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CSF神经丝轻链分析和神经疾病的定量
神经丝轻链是神经司长损伤的已建立标志物，在各种神经系统疾病中，CSF和血液中升高。它越来越多地用于临床实践中，以帮助诊断和监测进展，并作为评估整个临床翻译神经科学领域的疾病改良疗法的安全性和功效的结果措施。人类生物流体中神经丝轻链的定量方法依赖于免疫测定，这些免疫测定能力有限地描述CSF中蛋白质的结构的能力，以及在不同的神经退行性疾病中可能会有所不同。在这项研究中，我们使用靶向质谱质谱eTry表征了CSF中CSF中的神经丝轻链物种以及神经炎症性疾病以及健康对照。我们表明，在本研究中开发的定量免疫沉淀 - 量表质谱法强烈地与CSF中的单分子阵列测量值强，跨质谱法跨质谱法和中心可重复。总而言之，我们创建了一种准确且具有成本效益的测定法，用于测量转化神经科学研究和临床实践中的关键生物标志物，可以轻松地将其多重多重并转化为临床实验室，以筛查和监测神经退行性疾病或急性脑受伤。
ChEC-seq2：一种改进的染色质内源性裂解测序方法和生物信息学分析流程，用于绘制体内蛋白质-DNA 相互作用
摘要 确定转录因子 (TF) 的体内 DNA 结合特异性几乎完全依赖于染色质免疫沉淀 (ChIP)。虽然 ChIP 揭示了 TF 结合模式，但其分辨率较低。采用核酸酶的高分辨率方法，例如 ChIP-exo、染色质内源性裂解 (ChEC-seq) 和 CUT&R UN，可解决 TF 占用和结合位点保护问题。ChEC-seq 中内源性 TF 与微球菌核酸酶融合，既不需要固定也不需要抗体。然而，有人认为 ChEC 期间 DNA 裂解的特异性低于 ChIP 或 ChIP-exo 识别的峰的特异性，这可能反映了转录因子与 DNA 的非特异性结合。我们简化了 ChEC-seq 协议，以最大限度地减少核酸酶消化，同时提高裂解 DNA 的产量。 ChEC-seq2 的切割模式在重复实验和已发表的 ChEC-seq 数据之间具有高度可重复性。结合 DoubleChEC（一种可去除非特异性切割位点的新型生物信息学流程），ChEC-seq2 为三种不同的酵母 TF 确定了高可信度的切割位点，这些位点因其已知结合位点而高度富集，并且与已知靶基因相邻。
全基因组 R 环分析确定了 DDX5、XRN2 和 PRMT5 在 DNA/RNA 杂交分辨率中的独特作用
研究表明，DDX5、XRN2 和 PRMT5 可以在少数基因组位点上解析 RNA 聚合酶 II 转录终止位点处的 DNA/RNA 杂合体 (R 环)。在此，我们使用经典的 DNA/RNA 免疫沉淀和高通量测序 (DRIP-seq) 对受 DDX5、XRN2 和 PRMT5 调控的位点进行全基因组 R 环定位。我们在缺乏 DDX5、XRN2 和 PRMT5 的 U2OS 细胞中观察到转录位点处数百到数千个 R 环增益和丢失。R 环增益是位于基因富集区域的高度转录基因的特征，而 R 环丢失则在低密度基因区域观察到。DDX5、XRN2 和 PRMT5 在转录终止位点共享许多 R 环增益位点，这与它们在 RNA 聚合酶 II 转录终止中的协调作用一致。 DDX5 缺失的细胞在转录起始位点附近具有独特的 R 环增益峰，这些峰与 siXRN2 和 siPRMT5 细胞的 R 环增益峰不重叠，表明 DDX5 在转录起始中发挥独立于 XRN2 和 PRMT5 的作用。此外，我们观察到 siDDX5、siXRN2 和 siPRMT5 细胞中基因转录起始位点附近某些位置的累积 R 环导致反义基因间转录。我们的研究结果确定了 DDX5、XRN2 和 PRMT5 在 DNA/RNA 杂交调控中的独特和共同作用。
ezh2/hsulf1轴介导受体酪氨酸激酶信号传导以塑造软骨肿瘤进展
抽象的软骨肉瘤是软骨组织的主要癌症，能够改变高度侵略性，转移性和治疗难治性状态，导致预后较差，五年的生存率在11个月时进行了分化的亚型。目前，软骨肉瘤的手术切除是唯一有效的治疗方法，并且没有其他治疗选择，包括靶向疗法，常规化学疗法或免疫疗法，可用于这些患者。在这里，我们确定了涉及EZH2/SULF1/CMEM轴的信号途径，该方法有助于软骨肉瘤的恶性肿瘤，并为该疾病提供了潜在的治疗选择。一种非偏置的染色质免疫沉淀序列，cDNA微阵列分析和软骨肉瘤细胞系的验证，鉴定出硫酸酶1（SULF1）是最高的EZH2靶向基因，以调节软骨肉瘤的进展。过表达的EZH2导致软骨肉瘤细胞系中的Sulf1下调，这又激活了CMET途径。对CMET或遗传沉默的CMET途径的药物抑制显着降低了软骨肉瘤的生长并扩展了小鼠的存活。 在软骨肉瘤的患者样品中，进一步验证了EZH2/ SULF1/ CMET轴的调节。 结果不仅建立了促进软骨肉瘤恶性肿瘤的信号途径，而且还为进一步开发有效的靶向治疗治疗软骨肉瘤提供了挑战潜力。对CMET或遗传沉默的CMET途径的药物抑制显着降低了软骨肉瘤的生长并扩展了小鼠的存活。在软骨肉瘤的患者样品中，进一步验证了EZH2/ SULF1/ CMET轴的调节。结果不仅建立了促进软骨肉瘤恶性肿瘤的信号途径，而且还为进一步开发有效的靶向治疗治疗软骨肉瘤提供了挑战潜力。
2022; 18（15）：5787-5808。 doi：10.7150/ijbs.76096研究纸循环RNA HSA_CIRC_0003823促进肿瘤进展，转移和apatinib
背景：循环RNA（CIRCRNA）吸引了对癌症研究的日益兴趣。需要澄清ciRCRNA在进展，转移和耐药性中的调节作用和机制。我们先前的研究表明，阿替尼在ESCC治疗中的关键作用。然而，circrnas和apatinib耐药性之间的相关性尚不清楚。方法：使用ESCC患者的3对肿瘤和副组织进行RNA测序。Western印迹分析，RNA免疫沉淀（RIP），双酸酶酶报告基测定，凋亡和动物测定，以确认HSA_CIRC_0003823的作用和特定机制，以及其对ESCC中apatinib sensitivity的影响。结果：我们的结果表明，HSA_CIRC_0003823在ESCC中高度表达，并且预后不良。进一步的结果表明HSA_CIRC_0003823促进了ESCC的增殖和转移能力。在机理实验部分中，通过靶向microRNA-607（miR-607）来促进ESCC的进展，而HSA_CIRC_0003823通过靶向CRISP3。此外，我们发现沉默HSA_CIRC_0003823提高了apatinib的灵敏度。HSA_CIRC_0003823通过miR-607/CRISP3轴导致apatinib抗性。结论：在这项研究中，我们阐明了HSA_CIRC_0003823的功能及其在促进ESCC通过miR-607/CRISP3轴上促进肿瘤进展，转移和apatinib抗性中的作用。
6-ABBS-2023-500_xml-家庭1..11
抽象的癌症 - 预后差的相关死亡的重要原因是肺腺癌（LUAD）。kif5a是驱动蛋白超家族的关键成员，与恶性肿瘤的耐药性有关。这项工作的目的是在luad细胞中对多西他赛（DTX）抗性中KIF5A的机理进行验证。生物信息学分析的结果，QRT -PCR和Western印迹分析表明，与糖酵解途径有关的KIF5A在LUAD中高度表达，并且与糖酵解 - 相关基因呈正相关。我们进一步验证了KIF5A的沉默抑制LUAD细胞中DTX耐药性，糖酵解和乳酸的产生，通过细胞计数套件-8（CCK -8）-8（CCK -8），流式细胞仪，Seahorse XFE 96，乳酸和葡萄糖分析。从机械上讲，KIF5A促进了LUAD中的DTX耐药性，并且在添加LDHA抑制剂后会减弱这种效果。染色质免疫沉淀和双重 - 荧光素酶报道器分析表明，FOXP3转录在激活KIF5A。FOXP3的敲低可减少乳酸产生并增强luad中的DTX敏感性，该灵敏度在同时过表达KIF5A时恢复。我们的发现表明，FOXP3通过通过KIF5A水平的上调增强乳酸产生来增加LUAD细胞中的DTX耐药性。总而言之，我们的研究为提高LUAD的化学敏感性提供了一个新的治疗靶标。
探索生殖健康中的免疫组和微生物组相互作用：当前的知识，挑战和新颖的诊断工具
摘要生殖健康中免疫组和微生物组之间的动态相互作用是一个复杂而迅速发展的研究领域，对生殖医学的发展具有极大的可能性。这种免疫组 - 微生物组的关系影响了先天和适应性免疫反应，从而影响生殖疾病的发作和进展。但是，管理这些相互作用的机制仍然难以捉摸，需要创新的方法来收集更多的理解。这项全面的综述研究了女性生殖道各个部分的生殖微生物组的当前知识，并特别考虑了微生物组与免疫系统之间的双向相互作用。此外，它探索了先天和适应性免疫，重点是免疫球蛋白（IG）A和IgM抗体，它们的调节，自我抗原耐受机制以及它们在免疫稳态中的作用。本综述还强调了微生物群研究中正在进行的技术创新，强调了对标准化检测和分析方法的需求。例如，我们评估了创新技术的临床实用性，例如噬菌体免疫沉淀测序（PHIP-SEQ）和微生物流式细胞仪与下一代测序（Mflow-Seq）耦合。尽管进步持续发展，我们还是强调了对这一领域的进一步探索的必要性，因为对免疫组的深入了解 - 微生物组相互作用具有创新性诊断和治疗策略的希望，以进行生殖健康，例如不育治疗和妊娠管理。
搜索与tick相关的，像bronnoya一样的病毒溢出到绵羊
摘要：tick传播疾病是欧洲许多媒介传播疾病的原因。最近，在许多壁虱物种中发现了属于Bunyavirales的新病毒家族的新型病毒。在这项研究中，我们使用元文字组学来检测与从罗马尼亚和法国收集的ixodes相关的新病毒，包括新的病毒。在这些区域第一次鉴定出与野马病毒相关的类似Bunyavirus的病毒。它提供了高水平的氨基酸保护，并在挪威和克罗地亚的I. ricinus tick中鉴定出与野马相关的病毒以及2014年从日本的tick细胞系中分离出的ixodes capapularis bunyvarus。系统发育分析表明，Bronnoya病毒的子层与几个Bunyavirales家族不同，这表明它可以在该顺序内构成一个新的家族。为了确定Bronnoya病毒是否可以构成新型的tick传播arboviruse，这是一种用于检测罗马尼亚野马病毒病毒糖蛋白中抗体的荧光素酶免疫沉淀测定法，用于从暴露于滴答滴答的小反刍动物中筛选出血清中的血清。未检测到阳性血清，表明该病毒可能无法感染小型反刍动物。这项研究代表了对哺乳动物感染的首次血清学研究，这是bronnoya样病毒的第一步，也是鉴定出tick传播arbovirus的潜在新出现的第一步。
针对Writer或Erase来发现抗癌药物
尽管过去 50 年来我们在药理学和治疗方面取得了许多重要发现，但癌症仍然是全球面临的重大健康挑战。癌症发病率和死亡率的上升可能与吸烟、环境污染、饮食和遗传因素密切相关。尽管细胞和生物技术疗法等重大发现和发展令人鼓舞，但医学领域仍需要新的突破来开发用于治疗癌症的特定有效药物。在细胞疗法、抗肿瘤疫苗和新型生物技术药物的开发上，已经在临床前研究中显示出良好的效果。随着染色质免疫沉淀测序 (ChIP-seq) 及其衍生技术的不断丰富和发展，表观遗传修饰逐渐成为研究热点。作为表观遗传修饰的关键成分，“写入者”、“读取者”、“擦除者”逐渐被揭开面纱。癌症与表观遗传修饰，尤其是甲基化有关，因此已经开发出不同的表观遗传药物，其中一些药物已进入临床 I 期或 II 期试验，相信在不久的将来这些药物必将对治疗有所帮助。对此，我们将对针对修饰酶和去修饰酶的抗肿瘤药物进行概述，以期为未来的研究做出贡献。
2025; 15（8）：3532-3550。 doi：10.7150/thno.103809研究论文M6A SOX18的修饰导致
理由：败血症诱导的心肌病（SIC）是一种迅速发展的疾病，在没有有效的治疗干预的情况下预后不良。心肌细胞凋亡是导致SIC心脏功能障碍的关键因素。目前，对此机制的研究尚不清楚。方法：我们进行了LPS诱导的原代小鼠心肌模型和小鼠SIC建模。通过mRNA-Seq，我们发现SIC小鼠心脏组织中明显的凋亡。 进一步的共聚焦显微镜和免疫沉淀结果证实，PTX3是心肌细胞凋亡的重要参与者。 然后，我们使用芯片和双酸酶报告基因测定法确认SOX18对PTX3产生转录抑制作用。 M6A-SEQ和RNA稳定性测定确认，RBM15/YTHDF2介导/识别的M6A修饰是SIC中Sox18变化的关键因素。 结果：我们的实验表明，SIC中异常升高的PTX3在介导流体吞噬作用中起关键作用。 在生理条件下，PTX3转录被SOX18抑制。 然而，在败血性心肌病期间，SOX18稳定性受到RBM15/YTHDF2介导的M6A修饰的损害，从而导致PTX3水平升高，并随后诱导心肌细胞凋亡。 结论：总而言之，我们已经描述了SIC中的RBM15/YTHDF2-SOX18-PTX3轴。 它为SIC中心肌细胞凋亡的治疗提供了一种新方法，以改善预后。通过mRNA-Seq，我们发现SIC小鼠心脏组织中明显的凋亡。进一步的共聚焦显微镜和免疫沉淀结果证实，PTX3是心肌细胞凋亡的重要参与者。然后，我们使用芯片和双酸酶报告基因测定法确认SOX18对PTX3产生转录抑制作用。M6A-SEQ和RNA稳定性测定确认，RBM15/YTHDF2介导/识别的M6A修饰是SIC中Sox18变化的关键因素。结果：我们的实验表明，SIC中异常升高的PTX3在介导流体吞噬作用中起关键作用。在生理条件下，PTX3转录被SOX18抑制。然而，在败血性心肌病期间，SOX18稳定性受到RBM15/YTHDF2介导的M6A修饰的损害，从而导致PTX3水平升高，并随后诱导心肌细胞凋亡。结论：总而言之，我们已经描述了SIC中的RBM15/YTHDF2-SOX18-PTX3轴。它为SIC中心肌细胞凋亡的治疗提供了一种新方法，以改善预后。