XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemCryptic
使用 CRISPR/Cas9 基因组编辑检测 cyp51a 介导的曲霉唑抗性
2005年，慢曲霉作为烟曲霉的一个隐种被首次报道，此后，其对唑类药物的耐药性和感染者的高死亡率就成为问题。尽管据报道P450 14-α固醇脱甲基酶（Cyp51）与慢曲霉的唑类抗性有关，但具体的抗药机制尚不清楚。在本研究中，我们利用CRISPR/Cas9基因组编辑系统成功地将整个烟曲霉cyp51A基因引入到慢曲霉的cyp51A基因座中。与亲本菌株相比，含有烟曲霉cyp51A的慢曲霉菌株对伊曲康唑和伏立康唑的最低抑菌浓度降低。这一发现表明 Cyp51A 与 A. lentulus 的唑类抗性有关，可能有助于阐明 Cyp51A 对唑类药物产生抗性的机制，并有助于开发新的抗真菌药物。此外，我们成功地将 CRISPR/Cas9 系统应用于 A. lentulus，为研究这种真菌中其他基因的功能打开了大门。关键词：Aspergillus lentulus、唑类抗性、Cas9/CRISPR、Cyp51A
DNA元编码采样位置的优先级
环境DNA（EDNA）元法编码的进步彻底改变了我们评估生物多样性的能力，尤其是对于隐性或研究较少的生物，例如真菌，细菌和微依脊椎动物。尽管具有成本效益，但由于处理和分析EDNA样品所需的大量时间和资源，对抽样站点的空间选择仍然是一个关键的挑战。这项研究引入了生物多样性数字双胞胎原型，旨在优化EDNA采样位置的选择和优先级。利用可用的EDNA数据并集成用户定义的标准，该数字双胞胎在选择未来的采样站点时有助于明智的决策。通过开发相关的数据格式工具，我们还促进了DNA元编码数据的可访问性和实用性，以进行更广泛的保护工作。该原型将根据未来样本的估计互补性提供直观的界面来提供多个最终用户，从研究人员和监视计划到商业企业。该原型提供了可扩展的生物多样性采样方法。最终，该工具旨在通过有效的EDNA采样来完善我们对全球生物多样性模式的理解，并支持针对性的保护策略。
SF3B1突变介导的H3B-8800 ...
剪接因子3b亚基1（SF3B1）参与了MRNA分支部位识别，是抗肿瘤抑制剂的靶标。在15％的慢性淋巴细胞性白血病（CLL）患者中观察到SF3B1中的突变，并且与预后不良有关，但它们的致病机制仍然很少了解。使用来自298个CLL肿瘤样品的深度RNA序列数据，以及等源性SF3B1 WT和K700E突变的CLL细胞系，我们表征了与SF3B1突变的sf3b1突变相关的靶标和前MRNA序列特征，包括在Map3K7 Gene Gene Resignal Resciental nf-nf-bectional sf3b1突变中的剪接位点。Using the H3B-8800 splicing modulator, we show, for the fi rst time in CLL, cytotoxic effects in vitro in primary CLL samples and in SF3B1 -mutated isogenic CLL cell lines, accompanied by major splicing changes and delayed leukemic in fi ltration in a CLL xenotransplant mouse model.H3B -8800表现出对SF3B1突变细胞的优先致死性，并与Bcl2抑制剂venetoclax保持了协同作用，从而支持SF3B1抑制剂作为CLL中新型治疗策略的潜在使用。
蛋白质集合通过变异自动编码器潜在空间采样
摘要：映射有助于功能的蛋白质构象的整体，可以用小分子药物来靶向，这仍然是一个重大的挑战。在这里，我们探讨了变异自动编码器的使用来减少蛋白质结构合奏生成问题中维度的挑战。我们将高维蛋白质结构数据转换为连续的，低维的表示，在以结构质量度量为导向的空间中进行搜索，然后使用由采样的结构信息引导的Rosettafold来生成3D结构。我们使用这种方法为癌症相关的蛋白质K-RAS生成合奏，在可用的K-Ras晶体结构的子集上训练VAE和MD模拟快照，并评估接近与训练中与晶体结构接近的取样程度。我们发现，我们的潜在空间采样程序迅速生成具有高结构质量的合奏，并且能够在固定晶体结构的1Å内进行采样，其一致性高于MD模拟或Alphafold2预测。采样结构充分概括了固定的K-RAS结构中的隐性口袋，以允许小分子对接。
基于 CRISPR-Cas9 的银叶粉虱 (Bemisia tabaci) 基因组编辑
摘要 烟粉虱隐种中东-小亚细亚 I (MEAM1) 是一种严重的农业广食性害虫，也是多种植物病毒的载体，在全球范围内造成了重大经济损失。由于缺乏强大的基因编辑工具，烟粉虱的控制受到限制。烟粉虱的胚胎很小，注射起来在技术上具有挑战性，而且注射后死亡率很高，因此很难对其进行基因编辑。我们开发了一种 CRISPR-Cas9 基因编辑方案，该方案基于注射卵黄发生成年雌性而不是胚胎（“ReMOT 控制”）。我们确定了一种卵巢靶向肽配体（“BtKV”），当它与 Cas9 融合并注射到成年雌性体内时，会将核糖核蛋白复合物传导至生殖系，从而实现对后代基因组的有效、可遗传的编辑。与胚胎注射相比，成虫注射很容易，不需要专门的设备。开发易于使用的烟粉虱基因编辑协议将使研究人员能够将反向遗传方法应用于该物种，并将带来针对这种毁灭性害虫的新控制方法。
基于 CRISPR/Cas9 的银叶粉虱 (Bemisia tabaci) 基因组编辑
烟粉虱隐种中东-小亚细亚 I (MEAM1) 是一种严重的农业广食性害虫，也是多种植物病毒的载体，在全球范围内造成了巨大的经济损失。由于缺乏强大的基因编辑工具，烟粉虱的控制受到限制。烟粉虱的基因编辑很困难，因为其胚胎很小，在技术上很难注射，而且注射后死亡率很高。我们开发了一种 CRISPR/Cas9 基因编辑方案，该方案基于注射卵黄发生成年雌性而不是胚胎（“ReMOT 控制”）。我们鉴定了一种卵巢靶向肽配体（“BtKV”），当它与 Cas9 融合并注射到成年雌性体内时，会将核糖核蛋白复合物转导至生殖系，从而实现对后代基因组的有效、可遗传的编辑。与胚胎注射相比，成虫注射很容易，并且不需要专门的设备。开发易于使用的烟粉虱基因编辑协议将使研究人员能够将反向遗传方法应用于该物种，并将带来针对这种毁灭性害虫的新控制方法。
Strike Energy Limited West Erregulla Field Development ...
人们认识到，在更广泛的研究领域和开发信封内进行了针对威胁性植物的针对性调查。但是，在调查期间针对的区域并在文档中确定的区域似乎并未完全涵盖该提案的开发信封。承认，针对威胁性的植物群进行了针对性的植物群，目前正在为当地的另一项开发建议，目前由EPA（西Erregulla加工厂和管道）评估，并使用该调查的信息来确定在开发信封中存在威胁性的植物群（即该提案的目标植物群调查未涵盖的区域）。但是，调查方法（即不规则的轨道间距）和努力（即西埃雷格拉加工厂和管道提案的针对性调查的低强度）不太可能完全确定已知当地人口中受威胁的植物群体受到该建议的影响。这与沙普兰鸭兰花特别相关，因为它本质上是隐秘的，并且仅生长到10至20厘米的高度，因此在田间距离观察到挑战。因此，很难确定地确认这些物种中这些物种的发生和程度（包括种群和单个植物的数量）。
黄泥龟（Kinosternon flavescens）快速 eDNA 检测方法的开发与验证：美国南德克萨斯州的一项实地研究
淡水龟种群的保护依赖于精准有效的监测技术。环境 DNA (eDNA) 分析是识别水生生态系统中隐蔽和难以捉摸的龟种的潜在方法。eDNA 分析有助于确定保护工作的重点区域并监测种群水平随时间的变化。本研究旨在评估一种快速 eDNA 检测方法对黄泥龟 (Kinosternon flavescens，一种在美国某些州濒临灭绝的指示种) 的有效性，该龟栖息于南德克萨斯州卡梅伦县的当地牛轭湖（例如 resacas）。一种针对物种的嵌套 PCR 检测旨在增强对黄泥龟种群的检测。我们从卡梅伦县的五个地点采集了水样以检测黄泥龟 eDNA。结果显示，在五个调查地点中有两个地点有黄泥龟存在。我们的研究表明，eDNA 监测对黄泥龟种群具有巨大潜力。该研究还提供了使用 eDNA 监测保护黄泥龟物种的见解，并为未来的研究和保护举措提供了建议。
拟议的全球共识指南
摘要 具有医学意义的真菌名称快速变化，给参与患者护理的临床实验室和临床医生带来了挑战。我们描述了两种具有不同驱动力的名称变化来源，即在种和属的级别。这里提出了一些减少名称变化次数的建议。我们敦促分类学家提供分类学新物种的诊断标记。鉴于由于分类单元采样变化导致系统发育树不稳定性，我们主张将属保持在尽可能大的大小。在复合体或系列中已鉴定物种的报告应尽可能包括总体物种的名称和分子兄弟（通常是隐蔽物种）的名称。由于在未来许多年里同一物种使用不同名称将是不可避免的，因此建立一个包含所有具有医学意义的真菌名称的开放获取在线数据库，并附有适当的命名法名称和同义词至关重要。我们进一步建议，在分类学发现继续进行的同时，临床实验室和临床医生对新名称更改的适应性应由常设委员会定期审查，以确保其随着时间的推移而得到验证和保持稳定性，并参考开放获取数据库，其中以透明的方式列出更改的原因。
crispr – cas9/长阅读测序方法以识别...
突变发现的抽象当前临床方法基于外显子和侧翼剪接位点的简短序列读取（100-300 bp）。短阅读测序对于检测单核苷酸变体，小插入和简单的拷贝数差异非常准确，但用于识别复杂插入和缺失以及其他结构重排的使用有限。我们使用CRISPR-CAS9从乳腺癌患者的淋巴细胞细胞中切除完整的BRCA1和BRCA2基因组区域，然后用长读数（> 10 000 bp）对这些区域进行测序，以完全表征所有非编码区域的结构变化。在受基因面板和外显子组测序中受到早发双侧乳腺癌的严重影响，并以阴性（正常）结果影响的家庭中，我们确定了一个内含子的正弦vntr-alu逆转录子插入插入，导致BRCA1消息中伪exon的构成并引入了置换。CRISPR – CAS9切除和长阅读测序的这种组合揭示了一类复杂，有害和其他隐性突变，这些突变可能在肿瘤抑制基因中特别频繁，并带有内含子重复序列。