• Dr. Christina Castellani Department of Pathology and Laboratory Medicine, Schulich School of Medicine & Dentistry christina.castellani@schulich.uwo.ca • Dr. Art Poon Department of Pathology and Laboratory Medicine, Schulich School of Medicine & Dentistry apoon@uwo.ca • Dr. Vera Tai Department of Biology, Faculty of Science vtai4@uwo.ca Course Summary Bioinformatics has become an现代生物学和生物医学研究中的基本技能。这在很大程度上是由新的遗传测序技术驱动的,这些技术会在一夜之间产生千兆字节的数据,但是其他技术(例如遥感和图像/信号处理)在包括生态学,病理学和神经科学在内的更广泛的领域都在推动类似的挑战。尽管商业软件具有图形用户界面和“一键”分析工作流程,但这些通常是昂贵的,专有的(封闭源)程序,这些程序被限制为最受欢迎的分析的狭义选择。但是,生物学是多种多样的(不同的生物不会按照与模型物种相同的规则发挥作用),并且研究是由创新,定制和提出新问题驱动的。因此,对自定义生物信息流动流的能力有普遍的需求。本课程的目标是为学生提供不同的背景,并且没有以生物信息学基础的基础为基础的编程经验。但是,与使用现有程序相比,将更加重视编程和开发自定义分析的技能。该课程的结构类似于标准的生物信息学工作流:在Unix状系统中获得和管理数据文件;开源工具和脚本语言(例如Bash或Python)用于操纵和清洁数据;和
背景:腹膜后脂肪肉瘤(RLP)是一种罕见的恶性肿瘤,除了手术干预外没有有效治疗。识别新颖的治疗靶标和预后标记对于改善预后至关重要。成纤维细胞生长因子受体底物2(FRS2)位于染色体12q13-15上的MDM2附近,在脂肪肉瘤中具有生物学作用和预后价值,这仍然可以充分探索。方法:使用Bioinformatics工具用于使用公共数据库(例如GTEX,TCGA和CBIOPORTAL)分析各种恶性肿瘤的FRS2的差异表达。在肉瘤(SARC)中,临床病理学特征,预后结局,共表达的基因,肿瘤浸润的免疫细胞水平,免疫刺激剂,主要的组织相容性复合物(MHC)分子和免疫化学分子和免疫化学因素是从多个公共数据库中提取的。肿瘤标本,并通过免疫组织化学评估FRS2表达。结果:发现大多数癌症中发现FRS2被上调和扩增。GEPIA 2分析显示,跨癌症类型,尤其是肉瘤(SARC)的FRS2 mRNA表达显着差异。SARC中的FRS2表达较低与改善的总生存期(OS)和无病生存期(DFS)相关。FRS2可能会影响肿瘤免疫微环境,抑制免疫细胞浸润并促进免疫逃避。在我们的RLPS队列中,在58.53%(48/82)的病例中观察到FRS2过表达,并且与年龄相关(p = 0.009)。结论:FRS2可以作为潜在的预后生物标志物和治疗性癌基因靶标。高FRS2表达与较差的OS和DFS相关(分别为p = 0.049和p <0.001),多变量分析证实了FRS2是独立的预后因素。此外,FRS2可以在SARC中的免疫细胞浸润中发挥作用,并代表了癌症治疗的有希望的免疫治疗靶标。
•领导一组医疗保健科学家 /生物信息学团队,负责在评估,招聘和选择,绩效管理,纪律和行为过程,疾病缺席,职业发展,职业发展,职业发展和牧师护理的整体方向,在遗传学实验室的总监的总监中,以及针对顾问和高级科学的监督•为了制定了一项计算机的策略,以实现目标和高级策略。这应该包括评估部门的未来需求,指导现有基础架构的增强和测量第三方软件。•通过参与部门委员会或工作组来为部门内部的政策和实践做出贡献•通过持续审查质量,生产率和效率来开发和改善现有服务组合,以监控数据存储水平并计划未来的能力增加。与信任和公司代表进行谈判,以确保
与宾夕法尼亚大学(UPENN)合作,库祖佐祖卫生科学大学(Kuhes)实施的ADARD项目旨在研究马拉维加速衰老的模式和多因素危险因素。该项目的广泛目标是确定生命过程逆境,健康行为和遗传倾向的影响,以加速表观遗传衰老和ADRD风险。该项目将重点介绍两个具体的目的:1)评估现有和新颖的表观遗传生物标志物的衰老,并测试其与生活过程逆境,健康行为以及潜在的遗传易感性的关系,以及2)测试(EPI)基因组和行为因素在许可环境中有助于(EPI)基因组和行为因素在多大程度上导致认知性下降和ADR的风险。该项目嵌套在马拉维家庭和健康(MLSFH)项目的纵向研究中,该项目一直在2018年以来一直关注来自巴拉卡,姆奇尼和朗菲的定义家庭的基于人群的人群,从家庭成员那里收集社会人口统计学,健康状况和上下文数据。从2024年到2028年,MLSFH的现有生活课程的社会和上下文数据将得到基因组和表观基因组数据以及对衰老和认知状况的纵向评估的补充。
注释:必须有36个小时的高级工作(“ 3000” - “ 4000”课程),至少124小时。必须在所有CSI和BIO小时内都具有C级或更高的成绩。此流程图旨在成为建议工具。BU本科目录在所有学位要求上都是学生的最终权威。
项目背景:微生物组在人类健康和疾病中起重要作用。下一代16S rRNA基因测序是一种强大的技术,用于表征粪便,诸如感染,癌症,糖尿病,神经退行性疾病和肥胖等疾病的样品中的细菌组成。微生物组分析有望有望诊断和整合常规临床微生物学。但是,16S测序数据所需的生物信息学分析的复杂性仍然是一个主要障碍。开发简化的管道来简化此分析对于常规诊断使用至关重要。目标:该项目的目的是通过一般微生物组组成输出来构建和验证16S rRNA基因测序分析的标准化生物信息学管道和工作流程。方法:Qiime2将与NextFlow结合使用,以创建标准化的16S rRNA测序工作流,用于微生物组分析。微生物组测序和常规诊断的分析数据将用于测试和验证工作流程。
学术诚信政策学术诚信是高等教育的基石,是本课程和大学理想的核心。作弊是严格禁止的,并贬低了您正在努力的程度。作为NJIT社区的成员,您有责任通过了解并遵循以下内容:NJIT学术诚信守则中找到的学术诚信政策,以保护您的教育投资。请注意,向学生办公室院长报告任何学术不当行为是我的专业义务和责任。任何因作弊,窃或使用任何在线软件而被发现违反代码的学生都会导致纪律处分。这可能包括F失败的F,/或大学被暂停或解雇。如果您对学术诚信守则有任何疑问,请通过dos@njit.edu
BCB 5810-生物信息学座谈会0-1学分(可重复)学分(可重复)该课程通过教职员工,学生和受邀演讲者的演讲为学生提供有关生物信息学和计算生物学研究的最新信息。入学学分的学生必须在研讨会的一部分中进行20-30分钟的演讲,在展示技术内容的同时展示他们的口头沟通技巧。学生必须具有研究生身份或获得CAS Associate Dean的许可,并获得毕业生和讲师的认可。提供秋季和春季。限制:入学率仅限于具有生物信息学专业的学生的学生。
关于NCBB-2025会议的设想为院士,科学家,研究人员和学生提供一个平台,以通过对生物技术,生物技术学和生物医学科学领域的各种发展的审议,为人类福利和可持续发展和可持续发展。 会议将举办著名科学家的全体,主题演讲和邀请的讲座以及年轻和新兴研究人员的演讲。 这将是年轻研究人员与来自该国各地的既定院士,科学家和企业家互动的机会,并为社会福利进行头脑风暴。 CONFERENCE THEMES Papers are invited in the area of Biotechnology, Bioinformatics and Biomedical Science focused on emerging areas: • Plant, Animal and Environmental Biotechnology • Industrial Biotechnology • Molecular Biology and Genetics • Food Technology • Bioinformatics & Computational Biology • Intellectual Property Rights (IPR) • Biodiversity and Bioresources • Applied Microbiology • Biomedical科学•应用免疫学•天然产品和药物发现设想为院士,科学家,研究人员和学生提供一个平台,以通过对生物技术,生物技术学和生物医学科学领域的各种发展的审议,为人类福利和可持续发展和可持续发展。会议将举办著名科学家的全体,主题演讲和邀请的讲座以及年轻和新兴研究人员的演讲。这将是年轻研究人员与来自该国各地的既定院士,科学家和企业家互动的机会,并为社会福利进行头脑风暴。CONFERENCE THEMES Papers are invited in the area of Biotechnology, Bioinformatics and Biomedical Science focused on emerging areas: • Plant, Animal and Environmental Biotechnology • Industrial Biotechnology • Molecular Biology and Genetics • Food Technology • Bioinformatics & Computational Biology • Intellectual Property Rights (IPR) • Biodiversity and Bioresources • Applied Microbiology • Biomedical科学•应用免疫学•天然产品和药物发现
下面给出的是在“ BS生物信息学”计划中被录取的候选人。建议这些候选人从招生办公室收集临时要约信,或从CUI入学网站下载http://admissions.comsats.edu.pk。