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单核细胞中的细胞因子分析和转录组学定义了Meniere病中的免疫变异 青春期的持续选择性关注 饮食无序饮食与糖尿病自我护理之间的双向关系的认知行为模型，患有1型糖尿病的成年男性 癌症 - UCL发现 通过其MRS代谢物特征对小儿脑肿瘤的表征 通过减少射血分数与心力衰竭的减少和保留的射血分数区分心力衰竭：一种现象学方法 Bayliss -Starling奖演讲：脊髓和皮质伤害性电路的发育生理学 青春期违反直觉科学和数学推理的神经和认知基础 COPD中的心血管疾病和风险：最先进的审查 DNA复制终止期间姐妹染色单体内聚力 T细胞与化学免疫疗法相比 - UCL发现 计算精神病学系列Tobias U. Hauser 心血管疾病知识门户 b''
Meniere病（MD）是一种慢性内耳障碍，其特征是眩晕攻击，感觉性听力损失，耳鸣和听觉饱满感。因此，通过使用转录组分析，我们发现了支持MD炎症病因的广泛证据，我们旨在描述MD的炎症变体。我们对45例定义MD和15个健康对照的患者进行了大量RNASEQ。MD患者根据其基础IL-1β的基础水平分为2组：高和低。使用Exphunter Suite进行了差异表达分析，并使用估计算法XCELL，ABIS和CIBERSORTX评估细胞类型比例。MD患者显示出15个差异表达的基因（DEG）。顶部DEG包括IGHG1（p = 1.64´10-6）和IgLV3-21（p = 6.28´10-3），支持在适应性免疫反应中的作用。细胞因子促填充定义具有高水平IL-1β患者的亚组，具有IL6上调（p = 7.65´10-8）和INHBA（p = 3.39´10-7）基因。来自外周血单核细胞的转录组数据支持高水平IL6和幼稚的B细胞和记忆CD8 + T细胞的MD患者的临床亚组。
中风心脏综合征的免疫特征和炎症治疗靶标的鉴定
由中风心脏综合征（SHS）引起的急性心脏功能障碍是中风相关死亡的第二大原因。炎症反应在心脏损伤的病理生理过程中起着重要作用。但是，大脑的基础机制 - 心脏相互作用的理解很少。因此，我们旨在分析免疫学表征并确定SHS的炎症治疗靶标。我们通过MCAO或假手术在基因表达综合（GEO）的公开数据集（GSE102558）中分析了MCAO或假手术诱导局部缺血后的心脏组织的基因表达数据。生物信息学分析显示，与假处理的小鼠相比，MCAO处理的心肌中有138个差异表达的基因（DEG），其中免疫和炎症途径富集。对免疫细胞进行术中的分析表明，两组之间的天然杀伤细胞群显着不同。我们识别了五个diregs，aplnr，ccrl2，cdkn1a，irak2和serpine1，发现它们的表达与心脏组织中填充免疫细胞的特异性种群相关。rt - QPCR和Western印迹方法在MCAO之后证实了APLNR，CDKN1A，IRAK2和SERPINE1的表达水平的显着变化，这可能是预防中风后心血管并发性的治疗靶标。
双膦酸盐的免疫相关表达谱——...
目的：研究双膦酸盐相关颌骨坏死（BRONJ）的免疫细胞和基因组图谱，挖掘潜在的小分子药物。方法与材料：从基因表达数据库（GEO）下载患有BRONJ的多发性骨髓瘤（MM）患者的基因组图谱。通过估计RNA转录本的相对亚群，通过细胞类型识别预测患者体内22种免疫细胞亚群的浸润。此外，识别BRONJ的差异表达免疫相关基因（DEMG），然后进行基因本体论和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析以进行功能注释。然后，基于DEGs通过连接图（CMAP）预测用于治疗BRONJ的潜在药物。结果：BRONJ患者中天然CD4+T细胞和M0巨噬细胞比例较高，静息肥大细胞、NK细胞和嗜酸性粒细胞比例下调（P < 0.05）。静息树突状细胞和γδT细胞呈正相关（r=0.93）。另外，从BRONJ表达谱的336个DEG中筛选出36个DEMG。GO富集分析显示，DEMG与肽基酪氨酸修饰、髓系白细胞迁移、白细胞趋化和趋化因子产生调控最相关（P<0.05）。KEGG分析显示DEMG主要与细胞因子-细胞因子受体相互作用、IL-17信号通路和NF-κB信号通路有关（P<0.05）。此外，在伴有ONJ的MM患者中筛选出12种小分子药物。结论：BRONJ中免疫细胞类型和免疫相关转录组不同组成的发现有助于解释MRONJ的发生、发展，为BRONJ的治疗提供了新的靶点。
与预后和免疫浸润相关的草药配方的研究文章机制：转录组学分析和分子动态
背景。这项研究的目的是探索使用系统生物学方法的草药配方单体与其治疗靶标之间的相互作用，这可能是揭示其潜在机制的一种有希望的方法。shentao ruangan汤（Strgd）。方法。从传统的中药系统药理学数据库和分析平台和蝙蝠侠-TCM数据库中检索了StrGD的生物活性成分和药物靶标。LIHC相关的差异分歧基因（DEGS）和关键模块。te kaplan – Meier分析用于研究StrGD肿瘤靶标与患者存活之间的关系。te cibersort反卷积算法用于分析StrGD肿瘤靶标与内部免疫细胞之间的相关性。富集分析用于分析生物学功能。使用分子对接和MDS研究了StrGD化合物与LIHC-免疫相关基因之间的相互作用。结果。我们确定了24个StrGD肿瘤靶标，这与LIHC患者的生存和免疫细胞水平相关。免疫纤维化，基因集富集和基因和基因组分析的京都百科全书强调了T和B细胞亚群的作用，这些作用均与激活蛋白1（AP1）有关，在StrGD动作中都相关。结论。对接研究和HPLC表明，坦（Tanshinone IIA）是LIHC治疗中StrGD的主要化合物，MDS表明潜在的LIHC免疫相关靶标1FOS和1Junly与Tanshinone IIA结合。TE机制包括StrGD化合物与LIHC免疫相关靶标之间的相互作用。这项研究的发现可以指导研究研究研究对靶向1Jun和1fos治疗LIHC的药物的潜在有用性的研究。
碳酸酐酶抑制剂U-104抑制肿瘤进展
摘要：U-104是一种有效的碳酸酐酶（CAS）的抑制剂，已显示为几种人类癌症类型的潜在抗肿瘤药物。但是，U-104的下游机制及其在舌鳞状细胞癌（TSCC）中的功能尚不清楚。既没有证实U-104的抗肿瘤效应是否取决于Ca 9和Ca 12。在这项工作中，我们发现了通过RNA测序调节的差异表达的基因（DEG）和电势细胞过程。与细胞死亡相关，细胞增殖，迁移和对药物细胞过程的反应是最高的GO（基因本体学）过程，这与观察到的TSCC 15细胞中U-104治疗的生物学作用一致。此外，Ca 9或Ca 12的敲低（KD）完全消除了对细胞迁移，细胞死亡和临界DEG表达的影响。全部，我们的研究提出了在转录组水平上U-104的调节机制，并证明了u-104的抗肿瘤功能取决于TSCC中Ca 9和Ca 12。我们的发现扩展了有关U-104抗肿瘤功能的当前知识，并为TSCC提供了潜在的治疗选择。关键字：碳酸酐酶抑制剂； U-104; Ca 9; Ca 12;舌鳞状细胞癌CLC编号：R 739。86文档代码：
乳腺癌对芳香化酶抑制剂耐药性的基因组图谱
芳香化酶抑制剂 (AI) 是广泛用于治疗雌激素受体 (ER) 阳性乳腺癌患者的药物。耐药性是芳香化酶抑制疗法的主要障碍。获得性 AI 耐药性的背后有多种原因。本研究旨在确定接受非甾体 AI（阿那曲唑和来曲唑）的患者获得性 AI 耐药性的可能原因。我们使用了来自 Cancer Genomic Atlas 数据库的乳腺浸润性癌的基因组、转录组、表观遗传和突变数据。然后根据患者对非甾体 AI 的反应将数据分为敏感组和耐药组。研究包括 150 名患者的敏感组和 172 名患者的耐药组。对这些数据进行汇总分析，以探究可能导致 AI 耐药性的因素。我们在两组中确定了 17 个差异调控基因 (DEG)。然后，对这些 DEG 进行甲基化、突变、miRNA、拷贝数变异和通路分析。预测了最常突变的基因（FGFR3、CDKN2A、RNF208、MAPK4、MAPK15、HSD3B1、CRYBB2、CDC20B、TP53TG5 和 MAPK8IP3）。我们还确定了一个关键 miRNA - hsa-mir-1264，它调节 CDC20B 的表达。通路分析显示 HSD3B1 参与雌激素生物合成。这项研究揭示了可能与 ER 阳性乳腺癌 AI 耐药性的发展有关的关键基因的参与，因此可能作为这些患者的潜在预后和诊断生物标志物。
经生物信息学和分子对接分析筛选出Dhea和2-14,15-Eg对胆管癌有疗效
胆管癌 (CCA) 是一种罕见的腺癌，起源于胆管上皮细胞，常表现为局部晚期或转移性病变，预后极差 [1]。根据病理结构的位置，可分为三型：肝内胆管癌 (iCCA)、肝门部胆管癌 (pCCA) 和远端胆管癌 (dCCA) [2]。目前胆管癌的首选治疗方法是手术切除，但该方法仅适用于早期。对于不适合手术的中晚期患者，一般选择局部区域治疗、化放疗和靶向药物治疗 [3]。但即使采用综合治疗，治疗效果也不令人满意。3 期和 4 期胆管癌的 5 年总生存率分别为 10% 和 0% [4]。此外，由于发病率上升，胆管癌死亡人数累计增加了39%，男性死亡率（1.9/100 000）高于女性死亡率（1.5/100 000）[5]。近年来，生物信息学和微阵列方法在复杂疾病的多基因或蛋白质探索和分析中变得越来越有效[6]。通过应用相应的生物信息学算法，这些方法可以识别疾病的核心驱动基因和异常调控通路，有助于研究人员系统、准确、有效地揭示治疗的分子靶点，为肿瘤的发生发展提供理论依据。分子对接是一种成熟的基于计算机结构的方法，广泛应用于药物研发[7]。虚拟筛选是一种具有多种可用工具的计算技术[8]，通过分子对接可以从数百万个分子中筛选出具有药物特性的活性化合物。因此，虚拟筛选和分子对接是合理药物设计和药物化学中广泛实用的方法[9，10]。例如，针对胆管癌中潜在的驱动基因畸变，已经开发了几种治疗晚期疾病的新药，包括FGFR抑制剂和IDH抑制剂[11]。在本研究中，我们利用生物信息学和虚拟筛选方法相结合，筛选出可以结合特定靶点的药物，以促进胆管癌药物的研究和开发。此外，该方法已被证明是有效的，并有助于治疗其他疾病，如骨肉瘤和胶质母细胞瘤[12，13]。本研究从基因表达综合数据库中下载了3个涉及CCA的mRNA微阵列数据集（GSE132305、GSE89749和GSE45001），并通过比较CCA和正常组织的基因表达谱来分析这些数据集以识别差异表达基因（DEG）。然后，使用Venn分析筛选出相互的DEG。通过基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析，研究CCA的生物学功能和信号通路改变。进行PPI网络构建，识别枢纽基因。接下来，利用虚拟筛选、分子对接等一系列结构生物学方法，筛选和识别对MYC有潜在抑制作用的先导化合物。此外，我们的研究还预测了CCA在体内的吸收、分布、代谢和功能。
o r i g i n a l r e s a r c h整合网络药理学和体内实验验证方法，以探索潜在的抗氧化剂EFF
背景：Annao Pingchong汤（ANPCD）是一种传统的中国汤剂，对通过临床和实验研究验证的脑出血（ICH）具有明确的影响。然而，ICH后ANPCD对氧化应激（O）的影响尚不清楚，值得进一步研究。目的：研究ANPCD对ICH的治疗作用是否与减轻OS损伤有关，并寻求潜在的抗氧化作用靶标。材料和方法：通过比较ANPCD的靶基因，ICH和差异表达基因的靶基因（DEGS），鉴定了ICH上ANPCD的治疗性候选基因。蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）网络分析和功能富集分析与目标相关文献结合使用，以选择合适的抗氧化剂靶标。使用大分子对接验证了ANPCD和所选目标之间的亲和力。随后，通过体内实验进一步研究了ANPCD对OS和所选靶标的影响。结果：筛选了48个候选基因，其中无声信息调节剂SIRTUIN 1（SIRT1）是具有抗氧化作用的核心基因之一，并且ICH显着影响其表达。大分子对接也证明了6种ANPCD和SIRT1的6种化合物之间的良好亲和力。此外，ANPCD显着降低了凋亡率和与凋亡相关蛋白的表达（p53，细胞色素C和caspase-3）。结论：ANPCD减轻了大鼠ICH后的OS损伤和凋亡。体内实验的结果表明，ANPCD显着降低了修饰的神经系统严重程度评分（MNSS）评分（MNSS）和血清MDA和8-OHDG含量，而血清SOD和CAT活性显着增加，与SIRT1，FOXO1，FOXO1，PGC-1 ANPCD上的上调有关，使ANPCD的上调变得复杂。作为潜在的治疗靶标，SIRT1可以像ANPCD一样有效调节其下游蛋白。关键字：脑内出血，Annao Pingchong汤，氧化应激，网络药理学，体内实验，SIRT1
小谷子对非生物胁迫的转录组响应
由于气候变化的迅速和有害影响，全球粮食和营养安全正受到干旱、盐碱、寒冷和炎热等非生物胁迫的威胁。小米是一种极具前景的农作物，因其对气候变化和营养食品和饲料日益增长的需求的适应能力，有可能确保全球粮食安全。小米是一种多样化的小种子 C4 禾本科植物，考虑到其对气候变化的持久性和对营养食品和饲料日益增长的需求，在保障世界粮食供应方面具有巨大的潜力。随着通过微阵列和下一代测序获得的基因组信息迅速增加，转录组学促进了对非生物胁迫带来的变化的广泛检查和量化。这规定了一种确定重要基因表达的必要方法。这项技术进步旨在破译支撑分子机制/途径的基因表达模式。其他技术，例如全基因组表达分析（可深入了解控制细胞过程的调控网络）、全基因组位置分析（可阐明转录调控蛋白对基因的控制）和基因组选择，可增强小米育种群体中抗逆性预测的可靠性。本综述通过整理小米中对非生物应激反应特有的差异表达基因 (DEG) 和转录因子 (TF)，强调了转录组学对小米改良的影响，这可以为培育具有气候适应力的品种开辟有利的途径和令人着迷的机会。
crispr/cas9介导的精英木米（Oryza sativa L.）中半昏昏欲睡性特征的增强：靶向SD1和WX基因的产量和
在水稻培养中，半枯萎和粘性质地的特征分别是优化产量潜力和晶粒质量的关键。Xiangdaowan（XDW）大米以其出色的芳香特性而闻名，由于其高的身材和高淀粉糖含量而面临挑战，导致住宿耐药性不佳和次优烹饪属性。为了解决这些问题，我们采用了CRISPR/CAS9技术来精确地编辑XDW大米中的SD1和WX基因，从而发展具有所需半昏迷和麸质特征的稳定的遗传纯合线。SD1-WX突变型线表现出降低的gibberellin含量，植物高度和淀粉糖含量，同时保持了几乎不会改变发芽率和其他关键的农艺性状。重要的是，我们的研究表明，外源性GA 3的应用通过补偿内源性Gibberellin的缺乏有效地促进了生长。基于此，开发了半昏昏欲睡的精英大米（Oryza sativa L.）线，对大多数农艺性状没有太大影响。此外，比较转录组分析揭示了差异表达的基因（DEG）主要与膜的锚定成分，过氧化氢分解代谢酶分解代谢酶活性，过氧化物酶活性，萜烯合酶活性和寄生虫相关。此外，将二萜类化合物的生物合成催化为gibberellins的生物合成富集并显着下调。这项全面的研究提供了一种有效的方法，可以同时提高水稻植物的身高和质量，为耐药和高质量的水稻品种的发展铺平了道路。