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一种新型的工程U7小核RNA支架大大增加了体外和体内ADAR介导的可编程RNA碱基编辑
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2024年10月1日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.09.29.29.615721 doi：Biorxiv Preprint
NIH 研讨会：饮食对粘膜免疫和免疫介导的消化系统疾病的影响 2024 年 8 月 21 日至 22 日 执行摘要
2024 年 8 月 21 日至 22 日，美国国立卫生研究院 (NIH) 营养研究办公室 (ONR) 和美国国家过敏和传染病研究所 (NIAID) 与其他几家 NIH 研究所和办公室合作，召开了一次 NIH 范围的研讨会，重点讨论了饮食对粘膜免疫和免疫介导的消化系统疾病的影响。研讨会还研究了调节肠道免疫系统发育和功能的关键营养因素的当前科学状况。除了 ONR 和 NIAID，研讨会的赞助商和参与者还包括美国国家糖尿病、消化和肾脏疾病研究所、美国国家癌症研究所、美国国家老龄化研究所、尤妮丝肯尼迪施莱佛国家儿童健康和人类发展研究所、美国国立卫生研究院膳食补充剂办公室和美国国立卫生研究院妇女健康研究办公室内的自身免疫性疾病研究办公室。这种广泛的参与反映了对营养在肠道粘膜免疫的发展和功能中的重要性的战略性重新关注，以及其与 NIH 几乎每个部门的工作相关性和影响。
微同源性介导的末端连接记事
遗传信息的保真度对于细胞功能和生存力至关重要。DNA 双链断裂 (DSB) 对基因组完整性构成重大威胁，需要有效的修复机制。虽然主要的修复策略通常是准确的，但矛盾的是，也存在容易出错的途径。本综述探讨了微同源介导的末端连接 (MMEJ) 的最新进展和我们对它的理解，MMEJ 是一种在生物体中保守的内在致突变 DSB 修复途径。MMEJ 的核心是 DNA 聚合酶 theta (Pol θ ) 的活性，它是一种促进 MMEJ 致突变性的专门聚合酶。我们研究了 MMEJ 活性背后的分子复杂性，并讨论了其在有丝分裂过程中的功能，其中 Pol θ 的活性作为解决持久性 DSB 的最后一搏而出现，尤其是当同源重组受到损害时。我们探索了针对 Pol θ 在癌症治疗和基因组编辑中的有希望的治疗应用。最后，我们讨论了 MMEJ 的进化后果，强调了它在保护基因组完整性和驱动基因组多样性之间的微妙平衡。
TP53突变介导的癌症免疫逃避
摘要：p53中的突变是癌症发育中最常见的事件，也是由于逃避凋亡级联而引起的癌症治疗抗性的主要原因。除了化学疗法和辐射疗法之外，越来越多的证据表明，p53-突变肿瘤对广泛的免疫疗法具有抵抗力，例如免疫检查点抑制剂，嵌合抗原受体（CAR）T和血肿干细胞移植（HSCT）。这突出了p53突变在驱动肿瘤细胞免疫逃避的作用。在这篇综述中，我们首先总结了最近的研究揭示了p53突变肿瘤逃避T细胞，天然杀伤（NK）细胞和巨噬细胞的免疫监测的机制。然后，我们回顾了这些突变肿瘤细胞如何重塑肿瘤Mi-Croenvironment（TME），调节旁观者细胞，例如巨噬细胞，中性粒细胞和调节性T（Treg）细胞（Treg）细胞以促进免疫抑制。此外，我们回顾了指示与p53损失或突变相关的免疫逃避的临床观察结果。最后，我们讨论了增强p53野生型（WT）或突变肿瘤中免疫反应的治疗策略。
通过颗粒水凝胶介导的基因递送过程
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RAB5克服了由肿瘤介导的CAR捕获诱导的CAR T细胞功能障碍
未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本的版权持有人（该版本发布于2024年7月26日。; https：//doi.org/10.1101/2024.07.26.605334 doi：biorxiv Preprint
橙皮苷通过细胞凋亡和炎症信号介导机制抑制口腔癌细胞生长：体外和计算机模拟分析的证据
利用 MTT 测定法，揭示了橙皮苷的剂量依赖性细胞毒作用，显著的 IC50 值表明其对细胞增殖具有强效抑制作用。与这些发现 (p<0.05) 相辅相成的是，qRT-PCR 分析证明了橙皮苷对 KB 细胞系内关键分子靶标的调节影响。橙皮苷治疗导致 TNF- α 、白细胞介素-1β (IL-1- β )、IL- 6、活化 B 细胞的核因子 κ 轻链增强子 (NF- κ B) 和 B 细胞淋巴瘤 2 (Bcl-2) mRNA 表达水平显著降低 (p<0.05)，突出了其在细胞增殖、迁移和炎症过程中的抑制作用。同时，橙皮苷促进了 BAX mRNA 的表达 (p<0.05)，表明细胞死亡增加。分子对接模拟进一步揭示了橙皮苷和靶蛋白之间强大的结合亲和力，表明其有可能破坏口腔癌细胞的细胞功能和炎症信号通路。
https://doi.org/10.59298/NIJBAS/2024/5.1.9297102 CRISPR-Cas9 介导的基因编辑用于靶向癌症治疗：机制、挑战和临床
摘要 CRISPR-Cas9 系统以其高效率和特异性彻底改变了基因编辑，为靶向癌症治疗提供了新途径。本综述重点介绍了 CRISPR-Cas9 用于抑制致癌基因、恢复肿瘤抑制基因和通过编辑关键基因序列增强免疫治疗的机制。本综述还探讨了 CRISPR-Cas9 如何靶向 DNA 修复途径，例如同源定向修复 (HDR) 和非同源末端连接 (NHEJ)，强调成功治疗癌症所需的精确度。尽管体外结果令人鼓舞且正在进行临床试验，但脱靶效应和免疫反应等挑战仍然存在。本综述还重点介绍了 CRISPR 技术的进展、临床前和临床研究、联合疗法以及癌症治疗的未来方向。关键词：CRISPR-Cas9、癌症治疗、基因编辑、DNA 修复途径、致癌基因、肿瘤抑制基因、免疫治疗、临床试验
通过低温恢复实现高效的 CRISPR-Cas12f1 介导的多重细菌基因组编辑
CRISPR-Cas 系统是原核生物的一种免疫机制，可特异性识别和降解外源核酸，从基因上保护生物体 [1]。CRISPR-Cas 系统的功能分为用于靶核酸识别的向导 RNA (gRNA) 和用于切割的 Cas 核酸酶 [1]。该模块化系统通过修改 gRNA 上的靶标识别序列 (TRS) 来切割所需的核苷酸序列 [2]，从而实现跨各种生物体（包括微生物）的基因组编辑 [3, 4]。第 2 类 CRISPR-Cas 系统具有单个效应蛋白，主要用于基因组编辑。值得注意的是，大量研究集中在源自化脓性链球菌 (SpCas9) 的 Cas9 [5]。然而，Cas9 蛋白的异源表达可能导致细胞毒性或异常生长 [6, 7]。因此，内源性 CRISPR-Cas 系统 [8]、Cas9 直系同源物 [9] 和 Cas12 或 Cas13 [10] 被用作编辑工具，以提供与靶细胞更好的兼容性。此外，广泛使用的 SpCas9 的尺寸较大（4.1 kb；1,368 aa），这带来了挑战，特别是在包装到空间有限的病毒载体中时 [11]。微型 CRISPR-Cas12f1 系统因其解决这一挑战的潜力而备受关注。Cas12f1 直系同源物由约 500 aa 的单个多肽组成，这比 Cas9 的长度短得多 [12]。已知 Cas12f1 核酸酶形成二聚体，每个单个 RuvC 结构域切割靶 DNA 的两条链 [13, 14]。 Cas12f1 核酸酶在基因组中用于单基因编辑已被报道在多种生物体中，包括大肠杆菌 [15, 16]、炭疽芽孢杆菌 [17]、肺炎克雷伯菌 [18]、小鼠 [19] 和人类 [20, 21]。最近，在天蓝色链霉菌中证实了 Cas12f1 介导的两个基因同时缺失 [22]。然而，Cas12f1 在精确的多重基因组编辑中的应用尚未有记录。在本研究中，我们尝试使用 CRISPR-Cas12f1 系统在大肠杆菌中进行单核苷酸水平的多重基因组编辑。采用了两种策略——调节细胞恢复温度和修改 gRNA，并评估了它们对多重基因组编辑效率和准确性的影响。
疾病诊断中的RNA测序
气候变化深刻地影响了组织的季节性活动的时机，称为物候。气候变化的影响不是单一的；它也受植物物候的影响，因为植物修改了大气成分和气候过程。这种相互作用的一个重要方面是将地球表面，大气和气候联系起来的生物挥发性有机化合物（BVOC）的发射。BVOC排放表现出显着的昼夜和季节性变化，因此被认为是必不可少的物质特征。了解植物物候与气候之间的相互作用产生的动态平衡，本综述在理解植物物候基础的分子机制及其与气候的相互作用方面提出了最新进展。我们提供了研究分子候物候，全基因组基因表达分析的研究概述，以及这些研究如何彻底改变物候概念，将其从可观察的性状转移到动态性