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世界有多混乱？
在科学哲学中广受欢迎的观点是世界是一团糟（Waters 2019b； Havstad 2017； McConwell 2017；Dupré1993； Cartwright 1999）。也就是说，科学所描述的世界的特征是许多不同的结构。遗传学的哲学家通过争辩说，经典的遗传学和当代遗传学是不同的，理论和研究的框架，生物学家用于不同目的（Waters 1994; 2004; 2006; Weber 2024; Weber 2024）。值得注意的是，尽管这些作者对经典和分子遗传学的包含彻底的复数 - 尽管在解释性和投资具有当代分子遗传学的解释性和投资意义上，但它们仍然是一致的。我认为，特征分子遗传学的多元化比作者所承认的更为激进。实际上，遗传学世界在（至少）两种方式上更加混乱。一种方法与当代分子生物学作品中基因概念的数量和关系有关。While Waters and Weber focus primarily on a conception of the contemporary molecular gene that omits cis -regulatory regions, several au- thors have clarified and defended a number of alternative molecular gene concepts that treat cis- regulatory regions as proper parts (Portin 2009; Griffiths and Neumann-Held 1999; Stotz 2004; Griffiths and Stotz 2013; Baetu 2012a; 2012b）。我进一步认为，某些基因组数据库采用了另一个不同的分子基因概念（我称为GenBank基因），它们单独将调节序列单独作为不同的分子基因。与当代生物学中不同分子基因相关的不同分子基因的数量的全图显然是不同的
词典：对数百万...
与基因组数据库的一致性是生物信息学的基本操作，被BLAST推广了12。但是，测序的微生物基因组的速率持续增加，现在有13个数据集，现在数百万的数据集远远超出了现有的对齐工具的能力。我们14引入了词典，这是一种核苷酸序列比对工具，用于有效查询中度长度15个序列（> 500 bp），例如基因，质粒或长期读取数百万个原核生物16基因组。关键创新是构造一小部分探针K -Mers（例如n = 40,000）17“窗口覆盖”整个数据库的索引，从某种意义上说，每18个数据库基因组的每500 bp窗口都包含多个种子k -mers，每个k -mers每个都带有一个带有一个探针的共享前缀。19存储这些种子，并由他们同意的探针索引，在层次索引中可以实现20个快速和低内存可变长度匹配，伪有序，然后完全对齐。我们21表明，词典比BlastN能够与更高的灵敏度保持一致，因为查询≥1kb的查询差异从90％降至80％，然后在Small（GTDB）和大23（Allthebacteria和GenBank+GenBank+Repeq）数据库上基准基准。我们表明，与最先进的方法相比，词典词法可以达到更高的24个灵敏度，速度和较低的记忆。对25个基因的比对与来自Genbank和Refseq的234万个原核生物基因组的比对需要36秒26（稀有基因）至15分钟（16S rRNA基因）。词典MAP以标准格式27产生输出，其中包括BLAST的输出，可在MIT许可证28 https://github.com/shenwei356/lexicmap上获得。29 div>
隔离，识别，分子表征
摘要本研究报告了奶牛场的流产，腹泻和牛奶生产急剧下降。该农场通常用进口疫苗接种了针对BVDV的疫苗，其中含有典型的Pestiviruses菌株（BVDV-1和BVDV-2）。从流产的母牛和显示持续性腹泻的奶牛中收集了总共13个血清样品，5个阴道排放样品和5个粪便样品。使用PCR筛选所有样品的潜在微生物原因（病毒或细菌）。在测试的23个样品中，只有一个阴道放电样品在预期的288 bp下产生了阳性的PCR结果。设计的引物是对基于5'-UTR的RTPCR测定法的高灵敏度，用于检测Pestiviruses。将PCR产品发送进行序列分析，并将结果提交给GenBank登录号＃OR425033，并设计为GERD/VSVRI/PESTI-GIRAFFE/2022。然后通过三个连续的盲传中成功地在MDBK细胞中成功分离并传播该病毒。在病毒后接种后2-3天观察到了一种明显的细胞质效应（CPE），其特征是感染后72小时，其特征是液泡，细胞舍入和簇形成。pcr均在每个段落上进行，并以预期的大小给出了一个特定的频带。通过序列比对和系统发育分析的进一步分析表明，分离株与Pestivirus长颈鹿密切相关，尤其是Pestivirus PG-2。这标志着该菌株在埃及的检测，隔离和表征的第一个记录。因此，这种流行是由埃及记录的新引入的菌株引起的。因此，进口的疫苗无法提供保护，需要更新当地的疫苗以包括此Pestivirus菌株。关键字：Pestivirus PG-2，PNS，MDBK，5`UTR，CPE，系统发育分析，PCR，BDV，
生物数据库
生物数据库是一个大型的持久数据，通常与旨在更新，查询和检索系统中存储的数据组件的计算机软件相关联。一个简单的数据库可能是一个包含许多记录的单个文件，每个文件都包含相同的信息。它们包含来自研究领域的信息，包括基因组学，蛋白质组学和系统发育学。生物数据库中包含的信息包括基因功能，结构，定位（细胞和染色体），突变的临床效应以及生物序列和结构的相似性。生物数据库可以广泛地分为序列和结构数据库。核酸和蛋白质序列存储在序列数据库中，而结构数据库仅存储蛋白质。这些数据库是协助科学家分析和解释从生物分子结构及其相互作用的许多生物学现象的重要工具，以及生物体的整个代谢以及理解物种的进化。这些知识有助于促进对抗疾病的斗争，有助于开发药物，预测某些遗传疾病，并在生命史上发现物种之间的基本关系。当前，许多生物信息学工作都与数据库的技术有关。这些数据库包括GenBank或蛋白质数据库（PDB）等基因数据的“公共”存储库，以及涉及基因映射项目或生物技术公司持有的研究小组使用的私人数据库。使此类数据库通过像Web这样的开放标准访问非常重要，因为生物信息学数据的消费者使用了一系列计算机平台：从开发人员和策展人偏爱的功能更强大，更禁止的UNIX框到更友好的Mac通常创建了计算机Wary Biologists的实验室。RNA和DNA是存储有关生物体的遗传信息的蛋白质。这些大分子具有固定结构，可以在生物信息学的工具和数据库的帮助下由生物学家分析。
![卷柏属植物中 RNA 编辑的空前变异1[开放]](/simg/7\7c3d5578fc1bd4a203743dea379e0d472e6c8090.webp)
卷柏属植物中 RNA 编辑的空前变异1[开放]
亲爱的编辑，有记录的最极端的叶绿体 RNA 编辑例子之一来自无籽维管植物卷柏（石松门），其中发现了惊人的 3494 个胞嘧啶到尿嘧啶的编辑事件（Oldenkott 等人，2014 年）。转录后叶绿体编辑在其他卷柏属物种中是否同样普遍？在这里，我研究了 Selaginella kraussiana 和 Selaginella lepidophylla 的整个质体基因组 RNA 编辑谱，并报告了编辑位点的数量和位置在卷柏质体基因组中可能存在极大差异，其程度目前在任何其他光合作用属中都是无与伦比的。通过将 S. kraussiana（GenBank 登录号 SRR2045379 – 82）和 S. lepidophylla（SRR6345606 – 15）的公开 Illumina RNA 测序 (RNA-seq) 读段映射到这两种石松的各自叶绿体基因组序列上，确定了 RNA 编辑位点（补充材料和方法；Mower 等人，2019 年）。对于每个物种，RNA 和质体基因组测序数据来自同一栽培品种（和实验室；Ge 等人，2016 年；VanBuren 等人，2018 年），大大降低了将样本之间的多态性误认为编辑事件的可能性。RNA-seq 读段的映射几乎完全覆盖（98%）参考叶绿体基因组，包括所有基因。质体基因组的平均覆盖率超过 500 3 ，为识别编辑位点提供了可靠的比对，这些位点仅在覆盖率 5 3 和读取支持率 25% 的区域中被表征（补充材料和方法）；因此，请记住，本研究未记录编辑效率低（ ，25%）的位点。在 S. kraussiana 和 S. lepidophylla 叶绿体转录组中分别鉴定出 1353 个和 720 个 C 到 U 的变化（表 1；补充材料和方法）
o r i g i n a l r e s a a r c h相关性的FUT2和FUT3基因多态性与炎症的肠道疾病在广西Zhuang人口中
目的：本研究旨在调查FUT2基因（RS1047781，RS601338）的多态性与FUT3基因（RS3745635，RS28362459）之间的关联与Zhuang Guangxi的Zhuang Guangxi人群的炎症（IBD）的易感性。方法：从113名Zhuang患者（41例克罗恩病[CD] [CD]和72例溃疡性结肠炎[UC]）和120名HAN患者（42例使用CD和UC的78例）中收集肠粘膜组织，所有这些患者均与IBD和106 ZHUANG和119 HAN不相关的IBD和诊断为119 Han Han and National and Neftress and and and and All Indection shancement and Neftrant and and and and and and national and Neftran Indribectrans。DNA。FUT2基因多态性（RS1047781，RS601338）和FUT3基因多态性（RS3745635，RS28362459）。PCR产物片段，并使用GenBank数据库进行了序列分析。结果：Zhuang UC患者组的FUT2 RS1047781多态性的基因型和等位基因频率与对照组中的频率显着不同（p <0.05）。同样，与对照组相比，在Zhuang UC和CD患者组的FUT3 RS3745635多态性的基因型和等位基因频率中观察到显着差异（P <0.05）。在Zhuang CD患者和对照组之间的FUT2 RS1047781的基因型和等位基因频率中没有发现统计学上的显着差异（P> 0.05）。关键字：岩藻糖基转移酶2，岩藻糖基转移酶3，炎症性肠病，IBD，溃疡性结肠炎，UC，Crohn'disease，CD此外，在Zhuang UC和CD患者组和对照组之间的fut2 rs601338和FUT3 RS28362459的基因型和等位基因频率中没有明显差异（P> 0.05）。结论：在广西Zhuang人口中，FUT2 RS1047781和FUT3 RS3745635多态性可能与IBD相关，而FUT2 RS601338和FUT3 RS28362459多态性可能不会显示这种关联。
食肉动物中发散乙型肝炎和C病毒同源物的自然共感染
图2铃声肝炎病毒的基因组表征。（a）左，Ringtail Hepadnavirus（RTHBV）的基因组组织。右：上插入，前S1区域。人类乙型肝炎病毒（HBV）中的必要NTCP结合结构域被突出显示。点表示相同的氨基酸残基。右：较低的插入，比较翻译的前核心和N末端核心结构域。（b）铃声肝病毒（RTHV）的基因组组织。RTHV的结构蛋白颜色为绿色，而非结构性（NS）蛋白为蓝色。 与样本CO-09/924相比，RTHV样本CO-08/923之间的差异显示为黑线，而非同义替代品则显示为橙色三角形。 RTHV内部核糖体入口位点（IRES）和3'UTR的预测结构。 pk，pseudoknot。 （c）RTHBV与其他正腺病毒的成对核苷酸序列距离的比较。 序列距离使用SSE使用300的滑动窗口和80个核苷酸的步长计算。 LHB，大表面蛋白。 （d）RTHV与其他肝病病毒的成对氨基酸序列距离的比较。 序列距离使用SSE使用400个氨基酸的滑动窗口计算。RTHV的结构蛋白颜色为绿色，而非结构性（NS）蛋白为蓝色。与样本CO-09/924相比，RTHV样本CO-08/923之间的差异显示为黑线，而非同义替代品则显示为橙色三角形。RTHV内部核糖体入口位点（IRES）和3'UTR的预测结构。pk，pseudoknot。（c）RTHBV与其他正腺病毒的成对核苷酸序列距离的比较。序列距离使用SSE使用300的滑动窗口和80个核苷酸的步长计算。LHB，大表面蛋白。（d）RTHV与其他肝病病毒的成对氨基酸序列距离的比较。序列距离使用SSE使用400个氨基酸的滑动窗口计算。病毒缩写，名称（GenBank登录号）：RTHBV，Ringtail Hepadnavirus（MZ393519）； GSHV，松鼠肝炎病毒（K02715.1）； LFBHBV，长指的蝙蝠乙型肝炎病毒（JX941466）； RLBHBV，圆形蝙蝠乙型肝炎病毒（NC_024443）; TMBHBV，制造帐篷蝙蝠乙型肝炎病毒（NC_024445）； AGSHV，北极松鼠肝炎病毒（U29144）； TFOHBV，太极肝炎B病毒（MK620908）； DMHBV，家猫B病毒（MH307930）； HBV，乙型肝炎病毒（AP007263）； EQHBV，马乙型肝炎病毒（MT134279）； HCV，肝病毒C（M62321）；懒惰HV（MH844501）; NRHV1，Hepacivivirus G（KJ950938）;松鼠HV，肝病毒P（MG211815）； RTHV，Ringtail Hepaciviviarus（MZ393518）
核酸研究
1。Kernighan，B.W。 和Plauger，P.J。 （1976）软件工具，Addison-Wesley Publishing Company，Reading，Massachusetts。 2。 Maizel，J.V。 和Lenk，R.P。 （1981）美国国家科学院的会议记录78，7665-7669。 3。 Needleman，S.B。 和Wunsch，C.D。 （1970）分子生物学杂志48，443-453。 4。 卖家，P.H。 （1974）应用数学杂志26，787-793。 5。 Smith，T.F。 和Waterman，M.S。 （1981）应用数学2，482-489的进步。 6。 Schroeder，J.L。 和Blattner，F.R。 （1982）核酸研究10，69-84，图1。 7。 Zuker，M。和Stiegler，P。（1981）核酸研究9，133-148。 8。 Gribskov，M.，Devereux，J。和Burgess，R.R。 “密码子偏好图：蛋白质编码序列和基因表达的图形分析”，提交给核酸研究。 9。 Grantham，R。Gautier，C。Guay，M。Jacobzone，M。和Mercier R.（1981）核酸研究9（1），R43-R74。 10。 Fickett，J.W。 （1982）核酸研究10，5303-5318 11。 Smithies，O.，Engels，W.R。，Devereux，J.R。，LiTher，J.L。和S. Shen，（1981）Cell 26，345-353。 12。 Smith，T.F.，Waterman，M.S。 和Sadler，J.R。（1983）核酸研究11，2205-2220。 13。 Staden，R。（1980）核酸研究8，3673-3694。 14。 15。 16。 17。Kernighan，B.W。和Plauger，P.J。（1976）软件工具，Addison-Wesley Publishing Company，Reading，Massachusetts。2。Maizel，J.V。和Lenk，R.P。（1981）美国国家科学院的会议记录78，7665-7669。3。Needleman，S.B。和Wunsch，C.D。（1970）分子生物学杂志48，443-453。4。卖家，P.H。（1974）应用数学杂志26，787-793。5。Smith，T.F。 和Waterman，M.S。 （1981）应用数学2，482-489的进步。 6。 Schroeder，J.L。 和Blattner，F.R。 （1982）核酸研究10，69-84，图1。 7。 Zuker，M。和Stiegler，P。（1981）核酸研究9，133-148。 8。 Gribskov，M.，Devereux，J。和Burgess，R.R。 “密码子偏好图：蛋白质编码序列和基因表达的图形分析”，提交给核酸研究。 9。 Grantham，R。Gautier，C。Guay，M。Jacobzone，M。和Mercier R.（1981）核酸研究9（1），R43-R74。 10。 Fickett，J.W。 （1982）核酸研究10，5303-5318 11。 Smithies，O.，Engels，W.R。，Devereux，J.R。，LiTher，J.L。和S. Shen，（1981）Cell 26，345-353。 12。 Smith，T.F.，Waterman，M.S。 和Sadler，J.R。（1983）核酸研究11，2205-2220。 13。 Staden，R。（1980）核酸研究8，3673-3694。 14。 15。 16。 17。Smith，T.F。和Waterman，M.S。 （1981）应用数学2，482-489的进步。 6。 Schroeder，J.L。 和Blattner，F.R。 （1982）核酸研究10，69-84，图1。 7。 Zuker，M。和Stiegler，P。（1981）核酸研究9，133-148。 8。 Gribskov，M.，Devereux，J。和Burgess，R.R。 “密码子偏好图：蛋白质编码序列和基因表达的图形分析”，提交给核酸研究。 9。 Grantham，R。Gautier，C。Guay，M。Jacobzone，M。和Mercier R.（1981）核酸研究9（1），R43-R74。 10。 Fickett，J.W。 （1982）核酸研究10，5303-5318 11。 Smithies，O.，Engels，W.R。，Devereux，J.R。，LiTher，J.L。和S. Shen，（1981）Cell 26，345-353。 12。 Smith，T.F.，Waterman，M.S。 和Sadler，J.R。（1983）核酸研究11，2205-2220。 13。 Staden，R。（1980）核酸研究8，3673-3694。 14。 15。 16。 17。和Waterman，M.S。（1981）应用数学2，482-489的进步。6。Schroeder，J.L。和Blattner，F.R。（1982）核酸研究10，69-84，图1。7。Zuker，M。和Stiegler，P。（1981）核酸研究9，133-148。 8。 Gribskov，M.，Devereux，J。和Burgess，R.R。 “密码子偏好图：蛋白质编码序列和基因表达的图形分析”，提交给核酸研究。 9。 Grantham，R。Gautier，C。Guay，M。Jacobzone，M。和Mercier R.（1981）核酸研究9（1），R43-R74。 10。 Fickett，J.W。 （1982）核酸研究10，5303-5318 11。 Smithies，O.，Engels，W.R。，Devereux，J.R。，LiTher，J.L。和S. Shen，（1981）Cell 26，345-353。 12。 Smith，T.F.，Waterman，M.S。 和Sadler，J.R。（1983）核酸研究11，2205-2220。 13。 Staden，R。（1980）核酸研究8，3673-3694。 14。 15。 16。 17。Zuker，M。和Stiegler，P。（1981）核酸研究9，133-148。8。Gribskov，M.，Devereux，J。和Burgess，R.R。“密码子偏好图：蛋白质编码序列和基因表达的图形分析”，提交给核酸研究。9。Grantham，R。Gautier，C。Guay，M。Jacobzone，M。和Mercier R.（1981）核酸研究9（1），R43-R74。10。Fickett，J.W。 （1982）核酸研究10，5303-5318 11。 Smithies，O.，Engels，W.R。，Devereux，J.R。，LiTher，J.L。和S. Shen，（1981）Cell 26，345-353。 12。 Smith，T.F.，Waterman，M.S。 和Sadler，J.R。（1983）核酸研究11，2205-2220。 13。 Staden，R。（1980）核酸研究8，3673-3694。 14。 15。 16。 17。Fickett，J.W。（1982）核酸研究10，5303-5318 11。Smithies，O.，Engels，W.R。，Devereux，J.R。，LiTher，J.L。和S. Shen，（1981）Cell 26，345-353。12。Smith，T.F.，Waterman，M.S。 和Sadler，J.R。（1983）核酸研究11，2205-2220。 13。 Staden，R。（1980）核酸研究8，3673-3694。 14。 15。 16。 17。Smith，T.F.，Waterman，M.S。和Sadler，J.R。（1983）核酸研究11，2205-2220。13。Staden，R。（1980）核酸研究8，3673-3694。14。15。16。17。Clayton，J。and Kedes，L。（1982）核酸研究10，305-321。GenBank（TM）遗传序列数据库可从美国马萨诸塞州剑桥市Moulton Street 10号Bolt Beranek and Newman Inc.韦恩·里顿（Wayne Rindone）获得美国马萨诸塞州穆尔顿街10号。EMBL核苷酸序列数据库可从Greg Hamm，欧洲分子生物学实验室，后10.2209，Meyerhofstrasse 1，6900 Heidelberg，West Gestery获得。来自法国Strasbourg 67000的Transgene SA的Richard Lathe博士的个人交流。
北北的核和线粒体基因组测序
2020年3月5日收到； 2020年9月13日接受；于2020年9月25日发布作者分支：1巴斯德研究所，Boinformatics and Biostatistic Hub，28 Rue du Roux Roux Roux Roux，75015法国巴黎； 2 Inserm U1201研究所，分子寄生虫学单元和信号传导，寄生虫和矢量昆虫部，25 Rue du Roux Dr Roux，75015，法国巴黎75015； 3研究实验室，LR 16IPT09，生物信息学，生物护理学和生物统计学，突尼斯的巴斯德研究所，突尼斯El-Manar University，突尼斯突尼斯的Place place El-Manar University，突尼斯，突尼斯； 4法国马赛蒂姆医院的寄生学实验室； 5法国南特的乔·德南特斯（Chu de Nantes）的寄生学和医学真菌学实验室； 6研究实验室，LR 16IPT06，医疗寄生虫，生物技术和生物分子，突尼斯突尼斯的巴斯德研究所，突尼斯El-Manar University，突尼斯突尼斯的Place Plate 13 Place Place。*信函：aida，bouratbine@pasteur。整个基因组测序；线粒体DNA;比较基因组学；内脏利什曼病；突尼斯;重新锑的抗性。缩写：MLMT，多焦微卫星分类； NGS，下一代测序； PCA，主要组件分析； SNV，单核苷酸变化； VL，内脏利什曼病； VRF，变化的读取频率。恢复：测序数据被提交给NCBI Bioproject，并在登录代码下进行简短的阅读档案（SRA）数据库：PRJNA607007，Maxi-and Minicircles可从NCBI GenBank和Http：// http：// http：// http：// http：// http：// tn/tn/tn/tn/tn/tn/tn/pasteur。数据敏锐地：所有支持数据，代码和协议均已提供文章或过度数据文件。本文的在线版本可以使用两个补充表和五个补充数据。000444©2020作者
adar1（e1008q），标志标准重组
描述：重组人全长ADAR1（腺苷脱氨酶，RNA特异性1）转录本1，包含氨基酸2-1226（END）。该蛋白质包含感兴趣的突变E1008Q。此构造包含一个N末端标记标签。重组蛋白具有亲和力纯化。背景：ADAR1（腺苷脱氨酶，RNA特异性1）对RNA中的腺苷进行腺苷进行腺苷，尤其是针对位于特定茎环基序结构中的腺苷。有人提出，ADAR进化为为转录组提供额外的多样性，而大多数ADAR编辑事件发生在非编码RNA中，但其中一些（包括规范GLUA2编辑位点）改变了编码蛋白的氨基酸序列。adar1通过缓解干扰素信号传导在先天免疫中起作用。ADAR1功能障碍会导致自身免疫性疾病，并影响癌细胞的生长和增殖以及对免疫疗法的肿瘤反应。由于ADAR识别双链RNA，因此抑制或修饰RNA病毒的功能也起作用。因此，它与病毒进化和病毒变体（例如SARS-COV-2变体）的出现有关。已经提出了ADAR1的E1008Q突变体比其野生型具有更高的编辑活性，其突变存在于蛋白质的脱氨酶结构域中的高度保守的谷氨酸盐中。物种：人类结构：ADAR1（E1008Q）（FLAG-2-1226（END））浓度：0.39 mg/ml表达系统：HEK293纯度：80％格式：水缓冲液溶液。MW：137 KDA GenBank登录：NM_001111稳定性：-80°C至少6个月。以：50 mM Tris-HCl，pH 8.0、750 mm NaCl，0.01％Triton X-100、10％甘油和100μg/ml的FLAG肽。存储：-80°C使用的说明：在冰上解冻，并在使用前轻轻混合。不要涡旋。在打开前进行快速旋转。等分的小容量，然后闪烁冻结以进行长期存储。避免多个冻结/解冻周期。测定条件：根据ADAR1：RNA TR-FRET分析套件（＃82252）进行测定，具有不同量的ADAR1（E1008Q），FLAG-TAG重组（＃102535）。应用程序：