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工作组“NGS 和生物信息学”领域的组成部分 - Sigu
缩写：下一代测序 (NGS)、第三代测序 (TGS)、人类白细胞抗原 (HLA)、纯合区域 (ROH)、B 等位基因频率测序 (BAF)、全外显子组测序 (WES)、全基因组测序 (WGS)、质量控制 (QC)、插入和缺失 (InDels)、结构变异 (SV)、拷贝数变异 (CNV)、聚合酶链式反应 (PCR)、变异调用格式 (VCF)、基因组 (G)VCF、整合基因组学查看器 (IGV)、平衡染色体重排 (BCR)、碱基对 (bp)、兆碱基 (Mb)、读取深度 (RD)、分割/剪辑读取 (SR)、读取对 (RP)、基于组装 (AB)、单核苷酸多态性 (SNP)、单分子实时测序 (SMRT)、零模波导 (ZMW)、差异甲基化探针（DMP）、差异甲基化区域（DMR）
![新型Imidazo [2,1-B]恶唑衍生物抑制上皮细胞转化和三重阴性乳腺癌肿瘤发生](/simg/g:\will\search\icon\source\8\8cb41599534813df43fef0fecba9a9d026b41d93.webp)
新型Imidazo [2,1-B]恶唑衍生物抑制上皮细胞转化和三重阴性乳腺癌肿瘤发生
摘要。背景/目标：进行了这项研究，以评估面板下一代测序（NGS）的临床实用性，并研究遗传改变的频谱及其在神经母细胞瘤中的临床意义。患者和方法：来自41例神经母细胞瘤病例的福尔马林固定的，被填充的档案样品用于靶向测序。结果：总共确定了145个体细胞突变，包括51个同义词，86个错义，3个废话，2个Frameshift删除，2个剪接位点和1个框内缺失突变。最常见的突变基因是碱（9个错义突变）。公共拷贝数变化（CNV）在2p24.2处放大，并在11q22.3和1p36.21处删除。ALK突变在4S或4S的患者中更常见（0％vs. 33.3％，P = 0.017）。在27例高风险疾病患者中，5-
干细胞研究
SPG11 中的双等位基因致病变异编码了 spatacsin，可导致罕见的运动神经元疾病，如遗传性痉挛性截瘫 11 型 (SPG11-HSP)、夏科-马里-图斯病和青少年型肌萎缩侧索硬化症-5 (ALS5)。SPG11-HSP 是最常见的复杂常染色体隐性 HSP。除了下肢痉挛和截瘫外，SPG11-HSP 患者还存在其他症状，如认知能力下降、上肢无力和周围神经病变（Pozner et al., 2020）。SPG11 编码一种 ~280 kDa 的蛋白质，称为 spatacsin，其参与自噬溶酶体机制的功能和囊泡运输。然而，由于缺乏特异性抗体，spatacsin 的确切功能尚不清楚。为了克服这一障碍，我们生成了一种内源标记的 SPG11 人诱导多能干细胞 (hiPSC) 系 (SPG11-HA)。标记是通过使用 CRISPR/Cas9 技术将具有同源定向修复的 HA 标签插入市售人类游离型 iPSC 系 (A18945；Thermo Fisher Scientific) 中进行的。用编码 SpCas9、GFP 和单个向导 RNA (gRNA；addgene) 的载体以及单链寡核苷酸 (ssODN) 供体 DNA 进行核转染。ssODN 包含一个 HA 编码区，两侧是 ~66 – 67 个核苷酸同源臂（图 1 AB）。经过单细胞分选程序和克隆扩增后，通过 PCR 扩增和桑格测序鉴定出阳性候选者（图 1 A）。通过 Sanger 和 Amplicon/NGS 测序确认了基因型 (图 1 A、C)。在预测的脱靶位点未检测到致病变异 (图 S1 A)。与未经过 CRISPR 过程的 iPSC 对照细胞 (ctrl) 相比，染色体微阵列分析未发现核转染报告系中存在任何从头拷贝数变异 (CNV) (图 1 D)。然而，在这两种细胞系中均发现了 20q11.21 处的增益。这种 CNV 在 hiPSC 和癌症中反复出现，表明它具有增殖或生存优势 (Nguyen et al., 2014)。ctrl 和 SPG11-HA iPSC 均表现出典型的多能性细胞样形态，并经支原体检测呈阴性 (图 S1 BC)。两种细胞系均表达多能性标记，并在三系分化范式测试中分化为所有三个胚层的衍生物（图 1 EF；图 S1 D；表 1）。为了验证报告细胞系的功能，通过蛋白质印迹研究了标记的 spatacsin 的表达。正如预期的那样，HA 标记的 spatacsin 在 280 kDa 的大小下可检测到（图 1 G）。由于 spatacsin 功能丧失后表现出一系列神经系统症状，因此评估了神经分化能力。近 90% 的分化对照和 SPG11-HA 神经祖细胞 (NPC) 表达
液滴数字PCR（DDPCR）的初学者指南
液滴数字PCR（DDPCR）已成为分子诊断中的一种变革性技术，在核酸定量中具有无与伦比的灵敏度和精度。通过将样品划分为数千滴，DDPCR可以实现数字方法进行DNA和RNA分析，克服传统PCR方法的局限性。这种微型审查强调了DDPCR在肿瘤学中的关键进步和应用，包括其在检测循环肿瘤DNA（CTDNA），拷贝数变化（CNV）和表观遗传生物标志物方面的效用。该技术鉴定罕见的遗传事件和Moni Tor肿瘤异质性的能力对癌症的诊断，治疗和监测产生了重大影响。此外，DDPCR在非侵入性液体活检中的作用及其在新兴领域的应用，例如CAR-T治疗监测和肿瘤微生物组分析，证明了其广泛的临床潜力。尽管诸如标准化和成本等挑战，但多重和自动化方面的持续进步有望扩大DDPCR的范围，从而进一步增强了其对个性化医学和分子肿瘤学的贡献。
使用混合挤压和激励增强模型从 OCT 图像中检测高级视网膜疾病
视网膜疾病会严重危害人们的视力，直接影响生活质量。视网膜是人眼的重要组成部分，由视觉细胞组成。它负责处理视觉信息。黄斑是中央视觉所必需的，位于视网膜层内。视网膜损伤，特别是黄斑区域的损伤，会导致视力严重丧失 [ 1 ]。因此，及早发现视网膜异常对于及时治疗和减少视力丧失至关重要 [ 2 ]。最常见的视网膜疾病包括糖尿病性黄斑水肿 (DME) 和年龄相关性黄斑变性 (AMD)。AMD 有两种类型：湿性 AMD（脉络膜新生血管，或 CNV）和干性 AMD（视网膜黄斑硬化症），后者是 65 岁以上人群失明的主要原因 [ 3 ]。约 25% 的糖尿病患者患有糖尿病性黄斑水肿 (DME)，这是由于糖尿病导致视网膜积液所致。如果不及时治疗，这些疾病可能会永久损害视力。因此，开发自动诊断系统对于有效的治疗计划至关重要，因为此类系统可以减轻临床医生的负担并提高早期检测率 [ 4 ]。
投资者介绍
其他参考资料 本演示文稿应与 Lithium Americas Corp.（“Lithium Americas”、“LAC”或“公司”）的新闻稿、重大变更报告、最新年度财务报表和相关管理讨论与分析（“MD&A”）、最新中期财务报表和相关 MD&A、技术报告、最新年度信息表和最新管理信息通函（日期为 2023 年 6 月 16 日）（“管理信息通函”）（统称“披露文件”）一起阅读，以了解本演示文稿中引用的信息的完整详情。这些文件可在公司网站 www.lithiumamericas.com 或 SEDAR 或 EDGAR 上找到。此外，本演示文稿应与 Minera Exar SA（“Exar”）的财务报表和相关 MD&A 一起阅读，这些报表和 MD&A 可在阿根廷国家证券交易委员会的网页 www.argentina.gob.ar/cnv 上找到。本演示文稿中包含的信息并非全面，且未经过任何独立审计师的审查。本演示文稿中包含的某些数据基于公司的估计或预期，无法保证这些估计或预期是或将被证明是准确的。
使用酶促转换的无细胞DNA（CFDNA）数据进行拷贝数变化连锁片段化分析允许早期结直肠癌检测
摘要：使用非侵入性液体活检的无细胞DNA（CFDNA）分析是一种新兴的癌症检测和干预方法。不同的分析方法用于研究CFDNA特征，从而产生了组合不同数据所需的昂贵且较长的分析过程。这项研究研究了在早期结直肠癌检测的背景下，使用CFDNA数据转换用于甲基化分析的CFDNA数据将CFDNA片段大小与拷贝数变化（CNV）相结合。具体而言，我们专注于比较酶和硫酸硫酸盐转换的数据，用于评估属于染色体18的CfDNA片段。染色体18染色体通常在结直肠癌中被删除。我们使用了18号染色体的短和中cfDNA片段的数量，并在一组2959个区域训练了线性模型（LDA），以预测独立的测试集中的早期（I-IIA）结直肠癌。总共获得了87.5％的灵敏度和92％的特异性，在酶转化的文库上获得了。重复亚硫酸盐转换数据上相同的工作流程，其敏感性为58.3％，从而得出较低的精度结果，这意味着酶转化可在整个基因组数据中保留比Bisulfite转化率更好的癌症片段化足迹。这些结果可以作为在同一数据集上使用碎片化和甲基化方法早期检测到结直肠癌的新途径。
早产儿童中的自适应认知控制
摘要：早产是一种通常与认知控制（CC）障碍有关的神经发育风险状况。最近的证据表明，CC可以通过联想学习隐式适应。在本研究中，我们研究了在早产（PT; n = 21;平均年龄8±1.3岁；胎龄30±18.5周）和满月（ft; n = 20; n = 20;平均年龄8±1.3岁）的儿童的能力，与自早期（pt; n = 21;平均年龄8±1.3岁）和全年前（ft; n = 20;平均年龄8±1.3岁）的儿童儿童的能力。所有儿童在进行动态时间预测（DTP）任务时均经历了HD-EEG记录，这是一个简单的S1 – S2检测任务，目的是设计旨在生成命令性刺激的局部 - 全球时间预测性。管理威斯康星州卡排序测试（WCST）以测量显式CC。PT组比FT组显示出更早和较慢（DTP）和持久性（WCST）的响应。此外，预处理表现出较差的自适应CC，如效率较小的全球响应速度调整所表明的那样。这种行为模式通过减少且对全局操纵预期的偶有性负变化（CNV）和不同皮质源募集的敏感性反映。这些发现表明，隐式cc可能是与早产相关的非典型认知发展的可靠内表型标记。
非...
摘要：在非小细胞肺癌（NSCLC）中已经确定了越来越多的驱动基因组改变，具有潜在的靶向治疗方法。对并发变化的发生率和不同分布的了解少得多，这是通过在癌基因成熟的NSCLC中进行的全面基因组培养所确定的。回顾性地收集了使用广泛的下一代测序面板连续分析的高级NSCLC的基因组数据。根据存在/不存在并发基因组畸变，对具有至少一个主要可起作基因改变的肿瘤进行了分类，以评估主要致癌基因中吸收的NSCLC之间的不同模式。在研究期间，在284名晚期NSCLC患者中鉴定出了三百九个可作用的基因改变。二十五个肿瘤样品（8％）在可起作的基因中表现出同时改变。共发生。总体上，在八个可起诉的基因组中观察到了并发变化数量的显着差异，TP53，STK11，循环和受体酪氨酸激酶（RTK）的分布分布。ngs对癌基因上瘾的NSCLCs的分析显示出不同的共同分布和模式。需要进一步的研究来评估这些并发变化的预后和治疗相关的影响，并挂在主要基因畸变中。
crispr-介导的肉桂酸 - COA还原酶4的突变，在Allohexaploid oiled Crop Camelina sativa中揭示了其在抗性中的关键作用
背景：硬化菌核（SS）是一种广泛的宿主范围，可影响400多种植物物种。ss cys camelina sativa（CS）的茎腐病疾病是一种适用于低输入作物和工业油属性的Allohexaploid crucifer物种，适用于生物燃料和润滑剂。组织化学和分子研究已将C. sativa中的SS抗性与细胞壁木质化联系起来（Eynck等，2012），并报道了CSS抗性线CN114263中的Cinnamoyl-COA还原酶4（CSCCR4）基因的组成型表达。现代繁殖工作（例如基因编辑）需要改善商业线条，并限制农作物损失的风险，这对生产者来说是重要的。目的：为了研究单极生物合成的重要性以及CSCCR4在Camelina对SS耐药性中的作用，我们使用CRISPR/CAS9介导的基因编辑产生了CN114263 Camelina系的CSCCR4敲除突变体。材料和方法：三十T1植物是通过花卉浸入转化产生的，然后是草甘膦喷雾，该植物在筛选程序的第一步中使用，并通过PCR方法确认。使用数字液滴PCR（DDPCR）确定T1和T2祖细胞中T1和T2祖细胞中的T-DNA拷贝数变化T-DNA CNV，并且通过下降测定技术对T1和T2代的CSCCR4同源物的三个副本中的三个副本中的突变发生。为确保T2植物中的突变体是真实的，对其中三个的cas9/ grna特异性裂解点侧面进行了topo ta测序。在T2代生成中，筛选了CSCCR4基因中的潜在突变。结果：在T1代中，确认了25种植物，这些植物在相应的Camelina基因组中具有1至9个TNA拷贝。在CSCCR4的三个副本中证明了各种类型的突变，包括插入和缺失。实际上，CRISPR系统可以分别在编号T2-Plant 10，T2-Plant 15和T2-Plant 19的事件中删除一个，两或三个副本。T3-plant 19在上一代中所有版本的CSCCR4中表现出突变具有易感性的螺旋杆菌侵袭，并保留为实际CSCCR4突变体材料，以进一步研究骆驼 - 螺旋菌相互作用。CSCCR4中的突变是通过容易出错的非同源端连接（NHEJ）核DNA修复途径发生的。ss挑战早期开花的T3一代。与WildType对照母体CN114263相比，在CSCCR4位置217处的突变的T3植物在CSCCR4位置217处的过早停止密码子受到了损害。结论：使用DDPCR很容易识别T1和T2祖细胞中CSCCR4同源物中的T-DNA CNV和突变的发生。我们说明，CRISPR/CAS9介导的突变是一种体面的技术，可以用来加快突变线的发展，可以帮助您弄清CSCCR4基因在防御：sativa C. c. c. c.c。sativa中的活性，作为前瞻性石油种植作物的生物柴油生产。