XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemN50
使用 Oxford Nanopore 和 Illumina 平台对亚麻品种 Atlant 进行基因组测序
自古以来，人们就种植亚麻 ( Linum usitatissimum L. ) 以获取种子和纤维 ( Vaisey-Genser 和 Morris，2003 年 )。纤维亚麻比亚麻籽高，仅在茎的上部有分枝。亚麻籽的分枝从茎的中部开始，这些植物会产生许多大种子 ( Diederichsen 和 Richards，2003 年 )。亚麻籽富含 omega-3 脂肪酸和木脂素，其健康益处已在许多研究中得到证实 ( Caligiuri 等人，2014 年；Goyal 等人，2014 年；Kezimana 等人，2018 年；Parikh 等人，2019 年 )。因此，亚麻籽被用于食品和制药工业、动物饲料以及环保涂料和复合材料的生产（Singh 等人，2011；Corino 等人，2014；Goyal 等人，2014；Campos 等人，2019；Fombuena 等人，2019）。亚麻纤维是主要由纤维素组成的空心管；它们具有高强度和耐久性，可用于生产高质量的纺织品（Vaisey-Genser 和 Morris，2003）。亚麻纤维由于表面的芯吸和水分移动而具有很高的吸水能力，可用于制作炎热气候下的布料、帆、帐篷和地毯（Atton，1989）。然而，只有从亚麻茎的没有分支的部分才能获得长纤维；因此，尽管亚麻纤维质量很高，但它在很大程度上已被合成纤维所取代 ( Muir 和 Westcott，2003 年)。然而，对生态问题的认识引起了人们对使用对地球更具可持续性的材料的关注，人们对亚麻纤维的兴趣正在重新燃起。此外，在过去几年中，亚麻纤维已被积极用作复合材料的组成部分，在汽车、航空航天和包装应用中具有良好的潜力，在这些应用中，纤维长度并不十分重要 ( Zhu 等人，2013 年；Mokhothu 和 John，2015 年；Wu 等人，2016 年；Dhakal 和 Sain，2019 年；Fombuena 等人，2019 年；Goudenhooft 等人，2019 年；Zhang 等人，2020 年 a)。 2012 年，亚麻品种 CDC Bethune 的基因组在 Illumina 平台上进行了测序，采用双端和配对文库。结果组装结果为 302 Mb，其中 scaffild N50 约为 700 kb，contig N50 约为 20 kb，亚麻基因组覆盖率估计为 370 Mb，为 81%（Wang et al., 2012）。15 对 CDC 染色体的染色体水平组装
tick和tick传播疾病
墨西哥湾海岸tick虫，Amblyomma Maculatum，居住在美国东南部与墨西哥，墨西哥湾和其他中美洲国家接壤的美国。最近，其美国范围已向亚利桑那州和东北部延伸至纽约州和康涅狄格州。这是立克帕克里（Rickettsia Parkeri）和赫帕托津（Hepatozoon Americanum）的矢量。该壁虱物种已成为研究tick/人力体相互作用的模型。为了提高我们对大曲霉的基本生物学的了解，我们在这里报告了该tick的基因组草案，并对其蛋白质组进行了广泛的功能分类。单个雄性tick的DNA用作基因组来源，10倍基因组学方案确定了28,460个脚手架，其脚手架具有相等或大于10 kb，总计1.98 GB。N50脚手架的大小为19,849 kb。Braker管道用于在组装的A. maculatum基因组上找到蛋白质编码基因边界，发现237,921 CD。在修剪和分类可转座元件，细菌污染物和截短的基因后，将一组25,702个注释并分类为核心基因产物。BUSCO分析显示83.4％的完整Buscos。提供了超链接的电子表格，可以浏览单个基因产品及其匹配到几个数据库。
伪cospora ulei的高质量基因组组装对天然橡胶树的主要威胁
伪cospora ulei是南美叶枯萎病（SALB）的因果，这是影响hevea brasiliensis橡胶树的主要疾病，这是亚马逊的本地物种。橡胶树是南美国家的主要农作物，SALB疾病控制策略将受益于真菌病原体的基因组资源的可用性。在这里，我们组装并注释了P. ulei基因组。使用第二代和第三代测序技术进行shot弹枪测序。我们介绍了第一个P. ulei高质量的基因组组件，是Mycosphaerellaceae中最大的，具有93.8 MBP，包括215个脚手架，N50的2.8 MBP和BUSCO基因完整性为97.5％。我们在P. Ulei基因组中鉴定了12,745个蛋白质编码基因模型，其中756个基因编码了分泌的蛋白质和113个编码效应子候选物的基因。大多数基因组（80％）由吉普赛超家族的逆转录子主导的重复元素组成。ulei在Mycosphaerellaceae中具有最大的基因组大小，TE含量最高。总而言之，我们为对ULEI和相关物种的广泛研究建立了基本资源。
Linum usitatissimum convar. 基因组。 crepitans 扩展了 Linum 部分的观点
对整个植物基因组进行测序为应用和基础研究提供了坚实的基础。农作物的基因组序列特别受到关注，因为它们揭示了有益植物性状的调控信息。亚麻是一种有价值的作物，用于榨油和纤维。其代表的基因组序列是改良植物栽培形式的丰富遗传信息来源。在我们的工作中，我们在牛津纳米孔技术 (ONT) 和 Illumina 平台上对第一个具有裂蒴的亚麻基因组进行了测序——Linum usitatissimum convar. s repitans (Boenn.) Dumort。我们获得了 23 Gb 的原始 ONT 数据和 89 M 的 150 + 150 双端 Illumina 读数，并测试了用于基因组组装和完善的不同工具。按照 Canu — Racon ×2 — medaka — POLCA 方案组装的基因组具有最佳的连续性和完整性：组装长度 — 412.6 Mb、N50 — 5.2 Mb、L50 — 28、完整 BUSCO — 94.6%（64.0% 重复，eudicots_odb10）。获得的 L. usitatissimum convar. crepitans 高质量基因组组装为亚麻科的进化、驯化和基因组调控研究提供了机会。
引用 Black, AN、Bondo, KJ、Mularo, A.、Hernandez, A.、Yu, Y.、Stein, CM、Gregory, A.、Fricke, KA、Prendergast, J.、Sullins, D.、Haukos, D.
小草原松鸡 ( Tympanuchus pallidicinctus; LEPC) 是北美草原松鸡的标志性物种，以其华丽而壮观的繁殖季节展示而闻名。不幸的是，该物种在其大部分历史分布区内都已消失，当代种群数量也急剧下降，这主要是由于气候和人为因素造成的。这些下降导致美国鱼类和野生动物管理局于 2022 年决定根据 1973 年《濒危物种法》将两个不同的种群群体 (DPS；即北部和南部 DPS) 确定并列为受威胁或濒危物种。在此，我们描述了一个带注释的参考基因组，该基因组是从南部 DPS 采集的 LEPC 样本生成的。我们选择了南部 DPS 的代表，因为北部 DPS 存在基因渗入的可能性，那里的一些种群与大草原松鸡 ( Tympanuchus cupido ) 杂交。这个新的 LEPC 参考组装体由 206 个支架折叠、45 Mb 的 N50 和 15,563 个预测的蛋白质编码基因组成。我们通过估计代表性 LEPC 和相关物种的全基因组杂合性来证明这个新基因组组装体的实用性。LEPC 样本中的杂合性为 0.0024，接近相关物种范围（0.0003–0.0050）的中间值。总体而言，这个新的组装体提供了宝贵的资源，将增强草原松鸡的进化和保护遗传学研究。
基因组组装和人膜线虫的注释Mermis nigrescens
线虫的遗传研究已由秀丽隐杆线虫作为模型物种主导。缺乏基因组资源使遗传研究扩展到其他线虫群体。在这里，我们报告了Mermithid线虫Mermis Nigrescens的基因组组装草案。Mermithidae是昆虫寄生的线虫，带有宿主，包括各种陆地节肢动物。我们使用纳米长读数和10倍铬链路读取了nigrescens M. nigrescens的整个基因组。组件的尺寸为524 MB，由867个脚手架组成。N50值为2.42 MB，一半的组装中的一半在30个最长的脚手架中。来自真核生物数据库（Eukaryota_odb10）的组装BUSCO分数表明基因组为86.7％，而5.1％的基因组为5.1％。基因组具有高水平的杂合性（6.6％），重复含量为83.98％。mRNA-seq从不同尺寸的NEMA TOD（≤2cm，3.5–7 cm和> 7 cm的身体长度）中读取，代表不同的发育阶段，并用于基因组注释。使用AB的初始和基于证据的基因模型预测，注释了12,313个蛋白质编码基因和24,186个mRNA。这些基因组资源将有助于研究人员调查生物学和宿主 - 寄生虫的各个方面。
dive novo纳米孔基因组测序临床Diutina catenulata型型cbs565
受污染的奶酪，但这种物种越来越多地据报道，该物种越来越多地显示出高丙核麦克风的奶酪，这是人类侵入性感染的原因[4-6]。在这里，我们提供了从头基因组组装和临床D. catenulata型CBS565的注释。D. catenulata型CBS565在1926年是从一个痴呆症患者的粪便中分离出来的，当时居住在波多黎各[1]。基因组DNA提取。使用连接测序试剂盒（SQK-LSK109; ONT，UK，UK）和本机条形码套件（EXP-NBD114; ONT）进行连接测序试剂盒（SQK-LSK109； ONT）进行纳米孔测序文库制备。根据制造商的协议，将两个库运行到奴才流中心（Flo-Min106; ont）上。使用Guppy v5.0.16对原始的纳米孔读数进行了基础？B9FCD7B5B（ONT）使用设置 - 浮雕flo-min106-Kit SQK-LSK109-Barcode_kits exp-nbd114-device cuda：0，由消除电源和条形码放在同一软件中。使用参数-nano- raw \ fastq [ - uot-dir \ directory \ div> flye v2.9（https：//github.com/ fenderglass/flye; [8]）进行 de Novo基因组组装。使用GenomeQC评估了组装的基因组质量[9]。总基因组大小为14,464,696 bp，n50为2,438,920 bp，在9个重叠群上分配（范围为3,918,888-888-370,337 bp;
两个单倍型解析的基因组揭示了大叶绣球花（Hydrangea macrophylla）的重要花朵特征以及对菊科植物进化的见解
绣球花属属于绣球花科，属于开花植物山茱萸目，该目早期在菊科中分化，包括几种常用的观赏植物。其中，大叶绣球是苗圃贸易中最有价值的物种之一，但这种作物或密切相关的菊科物种的基因组资源很少。绣球花品种“Veitchii”和“Endless Summer”的两个高质量单倍型解析参考基因组[最高品质为 2.22 千兆碱基对 (Gb)、396 个重叠群、N50 22.8 兆碱基对 (Mb)]被组装并支架到预期的 18 条假染色体中。利用新开发的高质量参考基因组以及其他相关开花植物的高质量基因组，发现核数据支持菊科植物演化支中的单个分歧点，其中山茱萸目和杜鹃花目均与真菊科植物分化。使用 F 1 杂交种群进行基因作图证明了连锁作图与新基因组资源相结合的强大功能，可以识别位于 4 号染色体上的花序形状基因 CYP78A5 和位于 17 号染色体上的导致重花的新基因 BAM3。本研究开发的资源不仅有助于加速绣球花的遗传改良，还有助于了解最大的开花植物群——菊科植物。
抗螺旋内乳房蛋白质抗螺旋体ZEA菌株的染色体规模基因组组装蛋白
Helicoverpa Zea（鳞翅目：夜养科）是北美洲和南美主要种植作物的害虫。该物种适应了不同的宿主植物，并对几种杀虫剂产生了抗性，包括苏云金芽孢杆菌（BT）杀虫蛋白在转基因棉和玉米中。Helicoverpa Zea种群在热带和亚热带地区全年持续存在，但是季节性迁移到温带地区增加了相关作物损害的地理范围。为了更好地了解这些生理和生态特征的遗传基础，我们为来自BT抗性菌株的单个H. Zea雄性HAZSTARK_CRY1ACR生成了高质量的染色体水平组装。HI-C数据用于将最初的375.2 MB重叠组装脚手架成30个常染色体和Z性染色体（支架N50 = 12.8 MB和L50 = 14）。SCAF折叠组件是通过新型管道PolishClr对错误校正的。线粒体基因组通过改进的管道组装并注释。对该基因组组装的评估表明，鳞翅目基准通用单拷贝直系同源物集的98.8％是完整的（98.5％作为完整的单副本）。重复元素约占组装的大约29.5％，其多数（11.2％）被归类为恢复元素。这个针对H. Zea的染色体规模参考组件，Ilhelzeax1.1，将促进未来的研究，以评估和增强可持续的作物生产实践。
几乎无间隙，高度连续的参考基因组，用于populus ussuriensis的双倍线，使高级基因组研究
抽象的人群物种，尤其是trichocarpa，长期以来一直是基因组研究的模型树，这是由于完全测序的基因组。然而，高杂合性和重复区域的存在，包括丝粒和核糖体RNA基因簇，剩下了59个未解决的间隙，占三分法P. trichocarpa基因组的3.32％。在这项研究中，改进了愈伤组织诱导方法，以从P. ussuriensis花药中得出双倍的单倍体（DH）愈伤组织。利用长阅读测序，我们成功地组装了一个几乎没有间隙的，端粒到telomere（T2T）P。ussuriensis基因组，跨越了412.13 MB。该基因组组件仅包含7个间隙，其重叠n50长度为19.50 MB。注释显示该基因组中有34,953个蛋白质编码基因，比trichocarpa多465个。值得注意的是，中心区域的特征是高阶重复序列，我们在所有DH基因组染色体中鉴定了和注释的中心粒区域，这是杨树的第一个。衍生的DH基因组表现出与毛thocarpa的高共线性，并显着填补了后者基因组中存在的空白。此T2T P. ussuriensis参考基因组不仅会增强我们对基因组结构的理解，并在杨树属内的功能增强了我们的功能，而且还为杨树基因组和进化研究提供了宝贵的资源。