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应对 SARS-CoV-2 进化
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2025 年 1 月 27 日发布。；https://doi.org/10.1101/2025.01.23.634579 doi：bioRxiv preprint
对英国四种横向流动装置产品中 SARS-CoV2 基因组序列恢复情况的评估
保留所有权利。未经许可不得重复使用。（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 medRxiv 永久展示预印本的许可。此预印本的版权持有者此版本于 2025 年 1 月 25 日发布。；https://doi.org/10.1101/2025.01.23.25321032 doi：medRxiv preprint
病毒基因组学的进步：SARS-COV-2，SARS，MERS和EBOLA病毒的门控复发单位建模
在这场反对病毒的战争中，病毒基因组测序已被证明是有价值的。它提供了有关该病毒引起疾病的能力，传播和抗药性变化的重要信息12,13。因此，DNA测序的主要目标是发展基因组治疗剂14。这些药物试图了解遗传差异，以破译疾病的复杂性及其疗法15。正在做出重大努力，以整合测序，人群级数据和行为的基因组数据，以彻底研究遗传学与健康之间的联系。基因组研究对于理解新兴病毒变异的发展，传播动力学以及潜在的健康影响至关重要，例如SARS，Ebola，Sars-Cov-2和MERS 16。整合人工智能（AI）和相关的创新，包括机器学习，数据分析和深度学习（DL），可能会大大加速实际见解的提取，从而改善全球适应性17,18。对能够分析大型，复杂和高维遗传数据集的计算方法的需求越来越多，突显了基因组数据管道中准确标准和独特兴趣的需求。仔细使用时，AI可以揭示有关此类数据集的新发现，前提是在遗传数据评估过程的不同阶段有一套明确的要求和目标。
表征病理相关的人类肺上皮细胞中针对 SARS-CoV-1 和 -2 感染的时间和整体宿主先天免疫反应
严重急性呼吸综合征冠状病毒 1 (SARS-CoV-1) 和 2 (SARS-CoV-2) 是已在世界范围内造成大量发病率和死亡率的 β 冠状病毒 (β-CoV)。因此，更好地了解宿主对 β-CoV 的反应将有助于深入了解这些病毒的发病机制，从而确定医疗对策的潜在目标。在本研究中，我们的目标是使用系统生物学方法探索 SARS-CoV-1 和 -2 感染在病理相关的人肺上皮细胞 (Calu-3/2B4 细胞) 中随时间引发的先天免疫反应的规模和范围。在 β-CoV 或模拟感染 Calu-3/2B4 细胞后 12、24 和 48 小时提取的总 RNA 进行 RNA 测序和功能富集分析，以选择感染后表达显着调节的基因。结果表明，SARS-CoV-1 和 -2 在病理相关的人肺上皮细胞中刺激了相似但不同的先天抗病毒信号通路。此外，我们发现许多与病毒生命周期、干扰素和干扰素刺激基因 (ISG) 相关的基因在多个时间点上调。基于它们在被 SARS-CoV-1、SARS-CoV-2 和 Omicron BA.1 感染后的显著调节，四种 ISG，即骨髓基质细胞抗原 2 ( BST2 )、Z-DNA 结合蛋白 1 ( ZBP1 )、CXC 基序趋化因子配体 11 ( CXCL11 ) 和干扰素诱导的跨膜蛋白 1 ( IFITM1 )，被确定为针对 β -CoV 的潜在药物靶点。我们的研究结果表明，这些基因通过先天免疫反应直接或间接影响病原体，使其成为宿主定向抗病毒药物的潜在靶点。总之，我们的结果表明，SARS-CoV- 1 和 SARS-CoV-2 感染对宿主先天免疫反应产生不同的影响。
作者更正：发现口服生物可利用的 SARS-CoV-2 木瓜蛋白酶样蛋白酶抑制剂可作为 COVID-19 的潜在治疗方法
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SARS-COV-2传输2021-2022，美国马萨诸塞州的基于人群的血清保护症
结论：这项调查表明，尽管随着时间的流逝，峰蛋白抗体的抗体增加了，但在社会人口学因素中中和抗体的中和抗体没有差异，这表明在疫苗覆盖率覆盖率或跨州的抗原抗体抗体或跨各个状态的调查时，在监视时没有重大健康差异。一些人口群体（高加索人，高收入和妇女的家庭）的反应率更高，因此，过度采样和加权允许估计较大的马萨诸塞州人口。我们的发现，在人口统计组中中和抗体中没有统计学上的显着差异，这表明所有组都受到SARS-COV-2感染的影响。这些结果突出了马萨诸塞州在保护所有人口统计学中的个人方面的成功。
SARS-CoV-2 主蛋白酶耐药与补偿的分子机制：E166 与 L50 之间的相互作用
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2025 年 1 月 27 日发布。；https://doi.org/10.1101/2025.01.24.634813 doi：bioRxiv 预印本
IIb 期临床试验中，使用基于蛋白质的 PHH-1V 疫苗进行异源 SARS-CoV-2 加强接种 6 个月后的体液和细胞免疫反应
Júliacorominas a，1，卡尔姆·加里加（Carme Garriga） U EB，MarçalGallemíB，Juli a Blanco B，C，D，E，Edwards Pradenas B，Benjamin Trinit trinit ́EB，D，Julia G. Prado B，D，D，E，E，RaúlPe B， Kimming F，Alex Soriano D，H，Jocelyn Nava H，Jesse Omar Anagua H，Rafel Ramos I，J，RuthMartíLluchI，J，Aida Corpes I，Xao，Xao，Xao，Suomer VierMartínez-Gomez-Gomez-Gomez-Gomez-Gomez-Gomez K， O，Alberto M. Borobia D，P，Q，Javier Queiruga Parada P，Q，Jorge，Jorge，Jorge，Jorge，Jorge，Jorge'r E Forrez Giner R，RafaelOrtíucasR，MaríaDelMar Mar Mar Mar Mar Mar V́ O T，Eunate Arana-Arri U，Susana Mejide U，Natale Imaz-ayo，Pacio，Garcia Villa V的女儿，Sara Rodriguez Fern ́ Andez V，Teresa Prat A，
使用奴才序列对SARS-COV-2分析
我们将要使用的数据是武汉海鲜市场肺炎爆发的元文字小奴才数据集[Chan等，2020]。对疾病的病毒进行采样涉及从患者那里获得痰，喉咙或鼻咽拭子或支气管肺泡灌洗液（BALF）样品。因此，样品将包含来自非病毒源的RNA。该数据集是使用独立于序列的单播放扩增（SISPA）方案来制备的，以进行其他病毒序列富集。
检测SARS-COV-2和庇护猫中可能的变体
SARS-COV-2是轻度至重度急性呼吸系统疾病的原因，导致2019年至2022年之间在全球范围内的人类生命丧失。在包括猫和狗在内的各种动物中发现了该病毒，这使其成为一个主要的公共卫生问题和一个健康问题。在这项研究中，在动物收容所中收集了结膜和咽拭子（n = 350）和血清样品（n = 350）（n = 350）（n = 350）。中和测试（SVNT）。203（58％）拭子样品为阴性（未检测到N1和N2），2（0.6％）为正（检测到N1和N2），而145（41％）尚无定论（仅检测到N1）。对N2区域的分析和多个序列比对揭示了猫样样品RNA提取物的N2探针结合区域中的基本对缺失和取代，与GenBank数据库中的正结构和人类SARS-COV-2序列相比。用源自CAT样品扩增子序列的探针代替N2探针，127个N2阴性样品中的123个（96.9％）返回了阳性。除350种血清样品中的所有外，所有其他人的SARS-COV-2抗体都是负面的。这些观察结果表明，尽管在测试的样品中发现SARS-COV-2感染的检测较低，但宠物猫可以怀有该病毒，并作为可能导致人类感染的病毒扩散来源。此外，猫可能带有与SARS-COV-2有关的尚未描述的病毒。