNA 扩增子污染
• 对整个实验室进行消毒，包括移液器的内部和外部（对移液器进行消毒时应特别小心，例如确保所有清洁步骤后都进行多次蒸馏水冲洗步骤，以确保消除抑制剂残留物）、实验室设备和仪器，并按照其清洁程序进行擦拭测试。重复此操作，直到实验室所有区域均为阴性。
amplicon在lllumina miseq/ ... div>上进行深度测序
两步PCR方法 - 如何工作，两步PCR方法与Illumina的双重索引策略相结合，可以并行处理多达384个样本（见图1）。第一步的PCR使用引物包含特定于基因座的序列以及来自Illumina的Nextera库协议中指定的通用5'尾巴（见表1）。不仅只使用一个前向底漆和反向引物，因此某些原始col使用了最多3个前向引物，这些引物通过在基因座特异性和常见的5'尾巴之间添加摇摆碱（ns）而在长度上有所不同。这可能在高通量项目中尤其有用，在该项目中，测序吞吐量特别关键并且汇总了许多样品。但是，对于大多数项目，仅使用一个正向和一个反向引物，测序吞吐量就足够高。如果您需要有关此特定主题的更高背景，请与我们联系。然后将所得的PCR扩增子用作第二步PCR中的模板，以进一步扩增，但也可以作为
服务指南全质粒和Amplicon Express ...
整个质粒和Amplicon Express的测序配置为150bp配对的末端。因此，索引ED扩增子的长度应在150-250bp之间（这是靶向扩增子的长度减去NEX TERA标签）。在同一测序运行中具有不同大小的放大器，例如两个极端：150bp和250bp，可能会产生不同数量的测序读数。这是由于较小尺寸群集的扩增子在流动池上更有效地簇，从而导致其在测序池中较高的表示（从而产生更多数据）。AGRF将采用汇总偏移量来解释大小的差异，并最大程度地减少测序读数的可变性。短PCR扩增子不应包含任何内部修饰，荧光团或深色淬火器。服务仅在珀斯可用。4.0样本提交要求
对 ama1 和 mdr1 进行靶向扩增子深度测序以...
1 肯尼亚基利菲 KEMRI-Wellcome Trust 研究计划生物科学系 2 北卡罗来纳大学教堂山分校医学院医学系传染病科，北卡罗来纳州教堂山 27599，美国 3 牛津大学纳菲尔德医学系热带医学与全球健康中心，英国牛津 4 玛希隆大学热带医学院玛希隆-牛津热带医学研究组，泰国曼谷 5 布朗大学沃伦·阿尔珀特医学院病理学与实验室医学系，罗德岛州普罗维登斯 02903，美国 6 北卡罗来纳大学教堂山分校吉林斯全球公共卫生学院流行病学系，北卡罗来纳州教堂山 27516，美国 7 北卡罗来纳大学教堂山分校医学院遗传学与分子生物学课程，北卡罗来纳州教堂山，美国
使用 SMRTbell® 准备多重扩增子文库...
使用凝胶提取的扩增子产物可能会导致测序性能降低，这是因为插入染料（如溴化乙锭）和暴露于紫外线辐射会造成固有的损坏。如果使用已用染料染色的凝胶提取产物，建议在文库制备和测序之前对其进行额外的扩增，以去除损坏和/或染料。
n2 固定微生物的全球生物地理学：nifH 扩增子……
摘要。海洋氮 (N 2 ) 固定是一种具有全球意义的生物地球化学过程，由一群特殊的原核生物 (固氮菌) 进行，但我们对其生态学的理解在不断发展。尽管海洋 N 2 固定通常归因于蓝藻固氮菌，但间接证据表明非蓝藻固氮菌 (NCD) 也可能很重要。一种广泛用于了解固氮菌多样性和生物地理学的方法是对 nifH 基因的一部分进行聚合酶链式反应 (PCR) 扩增，该基因编码 N 2 固定酶复合物固氮酶的结构成分。存在一系列生物信息学工具来处理 nifH 扩增子数据；然而，缺乏标准化实践阻碍了交叉研究比较。这导致错失了更彻底评估固氮菌多样性和生物地理学以及它们对海洋氮循环的潜在贡献的机会。为了解决这些知识空白，我们设计了一个生物信息学工作流程，以标准化高通量测序 (HTS) 产生的 nifH 扩增子数据集的处理。使用专门的 DADA2 流程高效一致地处理多个数据集，以识别扩增子序列变体 (ASV)。然后，一系列可定制的后流程阶段检测并丢弃虚假的 nifH 序列，并使用多个参考数据库和分类方法注释后续质量过滤的 nifH ASV。这个新开发的工作流程用于重新处理几乎所有来自海洋研究的公开可用的 nifH 扩增子 HTS 数据集，并生成一个全面的 nifH ASV 数据库，其中包含从 21 项研究中汇总的 9383 个 ASV，这些研究代表了全球海洋中的固氮菌种群。对于每个样本，数据库都包含从 Simons 合作海洋图集项目 (CMAP) 获得的物理和化学元数据。在这里，我们展示了该数据库在揭示主要固氮菌群的全球生物地理模式方面的实用性，并强调了海面温度的影响。工作流程和 nifH ASV 数据库为研究 nifH 扩增子 HTS 捕获的海洋 N 2 固定和固氮菌多样性提供了一个强大的框架。可以轻松添加针对研究不足的海洋区域的未来数据集，用户可以根据其特定重点调整所包含的参数和研究。工作流程和数据库分别在 GitHub（https://github.com/jdmagasin/nifH-ASV-workflow，最后访问时间：2025 年 1 月 21 日；Morando 等人，2024c）和 Figshare（https://doi.org/10.6084/m9.gshare.23795943.v2；Morando 等人，2024b）上可用。
线性扩增子测序分析报告/结果
下面的直方图显示了测序数据的读取长度分布。直方图在 y 轴上显示测序碱基数 (bp)，在 x 轴上显示读取长度。直方图中的每个条形代表读取长度的范围，条形的高度表示该范围内的碱基总数 (bp)。这会产生按每个箱体的核苷酸数加权的图，因为较长的读取在直方图中具有更大的权重。读取长度直方图可用于评估测序数据的质量，因为读取长度的分布可以指示测序过程中是否存在污染物或偏差。它们还可用于确定正在测序的扩增子的大小。
染色体3Q Amplicon编码...
蛋白质的分泌物蛋白质通过高尔基体从内质网流到质膜到质膜（5）。高尔基体中的分泌囊泡生物发生是涉及膜曲率，货物载荷和囊泡分裂的多步过程。每个步骤均由含有RAB家族成员的多蛋白复合物，ADP核糖基化因子，高尔基磷脂蛋白3（Golph3）和其他效应子（6-8）调节。这些复合物是由跨膜高尔基脚手架锚定在高尔基膜上的，该跨膜脚手架组织了专用于常见任务的客户蛋白（9）。高尔基脚手架蛋白上调，p53损失坐标是分泌驱动因素在p53缺陷型癌细胞中的作用（10，11）。因此，致癌突变通过高尔基体驱动分泌，以配合高尔基体中的分泌囊泡生物发生。鉴于有证据表明，染色体扩增子上的基因合作以协调共同的生物学过程（12），我们在这里假设染色体肿瘤的分泌囊泡生物创造的多阶段过程以建立高度的分泌状态。我们鉴定了一个3Q染色体区域，该区域在不同的肿瘤类型中得到扩增，并编码分泌囊泡生物发生的多个调节剂，包括高尔基脚手架Golgi Golgi积分膜蛋白4（GOLIM4）及其客户蛋白ATP蛋白ATP蛋白ATP蛋白ATP CA 2+
dix-seq：快速扩增子数据分析的集成管道
8 DeepBiome。Co. Ltd.，上海200031，中国 *通信：yongjunwei@zzu.edu.cn（y.w. ）; liming@henau.edu.cn（M.L。 ）; zhanglei@logictek.cn（L.Z.） 收到：2024年10月18日；接受：2025年2月21日；在线发布：2025年2月22日； https://doi.org/10.59717/j.xinn-life.2024.100120©2025作者。 这是CC下的开放访问文章（https://creativecommons.org/licenses/4.0/）。 引用：Dong P.，Chen Y.，Wei Y.等。 （2025）。 dix-seq：用于快速扩增子数据分析的集成管道。 创新生活3：100120。 在过去十年中，测序技术的快速进步推动了Amplicon Metagenome的广泛采用。 但是，当前的Amplicon数据分析软件/管道通常需要手动干预跨越多个步骤，因此需要清楚了解参数，并阻碍缺乏经验的用户自动化其工作流程。 在这里，我们介绍了Dix-Seq，这是一种完全容器化的工具，用于快速，自动化和可扩展的扩增子数据分析。 使用一个单个命令，DIX-Seq可以将原始扩增子序列处理为各种统计和可视化结果，生成基于HTML的报告和恢复的日志文件。 dix-seq利用单个参数表可以大大简化其命令行接口，从而使其不受欢迎的用户更容易实现，同时改善了研究可重复性。 DIX-SEQ的模块化设计使得将新方法和数据库的快速采用到其软件框架中。Co. Ltd.，上海200031，中国 *通信：yongjunwei@zzu.edu.cn（y.w.）; liming@henau.edu.cn（M.L。）; zhanglei@logictek.cn（L.Z.）收到：2024年10月18日；接受：2025年2月21日；在线发布：2025年2月22日； https://doi.org/10.59717/j.xinn-life.2024.100120©2025作者。这是CC下的开放访问文章（https://creativecommons.org/licenses/4.0/）。引用：Dong P.，Chen Y.，Wei Y.等。（2025）。dix-seq：用于快速扩增子数据分析的集成管道。创新生活3：100120。在过去十年中，测序技术的快速进步推动了Amplicon Metagenome的广泛采用。但是，当前的Amplicon数据分析软件/管道通常需要手动干预跨越多个步骤，因此需要清楚了解参数，并阻碍缺乏经验的用户自动化其工作流程。在这里，我们介绍了Dix-Seq，这是一种完全容器化的工具，用于快速，自动化和可扩展的扩增子数据分析。使用一个单个命令，DIX-Seq可以将原始扩增子序列处理为各种统计和可视化结果，生成基于HTML的报告和恢复的日志文件。dix-seq利用单个参数表可以大大简化其命令行接口，从而使其不受欢迎的用户更容易实现，同时改善了研究可重复性。DIX-SEQ的模块化设计使得将新方法和数据库的快速采用到其软件框架中。当前，已将21个以上的算法，软件和第三方程序集成到DIX-Seq中的八个模块中，而越来越多。这种方法还允许经验丰富的用户微调工作流程，从而促进定制分析。在实际案例研究的数据集上执行的基准测试了DIX-Seq的能力，该功能在生成统计信息和提取生物学上有意义的模式的完整数字中生成了发布的数字。此外，它在检测模拟测序深度下降的方差方面仍然非常有效，结果在所有和某些方面（例如植物网络多样性和Pearson的相关性），结果保持稳健至11000和1000的深度。总而言之，Dix-Seq是用于扩增数据分析的方便但高度可自定义的工具，使其成为入门级和经验丰富的用户的理想选择。