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没有表观基因组信号的非编码基因座对于维持全局染色质组织和细胞生存能力至关重要
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2020年12月14日发布。 https://doi.org/10.1101/2020.12.13.422541 doi：Biorxiv Preprint
通过HRP2-MINA的表观基因组重编程决定了多发性骨髓瘤中蛋白酶体抑制剂的反应，t（4; 14）易位通过HRP2-MINA的表观基因组重编程决定了多发性骨髓瘤中蛋白酶体抑制剂的反应，t（4; 14）易位
有了新诊断的MM，较低的完全响应（CR）速率和对化学疗法的抗性仍然是临床中的主要挑战。因此，了解高风险MM患者耐药性的基础机制可能会改善其结果，并为个性化医学铺平道路。t（4; 14）（p16; q32）易位赋予成纤维细胞生长因子受体3（FGFR3）和含有核定核定域的2（NSD2，也称为WHSC1/MMSET）基因的高表达，也是MM中最常见的易位，是MM的最常见易位，占MM的ebs率之一，持续15％至20％至20％至20％至20％的MALOM（5）。NSD2是一种含有域的含有域的组蛋白甲基转移酶（HMT），该酶特异性催化H3K36二甲基化（H3K36Me2; ref。6）。NSD2参与MM细胞的增殖，凋亡和粘附，NSD2的HMT活性对于其在肿瘤性中的生物学功能至关重要（7）。在NSD2中的过度表述或功能增益突变会导致多种癌症（8-10）的耐药性，并通过协调五糖phate phate途径酶来使内分泌耐药性驱动内分泌耐药性（11）。最近一项回顾性研究表明，t（4; 14）易位与MM患者的高风险疾病特征有关，但它们也与对基于PI的治疗的更好反应有关（12）。实际上，另一个
单个细胞中的关节谱系，转录组和表观基因组分析的高克隆条形码多样性的小鼠模型
细胞谱系历史及其分子状态编码组织发育和稳态的基本原理。当前的谱系录制小鼠模型的条形码多样性有限，单细胞谱系覆盖范围较差，从而排除了它们在由数百万个细胞组成的组织中的使用。在这里，我们开发了Darlin，这是一种改进的CAS9条形码小鼠系，它利用末端脱氧核苷酸转移酶（TDT）来增强30个CRISPR目标位点的插入事件，稳定地整合到3个不同的基因组基因座中。darlin是可诱导的，估计有〜10 18个层次条形码，并可以检测约60％的剖面单细胞中可用的条形码。使用Darlin，我们检查了发育中的造血干细胞（HSC）中的命运启动，并揭示了HSC迁移的独特特征。此外，我们为单个细胞中的共同介绍了一种方法来共同介绍DNA甲基化，染色质可及性，基因表达和谱系信息。darlin将在各种组织和生理环境中对谱系关系及其分子特征进行广泛的高分辨率研究。
综合分析重点介绍了三维基因组与DNA，转移性前列腺癌的RNA和表观基因组改变之间的相互作用
已经认识到了基因组三维结构的变化的影响，但固体癌组织研究受到限制。Here, we performed integrated deep Hi-C sequencing with matched whole-genome sequencing, whole-genome bisulfite sequencing, 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) sequencing and RNA sequencing across a cohort of 80 biopsy samples from patients with metastatic castration-resistant prostate cancer.在基因表达，5-甲基胞嘧啶/5HMC甲基化以及A和B（开放和闭合）染色质区室之间的结构变异与突变率中存在显着差异。肿瘤的一个子集在AR基因座表现出耗尽的区域染色质接触，与肉瘤外圆形DNA（ECDNA）有关，对AR信号抑制剂的反应较差。我们还确定了与甲基化结构，基因表达和预后差异差异相关的拓扑亚型。我们的数据表明，DNA相互作用可能易于结构变体形成，以复发性TMPRSS2 - ERG融合为例。这种全面的综合测序工作代表了独特的临床肿瘤资源。
血浆游离 DNA 中的 5-羟甲基胞嘧啶测序可识别出对雄激素依赖性前列腺癌患者的独特表观基因组特征
血浆游离 DNA 中的 5-羟甲基胞嘧啶测序可识别对雄激素剥夺疗法有耐药性的前列腺癌患者的独特表观基因组特征 李千霞 1,2,* 、黄江青 3,* 、黄沙恩 4 、田一军 1 、黄金勇 1 、Amirreza Bitaraf 1 、董晓伟 3 、Marja T. Nevalanen 5 、Manishkumar Patel 1 、Jodie Wong 1 、张劲松 6 、Brandon J. Manley 6 、Jong Y. Park 7 、Manish Kohli 8 、Elizabeth M. Gore 9 、Deepak Kilari 10,+ 、王亮 1,+ 1. 美国佛罗里达州坦帕市 H. Lee Moffitt 癌症中心和研究中心肿瘤微环境及转移系 2. 华中科技大学同济医院肿瘤科武汉科技大学 3. 美国威斯康星州密尔沃基威斯康星大学 Joseph J. Zilber 公共卫生学院生物统计学系 4. 美国威斯康星州麦迪逊威斯康星大学生物统计学系 5. 美国费城托马斯杰斐逊大学 Sidney Kimmel 癌症中心药理学、生理学和癌症生物学系 6. 美国佛罗里达州坦帕 H. Lee Moffitt 癌症中心和研究所泌尿生殖肿瘤学系 7. 美国佛罗里达州坦帕 H. Lee Moffitt 癌症中心和研究所癌症流行病学系 8. 美国犹他州盐湖城犹他大学亨茨曼癌症中心内科系肿瘤学分部 9. 美国威斯康星州密尔沃基威斯康星医学院放射肿瘤学系 10. 美国威斯康星州密尔沃基威斯康星医学院肿瘤学分部 * 同等贡献(QL 和 CC.H.) + 通讯作者 Liang Wang，医学博士，哲学博士 肿瘤微环境和转移系 莫菲特癌症中心 12902 USF Magnolia Drive Tampa, FL 33612, USA 电子邮件：liang.wang@moffitt.org Deepak Kilari，医学博士 威斯康星医学院肿瘤学系 9200 W. Wisconsin Ave Milwaukee, WI 53226, USA 电子邮件：dkilari@mcw.edu 标题：cfDNA 中的 5hmC 特征可预测对 ADT 的早期耐药性
5-羟基甲环胞嘧啶在无血浆细胞DNA中的测序鉴定了前列腺癌患者的独特表观基因组特征
结果和局限性：5hmc-sequesting的平均每样本读数为18.6（6.03至4243）的读数为98％（95-99％）可映射率。基线样本比较确定了20例进展患者和35例没有进展的患者的23,433个基因中的1,642个显着的5HMC差异（错误发现率，FDR <0.1）。进展的患者在多个标志性基因集中表现出明显的富集，并作为雄激素反应作为最大的富集基因集（FDR = 1.19E-13）。有趣的是，这种富集是由疾病进展的一组亚组驱动的，其基因组的5HMC高甲基化涉及AR，FOXA1和GRHL2。为了量化这些基因集的整体活性，我们使用整个基因集中基因读数的log2比率的平均值开发了一种基因集活性评分算法。我们发现，这些基因组中的活性得分在该亚组中的进展患者中明显高于其余患者，而不论进展状态如何。此外，这些基因集中的高活性评分与无进展的生存率差有关（p <0.05）。纵向分析表明，在3个月ADT后，该亚组中的活动得分显着降低，但在疾病进展后恢复了高水平。
全基因组关联研究和3D表观基因组特征的综合分析揭示了约克郡猪中脊柱深度的BMP2基因
位于猪染色体17上的五个单核苷酸多态性（SNP）与约克郡猪的LMD显着相关。通过整合链接差异和链接分析（LDLA）和高通量染色体构象捕获（HI-C）分析，将10 KB的定量性状基因座（QTL）鉴定为候选功能基因组区域。基于GWAS，HI-C荟萃分析和顺式调节元件数据的综合结果，BMP2基因被鉴定为LMD的候选基因。通过目标区域测序进一步验证了已鉴定的QTL区域。进一步，通过使用双 - 荧光素酶测定和电泳迁移率分析（EMSA），两个SNP，包括位于增强剂区域的SNP RS3218466600，以及位于启动子区域中的SNP RS1111440035，将其确定为候选者的SNP，是与LMD功能相关的候选SNP。
用于诊断DNA损伤修复（DDR）功能丧失（LOF）（LOF）（LOF）和TRESR和ATTACC试验中的响应监测
我们感谢参加TRESR和/或ATTACC的患者的无私和愿意参加临床研究。我们感谢整个Camonsertib研究团队对TRESR RP-3500-01和ATTACC RP-3500-03的贡献。我们还要感谢我们的合作伙伴实验室，《守护者》（Guardant Health）为这项研究提供的技术帮助和数据生成。我们感谢全球主要公司Onyx在排版和准备海报方面的支持。E.R是一名研究研究者。 J.S.R-F是一名研究研究员；并收到了高盛，Paige.ai，Repare Therapeutics和Persantis的咨询费；是Volition RX，Paige.ai，Repare Therapeutics，Personis和Bain Capital的科学咨询委员会的成员；是Grupo Oncoclinicas董事会成员；并且是Roche Tissue Diagnostics，Ventana Medical Systems，Astrazeneca，Daiichi Sankyo和Merck Sharp＆Dohme的科学咨询委员会的临时成员。 B.A.C已通过阿斯利康，Abbvie，Actaute Therapeutics，Astellas，Bayer，Draginfly Therapeutics，Pfizer和Repare and then the Pepepeutics获得了Astrazeneca，Actaute Therapeutics，Actaute Therapeutics，Actaute Therapeutics，Actautics Therapeutics，并获得了研究资金。 s.l已从默克，阿斯利康，雷金伦，罗氏，雷神治疗，葛兰素史克林和西根获得了其机构的赠款或合同； Novocure，Merck，Astrazeneca，Glaxosmithkline，Eisai和Shattuck Labs获得的咨询费；付款或荣誉奖，以进行讲座，演讲，发言人的局，手稿写作或来自阿斯利康，葛兰素史克林和Eisai/Merck的教育活动；并参与Astrazeneca的数据安全监控委员会或顾问委员会。 A.Y. ，E.L。 ，M.CA.E.R是一名研究研究者。J.S.R-F是一名研究研究员；并收到了高盛，Paige.ai，Repare Therapeutics和Persantis的咨询费；是Volition RX，Paige.ai，Repare Therapeutics，Personis和Bain Capital的科学咨询委员会的成员；是Grupo Oncoclinicas董事会成员；并且是Roche Tissue Diagnostics，Ventana Medical Systems，Astrazeneca，Daiichi Sankyo和Merck Sharp＆Dohme的科学咨询委员会的临时成员。B.A.C已通过阿斯利康，Abbvie，Actaute Therapeutics，Astellas，Bayer，Draginfly Therapeutics，Pfizer和Repare and then the Pepepeutics获得了Astrazeneca，Actaute Therapeutics，Actaute Therapeutics，Actaute Therapeutics，Actautics Therapeutics，并获得了研究资金。s.l已从默克，阿斯利康，雷金伦，罗氏，雷神治疗，葛兰素史克林和西根获得了其机构的赠款或合同； Novocure，Merck，Astrazeneca，Glaxosmithkline，Eisai和Shattuck Labs获得的咨询费；付款或荣誉奖，以进行讲座，演讲，发言人的局，手稿写作或来自阿斯利康，葛兰素史克林和Eisai/Merck的教育活动；并参与Astrazeneca的数据安全监控委员会或顾问委员会。A.Y. ，E.L。 ，M.CA.A.Y.，E.L。 ，M.CA.，E.L。 ，M.CA.M.CE已获得国家癌症研究所（NCI）指导的临床科学家研究职业发展奖；拜耳制药，DAVA肿瘤学，Taiho Pharmaceuticals，Seattle Genetics，Macrogenics和Daiichi Sankyo的个人费用；并持有Parthenon Therapeutics的股票期权。B.H已从Eisai获得酬金；曾在Amgen担任咨询或咨询角色；并从：Repare Therapeutics（Inst），Ideaya Biosciences（Inst），Amgen（Inst），Revolution Medicines（Inst），Astellas Pharma（Inst）获得研究资金。和S.Z.是监护人的雇员。D.U. ，I.K。 ，I.M.S。 ，J.D.S，J.Y，K.F，M.K，P.N，S.S，V.R和Y.X是Repare的员工，可能会持有股票和/或股票期权。 联系人：Ian Silverman（Isilverman@reparerx.com）缩写D.U.，I.K。 ，I.M.S。 ，J.D.S，J.Y，K.F，M.K，P.N，S.S，V.R和Y.X是Repare的员工，可能会持有股票和/或股票期权。 联系人：Ian Silverman（Isilverman@reparerx.com）缩写，I.K。，I.M.S。 ，J.D.S，J.Y，K.F，M.K，P.N，S.S，V.R和Y.X是Repare的员工，可能会持有股票和/或股票期权。 联系人：Ian Silverman（Isilverman@reparerx.com）缩写，I.M.S。 ，J.D.S，J.Y，K.F，M.K，P.N，S.S，V.R和Y.X是Repare的员工，可能会持有股票和/或股票期权。联系人：Ian Silverman（Isilverman@reparerx.com）缩写
肿瘤学中的 mRNA 疗法：关键研发管线发展和临床试验见解
可编程 mRNA 疗法领域也即将出现，Omega 的 Epigenomic Controller OTX-2002 可降低致癌基因 c-Myc 的表达，c-Myc 是历史上“无药可治”的靶点，也是 50% 以上人类癌症中癌症增殖和免疫逃避的关键驱动因素。总体而言，基于 mRNA 的癌症免疫疗法的临床前和临床研究正在迅速发展，以加强癌症患者的护理。然而，未来的重点是充分利用先进的治疗方式，包括优化新抗原特异性癌症疫苗、了解癌症免疫逃避的生物学以及平衡抗癌免疫反应。19