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祖先地区 2024 白皮书
AncestryDNA 聘请了一支训练有素的科学家团队，他们拥有人口遗传学、统计学、机器学习和计算生物学背景，旨在开发一种快速、复杂且准确的方法来估计遗传祖先区域。AncestryDNA 科学团队今年改进了区域结果背后的科学和技术，提高了结果的整体准确性，并增加了可供分配的区域数量（从 88 个区域增加到 107 个）。通过添加这些新区域，我们为会员提供了更精细的信息。
人类染色体的起源2：祖先端粒 -
摘要我们已经从人类2，C8.1和C29B的两个等位基因组宇宙中鉴定出了两个等位基因组宇宙，每个粘液均包含两个脊椎动物端粒重复的倒置阵列，并在头对头排列，5'（ttaggg）， - （ccctaa）， - （ccctaa），3'。序列fln g这个端粒重复是当今人类序列的特征。BAL-31核酸酶实验人造人造染色体的克隆和荧光原位杂交的荧光表明，这些倒置重复的序列均与2 Q13和不同但重叠的人类染色体末端的子集杂交。我们得出的结论是，克隆在宇宙中C8.1和C29B中的基因座是古老的端粒融合的遗物，标志着两个祖先猿染色体融合产生人类染色体的点。
等距为祖先条件，在灵长类动物中呼唤和歌曲
图2 t k和r k k发行，用于歌曲和呼叫。（a）每种人声类型的t k的概率密度函数。（b）每种人声类型的节奏比（R K）的概率密度函数。r k分布的本地最大值为：广告歌曲的0.331、0.487和0.688； 0.347、0.482和0.680用于粘合歌曲；领土歌曲的0.339、0.478和0.682；歌曲咆哮的0.444和0.349；警报轰鸣声0.471；和0.497鸣叫。（c）BARPLOT，显示了室内（实心条）和off-Integer（条纹条形）比率的平均标准化R K的发生范围。* p <0.05;经验分布与小整数节律类别之间具有统计学意义的匹配。
与粉丝俱乐部和DNA
如果有县历史，请搜索所有已知的粉丝俱乐部成员。，但还研究任何与您的起源地点相同的人 - 如果传记素描中提到的话，来自祖先的爱尔兰，您祖先的教区或城镇的每个人。您的祖先可能不包括在县历史中，或者有关他的数据可能无法提供诸如特定原产地的详细信息。但是，您的祖先粉丝俱乐部成员的参赛作品（“爱尔兰”称为“爱尔兰”，可能会有更多有关其起源的信息，例如移民日期，县或教区。这些地方是为祖先开始研究的起点。
鉴定在哺乳动物中具有活性的祖先有颌类 Gli3 增强子
已知转录调节因子和 Hh 信号通路效应因子 Gli3 的异常表达会引发先天性疾病，最常影响中枢神经系统 (CNS) 和四肢。准确描绘胚胎发育过程中控制 Gli3 转录的基因组顺式调控景观对于解释与先天性缺陷相关的非编码变异至关重要。在这里，我们对分子进化速度较慢的鱼类进行了比较基因组分析，以识别 Gli3 内含子间隔 (CNE15-21) 中七个以前未知的保守非编码元件 (CNE)。斑马鱼的转基因试验表明，这些元件中的大多数驱动 Gli3 表达组织中的活动，主要是鳍、中枢神经系统和心脏。这些 CNE 与人类疾病相关的 SNP 的交集确定了 CNE15 是一种假定的哺乳动物颅面增强子，在脊椎动物中具有保守活性，并且可能受到与人类相关的突变的影响
祖先糖蛋白激素受体途径控制秀丽隐杆线虫的生长
在脊椎动物中，甲状腺纤维蛋白是一种高度保守的糖蛋白激素，除了甲状腺刺激激素（TSH）外，它是TSH受体的有效配体。甲状腺激素被认为是其亚基GPA2和GPB5的最祖先糖蛋白激素和直系同源物，在脊椎动物和无脊椎动物中广泛保守。与TSH不同，甲状腺纤维蛋白神经内分泌系统的功能在很大程度上尚未探索。在这里，我们在秀丽隐杆线虫中确定了功能性甲状腺抑制蛋白样信号传导系统。我们表明，GPA2和GPB5的直系同源物以及甲状腺激素释放激素（TRH）相关的神经肽构成了促进秀丽隐杆线虫生长的神经内分泌途径。GPA2/GPB5信号是正常体型所必需的，并通过激活糖蛋白激素受体直立型FSHR-1来起作用。秀丽隐杆线虫GPA2和GPB5在体外增加了FSHR-1的cAMP信号传导。两个亚基均在肠神经元中表达，并通过向其神经胶质细胞和肠受体发出信号来促进生长。受损的GPA2/GPB5信号传导导致肠腔腹胀。此外，缺乏甲基抑制蛋白的信号传导的突变体显示出增加的排便周期。我们的研究表明，甲状腺激素GPA2/GPB5途径是一种古老的肠神经内分泌系统，可调节Ecdysozoans的肠道功能，并且可能在祖先中参与了对生物生长的控制。
替代模型选择对蛋白质祖先序列重建的后果
分子进化的最佳拟合替代模型是系统发育感（包括祖先序列重建（ASR））的传统步骤。然而，最近的一些研究表明，应用此过程不会影响系统发育重建的准确性。在这里，我们通过分析蛋白质演化替代模型的选择的影响，重点介绍了使用模拟和真实数据的ASR的准确性。我们发现所选最佳拟合取代模型会产生最准确的祖先序列，尤其是在数据呈现较大的遗传多样性的情况下。的确，在具有相似交换性生存性的替代模型下重建的祖先序列相似，这表明如果所选的最佳拟合模型不能用于重建，则采用类似于所选模型的模型是首选的。我们得出的结论是，建议在蛋白质探测的替代模型之间进行选择，以重建准确的祖先序列。
生物物理学祖先重建和蛋白质能量景观的演变的年度审查
蛋白质的序列决定了其构象能量景观。这又决定了蛋白质的功能。了解新蛋白质功能的演变需要了解突变如何改变蛋白质能量景观。祖先序列重建（ASR）已证明是解决此问题的宝贵工具。在ASR中，一个系统发育集团从而渗透了古代蛋白质的序列，从而允许其性质表征。当与生物物理，生化和功能表征耦合时，ASR可以揭示历史突变如何改变古代蛋白质的能量景观，从而允许酶活性的演化，具有构象，具有结合特异性，寡聚性，低聚性，低聚性和许多其他蛋白质特征。在本文中，我们回顾了如何使用ASR研究来剖析能量景观的演变。我们还讨论了ASR研究，这些研究揭示了能量景观如何影响蛋白质的演化。最后，我们建议从能量景观的角度考虑进化的思考可以改善我们的接近和解释ASR研究的方式。
GATA 因子 ELT-3 在祖先基因网络中指定 Caenorhabditis angaria 的内胚层
秀丽隐杆线虫的内胚层特征化通过一个网络进行，在该网络中，母系提供的 SKN-1/Nrf 和来自 POP-1/TCF 的额外输入激活了 GATA 因子级联 MED- 1,2 → END-1,3 → ELT-2,7。MED、END 和 ELT-7 因子的直系同源物只存在于与秀丽隐杆线虫密切相关的线虫中，这引出了一个问题：在该属中较远的物种中，在没有这些因子的情况下，肠道是如何特征化的。我们发现 GATA 因子基因 elt-3 的 C. angaria、C. portoensis 和 C. monodelphis 直系同源物在早期 E 谱系中表达，刚好早于它们的 elt-2 直系同源物。在 C. angaria 中，Can-pop-1(RNAi)、Can-elt-3(RNAi) 和 Can-elt-3 无效突变导致渗透性“无肠”表型。Can-pop-1 是 Can-elt-3 激活所必需的，表明它作用于上游。在 C. elegans 中强制早期 E 谱系表达 Can-elt-3 可以指导 Can-elt-2 转基因的表达并拯救 elt-7 end-1 end-3; elt-2 四重突变菌株的生存能力。我们的研究结果表明，隐杆线虫肠道特化和分化的祖先机制涉及更简单的 POP-1 → ELT-3 → ELT-2 基因网络。
MAS：使用2D扩散
我们使用2D扩散模型引入了多视图祖传采样（MAS），这是一种3D运动生成的方法，这些方法是根据从野外视频中获得的动作进行训练的。因此，MAS为以前探索了3D数据而稀缺且难以收集的机会为令人兴奋和多样化的运动领域打开了机会。MAS通过同时降低多个2D运动序列来起作用，代表了同一3D运动的不同视图。它通过将单个世代组合到统一的3D序列中，并将其投影回原始视图，从而确保每个扩散步骤中所有视图的共识。我们在2D姿势数据上展示了MAS，从描述了演习篮球运动的视频中获取的数据，节奏的体操在带有球设备的节奏和赛马。在这些域中的每个域中，3D运动捕获都很艰难，但是，MAS生成了多样化和现实的3D序列。不喜欢分数蒸馏方法，该方法通过反复应用小固定来优化每个样品，我们的方法使用了为扩散框架构建的采样过程。正如我们所证明的那样，MAS避免了常见的措施，例如室外采样和模式折叠。https://guytevet.github.io/mas-page/