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基础生物多样性信息计划（FBIP）
包括活动的细分，有关时间表和所涉及的人员的详细信息以及他们对每项活动的责任的详细信息，通常评分低于可行性的阈值3分数。撞击和输出，输出与FBIP目标一致的程度以及输出数（例如，标本和物种的条形码数量并提交给大胆的，与达尔文核心标准相一致的发生记录，物种页面的数量），以及这些输出在谁将使用它们的目的以及如何为全球变化的理解或与生物经济学的问题相关的问题方面所产生的这些输出的影响。NRF呼叫申请模板上的部分和类别的FBIP说明：项目信息FBIP小型项目的最大持续时间为两年。项目资金将于2024年开始（审查期1）。必须在项目开始日期后的26个月内提供通过FBIP资助的项目生成的数据。研究细节：
动植物科学在HIFI测序
所有样品吞吐量均为使用1个SMRT Cymist的VEGA系统的VEGA系统的估计值，使用1 SMRT细胞的SPRQ化学。覆盖范围可能会根据样本质量，图书馆质量和片段长度而有所不同。当前可用的SMRTBELL®适配器索引板96A-96D总共包含384个SMRTBELL条形码适配器。微生物从头组装假定的微生物为2 GB的总基因组大小为每个样品30倍。单细胞转录组学在Revio系统上的每个库中≥8000万次读取，在VEGA系统上的每个库中约有500-6亿个读取。全长RNA测序假设Revio Sprq的总读数为60m，而Vega的30m读取，无论有何plexity。Amplicon测序假设电影时间为1-5 kb的12小时电影时间，24小时的电影时间为5+ kb，每个样本> 50倍。目标富集假设每个样品> 50倍。
b i o s c i e e n c s wrn的小分子抑制剂有选择地杀死MSI-H癌细胞和近代WRN遗传缺陷
Werner综合征蛋白（WRN）是一种参与基因组完整性维持的RECQ家庭解旋酶。WRN中的种系突变会导致过早衰老和癌症易感性。对系统的RNAi和CRISPR筛选数据的分析先前表明，WRN对于具有较高的微卫星不稳定性（MSI-H）的癌细胞系生存至关重要。我们已经开发了有效的和选择性的小分子抑制剂（WRNI），并表明与微磷灰石稳定（MSS）癌细胞系相比，在MSI-H癌细胞系中，对WRN的药理抑制作用会导致致死性和诱导DNA损伤标志物。筛选WRNI在棱镜形式的大量合并的，条形码的细胞系中揭示了MSI-H细胞系中的选择性灵敏度，并表明WRN的药理学抑制与该面板中WRN的遗传消融高度相关，确认了WRN的选择性。体内评估表明稳健和MSI选择性肿瘤回归。这些数据为WRN/MSI-H合成致死关系和支持WRN抑制作用提供了药理概念概念，作为一种用于治疗MSI-H癌症的新型治疗方法。
利用 DNA 纳米结构对生化反应进行空间条形码编码，揭示了邻近标记中的主要接触机制
TurboID 和 APEX2 等邻近标记技术已成为研究蛋白质相互作用的空间组学研究的关键工具。然而，这些反应性物种介导的标记背后的生化机制，尤其是亚微米范围内标记方法的空间模式，仍然知之甚少。在这里，我们利用 DNA 纳米结构平台通过体外测定精确测量 TurboID 和 APEX2 的标记半径。我们的 DNA 纳米标尺设计能够在酶附近以纳米精度部署寡核苷酸条形码标记靶标。通过使用定量 PCR 量化标记产量并将其与目标距离进行映射，我们发现了标记机制的惊人见解。与流行的扩散标记模型相反，我们的结果表明 TurboID 主要通过接触依赖性标记进行操作。同样，APEX2 在其直接接触范围内显示出高标记效率。同时，它对更远的酚表现出低水平的扩散标记。这些发现重新定义了我们对邻近标记酶机制的理解，同时突出了 DNA 纳米技术在空间分析反应物种方面的潜力。
纳米粒子的高通量条形码识别阳离子...
用于递送 mRNA 疗法的脂质纳米粒子对治疗多种肺部相关疾病具有巨大前景。然而，缺乏能够识别化学上不同的脂质库的肺部递送谱的有效方法，对 mRNA 疗法的进步构成了重大障碍。在这里，我们报告了一种条形码高通量筛选系统的实施，作为识别阳离子可降解脂质类材料的肺靶向功效的一种手段。我们组合合成了 180 种阳离子可降解脂质，最初在体外进行筛选。然后，我们使用条形码技术来量化选定的 96 种不同的脂质纳米粒子如何在体内递送 DNA 条形码。性能最佳的纳米颗粒制剂可递送基于 Cas9 的基因编辑器，在雌性小鼠的肺癌模型中表现出抗血管生成癌症治疗的治疗潜力。这些数据表明，采用高通量条形码技术作为筛选工具来识别具有肺向性的纳米颗粒，为开发下一代肝外递送平台提供了潜力。
通过体内产生单链 DNA 进行高通量功能变体筛选
与自然界中存在的巨大变异和基因组工程师设想的巨大变异相比，创建和表征单个遗传变异的规模仍然有限。在这里，我们介绍了逆转录子文库重组 (RLR)，这是一种高通量功能筛选方法，其规模和特异性超过了 CRISPR-Cas 方法。我们利用逆转录子的靶向逆转录活性在体内产生单链 DNA (ssDNA)，以 > 90% 的效率整合编辑并实现多路复用应用。RLR 同时引入了许多基因组变异，产生了可通过靶向深度测序寻址的汇集和条形码变异库。我们使用 RLR 对合成的抗生素抗性等位基因进行汇集表型分析，展示了相对增长率的定量测量。我们还使用进化细菌的剪切基因组 DNA 进行 RLR，通过实验查询数百万个序列以寻找因果变异，证明 RLR 特别适合利用大量的自然变异库。使用体内产生的 ssDNA 进行汇集实验为探索整个基因组的变异提供了途径。
EpiNext™ DNA 文库制备试剂盒（Illumina）
用途：EpiNext™ DNA 文库制备试剂盒 (Illumina) 适用于使用 Illumina 测序仪为下一代测序应用制备 DNA 文库，包括基因组 DNA 测序、ChIP 测序、MeDIP/hMeDIP 测序、亚硫酸盐测序和靶向重测序。该试剂盒的优化方案和组件允许快速构建非条形码 (单重) 和条形码 (多重) DNA 文库，并减少偏差。起始材料和输入量：起始材料可以包括从各种组织或细胞样本中分离的碎片 dsDNA、从 ChIP 反应、MeDIP/hMeDIP 反应或外显子捕获中富集的 dsDNA。DNA 应相对不含 RNA，因为大量的 RNA 会损害末端修复和 dA 尾部，从而降低连接能力。DNA 的输入量可以是 5 ng 到 1 ug。为了获得最佳制备效果，输入量应为 100 ng 到 200 ng。对于无扩增，需要 500 ng 或更多。注意事项：为避免交叉污染，请小心地将样品或溶液移入试管/小瓶中。使用气溶胶屏障移液器吸头，并在液体转移之间始终更换移液器吸头。整个过程中都要戴手套。如果手套和样品接触，请立即更换手套。
应用简介-使用 HiFi 进行宏基因组测序-...
1. 应用说明 – Kinnex 16S rRNA 试剂盒用于全长 16S 测序 2. Johnson, JS 等人 (2019) 评估 16S rRNA 基因测序在物种和菌株水平微生物组分析中的应用。《自然通讯》。10(1)，5029。 3. 程序和清单 – 使用 HiFi plex 制备试剂盒 96 制备多重全基因组和扩增子文库 4. 程序和清单 – 使用 HiFi 制备试剂盒 96 制备全基因组文库 5. Gehrig, J. 等人 (2022) 找到合适的选择：评估短读和长读测序方法以最大限度提高临床微生物组数据的效用。《微生物基因组学》，8(3)，10.1099/mgen.0.000794。 6. Portik, DM 等人(2024) 使用长读组装、分箱和合并方法从人类肠道微生物群中高度准确地组装宏基因组。bioRxiv。doi：https://doi.org/10.1101/2024.05.10.593587 7. 概述 – HiFi 应用选项和测序建议。8. 程序和清单 – 使用条形码引物扩增细菌全长 16S 基因。9. 程序和清单 – 从 16S rRNA 扩增子制备 Kinnex 文库
本地生成并有效评估单个样本中的众多药物组合
摘要我们开发了一种允许人们在单细胞培养样品中测试大量药物组合的方法。我们依靠单个细胞中药物摄取的随机性作为创建和编码药物治疗方案的工具。用荧光条形码药物的组合处理一个包含数千个细胞的单个样品。我们在细胞培养样品中创建独立的瞬时药物梯度，以产生异质的局部药物组合。在孵育期后，记录每个细胞的随后的表型和相应的药物条形码。我们使用这些数据用于宏观细胞种群中对药物的治疗反应的统计预测。为了进一步应用这项技术，我们开发了一种不需要任何化学药物修饰的荧光条形码方法。我们还开发了无分段的图像分析，能够处理样品中包含数千个细胞的大型光场，即使在汇合生长条件下也是如此。在大多数生物实验室中，可以很容易地获得执行我们方法所需的技术，不需要机器人或微流体设备，并且会大大减少传统高通量研究的资源需求和产生的成本。
epinext™DNA库制备套件（Illumina）
用途：EPINEXT™DNA库制备试剂盒（Illumina）适合使用Illumina Sequencer制备下一代测序应用的DNA库，其中包括基因组DNA-SEQ，chip-seq，chip-seq，medip/hmedip-seq，bisulfite-seq，bisulfite-seq，bisulfite-seq，targeted reparted reqe reqecencess。该套件的优化协议和组件允许使用偏置减少的偏差快速构建非标语（单个复合）和条形码（多重）DNA库。起始材料和输入量：起始材料可以包括从各种组织或细胞样品中分离出的碎片dsDNA，从芯片反应，MEDIP/HMEDIP反应或外显子捕获中富集的dsDNA。DNA应该相对不含RNA，因为大的RNA部分会损害末端修复和DA尾巴，从而降低了连接能力。DNA的输入量可以从5 ng到1 ug。为了获得最佳准备，输入量应为100 ng至200 ng。对于无扩增，需要500 ng或更多。预防措施：避免交叉污染，将样品或溶液仔细移液管中。使用气溶胶式移液器尖端，并始终在液体转移之间更改移液器。在整个过程中戴上手套。如果手套与样品之间接触，请立即更换手套。