该协议描述了使用diaganodeMegaruptor®3的植物Magattract v.3或植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract v.4使用iaganodeMegaruptor®3的生命HMW DNA提取方案的片段化。此过程对于从生命之树计划所涵盖的所有分类组中的DNA提取物中清除和较短的片段去除非常有效,DNA剪切成平均片段大小范围为12-20 kb。但是,高度浓缩或粘性样品具有挑战性。该协议的输出是剪切的DNA,可以用手动或自动化的SPRI协议针对碎片的DNA清除。该协议改编自Sanger Life Tree HMW DNA片段:Pacbio Hifi的diaganodeMegaruptor®3,以处理由Sanger Life Tree HMW DNA提取的样本HMW DNA提取:自动化MagAttract v.2,自动化植物Magattract V.3,自动化工厂Magattract V.3和自动化工厂Magattrack V.4协议。
本协议描述了通过生命HMW DNA提取方案制备的样品中的HMW DNA的离心介导的HMW DNA片段化。该协议使用Covaris g-tube产生8–10 kb尺寸范围的片段。剪切的DNA适用于下游长读取测序,包括超低输入(ULI)库制备后的PACBIO测序。这个过程对于生命树计划中所有分类学组的DNA提取物非常有效。该协议的输出是剪切的DNA,可以使用手动或自动SPRI协议将其针对碎片的DNA清除。
该方案描述了从多种不同物种的多个不同组织样品中手动提取HMW DNA,不包括植物和真菌,用于使用Qiagen MagAttract HMW DNA提取试剂盒进行长阅读测序。此过程对于生命之树计划所涵盖的各种分类群体都是有效的。该方案对于组织可用性有限的样品特别有用,因为它始终从这些较小的样品中产生的DNA比等效的自动化方法更多。The output of this protocol is HMW DNA, which depending upon yield and the genome size of the species, can be directed towards HMW DNA Pooling, HMW DNA Fragmentation: Diagenode Megaruptor® 3 for LI HiFi, HMW DNA Fragmentation: Diagenode Megaruptor® 3 for LI PacBio or HMW DNA Fragmentation: g-Tube for ULI PacBio.
本方案描述了使用 Diagenode Megaruptor®3 从 MagAttract v.1、Plant MagAttract v.1 或 Plant MagAttract v.2 Sanger Tree of Life HMW DNA 提取方案中对 HMW DNA 进行片段化。该过程对于从生命之树计划涵盖的所有分类群中提取 DNA 非常有效,DNA 被剪切成平均 12-20 kb 大小的片段。然而,具有挑战性的样本包括那些浓度高或粘度大的样本,以及 DNA 提取后含有污染物或杂质的样本。该方案的输出是剪切的 DNA,可以使用手动或自动 SPRI 方案将其用于碎片 DNA 清理。该协议已更新为 Sanger Tree of Life HMW DNA Fragmentation:Diagenode Megaruptor® 3 for LI PacBio,以处理由 Sanger Tree of Life HMW DNA Extraction:Automated MagAttract v.2、Automated Plant MagAttract v.3 和 Automated Plant MagAttract v.4 协议产生的样本。
对产品可能应用领域的任何说明仅应展示这些产品的潜力,但任何此类描述均不构成任何形式的承诺。无论三菱化学先进材料对任何产品进行过何种测试,三菱化学先进材料都不具备评估其材料或产品是否适用于客户制造或提供的特定应用或产品的专业知识。最合适的塑料材料的选择取决于可用的耐化学性数据和实践经验,但通常需要在实际使用条件下(正确的化学品、浓度、温度和接触时间以及其他条件)对成品塑料部件进行初步测试,以评估其是否最终适用于给定的应用。
•海洋基因组计划已在PACBIO Revio系统上建立了用于HMW DNA提取,自动化库制备和HIFI测序的优化的高通量工作流程。•通过Biomek i7自动化的效率提高,动手时间降低,并提高了各种DNA输入的样品一致性。•此工作流程导致了130多个海洋脊椎动物的HIFI数据,提供了无价的保护和研究工作的数据。
PANDNA试剂盒包含3个洗涤缓冲液(CW1,CW2和PW1),以提取各种样品类型。CBB套件仅包含2个洗涤缓冲液(CW1和CW2)。缓冲CW1,CW2和PW1作为浓缩物提供。CW1和CW2的最终乙醇浓度使用60%。PW1最终乙醇浓度使用70%。在使用之前,如瓶子上所示,将适当的乙醇量(96-100%)添加到缓冲液CW1,CW2和PW1中。注意:并非所有缓冲区都在每个过程中使用。
对产品的可能应用领域的任何例证都只能证明这些产品的潜力,但是任何此类描述都不构成任何类型的盟约。不受三菱化学高级材料可能对任何产品进行的测试,三菱化学高级材料在评估其材料或产品用于特定应用程序或产品制造或提供的产品的适用性方面都不具备专业知识。最合适的塑料材料的选择取决于可用的耐化学性数据和实践经验,但经常在实际服务条件下(正确的化学,浓度,温度和接触时间以及其他条件)对成品塑料部分进行初步测试,以评估其最终适用性。
对产品可能应用领域的任何说明仅应展示这些产品的潜力,但任何此类描述均不构成任何形式的承诺。无论三菱化学先进材料对任何产品进行过何种测试,三菱化学先进材料都不具备评估其材料或产品是否适用于客户制造或提供的特定应用或产品的专业知识。最合适的塑料材料的选择取决于可用的耐化学性数据和实践经验,但通常需要在实际使用条件下(正确的化学品、浓度、温度和接触时间以及其他条件)对成品塑料部件进行初步测试,以评估其是否最终适用于给定的应用。
初始版本2024年10月1日仅研究使用。不适用于诊断程序。©2024加利福尼亚州的太平洋生物科学(“ PACBIO”)。保留所有权利。本文档中的信息如有更改,恕不另行通知。PACBIO对本文档中的任何错误或遗漏不承担任何责任。某些通知,条款,条件和/或使用限制可能与您使用PACBIO产品和/或第三方产品有关。请参阅适用的PACBIO销售条款和条件以及PACB.com/license的适用许可条款。太平洋生物科学,PACBIO徽标,PACBIO,Circulomics,Omniome,Smrt,Smrt,Smrtbell,Iso-Seq,Sequel,sequel,Nanobind,sbb,sbb,sbb,revio,onso,apton,apton,kinnex,peretarget和sprq是Pacbio的商标。