- 风洞 - 高分辨率粉末衍射仪(HRPD) - 残余应力衍射仪(RSD) - 小角度中子谱仪(SANS) - 核磁共振(NMR) - 电磁兼容性(EMC) - 等等。
样品制备可以在单个粒子冷冻电子显微镜(Cryoem)内提出一个明显的障碍,从而导致可重复性,数据质量或无法可视化样品的问题。有几个因素可以影响这一点,包括样品或缓冲液组成,网格类型,样品制备途径以及与空气 - 水接口(AWI)的相互作用。在这里,我们回顾了一些当前的样本准备和相关挑战的路线。我们讨论了克服这些挑战的一系列方法,例如最大程度地减少网格制备时间,表面活性剂,网格类型和生化方法,例如纳米磁珠。最后,我们讨论了如何将一组市售的蛋白质样品用作未来技术的基准套件。这是比较技术能力的途径,不仅是为了产生高分辨率结构,而且还要克服传统上与冷冻的挑战。作为领域的持续进行样品制备方法,我们开始更好地理解蛋白质在薄膜内的行为背后的基本原理,并响应于不同的环境(尤其是网格组成),希望可以提供更普遍的解决方案,以使可行的系统可弥补,可以使系统易于解决,并确定当前的数据,并迅速提高数据,并迅速收集,并逐步提高数据。
用于使用氧化还原中心的反硝化酶,我们正在利用高级同步器和基于X射线激光的晶体学方法(在英国钻石,英国和日本萨克拉)以及高分辨率的冷冻方法来定义这些持续生命的酶的酶机制。冷冻革命使我们能够将其与细胞色素BC1的晶体学研究,电子传输链的复合物和经过验证的抗性靶标相结合。在利兹和钻石上使用冷冻设施,可以在高分辨率的BC1溶液中可视化候选者。X- Ray和冷冻方法还用于研究MAT酶和复合物,这是一种与肝病相关的关键酶。
摘要 由澳大利亚肽协会、人类蛋白质组组织 (HUPO) 和 HUPO 澳大利亚/新西兰 7 号染色体倡议组织赞助举办的“组学革命:超越基因组学”卫星会议于 2019 年 9 月 8 日在澳大利亚昆士兰州道格拉斯港 Oaks 度假村举行,紧接着第 13 届澳大利亚肽会议。会议有 100 多名代表澳大利亚、欧洲和美国的参会者,重点讨论了组学相关技术的最新进展,包括质谱、生物传感器和 CryoEM,这些技术将有助于蛋白质组学向精准/个性化医疗的临床转化。会议概述和口头报告摘要。关键词:生物传感器、CryoEM、HUPO、知识产权和法律问题、质谱、蛋白质组学、蛋白质基因组学、个性化/精准医疗
细菌 MCC 的原子结构已通过 X 射线晶体学使用在大肠杆菌中表达的带有 His 标签的重组铜绿假单胞菌 MCC (PaMCC rec) 进行解析。22 。PaMCC rec 亚基寡聚化为十二聚体复合物,其核心由六个 β 亚基组成,中间夹着两个 α 三聚体,形成 α 6 β 6 结构 22 。MCC 是否可能以其他形式存在尚不清楚。尽管如此,它们的超分子组装是根据负染色电子显微镜观察到的无色杆菌 IVS MCC 的杆状聚集体推测的 23 。低温电子显微镜 (cryoEM) 的最新进展揭示了意想不到的酶聚合模式,并阐明了此类结构形式的调控作用 24–29 。例如,高分辨率低温电子显微镜结构阐明了几种真核 ACC 30 丝状形式的调控功能。由于缺乏天然 MCC 酶的高分辨率结构,天然 MCC 是否能类似地形成超分子组装体仍未确定。
低温电子显微镜(冷冻)单个颗粒分析的进步通过促进了完全水合的大分子分子络合物的原子和近原子分辨率结构的体外确定,从而彻底改变了结构生物学,这些结构表现出了全面水合的巨大分子配合物,这些结构均具有跨大小范围的构成和构象异构性。低温电子断层扫描(冷冻)和亚图平均迅速发展,正在为原位提供类似的大分子复合物的见解,而无需标签或严厉的生化纯度。此外,冷冻物可以直接在分子,纳米分辨率下直接在没有化学固定或染色伪影的分子纳米分辨率下可视化细胞和组织表型。这项前瞻性评论涵盖了Cryoem/ET的最新发展以及相关技术,例如低温浓缩的离子束铣削扫描电子显微镜和相关光学显微镜,越来越多地增强和通过人工智能算法增强和支持。讨论了他们对新兴概念的潜在应用,主要是补充医学组织病理学分析的前景。机器学习解决方案有望解决组织,细胞和大分子冷冻中的“大数据”所带来的当前挑战,从而提供了对疾病过程的新颖,定量见解的希望,这些疾病可能会转化为诊所并导致改进的诊断和靶向治疗方法。
位点特异性 DNA 重组酶以极其整齐的方式催化单向 DNA 插入、反转和缺失反应,不会留下断裂的磷酸二酯键。然而,它们这样做的机制给它们留下了一个有趣的热力学问题:产物中的共价键净数量与底物中的共价键净数量相同。这些酶如何推动它们的反应完成?此外,它们如何“决定”将哪些 DNA 位点配对为底物以及以何种相对方向配对?我们最近的一系列低温电子显微镜结构为我们最喜欢的位点特异性重组酶(大型丝氨酸整合酶)如何实现这一目标提供了结构解释。主办方:生物系
面对一线抗疟药物的耐药性不断出现,抗疟药物发现渠道中新候选分子的发现取得了巨大进展。然而,在现阶段,大多数后期候选分子都是通过对现有支架进行修改或通过表型筛选方法获得的。考虑到预期的损耗,保持早期发现渠道畅通非常重要。由于许多唾手可得的成果都是从经过全细胞抗疟活性测试的库中摘取的,研究人员正在寻求利用新技术(如低温电子显微镜)来解析结构,并且现已发现了大量经过化学验证的药物靶标,并进一步探索靶向药物发现。基于靶标的药物发现(包括基于结构的药物发现)很有吸引力,因为它可以更好地提炼化合物并提高效力和选择性。
摘要:本研究探讨了淀粉样蛋白前体样蛋白2。该蛋白质构成了阿尔茨海默氏病神经病理学的关键成分。我们利用与结构生物信息学方法配对的下一代测序中的数据,以仔细检查有关E2域结构完整性的突变和功能域。阿尔茨海默氏病,淀粉样蛋白前体蛋白(APP)家族在生物学和疾病中的重要性得到了广泛认可。在本研究中确定了APLP2自主折叠E2结构域的晶体结构,并将其与其旁系同源物应用程序和APLP2进行了比较,后者总体上显示出强大的结构相似性。通过Python Molecular图形咨询了有关蛋白质组学3D样品5TPT的晶体学信息,以显示B-因子计算和极性接触映射。和pdbsum来评估模型的质量。在此方面,通过分析蛋白质的分类来获得功能注释,以了解APLP2在神经退行性过程中的作用。关键字:淀粉样蛋白前体样蛋白2(APLP2); E2域;阿尔茨海默氏病; B因子分析;冷冻分析;模型评估;蛋白质签名数据库;结构分析简介