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使用两个生物材料和两个人类间充质干细胞亚型
缩写：MSC，间充质基质/干细胞； HMSC，人间充质干细胞； BMMSC，骨髓衍生的MSC； OE-MSC，嗅觉骨质 - 间充质干细胞； NE-MSC，鼻腔充质干细胞； GMP，良好的制造实践； BCP，双相磷酸钙； HA，羟基磷灰石； βTCP，β-三磷酸苯二烷； BG，生物活性玻璃； PBS，磷酸盐缓冲盐水； CPS，磷酸钙过饱和溶液； RT，室温； PFA，多聚甲醛； PNPP，P-硝基苯基磷酸盐； RTQPCR，实时定量PCR； GAPDH，3-磷酸甘油醛脱氢酶； B2M，β-2-Microglobolin; Runx2，Runx家族转录因子2； BSP，骨salioprotin; Cola1，胶原蛋白A1； OC，骨钙素； BMP2，骨形态发生蛋白2； BMP4，骨形态发生蛋白4； ALP，碱性磷酸酶； OP，骨桥； SEM，扫描电子显微镜； SD，标准偏差。
哌柏西利对原发性和复发性鼻咽癌的疗效评价及与其他化疗方案的兼容性
Signaling Technology，4129)、细胞周期蛋白 E2 (1:1000; Cell Signaling Technology，4132)、细胞周期蛋白 H (1:1000; BD Biosciences，2927)、裂解的 PARP (1:1000; Cell Signaling Technology，9541S)、CDK2 (1:1000; Santa Cruz，SC6248)、CDK4 (1:1000; Santa Cruz，SC260)、CDK6 (1:1000; Santa Cruz，SC271364)、E-钙粘蛋白 (1:1000; Santa Cruz，SC21791)、N-钙粘蛋白 (1:1000; Santa Cruz，SC7939)、胱天蛋白酶 3 (1:1000; Cell Signaling Technology，14220)、裂解的胱天蛋白酶-3 (1:1000; Cell Signaling Technology，9664)， PARP（1:1000；Santa Cruz，SC8007）、裂解 PARP（1:1000；Cell Signaling Technology，9541S）、外皮蛋白（1:1000；Thermo Fisher，MS-126-P1ABX）、Bcl-2（1:1000；Cell Signaling Technology，15071S）、Bax（1:1000；Cell Signaling Technology，5023S）和 LC3（1:1000；Cell Signaling Technology，2775S）。然后用 ChemiDoc MP 成像系统（Bio-Rad）捕获对应于每个标记蛋白的化学发光信号。使用针对 GAPDH 的特异性抗体（1:10000；Proteintech，10494-1-AP）作为蛋白质上样对照。
基于微阵列的方法论 - 脂肪 - 促进酶 -
摘要：脂质筏是特定酶和受体所在的液体排序结构域。这些膜平台在各种信号通路中起着至关重要的作用。脂质环境中的改变，例如氧化应激引起的变化，可能会导致膜蛋白的重要功能破坏。细胞膜微阵列已成为研究脂质和膜蛋白在大尺度上的有力方法。基于该技术和液体订购子域的重要性，我们开发了一种新的印刷脂质筏技术，具有保存的天然蛋白质结构和脂质环境。为了验证这项技术并评估其对不同目标的潜力，开发了包含两种不同细胞类型（星形胶质细胞和神经元）的木筏膜微阵列（RMMA）和三种不同的条件（对照状况中的星形胶质细胞，代谢应激和氧化应激）。研究筏结构域之间脂质谱的差异，对RMMA进行了MALDI-MS测定。进行了印刷筏结构域中天然蛋白活性（酶活性和配体结合）的保存，进行NADH氧化还原酶的差异，GAPDH，胆碱酯酶活性以及Sigma-1和Sigma-1和Sigma-2结合测定。我们证明了适合膜亚域的这种新的微阵列技术的性能，可探索与神经病理相关的不同压力条件下脑细胞系的脂质组成和蛋白质活性的变化。■简介
黑色素瘤细胞的铁死亡易感性
缩写：SMA，α平滑肌肌动蛋白；AA，氨基酸；BME，Eagle基础培养基；BMP4，骨形态发生蛋白-4；BFP，蓝色荧光蛋白；CoQH2，还原辅酶Q；CHP，氢过氧化异丙苯；DR，耐药；EBSS，Earle平衡盐溶液；EGF，表皮生长因子；FBS，胎牛血清；eIF2，真核起始因子2α；FACS，荧光激活细胞分选术；FITC，异硫氰酸荧光素；GAPDH，3-磷酸甘油醛脱氢酶；GFP，绿色荧光蛋白；GSH，谷胱甘肽；GSSG，谷胱甘肽二硫化物；GPX4，谷胱甘肽过氧化物酶4；HGF，肝细胞生长因子；HPLM，人血浆样培养基； iRFP，近红外荧光蛋白；Mel-MPM，黑色素瘤导向模块化生理培养基；MPM，模块化生理培养基；NAD，烟酰胺腺嘌呤二核苷酸；NAMPT，烟酰胺磷酸核糖转移酶；NAMPTi，烟酰胺磷酸核糖转移酶抑制剂；NEAA，非必需氨基酸；NHDF，正常人真皮成纤维细胞；PI，碘化丙啶；ROS，活性氧；Se，亚硒酸盐；SLC3A2，溶质载体家族 3 成员 2；SLC7A11，溶质载体家族 7 成员 11；xCT，胱氨酸/谷氨酸转运蛋白
全基因组碱基编辑器筛选鉴定酵母中蛋白质丰度的调节剂
摘要 蛋白质是细胞中的关键分子，其丰度不仅在基因表达水平而且在转录后水平受到广泛调控。在这里，我们描述了一种酵母基因筛选方法，该方法能够系统地表征蛋白质丰度调控在基因组中的编码方式。该筛选方法结合了 CRISPR/Cas9 碱基编辑器来引入点突变，并对内源性蛋白质进行荧光标记以方便流式细胞仪读数。我们首先使用单个 gRNA 以及正向和负向选择筛选对酵母中的碱基编辑器性能进行了基准测试。然后，我们研究了 16,452 种基因扰动对代表各种细胞功能的 11 种蛋白质丰度的影响。我们发现了数百种调控关系，包括 GAPDH 同工酶 Tdh1/2/3 与 Ras/PKA 通路之间的新联系。许多已识别的调节因子特定于这 11 种蛋白质中的一种，但我们还发现了一些基因，这些基因在受到扰动时会影响大多数测试蛋白质的丰度。虽然更具体的调控因子通常作用于转录，但广泛的调控因子往往在蛋白质翻译中发挥作用。总的来说，我们的新筛选方法为蛋白质调控网络的组成部分、规模和连通性提供了前所未有的见解。
不同葡萄品种的年轻和成熟叶片中线粒体和叶绿体DNA的相对拷贝数
摘要。亚细胞细胞器（植物）的DNA矩阵的拷贝数可以作为光合作用和氧化磷酸化过程的强度的指标。我们评估了三种葡萄品种的年轻和成熟叶子中线粒体和叶绿体DNA的相对拷贝数（RCN）：“ Traminer Pink”，“ Chardonnay”和“ Syrah”和“ Syrah”，在田间条件下生长。叶样品（5-10 mg），以进行随后的总DNA提取。使用LightCycler 480 SYBR Green I Master Mix（Lifescience，Roche）和LightCycler 96自动分析仪（Roche Life Science）进行QRT-PCR反应。使用GAPDH基因（染色体DNA）确定NAD1基因（线粒体DNA）和RPS16基因（叶绿体DNA）的相对拷贝数。使用2 -∆ CT 2- ∆ΔCT算法进行定量评估。已经确定，叶绿体和线粒体DNA的相对拷贝数（RCN）值变化，并取决于葡萄的品种和叶片成熟度。RCN在成熟的葡萄叶中的光合作用强度和成熟葡萄叶片的氧化磷酸化强度更高。在评估宏观能力平衡（MEB）指标时，可以得出结论，通过光合作用过程在叶绿体中获得的能量的2％至4％用于生产年轻叶子和成熟叶片中各种葡萄品种的线粒体中的宏观能。我们开发的实验方案可以成功用作测试系统，以评估各种葡萄品种的潜在产量。
自噬激活可以部分挽救蛋白酶体功能障碍介导的心脏毒性
图 1 心脏靶向（Gal4 Τ inC Δ 4 ）蛋白酶体 Pros β 5 基因的 KD 导致蛋白质组不稳定和线粒体数量减少。 (a) Pros β 5 siRNA 后心脏组织中 Pros β 5 基因的相对表达（与对照相比）。 (b, c) Pros β 5 RNAi（与对照相比）果蝇心脏组织中相对 (%) 26S 蛋白酶体活性 (b) 和 ROS 水平 (c)。 (d) Pros β 5 KD 后果蝇心脏组织中蛋白质组泛素化 (Ub) 和羰基化 (DNP) 的免疫印迹分析。 (e) CLSM 观察用 LysoTracker 染色的 Pros β 5 RNAi（与对照相比）果蝇心管（e1）、LysoTracker 定量（e2）和使用溶酶体标记物抗 Lamp1（e3）进行免疫印迹分析。(f) 所示基因型果蝇心脏组织中蛋白酶活性的相对（％）。(g) blw/ATP5A 免疫荧光染色后，CLSM 可视化所示果蝇品系心脏组织中的线粒体；细胞核用 DAPI 复染。(h) Pros β 5 KD 后，所示基因型分离心脏组织中所示线粒体基因的相对表达水平（与对照相比）。在 (a, h) 中，基因表达与相应对照作图；使用 RpL32/rp49 基因作为 RNA 输入参考。 （d）和（e3）中的 Gapdh 和 Actin 探测分别用作蛋白质输入参考。p 值采用非配对 t 检验计算。条形图，± SD（n ≥ 3）；* p < 0.05；** p < 0.01
在近乎异构的易感和抗性番茄线中，对参考基因进行定量实时PCR研究的选择和验证，并感染了Geminivivirus tomato tomato tomato curly卷曲特技病毒
定量实时PCR（QPCR）是一种敏感且常用的基因表达分析技术，并提供了对生物系统的见解。成功的QPCR需要使用适当的参考基因来进行数据归一化。在本研究中，我们旨在识别和评估近乎异构抗性（R）和易感的（S）番茄线中最佳的参考基因感染了begomovirus番茄卷曲卷曲特技病毒（TOCSV）。十个候选参考基因，即Actin7（ACT），β-6微管蛋白（TUB），ubiqui-3（UBI），网格蛋白辅助络合物中等亚基（CAC），植物苯乙烯去饱和酶（PDS），表达蛋白质（Exp），表达蛋白（Exp），糖 - 3-氢酶（Gap）dehyhydyhyhyhyhyhyhyhyhyhyddroplhats gaplospy（Gap）（Gap）（Gap）（Gap）（磷酸化磷酸化酶（Gap））（Gaps）（磷酸化磷酸化酶（Gap））（Gaps）（磷酸化磷酸化酶（Gap））（磷酸化磷酸化酶（Gap））（磷酸化磷酸磷酶）选择磷酸贝素转移酶样蛋白（APT1），TAP42相互作用蛋白（TIP41）和伸长因子1-α（EF1α）（EF1α），并评估其在耐药性和易感番茄叶中使用分析性工具，Normfin-der，Normfin-der，BestEpeper和Reffinder和Reffindine的耐药性和敏感番茄叶片中的表达能力。在将参考基因从大多数到最不稳定进行排名之后，结果表明，在S系中，ACT，EXP和EF1α的组合以及R在R线中的TIP41，APT1和ACT的组合适用于QPCR归一化。此外，为了验证已鉴定的参考基因，超级氧化物歧化酶（SOD），热休克蛋白70（HSP70）和谷胱甘肽-S-转移酶（GST）的选择是作为TAR-获取归一化的。与最稳定的基因相比，针对最稳定的参考基因进行标准化时，靶基因的相对表达变化。这些结果强调了在QPCR研究中仔细选择参考基因以进行准确正常的重要性。
鉴定基于免疫基因组学的肾上腺皮质癌的免疫特异性亚型
摘要：背景：肾上腺皮质癌（ACC）的肿瘤免疫微环境（时间）是异质的。但是，基于时间的ACC分类仍未探索。方法：我们基于二十三个免疫特征的富集水平分层群集ACC，以识别其免疫特异性亚型。此外，我们全面比较了亚型之间的临床和分子纤维。结果：我们分别识别出分别具有高和低免疫特征分数的ACC：ACC的两个免疫特异性亚型。我们证明了通过分析五个不同的ACC队列，这种亚型方法是稳定且可重复的。与免疫H相比，免疫力L的免疫细胞水平较低，整体和无疾病的生存预后较差，肿瘤干性较高，基因组不稳定性，增殖潜力和肿瘤内异质性。此外，ACC驱动基因CTNNB1在免疫中比免疫H中更频繁地突变。与免疫H相比，几种蛋白质，例如MTOR，ERCC1，AKT，ACC1，Cyclin_E1，β-Catenin，Fasn和GAPDH，在免疫H中更高地表达在免疫中。相反，在免疫H中更高度表达了P53，SYK，LCK，PERX1和MAPK。途径和基因本体分析表明，免疫，基质和凋亡途径在免疫H中高度富集，而细胞周期，类固醇生物合成和DNA损伤修复途径在免疫中高度富集。结论：ACC可以分为两种稳定的免疫相关亚型，它们具有明显不同的抗肿瘤反应，分子特征和临床结果。这种亚型可能会为ACC的预后和免疫治疗层分层提供临床意义。
NPC中CDC25C的下调干扰了皮质神经发生编辑的原代山羊细胞
遗传改性细胞的基因分型是针对转基因和基因组编辑的至关重要的步骤，例如CRISPR/CAS等系统。检测基因组编辑事件可以与所使用的基因分型方法直接相关，该方法受其成本影响，因为许多实验需要分析大量样品。这项研究的目的是比较基因组DNA（GDNA）提取的直接裂解方法的性能，以检测原代山羊细胞中的敲蛋白和敲除。最初，使用差异量（1,000、5,000和10,000个细胞）和goat Ortiparts（fibroblblasts and fibroblblasts and gote anctermarem Migalsmary Migalmary Migalmary Migalmary Migatiars Migatiars Migatiars）测试了三种GDNA提取方案（方案A，水中的温度A; Prote变性/冻结；小（GAPDH）和大扩增子（HLF转基因）的PCR扩增。所有方案在检测小扩增子方面均成功；但是，在GMEC中，只有协议B仅导致有效的扩增（协议A - 0％，协议B- 93％，协议C- 13.33％，p <0.05）。In a proof- of-principle experiment, the TP53 gene was knocked out in GMECs by CRISPR/Cas9-medi- ated deletion while constructs containing the anti-VEGF monoclonal antibody (pBC-anti- VEGF) and bacterial L-Asparaginase (pBC-ASNase) transgenes were knocked-in sepa- rately in fibroblasts.使用协议B和PCR进行了成功编辑的检测。根据PCR，PBC-ASNase和PBC-Anti-VEGF转基因的整合速率分别为93.6％和72％。使用CRISPR/CAS9对TP53缺失在GMEC中的双重编辑效率为5.4％。我们的结果表明，方案B（热变性/蛋白酶K）可以用作一种廉价且快速的方法，用于检测不同类型的原代山羊细胞中的遗传修饰，其效率率与先前使用提取试剂盒或更复杂的蛋白酶K配方中先前描述的值一致。