XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemN50
APX N50 用户指南
本文档中描述的 Motorola Solutions 产品可能包含受版权保护的 Motorola Solutions 计算机程序。美国和其他国家的法律为 Motorola Solutions 保留受版权保护的计算机程序的某些专有权利。因此，未经 Motorola Solutions 的明确书面许可，不得以任何方式复制或复制本文档中描述的 Motorola Solutions 产品中包含的任何受版权保护的 Motorola Solutions 计算机程序。
真核陆生Microalga coccomyxa viridis sag 216-4
coccomyxa属的单细胞绿藻以其全球分布和生态多功能性而被认可。迄今为止所描述的大多数物种与各种宿主物种密切相关，例如地衣关联。然而，对驱动这种共生生活方式的分子机制知之甚少。，我们为地衣coccomyxa viridis sag 216-4（相当于粘菌）生成了高质量的基因组组装。使用长阅读的PACBIO HIFI和牛津纳米孔技术与染色质构象捕获（HI-C）测序结合使用，我们将基因组组装成21个SCA效率，总长度为50.9 MB，N50的N50和2.7 MB的N50和BUSCO得分为98.6％。虽然19个sca o olds代表了全长的核染色体，但两个添加的sca o olds代表了线粒体和质体基因组。转录组引导的基因注释导致13,557个蛋白质编码基因鉴定，其中68％的PFAM结构域和962被预测被分泌。
基于XX、XY和YY基因组测序鉴定南方鲶鱼（Silurus meridionalis）的性染色体和性别决定基因
硬骨鱼类是研究性染色体和性别决定 (SD) 基因的重要模型，因为它们呈现出多种性别决定系统。在这里，我们使用 Nanopore 和 Hi-C 技术对 YY 南方鲶鱼 (Silurus meridionalis) 进行高连续性染色体水平基因组组装。组装长 750.0 Mb，其中重叠群 N50 为 15.96 Mb，支架 N50 为 27.22 Mb。我们还测序并组装了一个 XY 雄性基因组，其大小为 727.2 Mb，重叠群 N50 为 13.69 Mb。通过与我们之前组装的 XX 个体进行比较，我们确定了一个候选 SD 基因。通过对雄性和雌性池进行重新测序，我们在 Chr24 上鉴定了一个 2.38 Mb 的性别决定区 (SDR)。读取覆盖度分析和 X 和 Y 染色体序列比较表明，SDR 中有一个 Y 特异性插入（约 500 kb），其中包含 amhr2 的雄性特异性重复（名为 amhr2y）。amhr2y 和 amhr2 在编码区具有相同的核苷酸同一性（81.0%），但在启动子和内含子区域具有相同的核苷酸同一性，但较低。在雄性性腺原基中的独家表达和诱导雄性到雌性性别逆转的功能丧失证实了 amhr2y 在雄性性别决定中的作用。我们的研究为鱼类中 amhr2 作为 SD 基因提供了一个新的实例，并揭示了不同鱼类谱系中性别决定进化背后的 AMH/AMHR2 通路成员重复的趋同进化。
改进的普通狨猴基因组从头组装提高了序列数据的连续性和映射率
背景：普通狨猴（Callithrix jacchus）是研究最多的灵长类模式生物之一。然而，公共数据库中可用的狨猴基因组高度碎片化且充满序列缺口，阻碍了与狨猴基因组学和转录组学相关的研究进展。结果：在这里，我们利用单分子、长读序列数据来改进和更新现有的基因组组装，并报告了近乎完整的普通狨猴基因组。组装大小为 2.79 Gb，重叠群 N50 长度为 6.37 Mb，染色体支架 N50 长度为 143.91 Mb，代表了迄今为止最连续和高质量的狨猴基因组。大约 90% 的组装基因组以长度超过 1 Mb 的重叠群表示，与之前发表的狨猴基因组相比，连续性提高了约 104 倍。超过98％的先前发表的基因组的空白被成功填补，从而提高了基因组和转录组数据到组装基因组的映射率。
中风基因组的组装......
得到具有更长距离基因组信息的“细菌”，从而生成名为 Rnor3.1 [1] 的组装体。这产生了 128,000 个 N50 长度约为 38kb 的重叠群，它们被连接到 738 个超级细菌（N50 = 5.4Mb），这些超级细菌最终可以连接起来形成约 300 个更大的组装亚基。后续修订包括从雄性 SHR/Akr 大鼠中进行 Y 染色体测序，以补充用作 Rnor3.1 DNA 来源的两只雌性大鼠。通过引入额外的组装方法和序列数据，该基因组组装得到了逐步改进，一个显着的变化是纳入了单分子实时（SMRT）测序连续长读（CLR）数据（Pacific Biosciences），以增强 2014 年发布的 Rnor_6 版本中具有结构变异区域的组装。表 1 简要总结了这些组装体的属性。
两个本土蛤s的基因组（Linnaeus，1767）和Meretrix Petechialis（Lamarck，1818）
蛤lam挖掘在香港的历史悠久，但不受管制的蛤挖掘活动耗尽了蛤lam种群并威胁到生态系统。种群基因组学对于揭示不同地理位置上蛤的连通性并提供必要的保护措施很有用。但是，香港只有有限数量的蛤s具有基因组资源。在这里，我们使用Pacbio Hifi和Omni-C读数的组合，介绍了香港，柔韧性和Meretrix petechialis的两个蛤s的染色体水平基因组组件。对于A. flexuosa，我们将基因组组装成19个伪色体，基因组大小为1.09 GB（支架N50 = 58.5 MB），BUSCO得分为94.4％。也使用本研究中产生的转录组预测了总共20,881个基因模型。对于叶柄杆菌，基因组主要组装成19个伪色体，基因组大小为1.04 GB（支架N50 = 53.5 MB），而BUSCO得分为95.7％。也使用本研究中产生的转录组预测了总共20,084个基因模型。本研究中建立的两个新的基因组资源将有助于进一步研究蛤lam的生物学，生态学和进化，并为保护措施和实施方面的证据决策建立基础。
基因组变异和LTR-RT分析的古老桃子兰德拉斯揭示了血液果实形成和果实成熟日期的机制
桃（Perrunus persica）Landrace具有典型的区域特征，强大的环境适应性，并包含许多有价值的基因，为繁殖优秀品种奠定了基础。因此，有必要组装特定陆地的基因组，以促进这些基因的定位和利用。在这里，我们从头组装了一个来自中国北平原的古老血液中国兰德·舒伊米（TJSM）的高质量基因组。组装的基因组大小为243.5 MB，重叠元素N50为23.7 MB，支架N50为28.6 MB。与报道的桃基因组相比，我们组装的TJSM基因组具有最大数量的特定结构变体（SVS）和长时间重复返回转树（LTR-RTS）。有可能调节其宿主基因的潜力，我们在NAC转录因子编码PPBL的启动子中鉴定了6688 bp ltr-rt（命名为IT血液TE），这是一种调节乳头的基因PPBL。血液不仅与血液表型共分离，而且还与果实成熟日期的进步和血液形成的不同强度有关。我们的发现提供了有关血液颜色发展和确定水果成熟日期的基础机制的新见解，并突出了TJSM基因组对桃子水果中的农艺性状相关的更多变化的潜力。
染色体规模的基因组组装，粗糙的littorina saxatilis
潮间带腹足动物Littorina saxatilis是研究物种形成和局部适应的模型系统。反复出现的不同生态型表现出不同水平的遗传差异使得萨克萨蒂利乳杆菌特别适合研究相同谱系中形成连续性的不同阶段。一个主要发现是存在与生态型差异相关的几种大染色体反转，并且该物种提供了一种系统来研究反演在这种差异中的作用的系统。萨克萨蒂利乳杆菌的基因组为1.35 GB，由17个染色体组成。该物种的第一个参考基因组是使用Illumina数据组装的，高度碎片（N50的44 kb），非常不完整，Metazoan数据集的BUSCO完整性为80.1％。一个全同胞家族的连锁图将587 MBP的基因组的放置放在17个连锁基团中，与单倍体数量相对应，但该参考基因组的分散性质限制了对divergent选择和在生态型形成过程中的相互作用的理解。在这里，我们提出了一个新生成的参考基因组，该基因组高度连续，n50为67 Mb，占总组装长度的90.4％，占17个超级折叠术。它也高度完成了BUSCO的完整性，占后生数据集的94.1％。此新参考将允许研究与生态型形成有关的基因组区域，并更好地表征反转及其在物种物种中的作用。
回收锂电池
海绵是现存的最早的分支动物之一。因此，该组的遗传数据对于理解其他动物的各种特征和过程的EVO非常有价值。但是，像许多海洋生物一样，它们很难对它们进行顺序，因此基因组数据很少。在这里，我们从瑞典西海岸收集的一个人Geodia Barretti Bowerbank 1858年为北大西洋深海高微生物舞蹈物种Geodia Barretti Bowerbank介绍了基因组议会草案。核基因组组件具有4,535个支架，N50的48,447 bp和144 MB的总长度；线粒体基因组长17,996 bp。BUSCO完整性为71.5％。使用从头算和基于证据的方法的组合发现了31,884个蛋白质编码基因。
使用Dreamprep®NGSCompact进行PACBIO®的自动DNA库准备。
DreamPrep NGS Compact上的自动化工作流程在资格运行中测试的所有48口井中的平均图书馆准备收益率为28.2％（表1）。此外，库提供了高测序产率，其中99％的读取包含条形码（表2），并且在测序池中检测到了所有48个条形码。库准备和测序产率都与手动准备的库观察到的产量相当。HIFI读取长度分布与剪切输入DNA的尺寸较小和使用基于珠的尺寸选择一致（图3）。因此，由于SMRTBELL PREP KIT 3.0协议自动化，未观察到降解或性能权衡。将剪切输入DNA的平均大小增加到15-20 kb将增加读取长度N50和HIFI总碱基收率。