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World File Search SystemLUAD
使用综合生物信息学分析
摘要引入核糖核苷酸还原酶（RR）亚基基因（RRM1，RRM2和RRM2B）表达的失调与各种人类恶性肿瘤的发生有关。然而，肺腺癌（LUAD）患者RR亚基基因表达的预后值仍然有争议。目的本研究旨在分析LUAD中RR亚基基因的表达谱，预后值和免疫浸润关联，以探索RR亚基基因表达在肺腺癌患者的预后中是否具有价值。方法论，我们使用多个搜索引擎访问多个在线生物信息学数据库，包括oncomine，Timer，Gepia，Kaplan -Meier Plotter，Prognoscan，Human Protein Atlas，MD Anderson Cancer Center，UCSC Xena，UCSC Xena，Cbioftal，Cbioftal，Cbioftal，TCGA，TCGA，GEO，GEO，DAVID和String Databases。结果研究发现，RRM1和RRM2可能是治疗LUAD的有吸引力的靶标，而RRM2B在LUAD中表达下来（P <0.05）。研究还发现，TCGA和GEO数据库中LUAD患者的预后不良，RRM1或RRM2表达较低，表明LUAD患者的预后不良（P <0.05）。此外，我们的结果表明，RR亚基基因表达具有不同的特征，并具有免疫浸润，RRM2B几乎与CD4+ T细胞以外的几乎所有浸润的免疫细胞具有轻微但显着的正相关性（所有P <0.05）。结论研究结果表明，RR亚基基因可能是LUAD患者的预后标志和治疗靶标。关键字：生物信息学分析；生物标志物；核糖核苷酸还原酶亚基基因；肺腺癌此外，通过对RR亚基基因的共表达基因网络分析，我们发现，五个新的中心基因（PLK1，Aurka，CDCA8，TTK和CDC45）与RRM1和RRM2的表达与RRM2B的表达差异较低，与RRM2B的表达相关的差异与RRM2B的表达差异很高，并且与这些五型HA的表达相关，并与RRM2B的表达差异很高，并显着阳性地相关。患者（p <0.05）。
利用线粒体编程的细胞死亡动力学来增强肺腺癌的预后准确性和免疫疗法疗效
抽象背景肺腺癌（LUAD）是一种高度异质性疾病，对准确的预后预测构成了重大挑战。线粒体在真核细胞的能量代谢中起着核心作用，并可能影响程序性细胞死亡（PCD）机制，这对于肿瘤发生和癌症的进展至关重要。然而，线粒体功能与pCD之间相互作用的预后意义需要进一步研究。方法我们使用机器学习分析了来自七个全球队列中1231名LUAD患者的数据，以开发与线粒体相关的PCD签名（MPCD）。使用六种免疫疗法队列（LUAD，黑色素瘤，透明细胞肾细胞癌； n = 935）和21种肿瘤类型的PAN-CACTER队列进行验证。内部luad组织队列（n = 100）证实了核苷双磷酸激酶4（NME4）的预后意义。体内和体外实验探索了NME4在免疫排除中的作用。结果，MPCD在LUAD患者的预后表现出强烈的预测性能，超过了先前发表的LUAD特征的114个。此外，MPCD有效地预测了免疫疗法患者的结局（包括患有LUAD，黑色素瘤和透明细胞肾细胞癌的患者）。从生物学上讲，MPCD与免疫特征显着相关，高MPCD组表现出降低的免疫活性和冷肿瘤的趋势。nMe4是MPCD中的一个关键基因（相关= 0.55，p <0.05），与高表达的LUAD患者的预后较差有关，特别是在CD8沙漠表型中，通过我们的内部同学验证。多重免疫荧光证实了NME4与免疫细胞（例如CD3+ T细胞和CD20+ B细胞）之间的空间共定位和排除关系。进一步的实验表明，NME4在体外和体内调节了LUAD细胞的增殖和侵袭。重要的是，抑制NME4增加了CD8+ T细胞的丰度和活性，并增强了体内抗编程细胞死亡蛋白-1疗法的抗肿瘤免疫力。结论MPCD为个别LUAD患者提供个性化的风险评估和免疫疗法干预措施。nme4是MPCD中的关键基因，已被确定为一种新型癌基因
CENPF（+）癌细胞促进早期TP53突变体肺腺癌的恶性进展
以小结节（IA阶段）为特征的早期肺腺癌（LUAD）的预防和精确治疗仍然对临床医生来说是一个重大挑战，这在很大程度上是由于对对不稳定性腺癌的预旧植物范围内的致癌机制的有限理解。我们的研究强调了由TP53突变驱动的癌细胞表现出高表达的癌细胞（CENPF）的关键作用，在TP53突变驱动的过程中，在从质量研究到侵入性LUAD的过渡期间，这些突变变得越来越普遍。从生物学上讲，癌细胞（CENPF +）表现出强大的增殖和类似茎状的能力，从而推动了早期LUAD的恶性进展。在临床上，组织中针对CENPF的自身抗体和组织中的癌细胞（CENPF +）升高与早期LUAD的进展呈正相关，尤其是在IA阶段的早期LUAD的进展。我们的发现表明，癌细胞（CENPF +）在策划Luad的恶性进化中起着核心作用，并具有作为早期检测和治疗疾病的新生物标志物的潜力。
靶向组蛋白去乙酰化酶增强Erastin诱导的铁死亡对EGFR激活突变肺腺癌的治疗效果
肺癌是死亡率最高的恶性肿瘤，而肺腺癌（LUAD）占所有肺癌的40%（1）。在亚洲，表皮生长因子受体（EGFR）是LUAD最常见的驱动突变，发生率为55%（2-4），其中EGFR激活突变在全球占17.4%，在中国占37.3%（5）。表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂（EGFR-TKI）目前是EGFR突变LUAD患者的标准一线治疗方案（6）。尽管使用EGFR-TKI已为晚期EGFR突变型NSCLC患者带来显著的临床获益和前所未有的生存率提高（7-10），但不可避免地会产生获得性耐药。继发性EGFR突变，包括EGFR-T790M突变和EGFR结构域内的其他突变、MAPK、PI3K和细胞周期基因的突变以及EGFR或其他致癌基因如MET的扩增，导致LUAD细胞获得性EGFR-TKI耐药（11-13）。但有些患者在缺乏已知耐药机制的情况下获得了EGFR-TKI耐药。因此，内在性EGFR-TKI耐药是临床上的一个挑战。据报道，大约20%-30%的EGFR突变型LUAD对EGFR-TKI具有内在性耐药（14）。因此，如何克服这些获得性和内在性的EGFR-TKI耐药一直是临床关注的焦点。
BIRC5 作为肺腺癌的潜在生物标志物和治疗靶点：综合生物信息学分析
肺腺癌 (LUAD) 是非小细胞肺癌 (NSCLC) 中最常见的类型，是全球胸部癌症中发病率和死亡率最高的。BIRC5 是一种与肿瘤细胞增殖、分化、迁移和侵袭相关的蛋白质，作为潜在的 LUAD 生物标志物的研究尚不足。在本研究中，我们利用生物信息学技术分析来自 Cancer Genome Atlas (TCGA) 和 Gene Expression Omnibus (GEO) 数据库的 LUAD 相关数据，以识别与 LUAD 发病、进展和预后相关的生物标志物并评估其临床意义。免疫细胞浸润和单细胞 RNA 测序分析评估了核心基因在不同免疫环境中的表达。药物敏感性分析评估了这些生物标志物对治疗反应的影响，为早期诊断和个性化 LUAD 治疗提供依据。对来自 TCGA 和 GEO 的基因表达和临床数据进行加权相关网络分析 (WGCNA)、差异分析以及单变量和多变量 Cox 回归，以确定预后核心基因。高 BIRC5 表达成为 LUAD 中总体生存率 (OS) 较差的独立风险因素，表现出强大的诊断性能。富集分析表明 BIRC5 参与细胞周期和 P53 信号通路。单细胞 RNA 测序和免疫浸润分析表明，BIRC5 在免疫微环境中起着关键作用。药物敏感性分析表明，高 BIRC5 表达与对几种抗癌药物的敏感性增加相关。这些发现证实 BIRC5 是 LUAD 诊断和预后的有希望的生物标志物。它在免疫调节和药物敏感性中的作用凸显了其指导个性化治疗策略的潜力。
无细胞的DNA甲基化谱探针诊断肺鳞状细胞癌
肺癌是常见的恶性肿瘤，也是与癌症相关死亡的主要原因（1-3）。约有85％的肺癌病例是非小细胞肺癌（NSCLC），可以进一步将其分为几种组织学亚型，包括肺腺癌（LUAD），肺鳞状细胞癌（LUSC），大细胞癌等。在基因组水平上鉴定癌症驱动突变为NSCLC提供了几种治疗选择，尤其是LUAD（4）。具有敏感性EGFR突变的患者，例如EGFR外显子19缺失和L858R突变，可能受益于具有多种表皮生长因子受体（EGFR）酪氨酸激酶抑制剂（TKIS）的靶向疗法（TKIS）（4,5）。LUSC患者通常携带TP53和CDKN2A突变（6），但与LUAD相比，目标治疗方案较少（7）。
研究论文多摩学和单细胞分析揭示了基于机器学习的嘧啶代谢相关的签名，以预后
背景：嘧啶代谢是肿瘤代谢重编程的标志，而其对肺腺癌患者（LUAD）患者的预后和治疗意义的重要性仍然不清楚。方法：在这项研究中，使用各种机器学习和深度学习算法的综合框架来开发与嘧啶代谢相关的签名（PMRS）。通过全面的多摩学分析评估了其在基因组稳定性，化学疗法和免疫疗法耐药性方面的功效。也阐明了PMRS亚组之间患者的单细胞景观。随后，在LUAD细胞系中对LYPD3（PMRS模型中最重要的系数因子）的生物学功能进行了实验验证。结果：具有“随机生存森林”算法的PMRS模型表现出最佳性能，并用于进一步分析。它在各种模型评估测定中显示出极好的准确性和稳定性。与PMRS-HIGH亚组相比，PMRS评分较低的患者的生存结果更好，更稳定的基因组特征和对免疫疗法的敏感性更高。单细胞分析表明，随着PMR的增加，上皮细胞逐渐表现出具有增强的嘧啶代谢的恶性表型，而PMRS-HIGH患者表现出肿瘤免疫微环境的抑制状态。进一步的实验表明LYPD3促进了LUAD细胞系中的恶性进展。结论：我们的研究构建了PMRS模型，强调了其在LUAD患者的治疗和预后的潜在价值，并为LUAD患者的个性化精度治疗提供了新的见解。
EGFR 突变蛋白和基因组的表达...
NSCLC向SCLC转化的机制仍存在争议。其中一种假设是肺腺癌（LUAD）和SCLC具有共同的细胞起源（18）。先前的研究表明，SCLC的细胞起源可能来自未分化的前体细胞（19）。此外，来自神经内分泌细胞的肿瘤是类癌（20），Baine等（21）指出POU2F3在75％的SCLC中表达，而神经内分泌标志物完全阴性或极少表达。因此，SCLC的细胞起源尚未正式确定。然而，我们的研究重点是转化的SCLC的研究。多项研究表明，自EGFR-TKI用于治疗LUAD以来，SCLC转化的发生率有所增加（22,23）。此外，II型肺泡上皮细胞已被证明具有将SCLC与LUAD区分开来的潜力。更重要的是，转化型SCLC大部分仍然保留着源自NSCLC的EGFR突变（9,24），提示转化型SCLC并不是一个独立的癌种。此外，另一种假说是，初始病理为LUAD和SCLC成分的混合（25），随后由于LUAD的病理类型被EGFR-TKI抑制，SCLC成分占主导地位。针对这种混合型假说，一些学者排除了初始混合型NSCLC和SCLC的可能性，因为很多患者先前接受过EGFR-TKI治疗，获得了更长的无进展生存期（PFS）（18）。由于活检组织学样本量小，不能排除初诊时NSCLC和SCLC共存（24,26）。
jak2损失是由肿瘤传播空间引起的...
背景：肿瘤通过空气空间（Stas）扩散是最近发现的肺腺癌（LUAD）的危险因素。这项研究的目的是研究与Stas相关的特定遗传改变和抗癌免疫反应。通过使用机器学习算法和肺癌细胞系中的药物筛查，我们分析了Janus激酶2（JAK2）对LUAD患者和可能的候选药物的生存的影响。方法：这项研究包括566名与临床病理和遗传数据相对应的LUAD患者。用于分析LUAD，我们将基因集富集分析（GSEA），硅细胞仪，途径网络分析，体外药物筛查和梯度增强机（GBM）分析应用。结果：Stas患者的生存时间比没有Stas的患者短（P <0.001）。我们检测到使用GSEA与Stas相关的JAK2的基因设定相关的下调。低JAK2表达与预后不良和CD8+ T细胞分数低有关。在GBM中，JAK2在将其添加到其他参数（T期，N级，淋巴血管侵袭，胸膜侵袭，肿瘤大小）中时显示出改善的生存预测性能。药物
化学疗法的价值在IV期非小细胞肺癌（NSCLC）
（LUAD）和肺鳞状细胞癌（LUSC）亚型占多数[3]。吸烟以其在肺癌发展中的强烈贡献而闻名，尤其是与小细胞肺癌（SCLC）和LUSC相关的LUAD相比，它代表了非吸烟患者中最常见的组织学。此外，非吸烟者中的肺癌与二甲吸烟，污染和职业致癌物有关[4]。肺癌在分子和遗传水平上都是一种复杂而异质的疾病。根据肿瘤的遗传改变，从医生对随机方案的偏爱到个性化计划的新发现发生了变化。一种可能的途径是阐明编程死亡配体1（PDL-1）的状态，以利用免疫疗法[5]。