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重排版 AML
具有 KMT2A 重排 (KMT2Ar) 的急性髓系白血病 (AML) 位于染色体 11q23 上，通常称为 KMT2A 重排 AML (KMT2Ar-AML)。这种变异具有高度侵袭性，其特点是疾病进展迅速且预后不良。对表观遗传变化（尤其是乳酸化）的了解日益增多，为研究和管理这种亚型开辟了新途径。乳酸化在癌症、炎症和组织再生中起着重要作用，但其潜在机制尚未完全了解。这项研究检查了乳酸化对 KMT2Ar-AML 内基因表达的影响，最初确定了十二个值得注意的乳酸化依赖性差异表达基因 (DEG)。利用先进的机器学习技术，确定了六个关键的乳酸化相关基因（PFN1、S100A6、CBR1、LDHB、LGALS1、PRDX1），这些基因对于预后评估至关重要，并与相关疾病途径相关。该研究还建议使用 PI3K 抑制剂和 Pevonedistat 作为调节免疫细胞浸润的可能治疗选择。我们的研究结果证实了乳酸化在 KMT2Ar-AML 中的关键作用，并确定了六个可作为诊断和治疗生物标记的关键基因。除了强调需要在临床环境中进一步验证外，这些发现还有助于我们了解 KMT2Ar-AML 的分子机制。
我们可以检测到弱重力场的量子性质吗？
图2 PSEN1 A246E神经元中的RNA-SEQ鉴定了疾病内型。（a）PSEN1 A246E IPSC衍生的神经元相对于NDC的差异表达基因（DEG）的RNA-seq火山图，具有错误的发现率（FDR）调整后的P值<.05。（B-C）通过（b）ISMARA基序分析（基于Z得分，TF-GENE PEARSON相关性和平均基因目标表达变化）和（C）Dorothea TF-GENE目标分析（基于标准化的富集量），通过（c）基因目标表达变化）（基于Z得分，平均基因目标表达变化），通过（B）ISMARA基序分析（基于Z得分，TF-GENE PEARSON相关性）预测具有显着活性变化的转录因子（TFS）。ISMARA平均靶基因表达变化由UP（相对于NDC的增加）或向下（相对于NDC）箭头指示。（D-E）使用（d）CODODE-CHEA共识TF数据库或（e）通过FGSEA多层次富集测试（e）定义的神经元相关TF-GENE目标列表的PSEN1 A246E神经元中排名的TF-TARGET富集。（F-G）使用（F）标志性数据库和（G）基因本体生物学过程（GOBP）对PSEN1 A246E神经元基因表达签名进行排名的富集分析。
A3907 是一种系统性 ASBT 抑制剂，可通过多器官活性改善小鼠胆汁淤积，并显示出与人类的转化相关性
缩写：α-SMA，α-平滑肌肌动蛋白；ALP，碱性磷酸酶；ALT，丙氨酸氨基转移酶；ASBT，顶端钠依赖性胆汁酸转运蛋白；ASBTi，ASBT 抑制剂；ATCC，美国典型培养物保藏中心；AUC inf，从给药时间到最后可测量浓度的 AUC 并外推至无穷大；BAs，胆汁酸；BDL，胆管结扎；C4，7α-羟基-4-胆甾烯-3-酮；CA，胆酸；CDCA，鹅去氧胆酸；CK7，细胞角蛋白-7；CMC，羧甲基纤维素；Cyp7a1，细胞色素 P450 家族 7 亚家族 A 成员 1；d，天；DCA，脱氧胆酸；DEGs，差异表达基因；GCDCA，甘氨鹅去氧胆酸； GO，基因本体；H&E，苏木精-伊红；IC50，半数最大抑制浓度；LCA，石胆酸；LC-MS/MS，液相色谱串联质谱法；MCA，鼠胆酸；MCP-1，单核细胞趋化蛋白-1；MDR3，多药耐药蛋白3；基质金属蛋白酶7 (MMP-7)，基质金属蛋白酶7；NRC，正常大鼠胆管细胞；NTCP，Na+-牛磺胆酸共转运多肽；OST α /OST β，有机溶质转运蛋白α/β；QWBA，定量全身放射自显影；RNAseq，RNA测序；RT-qPCR，定量实时PCR；SAD，单次递增剂量；t 1/2，终末半衰期；UDCA，熊去氧胆酸；WT，野生型。
大脑器官作为建模神经疾病的工具
1, SFEBq = serum-free floating culture of em- bryoid body-like aggregates with quick aggrega- tion, CGE = Caudal Ganglionic Eminence, SS = Subpallium Spheroids, SAG = Smoothened Agonist, CXCR4 = Chemokine Receptor type 4, CO = Cortical Organoids, ALI-Cos = Air-Liquid Interface culture to Cerebral Organoids, MPCs = Mesoderm Progenitor Cells, IBA1 = Ionized calcium-Binding Adapter molecule 1, WDR62 = WD Repeat domain 62, KIF2A = Kinesin Fam- ily Member 2A, CEP170 = Centrosomal Protein 170, NARS1 = asparaginyl-tRNA synthetase 1, RGC = Radial Glial Cells, CNV = Copy Num- ber Variation, PTEN = Phosphatase and Tensin homolog, ODC1 = Ornithine Decarboxylase 1, PKB = Protein Kinase B, ASDs = Autism Spec- trum Disorders, FOXG1 = Forkhead Box G1, CHD8 = Chromodomain Helicase DNA-bind- ing protein 8, DEGs = Differentially Expressed Genes, DISC1= Disrupted-in-Schizophrenia 1, GSK3 = Glycogen Synthase Kinase 3, RTT = Rett Syndrome, MeCP2 = Methyl-CpG-binding protein 2, ERK = Extracellular signal-Regulated Kinase, MAPK = Mitogen-Activated Protein Ki- nase, MDS = Miller-Dieker Syndrome, AD = Alzheimer's Disease, APP = Amyloid Precursor Protein, PSEN = Presenilin, APOE = Apoli- poprotein E, NFT = NeuroFibrillary Tangles, MMP = Metalloproteinase, PD = Parkinson's Disease , SNCA = Synuclein Alpha, LRRK2 = Leucine Rich Repeat Kinase 2, HD = Huntigton's Disease, GSCs = Cancer Stem Cells, GBOs = Glioblastoma Organoids, TBI = Traumatic Brain Injury, CCI = Controlled Cortical撞击，NSE =神经元特异性烯醇酶。
A3907 是一种系统性 ASBT 抑制剂，可通过多器官活性改善小鼠胆汁淤积，并显示出与人类的转化相关性
缩写：α-SMA，α-平滑肌肌动蛋白；ALP，碱性磷酸酶；ALT，丙氨酸氨基转移酶；ASBT，顶端钠依赖性胆汁酸转运蛋白；ASBTi，ASBT 抑制剂；ATCC，美国典型培养物保藏中心；AUC inf，从给药时间到最后可测量浓度的 AUC 并外推至无穷大；BAs，胆汁酸；BDL，胆管结扎；C4，7α-羟基-4-胆甾烯-3-酮；CA，胆酸；CDCA，鹅去氧胆酸；CK7，细胞角蛋白-7；CMC，羧甲基纤维素；Cyp7a1，细胞色素 P450 家族 7 亚家族 A 成员 1；d，天；DCA，脱氧胆酸；DEGs，差异表达基因；GCDCA，甘氨鹅去氧胆酸； GO，基因本体；H&E，苏木精-伊红；IC50，半数最大抑制浓度；LCA，石胆酸；LC-MS/MS，液相色谱串联质谱法；MCA，鼠胆酸；MCP-1，单核细胞趋化蛋白-1；MDR3，多药耐药蛋白3；基质金属蛋白酶7 (MMP-7)，基质金属蛋白酶7；NRC，正常大鼠胆管细胞；NTCP，Na+-牛磺胆酸共转运多肽；OST α /OST β，有机溶质转运蛋白α/β；QWBA，定量全身放射自显影；RNAseq，RNA测序；RT-qPCR，定量实时PCR；SAD，单次递增剂量；t 1/2，终末半衰期；UDCA，熊去氧胆酸；WT，野生型。
利用生物信息学方法鉴定宫颈癌新基因及相关药物
背景：宫颈癌是严重危害妇女健康的常见妇科肿瘤之一，准确探究其发生发展和临床预后的潜在机制尤为重要。材料/方法：在GEO数据库中，使用GEO2R对GSE6791、GSE9750、GSE63514、GSE67522四个数据库中的差异表达基因进行分析，然后使用DAVID网站进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。使用STRING网站对DEGS的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络进行可视化和分析，并使用Cytohubba插件进一步筛选枢纽基因。最后，通过基因表达谱交互分析（GEPIA）在线工具、人类蛋白质图谱（HPA）数据库和QuartataWeb数据库进一步分析枢纽基因的功能。结果：4个Profile数据集共收集了101例癌组织和67例正常组织，4个数据集中的78个差异表达基因中，51个基因上调，27个基因下调。使用Cytoscape和STRING工具对这些差异表达基因的PPI进行可视化。随后，利用GEPIA工具和Kaplan-Meier曲线进一步分析枢纽基因，结果显示CDK1和PRC1的调控与较好的生存相关，而AURKA的调控与较差的生存相关。在这些枢纽基因中，仅AURKA与宫颈癌的预后密切相关，并发现了21种潜在药物。结论：这些结果提示AURKA及其候选药物未来可以提高宫颈癌的个体化诊断和治疗。
肽耦合的RBC作为自身免疫性疾病的治疗
a Anti AAV Adeno-Associated Virus acc Acceleration ANOVA Analysis of Variance APC Antigen Presenting Cells APL Altered peptide ligands AUC Area Under the Curve BBB Blood-Brain Barrier Blvrb Biliverdin Reductase b BMDC Bone Marrow Derived Dendritic Cells BMDM Bone Marrow Derived Macrophages BTLA B And T Lymphocyte Associated CCL Chemokine (C-C motif) Ligand CCR C-C Chemokine Receptor CD Cluster of Differentiation Cdh5 Cadherin 5 CFA Complete Freund's Adjuvant CFSE Carboxyfluorescein Succinimidyl Ester CIS Clinically Isolated Syndrome CLEC4F C-type lectin domain family 4 member F CNS Central Nervous System CSF Cerebrospinal Fluid CTFR Cell Trace Far Red CTLA-4 Cytotoxic T-lymphocyte-Associated Protein 4 DCs Dendritic Cells dec Deceleration DEGs Differentially Expressed Genes DMT Disease-modifying Therapies DTx Diptheria Toxin EAE Experimental Autoimmune Encephalomyelitis EBV Epstein-Barr Virus EDC 1-Ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl) Carbodiimide EDSS扩展的残疾状态量表E FACS荧光细胞分选FBS胎牛血清FCGR FCGR FC FC FC FC FC FC受体FCNA FICOLIN 1 FDR FRASE FALSE发现率FGCZ功能基因组中心Zurich Foctimation Center Zurich Focp3 Foxp3 Forkhead Forkhead Box蛋白3 GDF15生长/分化因子15 gdf15 gdf15 gdf15 gdf15
标题：MZB1在黑色素瘤中的潜在致癌作用和免疫调节机制
虽然免疫检查点阻滞（ICB）疗法已大大改善了黑色素瘤的治疗方法，但大多数患者无法实现持久的反应。因此，迫切需要提高我们对黑色素瘤免疫逃避机制的理解，并确定能够增强ICB反应的新目标。MZB1（边缘区B和B1细胞特异性蛋白）在转移性黑色素瘤中差异表达。在有限数量的癌症中，MZB1已被证明充当癌基因或肿瘤抑制剂。然而，其在黑色素瘤中的作用和意义尚不清楚。在这项研究中，我们使用MZB1过表达（OE）（在SK-MEL-2和SK-MEL-2和SK-MEL-28）和CRISPR敲除（KO）（KO）（在A375和HS294T）线上确定了MZB1在人黑色素瘤细胞系中MZB1的功能显着性和免疫调节机制。MZB1 OE显着增加了黑色素瘤细胞的增殖和增殖标记物KI67和PCNA的表达，而MZB1 KO产生了相反的作用。为了鉴定与MZB1相关的免疫调节机制，我们使用纳米串NCounter技术对770个免疫相关基因进行了差异基因表达分析。nsolver分析确定了153个差异表达的基因（DEG）是HS294T细胞中MZB1敲除的结果（调整后的P <0.05，1.5倍变化截止）。MZB1 KO强烈降低了HLA II类家族基因的表达，并改变了各种细胞因子的表达，表明MZB1的免疫调节作用。此外，MZB1 KO显着下调了与癌症进展和转移促进有关的基因。此外，MZB1 KO降低了常见的“癌细胞”基因的表达，例如RXRG，ALDH1A1，AQP1，NFATC2，LPAR1，表明黑色素瘤中MZB1表达可能会促进推断分化的或神经裂纹的状态。此外，对DEG的Ingenuity途径分析（IPA）显示，MZB1 KO时发生了许多与癌症相关的功能（P调节<0.05），并显示出癌症促进途径在内的肿瘤生长，转移，转移和增殖的负富集。IPA调节分析预测MZB1 KO会减少包括PI3K，MEK和ERK1/2在内的致癌信号传导组件的激活。此外，IPA预测，MZB1抑制作用可以通过激活与T细胞增殖和激活，白细胞迁移和巨噬细胞激活相关的机制来积极地对更高的免疫反应敏感。总体而言，我们的研究表明，MZB1促进黑色素瘤中的致癌信号传导，以驱动增殖和去分化，并调节可能导致黑色素瘤细胞免疫逃避的广泛免疫基因。因此，MZB1值得进一步研究，以确定靶向MZB1产生的免疫后果是否可以补充黑色素瘤治疗中的ICB方法。
集成的OMICS方法揭示了渗透压...
抽象的水生膜连续面对渗透应力，ill是感官并应对外部渗透挑战的第一个组织。然而，对吉尔微生物群如何应对渗透压及其潜在的宿主 - 细菌关系的理解受到限制。当前研究的目标是通过转录组测序和16S rRNA基因测序来鉴定g细胞中的低音反应基因，并在淡水传输实验后介绍吉尔微生物群。转录组测序在淡水传递后，鉴定出1,034个差异表达的基因（DEG），例如水通道蛋白和氯化钠共转运蛋白。基因和基因组（KEGG）分析的基因本体论（GO）和京都百科全书进一步强调了g的类固醇生物合成和糖胺聚糖生物合成途径。，将16S rRNA基因测序鉴定为海水中的主要细菌，在淡水传递后变为假单胞菌和cet骨。Alpha多样性分析表明，淡水转移组中的g细菌多样性较低。KEGG和METACYC分析进一步预测了吉尔细菌中糖胺聚糖和几丁质代谢的改变。总的来说，吉尔细胞和吉尔微生物群中的常见糖胺聚糖和几丁质途径都表明gill中的宿主 - 细菌相互作用促进了淡水的适应。
结肠癌进展反映出基因表达和通路失调的单调分化，促进了特定阶段的药物再利用
摘要。背景/目的：结肠癌是最常见的癌症类型之一，也是癌症导致死亡的第二大原因。人们已经做出许多努力来研究结肠癌进展过程中的分子改变。然而，识别阶段特异性分子标记仍然是一个挑战。本研究的目的是开发一种新的计算方法来分析结肠癌各阶段差异基因表达和通路失调的变化，以揭示阶段特异性生物标记并加强药物再利用研究。材料和方法：结肠癌的转录组数据集用于识别（a）在四个结肠癌阶段中具有单调性倍数变化（MEG）的差异表达基因和（b）与参与差异表达基因（DEG）数量相关的单调富集（MEP）上升的扰动通路。通过计算机药物再利用流程，我们确定了调节 MEG 表达并靶向产生的 MEP 的药物。结果：我们的方法突出了 15 种 MEG 和影响其表达的 32 种候选再利用药物。我们还发现 51 种 MEP 根据其在结肠癌各阶段的 DEG 含量变化率分为两组。通过关注突出的再利用药物的目标 MEP，我们发现其中一种神经活性药物