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特应性皮炎的生物学和小分子疗法
摘要：特应性皮炎是一种慢性炎症性皮肤病，其特征是核，鳞片，红斑病变。它的发病率有所不同，但估计在儿童中约为20％，成年人的7％至14％之间，国家之间的差异。这是一个多因素的条件，在遗传，免疫学和环境因素之间具有复杂的相互作用。对炎症反应的研究确定了新的治疗靶标，这些靶标可减少炎症并随后减少耀斑。这项研究探讨了现有的特应性皮炎的治疗剂，以及诸如生物制剂和小分子等新疗法，借鉴了每个药物的作用机理，相关的地标临床试验，功效和安全性。当前的疗法包括润肤剂，皮质类固醇，环孢素A，钙调神经磷酸酶抑制剂，光疗和甲氨蝶呤。所描述的生物制剂包括dupilumab，tralokinumab，lebrikizumab，nemolizumab和rocatinlimab。小分子抑制剂包括Janus激酶抑制剂，磷酸二酯酶4抑制剂，瞬态受体潜在的香草菌亚科V成员1拮抗剂和芳基烃受体拮抗剂。
利用小分子泛 KRAS 降解剂靶向癌症
作为高度协同（α= 479，表 S1）和高亲和力的三元复合物诱导剂（在没有或存在 KRAS G12D 的情况下，KD = 7 187 nM vs 15 nM）（图 1C，表 S1）。我们通过 SPR 正交证实了三元复合物的形成，三元复合物解离半衰期（t 1/2）为 159 s，平衡解离常数（KD ）为 20 nM（图 1D，表 S1）。化合物 2 剂量依赖性地降解 GP5d 细胞中的 KRAS G12D 10
REINVENT 4：现代人工智能驱动的生成分子...
REINVENT 4 是一个用于设计小分子的现代开源生成 AI 框架。该软件利用循环神经网络和转换器架构来驱动分子生成。这些生成器无缝嵌入到通用机器学习优化算法迁移学习、强化学习和课程学习中。REINVENT 4 支持并促进从头设计、R 基团替换、库设计、连接子设计、支架跳跃和分子优化。本文概述了该软件并描述了其设计。详细讨论了算法及其应用。REINVENT 4 是一个命令行工具，可以读取 TOML 或 JSON 格式的用户配置。此版本的目的是为基于 AI 的分子生成中一些最常见的算法提供参考实现。此次发布的另一个目标是创建一个基于人工智能的分子设计教育和未来创新框架。该软件可从 https://github.com/ MolecularAI/REINVENT4 获得，并根据宽松的 Apache 2.0 许可证发布。
1 NK 细胞小分子增强剂的鉴定...
表 1：与已知靶标一起增强 NK 细胞毒性的命中化合物列表。自动细胞溶解分析数据为平均值 ± SD，n=3。CHIR-99021 的测试浓度为 10 µM，而 BIO 的测试浓度为 11 µM。使用 Hoechst-33342 染色确定细胞计数 (*) 或 144 小时后的 CellTiterGlo™ (CTG; # ) 分析结果，评估命中化合物对细胞活力的影响。数据为平均值 ± SD，N=3。由于具有细胞毒性，以灰色突出显示的化合物被排除在进一步分析之外。
小分子抗病毒化合物集合（SMACC）
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者（此版本于 2022 年 7 月 11 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.07.09.499397 doi：bioRxiv 预印本
铁胆道酶的小分子抑制剂是抗血管生成剂
血红素合成酶铁胆管酶（FECH）的活性与多种疾病有关。特别是它是眼睛中新血管化的介体，因此是预防失明的有吸引力的治疗靶标。但是，尚无类似药物的直接FECH抑制剂。在这里，我们着手使用高吞吐量筛选方法来鉴定FECH的小分子抑制剂作为潜在的治疗铅，以鉴定有效的FECH活性抑制剂。一类三唑吡啶甲酮的结构活性关系研究产生了类似药物的FECH抑制剂。这些化合物抑制细胞中的FECH，结合共晶结构中的活性位点，在多种体外测定中具有抗血管生成。这些有希望的化合物之一是脉络膜新生血管形成的小鼠模型中的抗血管生成。这项基础工作可能是新的治疗剂不仅对眼部新血管形成的基础，而且还可以抗击以Fech活动为特征的其他疾病。
类固醇受体辅激活剂小分子“刺激剂...
中风是一种全球范围内普遍存在的疾病，是美国发病率最高的疾病之一，也是美国第五大死亡原因，其中急性缺血性中风 (AIS) 是最常见的病因（Goyal 等人，2016 年）。目前，FDA 批准的唯一治疗 AIS 的药物是组织型纤溶酶原激活剂 (tPA)，它可以促进血凝块降解和再灌注。对于某些大血管闭塞患者，在 tPA 溶栓治疗的基础上加用机械血栓切除术 (MT) 已成为血运重建的标准治疗方法（Albers 等人，2018 年；Nogueira 等人，2018 年）。尽管如此，AIS 患者仍然面临着不可接受的高死亡和残疾风险（Albers 等人，2018 年；Nogueira 等人，2018 年），因此迫切需要其他疗法。再灌注的重点是恢复 AIS 后的血流，而神经保护是指可以减少缺血继发性脑损伤的策略，但这目前仍然是一个未满足的临床需求。虽然已经在动物实验和一些人体试验中探索了许多其他神经保护候选药物（Saver 等人，2015 年；Hill 等人，2020 年），但没有一种能够成功改善 AIS 的结果。尽管这些研究大多是阴性试验，但它们为如何设计未来的试验以获得更好的反应提供了宝贵的见解——具体来说，是通过影响多种损伤反应途径来理解缺血级联的复杂性的疗法。我们最近发现了一种名为 MCB-613 的类固醇受体辅激活剂 (SRC) 的小分子刺激剂 (Wang 等人，2015 年)，它通过直接保护心肌细胞、减轻免疫细胞浸润和减弱病理性成纤维细胞重塑来减少心肌梗死后的缺血性损伤 (Mullany 等人，2020 年)。虽然该研究结果对于心脏保护非常有希望，但我们认为这也是 AIS 后神经保护的主要候选药物，因为心脏和大脑在急性缺血性损伤后组织损伤的许多主要驱动因素方面是相同的，包括氧化应激和炎症。SRC 是一个核蛋白家族 (SRC-1、-2 和 -3)，它们普遍表达并是约 80% 所有基因转录所必需的 (Lanz 等人，2010 年)。因此，SRC 激活与多种细胞功能有关，包括细胞增殖、再生、免疫调节、抗氧化防御和血管生成 ( Lonard 和 O'Malley ，2007 年；Lanz 等人，2010 年)。自 27 年前发现 SRC 以来，我们的团队已经证明 SRC 是生长和修复的广泛组织者 ( Onate 等人，1995 年)。为了在损伤后实现最佳组织愈合，损伤反应需要强大的转录组反应和细胞重编程，包括协调基因表达程序。组织损伤后，SRC 通过协调各种基因表达程序来维持细胞稳态，包括抗氧化防御、细胞存活和血管生成（Lonard 和 O'Malley，2007 年；Chen X. 等，2010 年；Lanz 等，
针对目标的分子生成的人类在循环中的主动学习
Oracle评估只有在一代周期结束时才能进行。生成之前：我们使用可用的实验数据训练一个预测模型。一代：专家反馈（协议得分和置信度）被积极查询，并用于更新预测指标
小分子抑制剂对HSD17B13的抑制作用，Ini- ... 617。急性髓细胞性白血病 tamponade我的胸腺瘤 CD19特异性CAR-T细胞的长期疗效和安全性...
1。Abul-Husn NS等。 一种蛋白质截短的HSD17B13变体和免受慢性肝病的保护。 NEJM 2018; 378：1096-1106。 2。 ma y等。 Handelman SK。 17-羟基类固醇脱氢酶13是一种肝视黄醇脱氢酶，与非酒精性脂肪肝病的组织学特征相关。 Hepatology 2019; 69：1504-1519。 3。 Luukkenon等。 羟基固醇17-β脱氢酶13变体增加磷脂，并预防非酒精性脂肪肝病中的纤维化。 JCI Insight 2020; 5（5）：E132158。 4。 Qadri等。 磷脂酰胆碱代谢在非酒精性脂肪肝病中的异质性，J乙醇2022 5。 Luck等。 人类二元蛋白相互作用的参考图。 2020年4月； 580（7803）：402–408。 doi：10.1038/s41586-020-2188-x 6。 Luukkonen等。 抑制HSD17B13通过抑制非酒精性脂肪性肝炎PNAS 2023中的嘧啶分解代谢来预防肝纤维化； 120（4）E2217543120 7。 Rong等。 lpCAT3依赖性产生的蛛网膜磷脂是甘油三酸酯分泌的关键决定因素，Elife 2015 https://doi.org/10.7554/elife.06557.001 8。 Glowchowski等。 脂质液滴和肝病：从基本生物学到临床意义，NAT Rev胃胃肝hepatol 2017 doi：10.1038/nrgastro.2017.32Abul-Husn NS等。一种蛋白质截短的HSD17B13变体和免受慢性肝病的保护。NEJM 2018; 378：1096-1106。 2。 ma y等。 Handelman SK。 17-羟基类固醇脱氢酶13是一种肝视黄醇脱氢酶，与非酒精性脂肪肝病的组织学特征相关。 Hepatology 2019; 69：1504-1519。 3。 Luukkenon等。 羟基固醇17-β脱氢酶13变体增加磷脂，并预防非酒精性脂肪肝病中的纤维化。 JCI Insight 2020; 5（5）：E132158。 4。 Qadri等。 磷脂酰胆碱代谢在非酒精性脂肪肝病中的异质性，J乙醇2022 5。 Luck等。 人类二元蛋白相互作用的参考图。 2020年4月； 580（7803）：402–408。 doi：10.1038/s41586-020-2188-x 6。 Luukkonen等。 抑制HSD17B13通过抑制非酒精性脂肪性肝炎PNAS 2023中的嘧啶分解代谢来预防肝纤维化； 120（4）E2217543120 7。 Rong等。 lpCAT3依赖性产生的蛛网膜磷脂是甘油三酸酯分泌的关键决定因素，Elife 2015 https://doi.org/10.7554/elife.06557.001 8。 Glowchowski等。 脂质液滴和肝病：从基本生物学到临床意义，NAT Rev胃胃肝hepatol 2017 doi：10.1038/nrgastro.2017.32NEJM 2018; 378：1096-1106。2。ma y等。Handelman SK。17-羟基类固醇脱氢酶13是一种肝视黄醇脱氢酶，与非酒精性脂肪肝病的组织学特征相关。Hepatology 2019; 69：1504-1519。3。Luukkenon等。羟基固醇17-β脱氢酶13变体增加磷脂，并预防非酒精性脂肪肝病中的纤维化。JCI Insight 2020; 5（5）：E132158。4。Qadri等。 磷脂酰胆碱代谢在非酒精性脂肪肝病中的异质性，J乙醇2022 5。 Luck等。 人类二元蛋白相互作用的参考图。 2020年4月； 580（7803）：402–408。 doi：10.1038/s41586-020-2188-x 6。 Luukkonen等。 抑制HSD17B13通过抑制非酒精性脂肪性肝炎PNAS 2023中的嘧啶分解代谢来预防肝纤维化； 120（4）E2217543120 7。 Rong等。 lpCAT3依赖性产生的蛛网膜磷脂是甘油三酸酯分泌的关键决定因素，Elife 2015 https://doi.org/10.7554/elife.06557.001 8。 Glowchowski等。 脂质液滴和肝病：从基本生物学到临床意义，NAT Rev胃胃肝hepatol 2017 doi：10.1038/nrgastro.2017.32Qadri等。磷脂酰胆碱代谢在非酒精性脂肪肝病中的异质性，J乙醇2022 5。Luck等。 人类二元蛋白相互作用的参考图。 2020年4月； 580（7803）：402–408。 doi：10.1038/s41586-020-2188-x 6。 Luukkonen等。 抑制HSD17B13通过抑制非酒精性脂肪性肝炎PNAS 2023中的嘧啶分解代谢来预防肝纤维化； 120（4）E2217543120 7。 Rong等。 lpCAT3依赖性产生的蛛网膜磷脂是甘油三酸酯分泌的关键决定因素，Elife 2015 https://doi.org/10.7554/elife.06557.001 8。 Glowchowski等。 脂质液滴和肝病：从基本生物学到临床意义，NAT Rev胃胃肝hepatol 2017 doi：10.1038/nrgastro.2017.32Luck等。人类二元蛋白相互作用的参考图。2020年4月； 580（7803）：402–408。doi：10.1038/s41586-020-2188-x 6。Luukkonen等。抑制HSD17B13通过抑制非酒精性脂肪性肝炎PNAS 2023中的嘧啶分解代谢来预防肝纤维化； 120（4）E2217543120 7。 Rong等。 lpCAT3依赖性产生的蛛网膜磷脂是甘油三酸酯分泌的关键决定因素，Elife 2015 https://doi.org/10.7554/elife.06557.001 8。 Glowchowski等。 脂质液滴和肝病：从基本生物学到临床意义，NAT Rev胃胃肝hepatol 2017 doi：10.1038/nrgastro.2017.32抑制HSD17B13通过抑制非酒精性脂肪性肝炎PNAS 2023中的嘧啶分解代谢来预防肝纤维化； 120（4）E2217543120 7。Rong等。 lpCAT3依赖性产生的蛛网膜磷脂是甘油三酸酯分泌的关键决定因素，Elife 2015 https://doi.org/10.7554/elife.06557.001 8。Rong等。lpCAT3依赖性产生的蛛网膜磷脂是甘油三酸酯分泌的关键决定因素，Elife 2015 https://doi.org/10.7554/elife.06557.001 8。Glowchowski等。脂质液滴和肝病：从基本生物学到临床意义，NAT Rev胃胃肝hepatol 2017 doi：10.1038/nrgastro.2017.32
无细胞 - 无DNA作为分化的潜在生物标志物...
背景：后脊柱关节术后手术后的临床愈合环境是由于缺乏包含空间，需要形成从头开始的骨骼，所有骨科干预措施中临床上最具挑战性的骨骼骨骼环境之一。我们的小组先前曾报道过在整个发育中的脊柱融合中，在局部表达的硬化蛋白在局部表达。然而，硬化蛋白在控制骨融合中的作用仍有待确定。方法：我们在计算上确定了两种FDA批准的药物以及一种单一的新型小分子药物，因为它们可以破坏硬化蛋白与其受体之间的相互作用LRP5/6之间的相互作用。使用鼠MC3T3和MSC在几种体外生物化学测定中测试了这些药物，评估了它们的能力（1）增强规范的Wnt信号，（2）促进活性（非磷酸化）β-蛋白质形式的积累，以及（3）增强BMP的强度和信号信号的强度和信号信号。然后将这些药物皮下在大鼠中皮下测试，作为普通胶原海绵上的独立骨诱导剂。最后，在兔后外侧脊柱融合模型中测试了顶级药物候选物（称为VA1和C07），以使其在6周下获得成功融合的能力。结果：我们表明，通过控制GSK3B磷酸化，我们的三种小分子抑制剂（SMIS）同时增强了规范的Wnt信号传导并增强规范的BMP信号传导强度和持续时间。结论：几乎没有任何成骨的小分子具有BMP本身的骨诱导效力，即形成从头骨作为独立剂的能力。我们还证明，SMI在大鼠体内产生剂量依赖性异位矿物矿物质，并显着提高体内兔的后外侧脊柱融合率，既作为独立的成骨药物，又是自体裂骨骨植物。在此，我们描述了具有这种独特能力的两个这样的SMI，并被证明可以在严格的体内环境中诱导从头骨。这些SMI可能具有用于实现脊柱融合或临界量裂缝缺陷的新颖，具有成本效益的骨移植物替代物中的潜力。资金：这项工作得到了资深事务职业发展奖（IK2-BX003845）的支持。