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一个统一的平台，使用 1250 种癌细胞系的转录组数据对 1562 种药物进行生物标志物排序和验证
简介：体外细胞系模型为研究可用于癌症全身化疗的化合物提供了宝贵的资源。然而，由于数据分散在几个不同的数据库中，这些资源的利用受到限制。在这里，我们的目标是建立一个平台，能够验证化学耐药性相关基因并对可用的细胞系模型进行排序。方法：我们处理了四个独立的数据库，DepMap、GDSC1、GDSC2 和 CTRP。对基因表达数据进行分位数归一化，并分配 HUGO 基因名称以明确识别基因。导出所有药物的耐药性值。使用 ROC 检验计算基因表达与治疗耐药性之间的相关性。结果：我们将四个数据集与 1562 种药物的化学敏感性数据和 1250 种癌细胞系的转录组水平基因表达相结合。我们已利用该数据库建立了一个在线工具，以便在统一的分析流程中关联可用的细胞系敏感性数据和治疗反应 ( www.roc- plot.com/cells )。我们利用已建立的流程对与阿法替尼和拉帕替尼（两种 ERBB2 酪氨酸激酶结构域抑制剂）耐药性相关的基因进行排序。讨论：该计算工具可用于 1) 将基因表达与耐药性关联起来，2) 识别和排序耐药和敏感细胞系，以及 3) 排序耐药相关基因、癌症标志和基因本体途径。该平台将通过验证基因-耐药性相关性和为新实验选择最佳细胞系模型，为加速癌症研究提供宝贵支持。2022 作者。由 Elsevier BV 代表计算和结构生物技术研究网络出版。这是一篇根据 CC BY 许可 ( http://creativecommons. org/licenses/by/4.0/ ) 开放获取的文章。
HER2 阳性转移性乳腺癌 HER2 靶向治疗诱发肺炎/间质性肺病的发生率
摘要 目的 抗人表皮生长因子受体 2 (HER2) 疗法与间质性肺病 (ILD)（也称为肺炎）有关。在本文献综述中，我们描述了接受抗 HER2 疗法的 HER2 阳性转移性乳腺癌 (MBC) 患者的 ILD 发病率，并描述了针对这些患者监测和管理药物引起的 ILD 的现有建议。方法 我们搜索了 PubMed 和 Embase，以确定在 2009 年 1 月 1 日至 2019 年 7 月 15 日期间发表的临床试验和上市后观察性研究，这些研究探讨了针对 HER2 阳性 MBC 的抗 HER2 疗法，报告了 ILD。文章由两位研究人员筛选；数据是从全文文章中提取的。结果 本综述选定的 18 篇文章评估了接受曲妥珠单抗（8 篇文章）、拉帕替尼（4 篇文章）、曲妥珠单抗 emtansine（3 篇文章）、曲妥珠单抗 deruxtecan（2 篇文章）或曲妥珠单抗 duocarmazine（1 篇文章）治疗的 9,886 名患者。各级别 ILD 的总体发生率为 2.4% (n = 234)，其中 66.7% (n = 156) 为 1-2 级事件，0.5% 为 3-4 级（n = 54；发生率），0.2% 为 5 级（n = 16；发生率）。接受曲妥珠单抗联合依维莫司和紫杉醇治疗的患者 ILD 发生率最高（21.4%）。十项研究表明，ILD 事件可通过中断剂量、减少剂量或停止治疗来控制；两项研究包括有关控制药物引起的 ILD 的详细指南。结论 ILD 是一种与多种抗 HER2 药物相关的已知不良反应。已发布的 ILD 管理指南适用于少数抗 HER2 治疗方案；然而，缺乏针对抗 HER2 药物引起的 ILD 的监测指导。
HER2 阳性转移性乳腺癌 HER2 靶向治疗诱发肺炎/间质性肺病的发生率
摘要 目的 抗人表皮生长因子受体 2 (HER2) 疗法与间质性肺病 (ILD)（也称为肺炎）有关。在本文献综述中，我们描述了接受抗 HER2 疗法的 HER2 阳性转移性乳腺癌 (MBC) 患者的 ILD 发病率，并描述了针对这些患者监测和管理药物引起的 ILD 的现有建议。方法 我们搜索了 PubMed 和 Embase，以确定在 2009 年 1 月 1 日至 2019 年 7 月 15 日期间发表的临床试验和上市后观察性研究，这些研究探讨了针对 HER2 阳性 MBC 的抗 HER2 疗法，报告了 ILD。文章由两位研究人员筛选；数据是从全文文章中提取的。结果 本综述选定的 18 篇文章评估了接受曲妥珠单抗（8 篇文章）、拉帕替尼（4 篇文章）、曲妥珠单抗 emtansine（3 篇文章）、曲妥珠单抗 deruxtecan（2 篇文章）或曲妥珠单抗 duocarmazine（1 篇文章）治疗的 9,886 名患者。各级别 ILD 的总体发生率为 2.4% (n = 234)，其中 66.7% (n = 156) 为 1-2 级事件，0.5% 为 3-4 级（n = 54；发生率），0.2% 为 5 级（n = 16；发生率）。接受曲妥珠单抗联合依维莫司和紫杉醇治疗的患者 ILD 发生率最高（21.4%）。十项研究表明，ILD 事件可通过中断剂量、减少剂量或停止治疗来控制；两项研究包括有关控制药物引起的 ILD 的详细指南。结论 ILD 是一种与多种抗 HER2 药物相关的已知不良反应。已发布的 ILD 管理指南适用于少数抗 HER2 治疗方案；然而，缺乏针对抗 HER2 药物引起的 ILD 的监测指导。
膜联蛋白 A6 通过与三阴性乳腺癌细胞中的 SNAP23 相互作用调节促炎细胞因子和外泌体的分泌
摘要 促炎细胞因子通过经典途径从分泌囊泡分泌或通过非经典途径从细胞外囊泡 (EV) 分泌，它们共同在三阴性乳腺癌 (TNBC) 进展中发挥关键作用。膜联蛋白 A6 (AnxA6) 是一种 Ca 2+ 依赖性膜结合蛋白，在 TNBC 中与细胞生长和侵袭性有关。AnxA6 与 EV 相关，但它是否影响促炎细胞因子和/或 EV 的分泌仍有待完全阐明。为了评估 AnxA6 是否影响细胞因子和细胞外囊泡的分泌，我们使用细胞因子阵列分析了对照 AnxA6 表达和 AnxA6 下调的 MDA-MB-468 TNBC 细胞澄清培养上清液中的分泌因子。这表明，AnxA6 下调后，单核细胞趋化蛋白 1 (MCP-1/CCL2)、白细胞介素 8 (IL- 8)、dickkopf1 (DKK1)、血细胞反应蛋白-1 (TSP-1) 和骨桥蛋白 (OPN) 的分泌减少。我们还表明，在 AnxA6 下调的细胞中，小 EV 的分泌显著减少，而 AnxA6 的上调促进了治疗的分泌，也与 Rab7、胆固醇和 MCP-1 水平相关的 EV 增加有关。此外，在 AnxA6 表达细胞中，EV 中的胆固醇含量明显高于 AnxA6 下调的细胞，并且在长期拉帕替尼诱导 AnxA6 上调后。从机制上讲，我们证明 MCP-1 和/或 EVs 的分泌依赖于 AnxA6，这需要 AnxA6 易位到细胞膜并与 SNAP23 相互作用。AnxA6 中和抗体大大降低了 AnxA6 低 TNBC 细胞的存活率，但对表达相对高水平蛋白质的 TNBC 细胞的存活率影响甚微。总之，这些数据表明 AnxA6 促进 EVs 和促炎细胞因子的分泌，这可能对 TNBC 进展至关重要。关键词：膜联蛋白 A6、促炎细胞因子、外泌体、细胞外囊泡、SNAP23、分泌、三阴性乳腺癌简介
多发性骨髓瘤患者的心脏手术后因kleblebsiella eermogenes引起的胸骨骨髓炎的多学科管理：病例报告和文献讨论
在癌症，遗传和表观遗传学改变会导致转录程序失调，这使得癌细胞高度依赖基因表达的某些调节剂。这样的调节剂，例如转录因子（TFS），几乎是癌症的罪魁祸首（1）。例如，slug和蜗牛参与上皮到间质转变（EMT）（2），而STAT3是EGFR途径下游的主要效应器之一（3）。最近，非编码RNA（miRNA，LNCRNA等）已被揭示为重要的转录调节剂，其改变与多种机制有关，导致癌变，肿瘤进展或耐药性（4-8）。最新是一种关键现象，导致治疗失败并降低患者的生存率。大多数化学疗法药物都会诱导DNA损伤，最终促进癌细胞的死亡。转录因子或染色质调节剂的改变会影响肿瘤应对这种损害的能力，进而影响其生存率，从而使其对治疗具有抵抗力（9）。存在几个例子，但一个众所周知的情况是涉及核因子kappa b（nf-k b）蛋白。NF-K B途径的激活与多种化疗药物（包括氟嘧啶（10），紫杉烷（11）或白丁衍生物（12）中的多种化学疗法药物有关（12）。分别在thelastcase，TranscriptionFactorssuchasfoxo，Runx1andRunx2playimportanTrolersIntrolersIntrolerSinmediatiandimatianmediatiandimiatiation对Lapatinib，Quizartinib或Vemurafenib的抗性（14）。与化学疗法相似，抗药性治疗方法与癌细胞对这种药物的敏感性降低通常与驱动器癌基因的改变，关键信号通路的激活以及通过不同的信号传导途径（13）有关（13）。最近，基于免疫检查点阻塞的免疫疗法已被批准用于治疗几种恶性肿瘤，包括非小细胞肺癌，黑色素瘤或大肠杆菌癌具有微卫星不稳定的疾病（15）。尽管它们无疑且引人注目会导致某些环境，但肿瘤经常会对它们产生抵抗力。再次，转录调节剂已被证明参与了这种抗抑郁力。 STAT1调节在黑色素瘤中PD-L1的表达和RUNX1-ETO减少CD48，从而减少NK细胞杀伤（16）。此外
评论文章 曲妥珠单抗时代：当前和即将推出的 HER2+ 乳腺癌靶向疗法
摘要：人类表皮生长因子受体 2 阳性乳腺癌 (HER2+ BC) 的定义是 ERBB2/neu 致癌基因扩增增加和/或其相关 HER2 跨膜受体蛋白过度表达。HER2+ BC 约占乳腺癌的 15-20%，并且与更高级别、更具侵袭性的表型和更差的预后独立相关。随着曲妥珠单抗的出现，HER2+ BC 患者的预后状况已大大改善。然而，对曲妥珠单抗的新生和获得性耐药性仍然是许多患者面临的重大障碍，需要新的治疗方法才能获得进一步的临床益处。在过去的二十年里，HER2+ BC 治疗方案的开发取得了非凡的进展，并通过 NCI-MATCH 精准医疗试验计划 (NCT02465060) 扩展到 HER2 扩增的胃食管连接癌。根据美国国家综合癌症网络 (NCCN) 指南，曲妥珠单抗、帕妥珠单抗、T-DM1 和拉帕替尼通常被推荐作为单一药物（与化疗一起）或与抗 HER2 药物联合用于新辅助、辅助和转移性治疗。目前，曲妥珠单抗、帕妥珠单抗和紫杉烷化疗联合治疗是 HER2+/HR- 转移性乳腺癌的一线治疗方案，曲妥珠单抗-deruxtecan (DS-8201a)、margetuximab 和 tucatinib (ONT-380) 等潜在突破性疗法即将问世。此外，最近的临床试验已证明激素受体状态、PAM-50 腔内亚型、PD-L1 和 TIL 可作为 HER2+ 疗法反应的预测生物标志物。我们简要介绍了 HER2 的起源、曲妥珠单抗的发明以及 HER2+ BC 的分类。然后，我们将介绍每种 HER2 靶向疗法的适应症、作用机制和相关临床试验，随后在临床环境中进行阐述和背景介绍，最后介绍未来可用于 HER2+ BC 临床应用的潜在生物标志物。我们总结了与 HER2+ BC 管理相关的临床实践中最重要的最新研究，并重点介绍了即将推出的抗 HER2 药物以及与抗 HER2 药物联合使用的免疫治疗药物的临床状况。
手术人类表皮生长因子受体2在犬原发性肺癌中的过度表达
人表皮生长因子受体 2 (HER2) 是一种受体酪氨酸激酶，是人表皮生长因子受体家族成员之一 [ 2 ]。据报道，HER2 扩增和蛋白质过表达见于多种人类癌症，包括乳腺癌、胃癌和肺癌 [ 5, 11, 14, 19 ]。HER2 已被证明是这些肿瘤的诊断标记物和治疗靶点 [ 5 ]。HER2 靶向疗法，如拉帕替尼和曲妥珠单抗，已经开发出来，并在 HER2 阳性癌症患者中显示出临床反应 [ 1, 8, 22 ]。在人类医学中，肺癌是全球癌症相关死亡的主要原因 [ 11 ]。大约 85% 的人类肺癌为非小细胞肺癌 (NSCLC)，包括三种不同的组织学亚型：鳞状细胞癌、腺癌和大细胞癌 [ 15 ]。HER2 在部分 NSCLC 患者中过表达，且与 NSCLC 的肿瘤发生有关 [ 13 ]。6–35% 的 NSCLC 患者出现 HER2 蛋白过表达，其中 10–20% 的此类患者出现 HER2 基因扩增 [ 13 ]。研究发现，HER2 免疫组织化学 (IHC) 表达高（评分为 3+）的患者亚群对 HER2 靶向抗体曲妥珠单抗反应良好 [ 7, 9 ]。此外，已经建立了几种针对 HER2 阳性 NSCLC 的新兴方法，并且正在进行临床试验以评估新的 HER2 靶向疗法的疗效，例如曲妥珠单抗 emtansine 和 margetuximab [ 11 ]。与人类相比，犬原发性肺癌 (cPLC) 在犬中相对少见，估计每 10,000 只狗中有 1.5-4.2 例 [ 3, 4 ]。然而，由于诊断程序的改进、宠物寿命的增加和环境的变化，其发病率越来越多 [ 17 ]。手术切除对狗来说是一种更可能有效的治疗方法，其中可以获得手术缓解，在这些病例中，中位生存期为 330 天，但在无法摆脱可见疾病的狗中为 28 天 [ 16 ]。虽然晚期 cPLC 的狗需要全身治疗，但化疗在严重疾病环境中基本上没有效果 [ 21 ]。分子和抗原靶向治疗可能会有益，
吡咯替尼联合曲妥珠单抗新辅助化疗治疗HER2阳性乳腺癌的临床观察：一项队列研究
乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤，近年来发病率逐年上升，目前已位居女性肿瘤首位，且死亡率最高（1）。乳腺癌有4种分子亚型，其中约15%～20%的乳腺癌存在人表皮因子受体2（HER2）的过表达和/或HER2基因的扩增（2,3）。各亚型的生物学行为和治疗策略各有不同。对于HER2阳性乳腺癌，针对HER2的治疗已成为最重要且不可或缺的治疗手段（4）。由于曲妥珠单抗的出现，HER2阳性乳腺癌的治疗取得了显著进展，克服了其侵袭性强、复发风险高、预后差等缺点，曲妥珠单抗已成为该类癌症的一线治疗药物（5,6）。同时，新辅助治疗（NT）在HER2阳性乳腺癌的治疗中发挥着重要作用。既往研究表明，新辅助治疗获得的pCR可以预测长期生存，尤其是在HER2阳性亚组（7）。NeoSphere的5年随访证实，获得完全pCR的患者无病生存期（DFS）长于未获得完全pCR的患者（8）。2018年圣安东尼奥乳腺癌大会（SABCS）上公布的一项针对HER2阳性乳腺癌患者的研究结果显示：新辅助治疗后，pCR患者的5年DFS和总生存期（OS）分别为92.3%和98.1%。TRYPHAENA的3年随访也证实了DFS与pCR之间的相关性（9），因此其已成为NT环境下公认的长期生存的替代主要终点。然而，不可避免地会有部分患者出现耐药现象，甚至可能在整个治疗结束多年后出现复发、转移或死亡（10,11），因此寻找更有效、不良事件更少的治疗策略显得尤为重要。近年来，多种针对HER2的新型药物相继问世，包括大分子单克隆抗体帕妥珠单抗、小分子酪氨酸激酶抑制剂（TKI）拉帕替尼、吡咯替尼、曲妥珠单抗-美登素（T-DM1），为HER2阳性乳腺癌患者带来了更多的治疗选择。吡咯替尼是一种新型口服小分子TKI，耐受性良好，在HER2阳性晚期和转移性乳腺癌中表现出抗肿瘤活性（12,13）。然而，支持其疗效的证据尚不清楚。
EMT 期间 HER2 的表观遗传下调导致乳腺癌对 HER2 靶向治疗产生耐药性
HER2 受体酪氨酸激酶 (由 ERBB2 基因编码) 在约 25% 的乳腺癌肿瘤 (称为 HER2 阳性乳腺癌) 中过度表达。HER2 的过度表达会导致下游受体酪氨酸激酶通路 (包括 PI3K/Akt 和 MAPK 通路) 过度激活，并且是乳腺癌的预后不良因素。酪氨酸激酶抑制剂拉帕替尼和抗 HER2 单克隆抗体曲妥珠单抗和帕妥珠单抗是 FDA 批准的用于治疗 HER2 阳性乳腺癌的 HER2 靶向药物。然而，大多数患者在开始治疗后都会产生对 HER2 阻断的从头耐药性。对 HER2 靶向疗法的耐药性部分是由于治疗期间肿瘤细胞中 HER2 表达的丧失。但对于原本 HER2 阳性的肿瘤细胞中 HER2 丧失的确切机制知之甚少。有限的研究表明，在曲妥珠单抗耐药/拉帕替尼敏感细胞的上皮-间质转化 (EMT) 过程中，金属蛋白酶会下调细胞外 HER2，然而，在 EMT 过程中以及在曲妥珠单抗耐药/拉帕替尼耐药 HER2 阳性乳腺肿瘤衍生的间质样细胞中 ERBB2 基因沉默的机制尚不清楚。在本研究中，我们假设 EMT 通过基于染色质的 ERBB2 基因表观遗传沉默来消除 HER2 表达，这是获得性耐药 HER2 靶向治疗的机制。我们发现在乳腺癌肿瘤中，HER2 的表达分别与上皮和间质表型标志基因的表达呈正相关和负相关。我们还发现在HER2-high上皮样乳腺癌细胞中ERBB2基因的染色质是活性的，而在HER2-low间质样细胞中染色质是不活性的。与HER2-high细胞系相比，HER2-low乳腺癌细胞系也显示出较少的启动子-增强子相互作用和较小的染色质环。发现HER2表达较低、EMT表型较高和染色质失活都与拉帕替尼反应较低相关。发现EMT表型较高与拉帕替尼反应较低相关。我们还发现诱导HER2阳性乳腺癌BT474细胞的EMT导致HER2表达下调和曲妥珠单抗与细胞的结合率降低。这些结果表明，在HER2阳性乳腺癌细胞系培养中，间充质样细胞中HER2的下调是由于EMT过程中细胞的表观遗传重编程导致ERBB2基因沉默所致。这些结果表明，EMT过程中表观遗传调控导致的ERBB2基因沉默是HER2阳性乳腺癌细胞对曲妥珠单抗和拉帕替尼产生耐药性的主要机制。