除了机载流程外,MiSeq i100 系列的数据还可以传输到 BaseSpace Sequence Hub,这是一个用户友好的基因组学云计算环境,提供简化的运行设置、监控和分析。在这里,用户可以访问全套 DRAGEN 流程,对 NGS 数据进行准确的二次分析和可视化,从而生成有意义的生物学结果。或者,对可扩展性和定制解决方案感兴趣的实验室可以将数据从 MiSeq i100 系列传输到 Illumina Connected Analytics,这是一个灵活的云生物信息学平台,支持更广泛的流程和高度可配置、可扩展的分析。
由Xleap-SBS™化学提供动力,我们最快,最高质量的化学反应,测序运行时间速度高达四个小时。并且在板载次要分析的情况下,可以在一天内生成结果。
两步PCR方法 - 如何工作,两步PCR方法与Illumina的双重索引策略相结合,可以并行处理多达384个样本(见图1)。第一步的PCR使用引物包含特定于基因座的序列以及来自Illumina的Nextera库协议中指定的通用5'尾巴(见表1)。不仅只使用一个前向底漆和反向引物,因此某些原始col使用了最多3个前向引物,这些引物通过在基因座特异性和常见的5'尾巴之间添加摇摆碱(ns)而在长度上有所不同。这可能在高通量项目中尤其有用,在该项目中,测序吞吐量特别关键并且汇总了许多样品。但是,对于大多数项目,仅使用一个正向和一个反向引物,测序吞吐量就足够高。如果您需要有关此特定主题的更高背景,请与我们联系。然后将所得的PCR扩增子用作第二步PCR中的模板,以进一步扩增,但也可以作为
5。在E列中输入GDNA的量子浓度。6。确定将使用哪个索引套件。在J列中选择索引井位置。7。输入用于在F列中用于文库制备的提取的DNA的体积。基因组量已标准化DNA的起始体积至5μL(GDNA浓度为20-50 ng/μL),但是,建议的输入DNA的建议量为100-500 ng。我们的建议是使用至少100 ng的输入DNA。个别实验室可以调整输入DNA体积,以确保数量属于此范围内。建议的最小输入DNA为2μL,如果DNA过于浓缩,则执行稀释度以使输入DNA体积高于2μL并进行。
MiSeq i100 系列为各个层次的用户带来了测序功能。系统设计、测序化学和数据分析集成方面的进步提供了操作简便、速度快和经过验证的准确性。作为端到端 NGS 解决方案的一部分,MiSeq i100 系列可为影响传染病和微生物学的各种应用提供当日结果。无论是追踪疫情、分类新型微生物还是研究微生物组,MiSeq i100 的简便性都能让您自信而确定地进行测序。
凭借 MiSeq i100 系列,Illumina 继续树立最高标准。系统设计、测序化学和数据分析方面的进步提供了最简单、最快的台式测序和经过验证的准确性。MiSeq i100 系列适用于所有级别的用户,并简化了 NGS 工作流程——从文库准备到数据分析。MiSeq i100 系列可在当天获得各种应用的结果,包括小型全基因组测序 (WGS)、靶向基因测序和基因表达分析,使实验室能够解决传染病、微生物学、肿瘤学等领域的复杂基因组学问题。
文库,并比较了NextSeq 2000和Miseq系统之间的测序性能。在图书馆准备过程中,使用IDT进行Illumina DNA/RNA UD索引设置A到D,使用户可以生成384 16S库。在NextSeq 1000/2000 P2 300M试剂套件(600个周期)上运行384 16S库,具有标准SBS化学或NextSeq 1000/2000 P2 Xleap-SBS™试剂盒(600个循环),每样品可用于分类级别的每样品,以产生100,000至200,000的读取。用户可以在NextSeq 1000/2000 P2 300M试剂盒(600个循环)和400m读取的NextSeq 1000/2000 P2 XLEAP-SBS Reagent套件(600 Cycles)上生成300m总读取。NextSeq 1000/2000 P1 XLEAP-SBS试剂盒(600个循环)和NextSeq 1000/2000 P2 Xleap-SBS试剂盒(600个周期)的测序运行时间为34小时。相比,Miseq Reagent Kit V3(600个周期)的Miseq系统上的测序运行时间〜56小时。
利用选择标记鉴定转化植物,并筛选 T-DNA 拷贝数。通过扩增子测序鉴定编辑的 T0 植物(Clement 等人,2019 年;Illumina MiSeq 系统指南,2018 年;Illumina MiSeq 系统指南,2019 年),自交,并通过扩增子测序分析所得的 T1 植物以确认编辑。进行了额外的 PCR 检测,以确认不存在 T-DNA 插入物和质粒骨架(Applied Biosystems 用户公告 #2)。选择包含所需编辑但没有 T-DNA 或质粒骨架的纯合 T1 植物 P227933.30 进行延续,并将其命名为 GM200007。T1 植物不含外来 DNA,在 [ ] 基因中含有纯合缺失。表 1. 用于创建 GM200007 大豆的转化载体 F137620 的遗传元件