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DNA 损伤反应中 p53 和 PTEN 的四稳定动力学
摘要：细胞命运决定是一个复杂的过程，通常被描述为细胞在崎岖的路径上行进，从 DNA 损伤反应 (DDR) 开始。肿瘤蛋白 p53 (p53) 和磷酸酶和张力蛋白同源物 (PTEN) 是此过程中的两个关键参与者。虽然这两种蛋白质都被认为是关键的细胞命运调节剂，但它们在 DDR 中协作的确切机制仍然未知。因此，我们提出了一个动态布尔网络。我们的模型结合了从 NSCLC 细胞获得的实验数据，是同类模型中的第一个。我们网络的野生型系统显示 DDR 激活 G2/M 检查点，这会触发一系列事件，涉及 p53 和 PTEN，最终导致四种潜在表型：细胞周期停滞、衰老、自噬和细胞凋亡（四稳态动力学）。网络预测与另外两种细胞系（HeLa 和 MCF-7）中的功能增益和损失调查相对应。我们的研究结果表明，p53 和 PTEN 充当分子开关，激活或停用特定通路来控制细胞命运决定。因此，我们的网络有助于直接研究 DDR 中的四重细胞命运决定。因此，我们得出结论，同时控制 PTEN 和 p53 动态可能是增强临床结果的可行策略。
变幅疲劳、建模和测试
虽然使用寿命可以像沃勒图一样简单地描述，但是弯曲疲劳的微观损伤效应是由材料不同阶段发生的不同机制组成的？整个生命周期。在光的开始处发生了一种机制，即洒水。在第三阶段，载荷的变化将引起位错运动，最终导致裂纹的形成。这开始了疲劳寿命的第二阶段，即裂纹扩展。此时，成核裂纹将随着每个加载循环而增长，直到应力强度变得如此之大以至于出现残余桥。裂纹扩展阶段可分为两个不同的子阶段：“阶段 I”中裂纹在最大剪应力平面上扩展，“阶段 II”中裂纹在垂直于拉应力方向的平面上扩展。 “阶段 I” 阶段适用于几种晶粒尺寸的顺序（见图 3）。
人工智能生成的小活页夹改进了主要编辑
引物编辑 2 (PE2) 系统包含一个切口酶 Cas9，该切口酶与逆转录酶融合，利用引物编辑向导 RNA (pegRNA) 在目标基因组位点引入所需突变。然而，PE 效率受到错配修复 (MMR) 的限制，错配修复会切除包含所需编辑的 DNA 链。因此，通过显性负 MLH1 (MLH1dn) 的瞬时表达抑制 MMR 复合物的关键成分，PE 效率比 PE2 提高约 7.7 倍，从而生成 PE4。在此，通过利用生成人工智能 (AI) 技术 RFdiffusion 和 AlphaFold 3，我们最终生成了一种从头 MLH1 小结合物（称为 MLH1-SB），它与 MLH1 和 PMS2 的二聚体界面结合，以破坏关键 MMR 成分的形成。MLH1-SB 的尺寸很小（82 个氨基酸），因此可以通过 2A 系统将其整合到预先存在的 PE 架构中，从而创建一个新颖的 PE-SB 平台。结果，通过将 MLH1-SB 整合到 PE7 中，我们开发了一种改进的 PE 架构，称为 PE7-SB，它表现出迄今为止最高的 PE 效率（在 HeLa 细胞中是 PE2 的 29.4 倍，是 PE7 的 2.4 倍），这表明生成式 AI 技术将促进基因组编辑工具的改进。
化学蛋白质组学揭示 USP5（泛素羧基...
摘要：基于质谱的有限蛋白水解化学蛋白质组学方法已成为识别和分析小分子 (SM) 与其蛋白质靶标之间相互作用的有力工具。Gracilioether A (GeA) 是一种从海绵中分离出来的聚酮化合物，我们旨在利用这种策略追踪其相互作用组。DARTS（药物亲和力响应靶标稳定性）和 t-LiP-MS（靶向有限蛋白水解质谱）代表了本研究中使用的主要技术。DARTS 应用于 HeLa 细胞裂解物以识别 GeA 靶蛋白，并使用 t-LiP-MS 研究蛋白质与 GeA 结合的区域。通过使用表面等离子体共振 (SPR) 的结合研究和计算机分子对接实验，结果得到了补充。泛素羧基末端水解酶 5 (USP5) 被确定为 GeA 的一个有希望的靶点，并解释了 USP5-GeA 复合物的相互作用特征。USP5 是一种参与蛋白质代谢途径的酶，通过将降解蛋白质上的多泛素链分解为泛素单体。这种活性与不同的细胞功能有关，包括染色质结构和受体的维持、异常蛋白质的降解和致癌进展。在此基础上，这些结构信息为后续研究开辟了道路，重点是确定 Gracilioether A 的生物学潜力以及基于新结构骨架合理开发新型 USP5 抑制剂。
建立科罗拉多tick壁虱发烧病毒的反向遗传学系统
具有12个分割的双链RNA基因组的Colorado Tick热病毒（CTFV）是一种致病性arbovirus，可引起人类严重疾病。然而，在分析复制机制和致病性的分析中几乎没有取得进展。这种病毒学约束是由于缺乏CTFV的反向遗传学系统。因此，我们旨在建立系统。最初，在各种细胞系中研究了CTFV复制的功效。CTFV在许多来自不同宿主和器官的细胞类型中生长。随后，用编码编码12个CTFV基因段中每个链的质粒，编码所有CTFV蛋白的表达质粒和vercinia vercinia病毒RNA-RNA粘贴酶转染了稳定表达T7 RNA聚酶的BHK-T7细胞。转染后，将细胞与Vero或HeLa细胞共培养。使用该系统，我们营救了带有肽标记的病毒蛋白的单种植体和重组病毒。此外，还建立了使用表达T7 RNA聚合酶的Expi293F细胞的改进系统，从而使重组报告基因CTFV的产生。总而言之，这些用于CTFV的反向遗传学系统将极大地归因于了解病毒复制机制，发病机理和传染性，最终促进了有理处理和候选疫苗的发展。
肝细胞癌的国家护理计划 - 知识库
肝细胞癌（HCC）每年诊断出约500例。在超过2/3的病例中可以检测到潜在的病毒肝炎，酒精和/或脂肪肝。在我们在瑞典制定的国家护理计划期间，整个小组的生存率有所提高，这可能是由于积极治疗的比例增加所致。完成治疗治疗（消融，切除或移植）后，中位数的5年生存率为40-75％，而相对较大的HCC患者具有晚期肿瘤负担，肝功能不佳或一般状况降低，只能提供症状，在不到1年的时间内可减轻症状。您选择哪种治疗方法在很大程度上取决于肿瘤因素和肝功能，但在该国不同地区有所不同。我们的希望是护理计划将有助于更同等的护理。
ficus carica乳胶调节人乳头瘤病毒阳性宫颈癌细胞系中免疫相关的基因表达：RNA SEQ转录组分析的证据
摘要：宫颈癌是女性与癌症相关死亡的主要原因，并且高危人类乳头瘤病毒（HR-HPV）的作用是该癌症发展的可能风险因素。尽管有多种治疗方法的可用性，但仍然关注预防转移性传播和组织过多的组织损伤。因此，必须开发一种更安全，更有效的治疗方式。ficus carica是一种天然植物，当应用于HPV阳性宫颈癌细胞系时，通过其水果乳胶显示了潜在的治疗特性。然而，五库里卡（Ficus carica）（Ficus carica（Ficus）乳胶的作用机理尚不清楚。这项研究旨在更深入地深入了解人类宫颈癌细胞系的生物学活性，表达高危HPV类型16和18。从这项研究中获得的数据表明，乳胶影响对“ I类MHC介导的抗原表现”的基因表达以及“抗原加工：泛素化和蛋白酶体降解”。这些基因在宿主免疫监测和感染的分辨率中起着至关重要的作用。值得注意的是，Western印迹分析证实了这些发现，表明乳胶处理后HeLa细胞中MHC I类表达的增加。这项研究的结果表明，乳胶可能会增强针对致癌HPV的T细胞反应，这可能对清除早期癌症有益。
o r i g i g i n a l r e s a r c h是一种基于姜黄素加载的β-环糊精纳米粒子的新型叶酸受体的药物输送系统，用于
目的：建立了一种新型的叶酸受体靶向β-环糊精（β-CD）药物递送载体，以改善姜黄素的生物利用度，生物安全和药物载荷能力。受控释放和靶向递送。方法：合成并表征了叶酸偶联的β-CD-聚乳酮块共聚物。姜黄素负载的纳米颗粒（FA-CUR-NP）是通过自组装构成的。研究了制造的纳米颗粒的物理化学特性，稳定性，释放行为和靶向肿瘤的能力。结果：FA-Cur-NP的平均粒径和药物载荷分别为151.8 nm和20.27％。此外，FA-CUR-NP在体外表现出良好的稳定性72小时。该药物释放曲线表明，在pH 6.4磷酸盐缓冲溶液（PBS）中，FA-Cur-NPS的姜黄素被释放得比pH 7.4中的速度快，这表明与正常细胞相比，在肿瘤部位可以富集姜黄素。此外，FA受体介导的内吞作用有助于FA-Cur-NP的内在化，其细胞毒性与细胞摄取效率成正比。此外，体内研究证实，FA-Cur-NP在肿瘤部位表现出明显的积累和出色的抗肿瘤活性。结论：这些发现表明，FA-CUR-NP是通过主动靶向和可控释放来改善癌症治疗的一种有希望的方法。关键字：姜黄素，β-CD-聚乳酮共聚物，叶酸受体，靶向药物递送，HELA细胞
CRISPR 共编辑策略实现无疤痕同源性......
摘要：成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR)/Cas9 通过提供一种简单而强大的方法来切割特定的基因组序列，彻底改变了基因组编辑。然而，在目标位点引入模板化变化通常需要同源定向修复 (HDR)，而这种修复仅在培养的一小部分细胞中起作用。为了富集 HDR 依赖性编辑细胞，我们采用了一种共同编辑策略，即在挽救内源性预制温度敏感 (ts) 突变的同时编辑目标基因 (GOI)。通过使用 ts 突变的修复作为可选择标记，由于编辑会恢复野生型 (wt) 序列，因此选择是“无疤痕的”。为了验证原理，我们使用了 HEK293 和 HeLa 细胞，这些细胞在必需的 TAF1 基因中发生了 ts 突变。 CRISPR 联合编辑 TAF1ts 和 GOI 可使高达 90% 的耐高温细胞携带 GOI 中的所需突变。我们使用该系统插入由质粒供体编码的大盒和由单链寡核苷酸供体 (ssODN) 编码的较小变化。值得注意的是，我们编辑的基因之一是在蛋白酶体亚基 PSMB6 中引入 T35A 突变，从而消除其 caspase 样活性。编辑后的细胞显示出这种活性的特定降低，证明了该系统在生成具有内源基因生物学相关突变的细胞系中的实用性。这种方法提供了一种快速、高效且无疤痕的方法来选择需要 HDR 的基因组编辑细胞。
基于大规模体外筛选和体内疗效评估发现潜在的抗SARS-CoV-2药物
由严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS- CoV-2) 引起的 2019 冠状病毒病 (COVID-19) 大流行是一场全球危机。迫切需要具有高效性、易获得性且不会产生耐药性的临床候选药物。尽管对已临床批准药物的重新利用进行了筛选，提供了多种被证明在细胞培养中对抗 SARS-CoV-2 感染的有效药物，但很少有被证实的体内抗病毒候选药物。在本研究中，从 2,580 种 FDA 批准的小分子药物中鉴定出 94 种在 Vero E6 细胞中对 SARS-CoV-2 显示高抗病毒活性的化合物。其中，筛选出了 24 种低细胞毒性的化合物，其中 17 种化合物还有效抑制了转导人 ACE2 的 HeLa 细胞中的 SARS-CoV-2 感染。六种化合物扰乱了 SARS-CoV-2 生命周期的多个过程。使用感染 SARS-CoV-2 的叙利亚仓鼠体内测定了它们的预防效果。七种化合物减少了感染原始毒株和 D614G 变体的仓鼠的体重减轻并促进了体重恢复。除顺式阿曲库铵外，六种化合物在感染后 4 天测定时降低了仓鼠肺部病毒载量以及 IL-6 和 TNF-α mRNA。特别是，舍曲林、盐霉素和吉利替尼在体内表现出与瑞德西韦相似的保护作用，并且在体外 SARS-CoV-2 连续传代 10 次后未诱导抗病毒药物耐药性，表明其有望用于 COVID-19 治疗。