亲子同步 - 以社会反应,相互反应性和共同调节为特征的亲子互动模式与适应性儿童结果有着牢固的联系。同步已在行为和生物学框架中进行了研究。虽然已经证明逆境会影响行为亲子同步,但这种破坏的神经机制被研究了。当前的研究检查了逆境,亲子行为同步和亲子神经同步之间的关联,并使用在亲子交互任务中使用功能性近红外光谱射击范围,其中包括由恢复期降低的轻度诱导人员。参与者包括115名儿童(4-5岁)及其主要护理人员。父母的行为同步被量化为二元组在交互任务中同步的时间(例如,相互交流,协调的行为)。亲子神经同步被检查为父母和儿童横向PFC激活之间的血液动力学一致性。的逆境:社会人口统计学风险(例如家庭收入)和家族风险(例如,家庭混乱)。跨域的逆境与跨任务条件的亲子行为同步降低有关。社会人口统计学风险与亲子神经同步降低有关。这些发现将逆性与降低的亲子行为和神经同步联系起来。
在药物发现中,药物-靶标亲和力 (DTA) 被视为至关重要的一步,因为它有助于在开发过程中识别最有前途的候选药物。由于必须考虑药物和靶分子的结构和功能,以及它们复杂而非线性的相互作用,DTA 预测是一项具有挑战性的任务。本研究的目的是提出一种新颖的 DTA 预测框架,该框架利用图神经网络 (GNN) 的交叉注意网络 (CAN) 的优势。然而,使用 GNN 表示图会保留其 3D 结构信息。现有的基于注意力的方法并未充分利用它们。我们的框架使用 CAN 通过分析药物分子的不同部分如何与蛋白质的特定区域相互作用来捕获药物-靶标对的更准确表示。我们在顺序架构中使用 GIN 和 GAT 来捕获药物图分子的局部和全局结构信息。我们在两个基准数据集 Davis 和 KIBA 上评估了所提出方法的性能。其性能令人鼓舞,在均方误差 (MSE) 和一致性指数 (CI) 方面优于许多最先进的方法。具体来说,对于 Davis 数据集,我们实现了 0.222 的 MSE 和 0.901 的 CI,而对于 KIBA,我们获得了 0.144 的 MSE 和 0.883 的 CI。我们的方法提高了相互作用分析的可解释性和特异性,为药物发现过程提供了更深入的见解,并为预测的 DTA 提供了有价值的解释。我们的研究代码可在以下网址获取:https://github.com/fsonya88/CAN-DTA。
理解单个气泡尺度上的动力学行为对于理解空化流量特性至关重要。在这项研究中,已经对单独的邻近壁液液的折断引起的冲击波进行了实验和数值分析。使用高速摄影和阴影图技术研究了近壁气泡塌陷引起的冲击波特征。使用OpenFoam CavitatingFoAM求解器进行了近壁液液塌陷诱导的冲击波动力学。(1)冲击波显示基本对称分布。沿矢状直径降低的压力最大值。与初始冲击波相比,在壁附近产生的第二个冲击波的强度降低了约21.2%。模拟波速与实验数据表现出很高的一致性,计算出的误差低于7.9%。(2)冲击波在水中传播的压力和速度分别表现出功率功能和指数衰减功能,它们在距离上传播时。和速度的扰动曲线与冲击波传播的方向对齐。此结果表明冲击波充当速度场中产生干扰的催化剂。(3)构建近壁液泡塌陷波能的转化关系。在第一次崩溃期间,近壁空气泡平均损失了其能量的85%。这允许评估空化引起的冲击波对刚性表面的侵蚀影响。
摘要:背景:运动的头部影响会导致脑损伤。通过仪器的胸罩(IMG)准确量化头运动学可以帮助识别有害影响期间的潜在脑运动。当前研究的目的是评估IMG在各种线性和旋转加速度上的有效性,以允许进行局部影响监测。方法:仪器头盔测试装置(ATD)的滴测试在一系列撞击幅度和位置进行,并同时收集了IMG测量。ATD和IMG运动学也被向前馈送到高度有限脑模型,以预测最大的主应变。结果:影响产生了广泛的头部运动学(16-171 g,1330–10,164 rad/s 2和11.3–41.5 rad/s)和持续时间(6-18毫秒),代表了橄榄球和拳击的影响。对ATD和IMG的峰值的比较表明一致性很高,峰值影响运动学的总和相关系数为0.97,预测的脑应变为0.97。我们还发现IMG和ATD测量的时间序列运动数据之间有良好的一致性,旋转速度(5.47±2.61%)的归一化均方根误差最高,旋转加速度最低(1.24±0.86%)。我们的结果证实,IMG可以在大量加速度下可靠地测量基于实验室的头运动学,并且适合将来的现场有效性评估。
背景:结核分枝杆菌的表型药物敏感性测试 (pDST) 可能需要长达 8 周的时间,而常规分子检测只能识别有限的一组耐药突变。靶向下一代测序 (tNGS) 可快速预测全面耐药性,本研究旨在探索其在印度孟买公共卫生实验室内的操作可行性。方法:通过常规方法和 tNGS 对同意的 Xpert MTB 检测阳性患者肺部样本进行耐药性检测。研究团队成员的实验室运营和后勤实施经验如下。结果:在接受检测的所有患者中,70% (113/161) 没有既往结核病史或治疗史;然而,88.2%(n = 142)患有利福平耐药/耐多药结核病(RR/MDR-TB)。对于大多数药物,tNGS 和 pDST 的耐药性预测之间具有高度一致性,总体而言,tNGS 识别耐药性的准确性更高。tNGS 被整合并融入实验室工作流程;然而,分批样本导致结果周转时间显著延长,最快为 24 天。手动 DNA 提取会导致效率低下;因此进行了协议优化。需要技术专业知识来分析未知突变和解释报告模板。tNGS 每个样本的成本为 230 美元,而 pDST 为 119 美元。结论:在参考实验室中实施 tNGS 是可行的。它可以快速识别耐药性,应被视为 pDST 的潜在替代方案。
目的:我们建立了高级别浆液性卵巢癌 (HGSOC) 的 4 种组织病理学亚型,并报告说间充质转化 (MT) 型的预后比其他亚型更差。在本研究中,我们修改了组织病理学亚型算法,以在全切片成像 (WSI) 中实现较高的观察者间一致性,并描述 MT 型的肿瘤生物学特征,以便进行个体化治疗。方法:四位观察者使用 Cancer Genome Atlas 数据中的 HGSOC 的 WSI 进行组织病理学亚型分析。作为验证集,四位观察者独立评估了来自近畿大学和京都大学的病例,以确定一致率。此外,通过基因本体术语分析检查了在 MT 型中高表达的基因。还进行了免疫组织化学以验证通路分析。结果:经过算法修改后,4 种分类的 kappa 系数(表示观察者间一致性)大于 0.5(中等一致性),2 种分类(MT vs. 非 MT)的 kappa 系数大于 0.7(高度一致性)。基因表达分析表明,与血管生成和免疫反应相关的基因本体术语在 MT 类型中高表达的基因中富集。与非 MT 类型相比,MT 类型的 CD31 阳性微血管密度更高,并且在 MT 类型中观察到 CD8/CD103 阳性免疫细胞浸润高的肿瘤组。结论:我们开发了一种使用 WSI 对 HGSOC 进行可重复的组织病理学亚型分类的算法。本研究结果可能有助于 HGSOC 的个体化治疗,包括血管生成抑制剂和免疫疗法。
摘要简介急诊科(EDS)的血液培养物的自由使用导致较低的产量和大量的假阳性结果。假阳性,受污染的培养物与长时间住院,抗生素使用量增加甚至医院死亡率更高有关。该试验旨在调查最近开发和验证的用于预测血液培养结果的机器学习模型是否可以安全有效地指导临床医生扣留不必要的血液培养分析。方法和分析是一项随机对照,非自卑的试验,将当前实践与机器学习指导的方法进行了比较。主要目的是确定基于机器学习的方法是否基于30天死亡率不属于标准实践。次要结果包括住院时间和住院率。其他结果包括模型性能和抗生素使用情况。参与者将在荷兰多家医院的ED中招募。总共包括7584名参与者。道德和传播可能的参与者将收到有关试验的口头信息和纸质信息手册。在提供知情同意之前,他们将至少给予1小时的考虑时间。研究结果将发表在同行评审期刊上。这项研究已获得阿姆斯特丹大学医学中心地方医学伦理审查委员会(第22.0567号)的批准。试用注册号NCT06163781。该研究将与赫尔辛基宣言的原则一致,并根据涉及人类受试者法,一般数据隐私调节和医疗设备调节的医学研究。
疟原虫的抽象全基因组测序正在成为疟疾基因组监测的越来越重要的工具。由于人类DNA在患者血液样本中占主导地位,因此需要耗时的实验室程序才能耗尽人DNA或富集疟原虫DNA。在这里,我们研究了纳米孔自适应采样的潜力,以富集恶性疟原虫读取,同时对未富裕的患者血液样本进行了测序。比较奴才设备上的自适应采样与常规测序,该稀释系列由0%–84%p进行稀释系列。对人DNA中的恶性DNA进行了测序。一半的流细胞通道以辅助采样模式运行,富集了恶性疟原虫参考基因组,从而在包含0.1%–8.4%的恶性疟原虫DNA的样品中富集了三到五倍的恶性疟原虫碱基。通过对具有常见寄生虫血症的三个恶性疟原虫患者血液样本进行测序,即在自适应模式下,为0.1%,0.2%和0.6%证实了这一发现。他们的估计富集分别为5.8、3.9和2.7,足以在中位数为5(最低寄生虫)或355(最高寄生虫)的中间深度(最低寄生虫)的中间深度(最低寄生虫)中覆盖至少97%的恶性疟原虫参考基因组。总共将38个耐药性基因座与Sanger测序结果进行了比较,表现出很高的一致性,这表明所获得的测序数据具有足够的质量,可以解决0.1%及更高寄生虫的患者的常见临床研究问题。总体而言,我们的结果表明,自适应纳米孔测序有可能在将来替代更多耗时的疟原虫富集方案。
抽象的综合蛋白质功能注释对于理解与微生物组相关的疾病机制至关重要。然而,大部分人类肠道微生物蛋白缺乏功能注释。在这里,我们开发了一项新的元素分析工作,从而从DEEPFRI中整合了从头基因组的重新结构,分类学专业和基于深度学习的功能注释。这是在宏基因组中应用基于深度学习的功能注释的第一种方法。我们通过将圆形词的基于矫形器的注释与糖果族同胞的1,070个婴儿含量进行比较,从而验证了DeepFri功能注释。使用此工作流程,我们生成了190万个非冗余微生物基因的序列目录。功能注释揭示了DeepFri和Eggnog预测的基因本体学注释之间的70%一致性。deepfri改善了注释覆盖范围,其中99%的基因出现获得基因本体论分子功能注释,尽管它们的特定特异性少于蛋酒中的基因。此外,我们使用高质量的元基因组组装基因组(MAGS)以无参考的方式构建了蛋白质组,并分析了相关的注释。蛋酒在诸如大肠杆菌等良好研究的生物上注释了更多的基因,而deepfri对分类群不太敏感。此外,我们表明,与先前的糖尿病研究相比,DeepFri提供了其他注释。这项工作流程将有助于对人类肠道微生物组在健康和疾病中的功能特征的新了解以及指导未来的宏基因组学研究。
基因组促进对于指导治疗决策的精确肿瘤学至关重要。液体活检测试是一种互补的组织测试方法,尤其是在不容易获得组织时。LabCORP等离子体焦点测试是一种无细胞的DNA基因组促进测试,该测试可确定固体癌症中可起作用的变体,包括非E小细胞肺,结直肠癌,黑色素瘤,乳腺癌,食管,食管,胃癌和恐同学连接和胃癌。这项研究强调了测试的分析验证,包括与正交方法相比的准确性,以及灵敏度,特殊性,精确性,可重复性和可重复性。与正交方法的一致性表明,单核苷酸变体(SNV),插入/缺失(INDELS)和副本数量放大器(CNAS)分别为98.7%,89.3%和96.2%,分别为crelpliancation和100.0%的clentrycation和Microsatellite Instelite(MSSATELLITE INSTISSII)。分析灵敏度显示,SNV和Indels的检测中位数为0.7%和0.6%,CNA的1.4倍,易位等位基因频率为0.5%,MSI为0.6%。SNV/INDELS的特定峰为99%,CNA,易位和MSI为100%。对于SNVS/Indels和CNA的精度,可重复性和可重复性实验的平均正相一致性为97.5%和88.9%,易位和MSI的平均值为100%。综上所述,这些数据表明,LabCorp等离子体焦点测试是一种高度准确,敏感和特定的方法,用于无细胞的DNA基因组促进,以补充组织测试并提供治疗决策。(J Mol诊断2023,25:477在489和489中;