项目背景:微生物组在人类健康和疾病中起重要作用。下一代16S rRNA基因测序是一种强大的技术,用于表征粪便,诸如感染,癌症,糖尿病,神经退行性疾病和肥胖等疾病的样品中的细菌组成。微生物组分析有望有望诊断和整合常规临床微生物学。但是,16S测序数据所需的生物信息学分析的复杂性仍然是一个主要障碍。开发简化的管道来简化此分析对于常规诊断使用至关重要。目标:该项目的目的是通过一般微生物组组成输出来构建和验证16S rRNA基因测序分析的标准化生物信息学管道和工作流程。方法:Qiime2将与NextFlow结合使用,以创建标准化的16S rRNA测序工作流,用于微生物组分析。微生物组测序和常规诊断的分析数据将用于测试和验证工作流程。
立场摘要Ifakara Health Institute(IHI)与卫生部通过国家疟疾控制计划,总统办公室,地区管理局和地方政府以及国家医学研究所(NIMR)共同实施了Malararia Malararia在Tanzania内部(MSMT2)项目的第二阶段。同时,IHI正在寻求一名精力充沛,熟练的后博士后研究员,以加入我们的团队,进行一项尖端的研究项目,专注于MSMT项目的第二阶段。成功的候选人将与多学科研究人员,公共卫生专业人员以及本地和国际利益相关者紧密合作,以增强和规模,以增强和扩展本地能力,以基于该项目的目标,以支持分子,遗传,基因组和数据分析,以支持疟疾分子监测和其他要求。该项目最终将支持政策变化,并为坦桑尼亚的疟疾控制和消除提供明智的决策。
在过去十年中,SAAPBT 开展了 20 多个分子遗传技术和生物信息学工具培训项目。这些项目使 200 多名参与者受益,包括来自兽医、农业、医学和纯科学研究和教学领域的教职员工、研究生和博士学者。基于这一经验,SAAPBT 目前正在 Thrissur 的 Mannuthy 兽医和动物科学学院 SAAPBT 组织一项名为“生命科学研究的基本分子遗传技术和生物信息学工具”的培训项目。该项目专为参与生物科学研究或教学的政府和私人机构的教职员工、研究人员和专业人士而设计。对于那些在分子遗传学实验室工作的人来说,它尤其有价值。培训涉及广泛的学科,包括兽医学、农业、医学和基础科学研究。培训分为两个模块,参与者可以选择其中一个模块或两个模块。每个模块都提供有针对性的培训,参与者完成每个模块后都会获得证书。
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背景:腹膜后脂肪肉瘤(RLP)是一种罕见的恶性肿瘤,除了手术干预外没有有效治疗。识别新颖的治疗靶标和预后标记对于改善预后至关重要。成纤维细胞生长因子受体底物2(FRS2)位于染色体12q13-15上的MDM2附近,在脂肪肉瘤中具有生物学作用和预后价值,这仍然可以充分探索。方法:使用Bioinformatics工具用于使用公共数据库(例如GTEX,TCGA和CBIOPORTAL)分析各种恶性肿瘤的FRS2的差异表达。在肉瘤(SARC)中,临床病理学特征,预后结局,共表达的基因,肿瘤浸润的免疫细胞水平,免疫刺激剂,主要的组织相容性复合物(MHC)分子和免疫化学分子和免疫化学因素是从多个公共数据库中提取的。肿瘤标本,并通过免疫组织化学评估FRS2表达。结果:发现大多数癌症中发现FRS2被上调和扩增。GEPIA 2分析显示,跨癌症类型,尤其是肉瘤(SARC)的FRS2 mRNA表达显着差异。SARC中的FRS2表达较低与改善的总生存期(OS)和无病生存期(DFS)相关。FRS2可能会影响肿瘤免疫微环境,抑制免疫细胞浸润并促进免疫逃避。在我们的RLPS队列中,在58.53%(48/82)的病例中观察到FRS2过表达,并且与年龄相关(p = 0.009)。结论:FRS2可以作为潜在的预后生物标志物和治疗性癌基因靶标。高FRS2表达与较差的OS和DFS相关(分别为p = 0.049和p <0.001),多变量分析证实了FRS2是独立的预后因素。此外,FRS2可以在SARC中的免疫细胞浸润中发挥作用,并代表了癌症治疗的有希望的免疫治疗靶标。
本独立的教科书涵盖了进化生物学中序列分析的基本方面,包括序列比对,系统发育重建和融合模拟。它通过一系列超过400个计算机问题来解决这些方面,从基础到研究级别,再到完成学习。学生在科学数十年的相同计算环境中解决了问题 - UNIX命令行。这在PC的所有三个主要操作系统上都可用:Microsoft Windows,Mac-OSX和Linux。要使用此功能强大的系统学习,学生通过应用通用工具,生物信息学软件以及专门为本课程编写的40多个程序来分析样本序列数据。包括所有问题的解决方案,这本书是自学的理想之选。问题分为以引言和新概念和程序列表为首的部分。通过使用实用计算来探索进化概念和序列数据,该书使读者能够解决自己的计算问题。
学生必须在每个五个类别中完成至少一门课程。强烈建议使用Station 211,Stat 301,STAT 302或Stat 303的Stat 211,STAT 301,STAT 301,STAT 301,STAT 211,STAT 211,强烈建议使用统计课程。鼓励通过491个课程进行独立的研究经验。