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UC Berkeley
单核细胞衍生的巨噬细胞和CD8 + T细胞。The macrophage compartment was heterogeneous and displayed marked enrichment in an inflammatory CCR2 + subpopulation highly expressing Cxcl9 (chemokine [C-X-C motif] ligand 9), Cxcl10 (chemokine [C-X-C motif] ligand 10), Gbp2b (interferon-induced guanylate-binding protein 2b), and Fcgr4 (Fc受体，IgG，低亲和力IV），起源于CCR2 +单核细胞。重要的是，与ICI心肌炎患者相似的表达CXCL9，CXCL10和CD16α（小鼠FCGR4的人类同源物）的巨噬细胞群体（人类的同源物）。暗示了T细胞与CXCL9 + CXCL10 +巨噬细胞之间通过IFN-γ（Interferon Gamma）和CXCR3（CXC趋化因子受体3）信号通路的相互作用。耗尽CD8 + T细胞或巨噬细胞和IFN-γ信号传导的阻断使CXCL9 + CXCL10 +
抗炎药候选者预防和治疗心血管疾病
图1。用于研究DNA G4或IMS的方法论摘要。它们包括低吞吐量方法。低通量可以分为生物物理和生化方法。高通量可以分类为基于计算机的预测[5,6]和实验法学研究。Experimental omics studies include small-molecule ligand coupled with DNA polymerases top assay (G4-seq) [7,8], antibody [BG4-(Ch)IP-seq, iM-IP-seq] [9,12,14,15], truncated native protein (G4P-seq) [10], and small-molecule ligand affinity capture （G4DP-SEQ）[11]测序。黑色箭头指示植物中使用的方法，红色问号表示人类而非植物中使用的方法，而蓝色问号表示未在人类和植物中应用的潜在方法。缩写：DNA G4S，DNA G-四链体； ims，i-motifs。
RT² Profiler PCR 阵列（96 孔格式和 384 ... - GeneGlobe
A01 Mm.235137 NM_007926 Aimp1 氨酰 tRNA 合成酶复合物相互作用多功能蛋白 1 A02 Mm.103205 NM_007553 Bmp2 骨形态发生蛋白 2 A03 Mm.1283 NM_011329 Ccl1 趋化因子（CC 基序）配体 1 A04 Mm.4686 NM_011330 Ccl11 趋化因子（CC 基序）配体 11 A05 Mm.867 NM_011331 Ccl12 趋化因子（CC 基序）配体 12 A06 Mm.41988 NM_011332 Ccl17 趋化因子（CC 基序）配体 17 A07 Mm.424740 NM_011888 Ccl19 趋化因子（CC 基序）配体 19 A08 Mm.290320 NM_011333 Ccl2 趋化因子（CC 基序）配体 2 A09 Mm.116739 NM_016960 Ccl20 趋化因子（CC 基序）配体 20 A10 Mm.12895 NM_009137 Ccl22 趋化因子（CC 基序）配体 22 A11 Mm.31505 NM_019577 Ccl24 趋化因子（CC 基序）配体 24 A12 Mm.1282 NM_011337 Ccl3 趋化因子（CC 基序）配体 3 B01 Mm.244263 NM_013652 Ccl4 趋化因子（CC 基序）配体 4 B02 Mm.284248 NM_013653 Ccl5 趋化因子（CC 基序）配体 5 B03 Mm.137 NM_009139 Ccl6 趋化因子（CC 基序）配体 6 B04 Mm.341574 NM_013654 Ccl7 趋化因子（CC 基序）配体 7 B05 Mm.42029 NM_021443 Ccl8 趋化因子（CC 基序）配体 8 B06 Mm.416125 NM_011338 Ccl9 趋化因子（CC 基序）配体 9 B07 Mm.274927 NM_009912 Ccr1 趋化因子(CC 基序) 受体 1 B08 Mm.8021 NM_007721 Ccr10 趋化因子 (CC 基序) 受体 10 B09 Mm.6272 NM_009915 Ccr2 趋化因子 (CC 基序) 受体 2 B10 Mm.57050 NM_009914 Ccr3 趋化因子 (CC 基序) 受体 3 B11 Mm.1337 NM_009916 Ccr4 趋化因子 (CC 基序) 受体 4 B12 Mm.14302 NM_009917 Ccr5 趋化因子 (CC 基序) 受体 5 C01 Mm.8007 NM_009835 Ccr6 趋化因子 (CC 基序) 受体 6 C02 Mm.442098 NM_007720 Ccr8 趋化因子（CC 基序）受体 8 C03 Mm.4861 NM_011616 Cd40lg CD40 配体 C04 Mm.795 NM_007778 Csf1 集落刺激因子 1（巨噬细胞） C05 Mm.4922 NM_009969 Csf2 集落刺激因子 2（粒细胞-巨噬细胞） C06 Mm.1238 NM_009971 Csf3 集落刺激因子 3（粒细胞） C07 Mm.103711 NM_009142 Cx3cl1 趋化因子（C-X3-C 基序）配体 1 C08 Mm.21013 NM_008176 Cxcl1 趋化因子（CXC 基序）配体 1 C09 Mm.877 NM_021274 Cxcl10 趋化因子（CXC 基序）配体 10 C10 Mm.131723 NM_019494 Cxcl11 趋化因子（CXC 基序）配体 11 C11 Mm.303231 NM_021704 Cxcl12 趋化因子（CXC 基序）配体 12 C12 Mm.10116 NM_018866 Cxcl13 趋化因子（CXC 基序）配体 13 D01 Mm.64326 NM_011339 Cxcl15 趋化因子（CXC 基序）配体 15 D02 Mm.4660 NM_009141 Cxcl5 趋化因子（CXC 基序）配体 5 D03 Mm.766 NM_008599 Cxcl9 趋化因子（CXC 基序）配体 9 D04 Mm.234466 NM_009909 Cxcr2 趋化因子（CXC 基序）受体 2 D05 Mm.12876 NM_009910 Cxcr3 趋化因子（CXC 基序）受体 3 D06 Mm.6246 NM_007551 Cxcr5 趋化因子（CXC 基序）受体 5 D07 Mm.3355 NM_010177 Fasl Fas 配体（TNF 超家族，成员 6） D08 Mm.240327 NM_008337 Ifng 干扰素伽马 D09 Mm.379327 NM_008348 Il10ra 白细胞介素10 受体，α
蛋白质数据库是药物发现的金矿
摘要 蛋白质-配体结合是指小分子（药物，又称配体）与体内的受体或蛋白质结合。这种结合事件会引起生物反应，可能是减轻炎症、缓解疼痛等。通常，这种蛋白质-配体复合物可以呈现的姿势或配置数量有限（或可能只有一种）。识别这种生物活性姿势是药物发现中的巨大挑战。通常，它被认为是蛋白质或配体的最低能量姿势，但通常情况并非如此。复合物可以稳定或弥补配体的更高能量构象等。蛋白质和配体都是三维的且具有柔韧性，因此会不断改变形状。这是一个多步骤问题。从配体开始，必须识别配体的生物活性 3D 构象。然后转到蛋白质，生物活性构象是一个更大的挑战，部分原因是分子更大，可能性更多。最后，如果可以识别配体和蛋白质的生物活性构象，那么就需要将配体置于蛋白质内的正确位置和方向，以产生所需的活性。有很多方法可以生成这些姿势，也有很多方法可以尝试确定哪些姿势是正确的（或可能是正确的）。其中一些计算在计算上成本低廉，而另一些计算可能非常昂贵。解决这个问题的一种方法是使用一种相当便宜的方法生成大量潜在姿势，然后进行更昂贵的计算，按成为生物活性姿势的可能性对它们进行排序。但是，生成比人们能够承受的昂贵方法多得多的潜在姿势仍然很容易。关键词：嵌合体、五法则、配体、对接、蛋白质、药物性、spresi。
深入了解有机材料的结构和自组装
控制有机量子点纳米复合膜中结晶无机量子点 (QD) 的分散性对于各种光电设备都至关重要。控制这些纳米复合材料中纳米级结构的一种有前途的方法是使用 QD 上的适当有机配体，这有助于使它们与有机主体在电子和结构上兼容。在这里，作者结合使用小角度 X 射线和中子散射，展示并量化了这种兼容的电子活性有机半导体配体物种融入硫化铅 QD 的天然油酸配体包层，以及如何轻松控制这种配体负载。此外，原位掠入射广角/小角 X 射线散射表明 QD 配体表面化学如何对纳米复合膜的自组装产生显著影响，无论是小分子结晶还是 QD 分散与有序/聚集。这里展示的方法表明，活性配体的结合程度在化学结构上与宿主小分子有机基质密切相关，在 QD 和小分子成分的自组装以及确定系统最终的光电特性方面都发挥着重要作用。
表面的电荷注入和能量转移...
摘要：表面钝化是防止表面氧化和改善纳米晶体量子点 (QD) 发射性能的关键方面。最近的研究表明，表面配体在确定基于 QD 的发光二极管 (QD-LED) 的性能方面起着关键作用。本文研究了 InP/ZnSe/ZnS QD 的封端配体影响 QD-LED 亮度和寿命的潜在机制。电化学结果表明，高发光 InP/ZnSe/ZnS QD 表现出取决于表面配体链长度的调制电荷注入：配体上的短烷基链有利于电荷向 QD 传输。此外，光谱和 XRD 分析之间的相关性表明，配体链的长度可调节配体-配体耦合强度，从而控制 QD 间能量传递动力学。本研究的结果为表面配体在 InP/ZnSe/ZnS QD-LED 应用中的关键作用提供了新的见解。
SARS-CoV-2 核衣壳组装抑制剂
图7：SARS-CoV2核衣壳蛋白与抗病毒药物吡喹酮对接。A.配体（蓝色）在蛋白质三维结合腔中的最佳拟合姿势。B.与配体（黄色）相互作用的氨基酸残基，标明键长。C.配体的二维相互作用图。
二硫代氨基甲酸盐负载金化合物的治疗潜力
人们每天都会合成新的金属化合物，目的是改善抗癌药物的细胞毒性，从而在癌症治疗中取得更大的成功。1 在所有这些配方中，都会开发出新的配体系统并与金属中心螯合。2 配体在调节复合物细胞毒特性方面的作用非常重要。金属复合物的亲脂性和稳定性在很大程度上取决于配体系统的性质。3 因此，金属基药物结构和配体系统的选择提供了重要的特性，可以控制金属药物候选物的毒性、生物利用度和特异性。4 为此，已经开发了几种配体系统，而二硫代氨基甲酸酯已经成为医学中各种应用的首选配体系统之一，例如碳酸酐酶 (CA) 抑制剂以及细胞代谢中的重要化合物。 5 DTC 化合物及其金属配合物具有调节参与细胞凋亡、转录、氧化应激和降解等生物过程的关键蛋白质的能力。6 据报道，配位二硫代氨基甲酸酯具有潜在的化学保护功能，7 治疗细菌和真菌感染、艾滋病毒和目前的癌症。8 对肿瘤细胞的影响归因于它们与肿瘤细胞中的铜反应形成复合物，从而抑制蛋白酶体并随后启动肿瘤细胞特异性
将高通量结构生物学变成预测抑制剂设计
药物设计中的一个普遍挑战与发现化学修饰的配体增加了其对靶蛋白的影响。未充分利用的前进是结构生物学吞吐量的增加，这已经从手工努力发展到数百种不同的配体对现代同步基因中蛋白质的每月吞吐量。但是，缺失的框架是将高通量晶体学数据转换为配体设计的预测模型的框架。在这里，我们设计了一种简单的机器学习方法，该方法可以预测来自不同配体的实验结构与单个蛋白质与生化测量配对的蛋白质 - 配体。我们的主要见解是使用基于物理的能量描述符来表示蛋白质 - 配体复合物和一种学习对方法，从而渗透到结合模式之间的相关差异。我们针对SARS-COV-2主蛋白酶（M Pro）进行了高通量晶体学运动，获得了200多个蛋白质 - 配体复合物及其结合活性的平行测量。这使我们能够设计一步文库合成，从而提高了两个不同的微摩尔命中的效力，超过10倍，以120 nm的抗病毒效率到达非共价和非肽型抑制剂。至关重要的是，我们的方法成功地将配体扩展到了结合口袋的未开发区域，以简单的化学作用在化学空间中执行大而富有成果的动作。
基于复杂的配体结合蛋白通过基于等效扩散的生成模型重新设计
图1：提议的框架概述。该过程始于利用蛋白质氨基酸序列和配体微笑弦作为输入。构象采样过程包括迭代应用输入特征，更新残留特征并脱落等效，最终在其辅导的Cα蛋白质主链和配体配合物以及其辅导中产生了新型蛋白质序列。