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精神分裂症患者缰核的转录组分析
许多神经精神疾病（包括精神分裂症 (SCZD)）的病理生理学与缰核 (Hb) 功能有关。虽然针对 Hb 的药物疗法和深部脑刺激正在成为有前途的治疗方法，但人们对人类 Hb 的细胞类型特异性转录组组织或它在 SCZD 中如何改变知之甚少。在这里，我们定义了人类 Hb 的分子神经解剖学，并确定了 SCZD 患者与神经典型对照相比的转录组变化。利用富含 Hb 的死后人脑组织，我们进行了单核 RNA 测序 (snRNA-seq；n=7 名神经典型供体)，并在 16,437 个细胞核中确定了 17 种分子定义的 Hb 细胞类型，包括 3 个内侧 Hb 群和 7 个外侧 Hb 群，其中几个在啮齿动物和人类之间是保守的。单分子荧光原位杂交 (smFISH；n=3 位神经典型供体) 验证了 snRNA-seq Hb 细胞类型并绘制了它们的空间位置。对 35 名 SCZD 患者和 33 名神经典型对照者的富含 Hb 的组织进行批量 RNA 测序和细胞类型反卷积，得到 45 个 SCZD 相关差异表达基因 (DEG，FDR < 0.05)，其中 32 个 (71%) 是 Hb 富含组织所特有的。eQTL 分析确定了 717 个独立的 SNP 基因对 (FDR < 0.05)，其中 SNP 是 SCZD 风险变异 (16 对) 或基因是 SCZD DEG (7 对)。eQTL 和 SCZD 风险共定位分析确定了 16 个共定位基因。这些结果确定了人类 Hb 中具有不同分子特征的拓扑组织细胞类型，并展示了与 SCZD 相关的独特基因变化，从而为 Hb 在神经精神疾病中的作用提供了新的分子见解。
2025; 16（5）：1709-1725。 doi：10.7150/jca.101555研究论文KLK7参与甲状腺乳头状癌细胞迁移和EMT通过
背景：肝细胞癌（HCC）是一种常见的恶性肿瘤，预后较差。微小浓度维持3（MCM3）蛋白被上调，但是生物学功能，分子机制以及与MCM3在HCC中的肿瘤免疫的关系仍然很少了解。方法：根据TCGA，GEO和LIHC数据库分析了MCM3在HCC中的表达水平和预后作用，以及40个成对的组织样品。我们对这些DEG进行了基因和基因组（KEGG）和基因本体（GO）分析的京都百科全书，以探索MCM3对HCC生物学行为的潜在影响。此外，还采用了流式细胞仪，CCK-8，EDU，菌落形成和裸鼠异种移植模型来研究MCM3的生物学功能。此外，通过计时器2.0，ACLBI和TCGA数据库分析了免疫细胞浸润，标记和与检查点相关的基因。结果：在这项研究中，我们研究了MCM3在HCC中的表达和功能。MCM3在包括HCC在内的多种肿瘤中高度表达，高MCM3表达与各种临床病理学参数呈正相关，并作为HCC总体存活率较差的预后不良的独立因素。同时，免疫特征分析表明，高MCM3表达与HCC中的免疫细胞浸润和免疫检查点有关。我们的功能富集分析表明，MCM3主要参与细胞周期和细胞代谢相关途径。此外，在体外和体内实验进一步证实，MCM3可以通过调节细胞周期进程来促进HCC的增殖。结论：我们的结果表明，MCM3在HCC中被上调，并且可能成为HCC患者诊断和治疗的生物标志物。
原创文章 六种基因在人类肝细胞癌中具有良好的诊断和预后价值
摘要：肝细胞癌（HCC）是最常见的原发性肝癌类型。在过去的几十年中，已有大量数据揭示了其致癌作用。尽管查明HCC的病因具有挑战性，但这本身可能并不是一个无法克服的问题。事实上，新分子靶点的出现已经推动了HCC的靶向治疗。与传统治疗相比，具有分子靶向作用的药物被认为是治疗HCC的最佳方法。然而，目前针对HCC患者的靶向治疗有限。在我们的工作中，我们探索了更多潜在的HCC靶向治疗基因。首先，在基因表达谱交互分析（GEPIA）和NetworkAna lyst中确定了差异表达基因（DEG）。随后，通过富集分析和PPI网络构建选择了10个关键基因。基于GEPIA和Oncomine数据库，选择了六个上调基因。通过人类蛋白质图谱数据库确认了这六个基因的高蛋白表达。此外，根据 Kaplan-Meier 绘图生物信息学，这六个基因与不良的总生存期和无进展生存期相关。此外，通过 UALCAN 确定基因表达与肿瘤分期和病理分级密切相关。更重要的是，使用 cBioPortal 确定 PTTG1、UBE2C 和 ZWINT 是抗癌药物的潜在靶点。qPCR 和蛋白质印迹分析显示后三个基因在 HCC 细胞系中表达水平较高。总之，这些发现有望为 HCC 的临床研究提供理论基础和新见解。
探索基于网络药理学和生物信息学抑制胶质母细胞瘤侵袭的Sempervirine的机制
摘要：背景：侵袭是胶质母细胞瘤（GBM）和重要预后因素的恶性肿瘤的重要特征。sempervirine（SPV）是一种Yohimbine型生物碱，已被证明可以抑制GBM细胞在先前的研究中抑制GBM细胞的增殖，并发现其抗侵入性具有潜在的作用，但其抗侵袭机制仍然未知。方法：在这项研究中探索其在抑制GBM细胞侵袭的药物动力学，我们将网络药理学和生物信息学结合在一起，以对SPV进行全面的探索性分析，并验证了体外机制。结果：首先，从公共数据库中收集了SPV和与入侵相关的基因的靶标。此外，还获得了GBM样品，以分析癌症基因组地图集（TCGA）的差异表达基因（DEG）。然后，通过三个基因组的交集获得了SPV抑制GBM侵袭（SIGI）的相关靶标。此外，GO和KEGG分析表明，Sigi的靶标在AKT信号通路中大量富集。随后，基于机器学习方法，使用TCGA和基因表达综合（GEO）的GBM样品构建了SIGI相关靶标的临床预后模型。成功构建了四生模型（DUSP6，BMP2，MMP2和MMP13），分子对接中MMP2和MMP13的VINA得分较高，这可能是Sigi的主要目标。然后，通过功能实验对侵袭，迁移和粘附测定的影响确认了SIGI的作用，并且涉及P-AKT，MMP2和MMP13表达的变化所效果。最后，与AKT激活剂（SC79）和抑制剂（MK2206）结合使用，我们进一步证实SPV通过AKT磷酸化抑制GBM侵袭。结论：这项研究为AKT磷酸化和SPV抑制GBM侵袭的调节提供了有价值的和期望的观点。
evogliptin，一种DPP-4抑制剂，通过减轻DB/DB小鼠的心脏脂肪毒性来防止糖尿病心肌病
二肽基肽酶-4（DPP-4）抑制剂是降糖药物的2型糖尿病（T2DM）。我们研究了DPP-4抑制剂Evogliptin®（EVO）是否可以预防糖尿病心肌病（DCM）和基本机制。每天通过口服饲料每天对EVO（100 mg/kg/day）进行八个星期大的糖尿病患者和肥胖的db/db小鼠12周。 DB/DB对照小鼠和C57BLKS/J作为野生型（wt）小鼠接受相等量的车辆。 除了降血糖作用外，我们还检查了通过EVO治疗的心脏收缩/放松能力，心脏纤维化和心肌肥大的改善。 通过EVO治疗来确定改善糖尿病心肌病的机制，其对脂肪毒性的影响以及由心肌中脂质液滴积累引起的线粒体损伤。 EVO降低了血糖和HBA1C水平，并提高了胰岛素敏感性，但不会影响体重或血脂性。 心脏收缩/舒张功能，肥大和纤维化在经过EVO治疗的组中得到改善。 EVO通过抑制CD36，ACSL1，FABP3，PPARGAMMA和DGAT1的抑制，并增强FOXO1的磷酸化，表明其抑制作用。 通过激活PGC1A/NRF1/TFAM，通过激活线粒体生物发生的PGC1A/NRF1/TFAM实现了线粒体功能的改善和损伤的减少。八个星期大的糖尿病患者和肥胖的db/db小鼠12周。DB/DB对照小鼠和C57BLKS/J作为野生型（wt）小鼠接受相等量的车辆。除了降血糖作用外，我们还检查了通过EVO治疗的心脏收缩/放松能力，心脏纤维化和心肌肥大的改善。通过EVO治疗来确定改善糖尿病心肌病的机制，其对脂肪毒性的影响以及由心肌中脂质液滴积累引起的线粒体损伤。EVO降低了血糖和HBA1C水平，并提高了胰岛素敏感性，但不会影响体重或血脂性。心脏收缩/舒张功能，肥大和纤维化在经过EVO治疗的组中得到改善。EVO通过抑制CD36，ACSL1，FABP3，PPARGAMMA和DGAT1的抑制，并增强FOXO1的磷酸化，表明其抑制作用。通过激活PGC1A/NRF1/TFAM，通过激活线粒体生物发生的PGC1A/NRF1/TFAM实现了线粒体功能的改善和损伤的减少。RNA-seq的整个心脏结果证实，EVO治疗主要影响与脂质代谢相关的差异表达基因（DEG）。总的来说，这些发现表明EVO通过降低脂肪毒性和线粒体损伤来改善心脏功能，并为DCM提供了潜在的治疗选择。
通过综合生物信息学分析识别与心肌梗塞相关的关键基因和生物途径
抽象背景：冠心病是全球死亡的主要原因。心肌梗塞（MI）是冠心病的致命表现，可以表现为猝死。尽管冠状动脉疾病的分子机制仍然未知，但全球基因表达谱分析被认为是破译该疾病的病理生理和随后疾病的有用方法。本研究使用了生物信息学分析方法来更好地了解冠心病的分子机制。方法：这项实验研究是在AJA医学科学大学心脏病学系（2021-2022）的心脏病学系进行的。为了确定冠心病中关键的失控基因和途径，通过合并三个基因表达数据集（包括GSE19339，GSE66360和GSE29111），使用了一种综合方法。t检验用于统计分析，显着性水平为p <0.05。结果：R中的Limma软件包用于确定总计133度，由124个上调和9个下调的基因组成。KDM5D，EIF1AY和CCL20是最受欢迎的基因之一。此外，使用系统生物学方法，将白介素17（IL-17）信号通路和其他四个信号通路确定为冠状动脉疾病（CAD）和MI的有效潜在发病机理。因此，这些发现可以在CAD和MI病理生理学中提供表达特征和潜在的生物标志物，这可以有助于诊断和治疗目的。结论：在MI和CAD中引入了五个信号通路，这些信号通路主要参与炎症，包括IL-17信号通路，TNF信号通路，TOLL样受体信号通路，C型凝集素受体信号通路和类风湿性关节炎信号通道。
原创文章 CD14 和 CSF1R 作为诱发骨关节炎的发育分子靶点
摘要：目的：骨关节炎(OA)是一种以关节软骨损伤为主、可累及整个关节组织的非炎症性退行性关节疾病。但CD14和CSF1R与骨关节炎的关系尚不明确。本研究旨在探讨CD14和CSF1R在骨关节炎中的重要作用，为其防治提供新的方向。方法：从GPL10558和GPL570生成的基因表达综合(GEO)数据库中下载骨关节炎数据集GSE46750和GSE82107，利用R包limma筛选差异表达基因(DED)，进行加权基因共表达网络分析(WGCNA)，进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的构建与分析、功能富集分析、基因集富集分析(GSEA)和比较毒性基因组学数据库(CTD)分析。 TargetScan 筛选出调控中枢 DEGs 的 miRNA。结果：共鉴定出 687 个 DEG，按照基因本体论（GO）主要集中在炎症反应、IL-17 信号通路、类风湿关节炎、运动、调控对外界刺激的反应等，富集项与 GO 京都基因和基因组百科全书 (KEGG) 对 DEG 的富集项类似，主要集中在运动、炎症反应、防御反应、含胶原蛋白的细胞外基质、受体调节活性等。在 Metascape 的富集项目中，GO 有炎症反应、SARS-CoV-2 信号通路网络图、PIDIL8CXCR1 通路、调控骨重塑和软骨内骨化等。通过 PPI 网络构建与分析，获得 20 个核心基因。基因表达热图显示核心基因（C1QC、CSF1R、CD14、TYROBP、HLA-DRA、C1QB、FCER1G、S100A9、HCLS1、WAS、BTK、TREM1）在骨关节炎滑膜组织中高表达，在正常滑膜组织中低表达。CTD分析显示，12个基因（C1QC、CSF1R、CD14、TYROBP、HLA-DRA、C1QB、FCER1G、S100A9、HCLS1、WAS、BTK、TREM1）与炎症、坏死、痛风、急性髓系白血病和血小板减少有关。结论：CD14和CSF1R在骨关节炎中高表达，可能成为骨关节炎的治疗靶点。
毛囊干细胞在扩展条件下促进表皮再生
皮肤软组织膨胀在塑料和重建手术中起着至关重要的作用，并且广泛用于器官重建，修复广泛的疤痕，巨型先天性NEVI和组织缺陷（Cheng等，2020）。在扩张期间，皮下植入的扩展器植入了常规盐水注射，从而导致获得充分覆盖颜色和质地匹配的伤口缺陷的皮肤组织。尽管皮肤软组织扩张的安全性和令人满意的修复作用，但严重的问题持续存在，这是较低的膨胀效率（Dong等，2020），延长了患者的治疗持续时间（Han等，2017）。为解决这个问题，促进皮肤再生成为一种有前途的方法，它与一系列潜在机制联系起来（Guo等，2022）。皮肤组织主要是通过机械拉伸的生物学反应而经历生理生长，因为它们在数月的整个皮肤扩张期间都会受到皮肤下张子膨胀者的通往的力。因此，机械拉伸越来越被视为主要且引发因素影响皮肤再生的因素。在膨胀过程中，皮肤组织会重复经过微瘤，伤口愈合和皮肤发育，以应对机械拉伸刺激（Ding等，2019）。因此，各种细胞，分子和信号通路经历恒定变化，从而导致新组织的产生。细胞行为和命运由多种差异表达的基因（DEG）确定，这可以受到机械刺激的影响在这种扩展的条件下，复杂的机械生物学微环境会诱导皮肤组织感知伸展的细胞和细胞外基质（Guimarães等，2020），从而导致多种生物学反应与简单伤口愈合和皮肤恢复不同。
2025; 16（5）：1656-1667。 doi：10.7150/jca.104371 CDK1在卵巢和宫颈癌中的研究论文预后意义
背景：卵巢癌（OC）和宫颈癌（CC）是女性死亡的主要原因。因此，确定早期检测和治疗的标记至关重要。CDK1控制细胞周期的G2/M转变，是周期的重要调节蛋白。RO-3306和UBE2C与CDK1表达有关，并可能共同促进OC的发展。CDK1和CDK2磷酸化MLK3，在OC细胞的侵袭和增殖中起重要作用。此外，miR-490-3p靶向CDK1并限制卵巢肿瘤的生长。CDK1在CC的进展中也起着至关重要的作用。例如，CDK1的过表达可以挽救与关键过程有关的RCC1敲低的影响，例如胞质转运，对G1细胞周期进程。使用生物信息学分析，我们评估了共表达基因CDK1在这两种癌症中的功能富集和作用及其对预后的影响。方法：首先，我们筛选了与OC和CC相关的DEG的公共数据集并确定了相交基因。这些基因的富集分析揭示了关键的生物学途径和过程。然后，我们生成蛋白质 - 蛋白质相互作用网络，以鉴定中央基因和重要基因模块。结果：其他富集分析表明，细胞周期调节和生殖细胞成熟是这些核心基因调节的主要过程。我们还检查了CDK1在OC和CC中的功能，证明了其过表达及其与特定的免疫细胞浸润模式的关联。此外，CDK1突变负担，拷贝数变化和患者生存分析表明，CDK1可能是有用的预后标记。最后，免疫组织化学检查证实了某些候选基因在临床样品中的表达。结论：这些发现阐明了OC和CC的分子原因，并将有助于确定有关这些癌症的未来研究的新目标，包括它们的诊断和治疗。
原始研究根据可溶性介体确定了预后签名，定义了免疫景观，并预测了HNSCC的预后
背景：头颈鳞状细胞癌（HNSCC）的研究是一种流行而侵略性的头颈癌，重点是可溶性介质的作用。目的是利用可溶性介体相关基因（SMRG）的基于转录组的风险分析来提供对HNSCC患者预后和免疫疗法功效的新见解。方法：我们使用502 HNSCC和44个来自TCGA-HNSC队列的正常样品（TCGA）分析了10,859个SMRG的表达和预后意义。样品以7：3的比例分为训练和测试集，并使用来自国际癌症基因组联盟（ICGC）的40个肿瘤样本进行了额外的外部验证。通过单变量和拉索-Cox回归分析鉴定出具有预后意义的差异表达基因（DEG）。使用套索和多元COX回归开发了基于20个SMRG的预后模型。我们评估了使用最佳数据库和单样本基因集富集分析（SSGSEA）的高风险（HR）和低风险（LR）HNSCC患者的临床结果和免疫状态。结果：20个SMRG对于预测HNSCC的预后至关重要，SMRG签名作为独立的预后指标出现。与LR组相比，在人力资源组中分类的患者表现出较差的结果。 nom图，整合临床特征和风险评分，表现出了实质性的预后价值。表现出较差的结果。nom图，整合临床特征和风险评分，表现出了实质性的预后价值。免疫疗法在LR组中似乎更有效，可能归因于免疫检查点的免疫浸润和表达。结论：基于可溶性介体相关基因的模型提供了一种新的观点，可以评估免疫前功效并展示强大的预测能力。这种创新的方法在推进精确免疫肿瘤研究领域具有巨大的希望，为HNSCC的个性化治疗策略提供了宝贵的见解。