XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemMiSeq
病毒监视面板V2病毒监视面板V2
富含病毒监视面板V2的库的较低读取深度要求允许多个测序系统选项，包括台式Miniseq™，Miseq™，NextSeq™550，NextSeq 1000和NextSeq 2000 Systems。病毒滴度，核酸样品质量，样品读取深度以及每个样品的读数影响病毒特异性读取和获得的序列覆盖范围的数量。良好质量样品的一般测序读取深度建议至少为每个样品总读数为2m，读取长度为2×150 bp。推荐的样品读取深度也随样本类型而变化。对于更复杂的样品（例如废水），建议至少每样品总读取800万。大量的脱靶读数。
孵化后预防性使用头孢噻呋对盲肠微生物群的影响类似于肉鸡饮食中添加血根碱
摘要 对刚孵出的雏鸡预防性使用头孢噻呋是世界各地一些孵化场的常见做法，以减轻由肠杆菌科细菌引起的早期胃肠道感染。尽管肠道微生物群对肉鸡健康起着至关重要的作用，但关于微生物组成如何影响这些信息仍然有限。我们研究了孵化后预防性使用头孢噻呋对饲喂常规或添加血根碱饮食的 14 日龄肉鸡盲肠微生物群的影响。从盲肠内容物中提取 DNA 样本，扩增微生物 16S rRNA 基因的 V3-V4 区，并在高通量测序平台（Illumina MiSeq）上进行测序。经过下游生物信息学和统计分析，我们的结果表明，头孢噻呋和血根碱治疗同样增加了
DNA提取协议影响眼表面微生物组曲线
方法：抽样了7个合格志愿者的两只眼睛。基于眼表微生物组领域的先前出版物选择了五种市售的DNA提取方案，并根据其报道的有效宿主DNA耗竭添加了2种宿主DNA耗竭方案，而没有细菌DNA浓度显着降低。使用Illumina Miseq测序靶向16S rRNA基因的V3-V4区域。R中的DADA2管道用于执行生物信息处理，并使用SILVA V132数据库进行了分类学分配。VEGDIST函数用于计算Bray-Curtis距离，并使用Galaxy Web应用程序通过线性判别分析效应大小（LEFSE）来识别潜在的元基因组生物标志物。r包decontam用于控制潜在的污染物。
奖学金资料
Equipped with proficiency in culturing Leptospira species, sample preparation, operating MiSeq instruments, and bioinformatic s analysis, I anticipate utilizing these skills in various ways in my ho me countr y: Enhanci ng Disea se Surveillan ce a nd Outbre ak Respon se, Strengthening Epidemiological Investigations, Advancing One He alth Initiati ves: Collabora ting with veteri nary and environme ntal h iealth授权。识别IC的偏见的乔尔·尼（Jo ur Ney）在ICS的生物信息中，我对这一领域的Edu cat Ion和专业发展进行了了解。利用在线课程和研讨会等资源，我的目标是进一步增强我的杀戮并有助于解决我国家的紧迫健康挑战。
肠道微生物的生物多样性在非洲cat鱼中
摘要。本文研究了在水产养殖条件下饲养的年轻和成人carlias gariepinus的肠道微生物组。基因组DNA是从大肠的大肠中分离出来的。该研究是使用16S宏基因组学方案进行的，并在Illumina Miseq上测序了库池。微生物群的特征是一组多种有氧和厌氧菌，其定性和定量组成对每个人来说都是个性化的。年轻cat鱼的微生物群主要由机会性革兰氏阴性细菌和革兰氏阴性厌氧菌细菌组成。在成年cat鱼中，较高的生物多样性和链球菌属的机会性革兰氏阳性细菌的出现被揭示出来。痤疮丙酸丙酸杆菌的物种也很常见。研究结果表明，随着时间的推移，carlias clarias gariepinus的肠道微生物组的多样性会增加。
2024年3月26日，星期二
摘要：蚊子（双翅目：Culicidae）是一个具有3600多种昆虫物种的世界性昆虫群，其中大多数是寄生虫，病毒和细菌的媒介。它们是许多病原体的重要全球识别向量。了解阿拉巴马州奥本的蚊子中病毒的多样性进行了一项关于收集的蚊子的病毒蛋白研究，我们提交了RNA Miseq分析。有79354626配对端序列，平均长度为35-150 bp，GC％45和PHRED分数36。生物信息学工作是在Galaxy平台上完成的。首先，使用Bowtie2工具映射序列，以绘制Culex Quinquesfasciatus的参考基因组（GCA_015732765.1）。然后，使用三位一体组装代表非摩斯奎特序列的未绘制读数，以生成重叠群，然后使用Megablast注释。最初的发现表明有大量的梅里达病毒序列。这项研究将证明在未表征的蚊子中可以发现的病毒多样性。
泰国水稻根际土壤中微球菌菌株 ORF15-23 的基因组序列草图数据
从泰国 Roi Et 省雨养有机稻田土壤样本中分离出一株革兰氏阳性菌，命名为菌株 ORF15-23。据报道，该菌株能产生吲哚-3-乙酸和 2-乙酰基-1-吡咯烷 (2AP) 化合物，溶解钾长石并促进水稻幼苗生长。基因组测序采用 Illumina MiSeq 平台进行。菌株 ORF15-23 的基因组草图长度为 2,562,005 bp，包含 1677 个蛋白质编码序列，平均 G + C 含量为 72.97 mol.%。系统基因组树支持将菌株 ORF15-23 归为微球菌属的成员。平均核苷酸同一性 (ANIb) 值比较显示，菌株 ORF15-23 与 M. yunnanensis DSM 21948 T 基因组的同一性为 96.95 %。M. yunnanesis ORF15-23 的基因组草图序列已存入 DDBJ/EMBL/GenBank 数据库，登录号为 JAZDRZ0 0 0 0 0 0 0 0 0。该基因组序列数据为分类学研究提供了有价值的信息
法医学中的下一代测序
法医学中的下一代测序：一个引物解决了其针对法医科学应用的下一代测序（NGS）。本书的第一部分提供了人类认同方法的历史，包括VNTR，RFLP，STR和SNP DNA键入。它讨论了针对人DNA键入的测序历史，包括Sanger测序，快照，pyrosequencing和下一代测序的原理。这些章节概述了使用常染色体，Y和X染色体STR和SNP使用MISEQ FGX和ION TORRENT系统，概述了人类DNA键入的forenspo foseq，forenseq，forenseq，precision ID，powerSeq和QIASEQ面板。作者概述了在准备使用NGS试剂盒的库之前执行的DNA提取和DNA定量中包含的步骤。本书的后半部分详细介绍了ForenseQ和Precision ID的实现，以扩大和标记目标以创建库，丰富目标，以附加索引和适配器，执行库纯化和归一化，填充库，并将样品加载到墨盒上以在乐器上执行排序。覆盖范围解决了Miseq FGX和ION厨师的操作，包括创建样本列表，执行洗涤步骤，执行NG，了解仪器中的Run反馈文件以及故障排除。forenseq和精密ID面板数据分析将解释，包括如何分析和解释NGS数据以及输出图和图表。本书以线粒体DNA（mtDNA）测序和SNP分析结束，包括异质问题。最终章节回顾了微生物DNA，NGS在体液分析中的法医应用以及未来应用的挑战和考虑。特征 - 使用传统和NGS DNA键入方法针对人类识别，靶向短串联重复（Strs） - 将技术及其应用于执法调查，身份以及祖先的单核苷酸多态性（SNP）（SNP），以进行研究领导，大规模灾难和祖先的学生 - 在NG的习惯中，以实践为准。在法医计划中研究DNA这是第一本为从业人员准备并在其实验室中实施这项新技术的书籍，以进行案例工作，并强调了如何在法庭上使用NGS结果的早期应用。这本书可用于上级本科生和研究生，并参加了专注于NGS概念的课程。读者有望对分子和细胞生物学和DNA分类有基本的理解。
Alt-R HDR 设计工具和 HDR 供体寡核苷酸
图 1.与其他修饰相比，具有 Alt-R HDR 修饰的供体寡核苷酸表现出更高的 HDR 效率。 图 1.与其他修饰相比，具有 Alt-R HDR 修饰的供体寡核苷酸表现出更高的 HDR 效率。 （A）供体寡核苷酸修改的示意图。 （B）每次修改的 HDR 效率。使用 4D-Nucleofector™ 系统（Lonza）将四个靶向基因位点的 RNP 复合物（2 µM）与 0.5 µM 单链 HDR 供体寡核苷酸通过电穿孔共转染到 Jurkat 和 HeLa 细胞中。使用的 RNP 复合物是 Alt-R Sp HiFi Cas9 Nuclease V3，以及 Alt-R CRISPR-Cas9 crRNA 和 tracrRNA。 使用了三种类型的供体寡核苷酸：未经任何修饰的寡核苷酸（未修饰的）、具有硫代磷酸酯键的寡核苷酸（PS 修饰的）和具有 Alt-R HDR 修饰的寡核苷酸（Alt-R HDR 修饰的）。 电穿孔后 48 小时 (HeLa) 或 72 小时 (Jurkat) 提取基因组 DNA。通过在 Illumina™ MiSeq™ 系统 (v2 化学、150 bp 双端读取) 上进行扩增子测序来测量 HDR 效率。
YCGA样本支持信
耶鲁大学基因组分析中心（YCGA）是最先进的DNA测序中心。这种全服务设施使用各种技术使用最新技术提供微阵列和下一代DNA序列（NGS）分析服务。该中心大约占据7000平方米ft。实验室空间，并具有两个Illumina Novaseqs，一个是Pacbio Sequel II，Element Aviti和Illumina Miseq测序系统。YCGA还使用了四年多的牛津纳米孔单分子技术。使用YCGA的NGS产生了1000多个出版物，其中包括科学，自然和细胞等高影响力期刊中的60多种文章。YCGA在单细胞和空间技术方面具有丰富的经验。我们为基因表达，pip-seq，scatac-seq和Multi-omics的基因表达准备的10x库准备提供了常规服务。我们还使用森林，库里奥，10倍xen，纳米弦COSMX，Atlasxomics空间ATAC-SEQ和MERFISH具有丰富的空间转录组学经验。YCGA提供了许多使用Cut和Tag，Atac-Seq和HIC研究细胞表观遗传方面的服务。我们为这些服务提供技术咨询，图书馆准备，排序和数据分析。