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使用 CRISPR-Cas9 进行基因组编辑和自身免疫性疾病：综合综述
1 延世大学医学院，韩国首尔 03722； mhlee164@naver.com （MHL）； eric1@kaist.ac.kr （DHC）； bigjbh2@naver.com （新BH）; yeoeun@yonsei.ac.kr （YP）; 4606347@naver.com（欧盟）； harryme1713@yonsei.ac.kr （SP）2 延世大学医学院儿科系，首尔 03722，韩国； shinji@yuhs.ac （JIS）; AZSAGM@yuhs.ac (KHL) 3 延世大学原州医学院肾脏病学系，韩国原州 26426； kidney74@yonsei.ac.kr 4 韩国科学技术院，医学科学与工程研究生院，韩国大田 34141 5 突尼斯埃尔马纳尔大学，突尼斯科学学院微生物与活性生物分子实验室，突尼斯 1068，突尼斯； kalttizaoui@gmail.com 6 Sant Joan de Deu Sanitary Park/CIBERSAM、巴塞罗那大学、Sant Joan de Deu 基金会、Sant Boi de Llobregat、08830 巴塞罗那，西班牙； a.communication@pssjd.org （AK）; louis.jacob.contacts@gmail.com （LJ）7 ICREA，第 Pg. LluisCompanys 23, 08010 巴塞罗那，西班牙 8 延世大学医学院江南 Severance 医院儿科，首尔 06273，韩国 10 安格利亚鲁斯金大学健康、表现和幸福感中心，剑桥 CB1 1PT，英国； Lee.Smith@aru.ac.uk * 通信地址：KKKJHD@yuhs.ac;电话：+82-2-2228-2050；传真：+82-2-393-9118 † 这些作者对这项工作做出了同等贡献。
COVID-19的易感性和住院的全基因组全基因组关联研究
郑山（Div>）：美国孟菲斯丹尼·托马斯（Danny Thomas Place）262，美国孟菲斯（Memphis），美国田纳西州38105，圣裘德儿童研究医院应用生物信息学研究中心高级生物信息学研究科学家；电子邮件：cheng.zhong.shan@gmail.com
MicroAnnot：用于精确注释微孢子虫基因组的专用工作流程
摘要：微孢子虫有近 1700 个种，是一类专性胞内真核生物，对兽医、经济和医学有影响。为了帮助了解这些微生物的生物学功能，通常使用全基因组测序。然而，由于它们具有特定于分类单元的进化特征，因此很难正确预测它们的基因目录。由于需要创新的基因组注释策略来获得这些寄生虫整体生活方式的代表性快照，因此开发了 MicroAnnot 工具，这是一种专用的工作流程，使用来自精确注释的微孢子虫基因的精选数据库的数据进行微孢子虫序列注释。此外，还实施了特定模块来执行小基因（<300 bp）和转座因子识别。最后，使用基于签名的 InterProScan 软件进行功能注释。MicroAnnot 的准确性已通过对四个微孢子虫基因组的重新注释得到验证，这些基因组的结构注释之前已经得到验证。 MicroAnnot 通过比较方法和转录信号识别方法，可以准确预测翻译起始位点，有效识别转座因子，并对包括 300 bp 以下的微孢子虫基因具有高特异性和灵敏度。
STMGP：全基因组关联或全基因组测序研究数据
通过培训数据构建预测模型，并通过平滑阈值多变量遗传预测（STMGP）方法预测测试数据表型，其中包含基因环境（GXE）相互作用，其中将GXE相互作用线性添加到具有边际效应的STMGP模型中。数据必须采用Plink二进制格式和边际测试p值（即通过PLINK软件计算每个变体的测试），即使对于具有大量变体的数据，也可以快速计算。通过CP型标准选择最佳的P值截止。可以接受定量和二进制表型，其中必须以PLINK FAM FAM FORGAT或SEPARATE文件（PLINK格式，即FID和IID需要）。环境变量需要通过指定列名来在协变量文件中。
关键驱动因素和促使6G时代
1纽卡斯尔大学，纽卡斯尔的遗传医学研究所，泰恩NE1 3BZ，英国，2个学术医学中心，阿姆斯特丹，荷兰，荷兰3，心血管医学系，牛津大学，牛津大学，牛津大学，牛津大学1 2JD，英国，英国，4个Institut Genotypage Centry de Genotypage Centrique a e evie evie exom e Evique national de l'e'nnergie， d'Etude du多态性，荷兰（Humain），吉恩·多塞特（Jean Dausset），巴黎75010，法国6，西班牙巴塞罗那，巴塞罗那，西班牙7，新南威尔士州威斯特米德市的儿童医院，新南威尔士州，澳大利亚，澳大利亚8号，遗传学家，诺丁汉大学，诺斯特·诺斯特·诺斯特·诺斯特，英国莱斯特，泰恩医院的10个纽卡斯尔NHS基金会信托基金会，英国纽卡斯尔，布里斯托尔皇家儿童11号，英国布里斯托尔，英国布里斯托尔，12个里兹教学医院NHS NHS Trust，英国利兹，英国利兹，13个病童，多伦多医院，多伦多，多伦多，加拿大，加拿大14号儿童遗传学中心，贝尔·莱文氏菌，15 000，贝尔·莱文，e uuuuuunium and e e efore ef e efore ef e e efore ef e e efore ef e e efore e e;遗传学，苏黎世大学，苏黎世8006，瑞士1纽卡斯尔大学，纽卡斯尔的遗传医学研究所，泰恩NE1 3BZ，英国，2个学术医学中心，阿姆斯特丹，荷兰，荷兰3，心血管医学系，牛津大学，牛津大学，牛津大学，牛津大学1 2JD，英国，英国，4个Institut Genotypage Centry de Genotypage Centrique a e evie evie exom e Evique national de l'e'nnergie， d'Etude du多态性，荷兰（Humain），吉恩·多塞特（Jean Dausset），巴黎75010，法国6，西班牙巴塞罗那，巴塞罗那，西班牙7，新南威尔士州威斯特米德市的儿童医院，新南威尔士州，澳大利亚，澳大利亚8号，遗传学家，诺丁汉大学，诺斯特·诺斯特·诺斯特·诺斯特，英国莱斯特，泰恩医院的10个纽卡斯尔NHS基金会信托基金会，英国纽卡斯尔，布里斯托尔皇家儿童11号，英国布里斯托尔，英国布里斯托尔，12个里兹教学医院NHS NHS Trust，英国利兹，英国利兹，13个病童，多伦多医院，多伦多，多伦多，加拿大，加拿大14号儿童遗传学中心，贝尔·莱文氏菌，15 000，贝尔·莱文，e uuuuuunium and e e efore ef e efore ef e e efore ef e e efore ef e e efore e e;遗传学，苏黎世大学，苏黎世8006，瑞士
全基因组的关联研究对绵羊菌群中菌群的抗体反应
摘要。病例淋巴结炎（CLA）是一种慢性且高度传染性的疾病，在绵羊和山羊中广泛影响，对动物福利和生产产生不利影响。这项研究旨在揭示宿主地球杆菌对二氧杆菌抗体抗体水平的影响，作为疾病易感性或抗性的指标，从而有可能识别与这些性状相关的遗传标记。从四个大捷克羊群的321只羊中收集了血液样本。萨福克品种的动物年龄从2至8岁不等，每年定期采样4年。基于两种不同的商业酶连接的免疫吸附测定（ELISA）血清学抗原测试，将绵羊分为健康和患病的组。基因组DNA与Geneseek®基因组pro-firer™卵子50 K进行基因分型，并将41 301个标记用于全基因组关联分析（GWAS）。进行了一种病例 - 对比GWA，包括143种血清阳性和178羊绵羊，以评估使用GCTA软件的绵羊基因组和对磷酸梭菌的磷脂酶D抗原的抗体反应之间的关系。这项研究揭示了染色体11和20上的两个暗示性SNP（单核苷酸多态性），在Trim16的第一个外显子（含三方 - 含量的16）基因中，具有最显着的SNP。通过分析阳性动物和阴性动物之间的基因组改变及其背景，包括对暗示性SNP±500 Kb区域内基因的基因分析（GO）分析，我们鉴定了基因以及与免疫相关的过程以及潜在地影响CLA敏感性的过程和途径。这些包括通过主要的组织相容性复合物（MHC）I和II，Th17粘膜细胞分化，细胞自噬和与吞噬相关的机制的抗原加工和外基肽的呈现。这项研究提供了对抗二链球菌抗体反应的遗传基础的见解，确定了暗示性的关联和潜在的生物学机制，可以指导未来的繁殖和遗传策略，以提高对绵羊CLA的耐药性。
基因组编辑、氮利用的生成和部署
目标 项目目标： 1. 为 NUE 等复杂的农艺性状进行 GE 辅助品种开发的概念验证 2. 在发展中国家马达加斯加出现生物安全监管结构的背景下，分析在水稻等粮食作物上部署 GE 辅助品种的社会和制度可行性（法规、环境和社会风险、影响） 3. 通过信息交流和马达加斯加生物安全监管机构和其他利益相关者的培训，加强集体能力，以评估通过 GE 技术改良的新作物品种部署所带来的风险和机遇，并做出决策 研究问题 1. 优化水稻中的 CRISPR/Cas9 技术以同时进行 KO 和碱基替换，包括研究非整合方法， 2. 建立我们的主要目标基因 BT2/OsBT、植物氮状态、硝酸盐转运蛋白基因（如 NRT1.1/OsNRT1.1Bs、OsCCA1 和 OsELF4 时钟基因）之间的关系，拟南芥和水稻植物模型之间的 TGA 转录因子；3. 揭示与 GE 改良水稻品种的 NUE 相关的生态生理成分；4. 确定拟议的 GE 新品种的社会接受条件，考虑到对农民和当地水稻价值链其他利益相关者的潜在社会经济风险和影响；5. 解决能力建设或机构适应的需求，以实施国家生物安全立法。
1 A晶界拥抱基因组...
晶粒边界（GB）溶质分离通常与GB的互惠有关，与众所周知的Fe（S），Fe（P）和Fe（Sn）系统1-5有关。但是，许多合金元素并不是一开始或不隔离。溶剂（宿主）和GB隔离的某些组合导致边界增强3,6-10，或提供其他有益的特性，例如热稳定性11-14和改善的机械性能15-17。成功的合金设计越来越多地需要对GB隔离和封闭的细微理解。过去几年在理解该问题的隔离部分方面取得了显着的进展，其中大量数据是针对在多晶环境中GBS中存在的全部原子位置中播种的热力学数量的大量图形，这些数据是在多晶环境中播种的。但是，这个问题的封封部分仍然是许多合金尚未提供自洽数据的大图。最近汇总已发布的数据集的尝试说明了与多种方法生成的数据之间的挑战8,21-23。此外，评估GB互惠效力的方法基于GB平板方法，通常需要大量的计算资源24-26。因此，用于计算合金设计框架27,28的GB隔离和互惠数据有限。
基因组退化通过重塑菌毛介导的促炎反应促进沙门氏菌的病理适应
1 浙江大学动物科学学院预防兽医学研究所、动物医学院，杭州 310058；2 浙江大学海南学院，三亚 572025；3 宁波市农业科学院，宁波 315040；4 上海市疾病预防控制中心微生物室，上海 200336；5 河南畜牧经济学院动物医学院，郑州 450053；6 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所动物细菌病防控药剂重点实验室，武汉 430064；7 中国农业科学院哈尔滨兽医研究所，兽医生物技术国家重点实验室细菌性疾病研究室，哈尔滨 150069； 8 中国农业科学院家禽研究所，扬州 225125；9 中国农业科学院上海兽医研究所动物卫生研究室，上海 200241；