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基因组，转录组和代谢组分析的氨基化albus albus提供了对南部疫病病原体的进化和抗性的见解
结果和讨论：在这里，我们组装并注释了A. albus的完整基因组，提供了一个染色体级的组件，总基因组大小为5.94 GB，而Cortig N50为5.61 MB。A. albus基因组组成了19,908个基因家族，其中包括467个独特的家族。与A. konjac相比，A. albus的基因组大小稍大，可能受到了最近的全基因组重复事件的影响。转录和代谢分析揭示了参与苯基 - 丙型生物合成的差异表达基因（DEG）和差异积累的代谢产物（DEG）的显着富集，植物激素信号传递，苯基丙氨酸代谢，苯丙氨酸的代谢和生物合成的生物合成，苯基烷胺，Tyroptanin和Tyropt。这些发现不仅提高了对A. albus的遗传和进化特征的理解，而且还为未来研究Konjac对南部疫病疾病的抗性机制的研究奠定了基础。
马达加斯加长春花基因组的最新版本
摘要 马达加斯加长春花（Catharanthus roseus）属于夹竹桃科。这种药用植物原产于马达加斯加，可生产许多重要药物，包括单萜吲哚生物碱 (MIA) 长春新碱和长春花碱，用于世界各地治疗癌症。在这里，我们提供了一个新版本的 C. roseus 基因组序列，该序列是通过结合 Oxford Nanopore Technologies 长读和 Illumina 短读获得的。这个更连续的组装由 173 个支架组成，总长度为 581.128 Mb，N50 为 12.241 Mb。使用公开的 RNAseq 数据，预测并功能注释了 21,061 个蛋白质编码基因。总共 42.87% 的基因组被注释为可转座因子，其中大多数是长末端重复序列。随着对 MIA 产生植物基因组的了解日益增多，这个更新版本应该会简化进化研究，从而更好地了解 MIA 生物合成途径的进化。
经济史和能源过渡的政治经济学：研究概述。
日期：2023年12月21日，摘要气候危机是人们对在类似于新的“低碳”工业革命的规模上进行能量过渡的关注的核心。由于能源过渡是相对异常的过程，并且延长了过程，社会科学家越来越多地将注意力转移到历史经验上，以了解其未来如何展现的课程。在此背景下，本文研究了当前的政治经济学和能源过渡的障碍与过去的能源过渡相比。本文认为，现有能源制度提出的巨大挑战。建立了几个世纪以来，自工业革命以来，这些“现任”政权或“历史障碍”在现代资本主义的发展中发挥了基本作用。它敦促经济历史学家超越其传统的关注，而不是通过技术变革来创造新的经济增长机会，并更多地研究嵌入政治经济学建筑中的能源过渡的障碍。关键字：能源过渡，经济历史，商业历史，政治经济学：N50，N70，Q40，Q50
面包小麦的野生相对timopheevii
小麦（Triticum aestivum）是最重要的食品作物之一，迫切需要增加其生产以养活不断增长的世界。triticum timopheevii（2n = 4x = 28）是一种同种二磷酸小麦野生物种，其中包含许多在小麦改善的预育前期计划中被利用的A T和G基因组。在这项研究中，我们报告了基于PACBIO HIFI读取和染色体构象捕获（HI-C）的T。Imopheevii登录PI 94760的染色体规模参考基因组组装。组件包含9.35 GB的总尺寸，其重叠群为42.4 MB，并包括线粒体和质体基因组序列。基因组注释预测了166,325个基因模型，其中包括70,365个基因，具有高置信度。DNA甲基化分析表明，G基因组的平均甲基化碱基比A T基因组更多。总而言之，T。timopheevii基因组组装为基因组知情发现农艺安全基因的粮食安全基因提供了宝贵的资源。
甲基杆菌作为叶面接种剂对增强固氮和生菜干物质产量效果不大
摘要：氮 (N) 是大多数农业生态系统中限制植物生长的生态因素。近几十年来，生物固氮，尤其是来自结瘤豆科植物的固氮，已被推广为工业合成氮肥的替代品或补充。利用叶际固氮生物对多种作物都具有效果的可能性尤其令人兴奋。在本研究中，我们研究了最近投放市场的一种接种剂的固氮能力及其对生菜生长的影响，该接种剂含有微生物共生甲基杆菌，推荐用于各种栽培品种。采用因子设计进行了盆栽试验，包括接种剂（否和是）和四种氮施用率（0 (N0)、25 (N25)、50 (N50) 和 100 (N100) kg ha −1 N），在四个生菜生长周期内重复四次。接种剂仅在四个生长周期中的第二个周期对干物质产量 (DMY) 有显著影响。在四个生长周期中，接种和未接种接种剂的盆中，平均值分别为 9.9 至 13.7 g pot −1 和 9.9 至 12.6 g kg −1 。另一方面，植物对施入土壤的氮表现出强烈的反应，在所有生长周期中 DMY 和组织氮浓度都显著增加。处理 N0 和 N100 中 DMY 的平均值分别为 5.6 至 8.9 g pot −1 和 12.5 至 16.1 g pot −1 。组织中的氮浓度与 DMY 成反比，表明存在浓度/稀释效应。用以估计固定氮的经处理和未处理植物之间的氮浓度差异对于每种土壤的施氮率来说都非常小，假设四个生长周期的平均值分别为 N0、N25、N50 和 N100 的 -1.5、-0.9、2.4 和 6.3 kg ha -1。这项研究强调了接种剂提供给生菜的氮量低及其对 DMY 的影响有限。通常，在具有固氮微生物的生物系统中，要实现高固定率需要微生物和宿主植物之间具有高度的特异性，而生菜似乎并不满足这一条件。考虑到这个课题的重要性，必须进行进一步研究，以更准确地确定在哪些作物和在什么样的生长条件下接种剂被证明是农民的宝贵投入和减少氮矿物施肥的有效方法。
观赏植物的基因组序列digitalis purpurea揭示了花颜色和形态变化的分子基础
digitalis purpurea（foxglove）是一种广泛分布的装饰植物，也是生物医学复合地高辛的生产商。在这里，我们提出了一个长期读取测序的基于测序的基因组序列，该基因组序列和基因模型的相应预测。高组装连续性由4.3 Mbp的N50表示，并且发现约96％的完整BUSCO基因支持完整性。这种基因组资源为对D. purpurea的花色素沉着的深入研究铺平了道路。鉴定了花色苷生物合成的结构基因和相应的转录调节剂。 红色和白色开花植物的比较显示，白色开花植物中花青素合酶基因的插入很大，很可能使该基因具有非功能性，并且可以解释花青素色素沉着的丧失。 此外，花青素生物合成激活剂MYB5在白色开花植物中显示了18 bp的缺失，导致蛋白质中6种氨基酸损失。 此外，我们发现在DPTFL1/CEN基因中插入大量插入，负责大末端花的发展。鉴定了花色苷生物合成的结构基因和相应的转录调节剂。红色和白色开花植物的比较显示，白色开花植物中花青素合酶基因的插入很大，很可能使该基因具有非功能性，并且可以解释花青素色素沉着的丧失。此外，花青素生物合成激活剂MYB5在白色开花植物中显示了18 bp的缺失，导致蛋白质中6种氨基酸损失。此外，我们发现在DPTFL1/CEN基因中插入大量插入，负责大末端花的发展。
无间隙的基因组组装和CYP450基因家族分析揭示了黄霉菌中花色苷的生物合成
Lamiaceae家族的成员Baicalaria Baicalensis Georgi是一家广泛使用的药用植物。从黄葡萄球菌中提取的黄酮促成了许多健康益处，包括抗炎，抗病毒和抗肿瘤活性。但是，不完全的基因组组装阻碍了对黄链树的生物学研究。这项研究通过PACBIO HIFI，纳米孔超长和HI-C技术的整合，提出了第一台端粒到核（T2T）间隙 - 无链球菌的基因组组装。获得了384.59 MB的基因组大小，其重叠群N50为42.44 MB，所有序列均固定在没有任何间隙或不匹配的9个假色体中。此外，我们使用广泛靶向的代谢组方法分析了与蓝紫花花的测定有关的主要氰化素和delphinidin的花青素。基于整个基因组的鉴定（CYP450）基因家族，三个基因（SBFBH1、2和5）编码类黄酮3'-羟基酶（F3'HS）（F3'HS）和一个基因（SBFBH7）（SBFBH7）（SBFBH7）（SBFBH7）编码F3'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' - 羟基化类黄酮的B环。我们的研究丰富了可用于Lamiaceae家族的基因组信息，并提供了一种用于发现类黄酮装饰涉及的CYP450基因的工具包。
新的单倍型解析火鸡基因组，用于火鸡遗传学和基因组学研究
结果：通过采用三重分箱方法，我们能够利用长读技术和全基因组染色质相互作用数据 (Hi-C) 组装出高质量的染色体水平 F1 组装体和 2 个亲本单倍型组装体。从总共 40 条染色体 (2n = 80) 中，我们在单个支架中捕获了 35 条染色体，与旧的组装体相比，基因组完整性和连续性得到了很大的改善。这 3 个组装体的质量高于之前的草图质量组装体，与鸡组装体 (GRCg7) 相当，最大的重叠群 N50 (26.6 Mb) 和可比的 BUSCO 基因集完整性得分 (96-97%) 也显示出了这一点。比较分析证实了之前发现的 Z 染色体上约 19 Mbp 的大倒位，而其他鸡形目动物中没有发现这种倒位。已发现亲本单倍型之间的结构变异，这为育种提供了潜在的新目标基因。
易转化普通小麦品种‘Fielder’的染色体规模基因组组装
我们已为六倍体普通小麦品种“Fielder”建立了高质量的染色体水平基因组组装，Fielder 是美国软质白色糕点型小麦，于 1974 年推出，以易受农杆菌介导的转化和基因组编辑而闻名。使用 HiFi 方法的 PacBio 环状共识测序获得了准确的长读序列。使用 hifiasm 组装器组装的 16 个 SMRT 细胞的序列读数产生了 N50 大于 20 Mb 的组装体。我们使用 Omni-C 染色体构象捕获技术将重叠群排序为染色体水平组装体，得到 21 个伪分子，累计大小为 14.7，未锚定重叠群为 0.3 Gb。对含有已编辑的种子休眠基因 TaQsd1 的转基因小麦植物的已发表短读段进行定位，确定了转基因插入小麦染色体的四个位置。在伪分子中检测向导 RNA 序列为脱靶突变诱导提供了候选。这些结果证明了使用 PacBio HiFi 读段进行染色体规模组装的效率及其在小麦基因组编辑研究中的应用。
大规模生产芽孢杆菌的大规模生产。在公司的制造安装中，agrosalgeiro
在自然界中越来越多的抗生素抗性菌株选择，寻找替代性抗菌策略的搜索变得越来越重要。肠球菌CUS粪cv167是本公告中突出的菌株，已经证明了对各种病原体的体外活性，包括金黄色葡萄球菌，表皮球菌，apisterpococcus agalactiae，链球菌，链球菌Uberis uberis uberis，coliica coli coli coli coli coli，使用斑点测定法（1）的抑制活性结果如图1。该细菌是从2022年2月在巴西米纳斯Gerais的Coronel Xavier Chaves的牛奶罐中存储在散装牛奶箱中的原始牛奶样品中分离出来的。用于细菌分离，将1 ml等分试样的牛奶样品串联在磷酸盐缓冲溶液（pH 6.2; Merck，德国）中串联稀释（10°至10°），并将100 µL铺在M17琼脂（美国Sigma-Aldrich，USA）上。在35°C下孵育48小时后，将分离的细菌菌落条纹划分到新鲜的M17琼脂上以进行纯化。分离株指定的CV167被识别为无氧化氢酶活性的革兰氏阳性球菌。然后使用苯酚 - 氯仿法提取细菌的DNA（2）。使用Nanodrop 1000 UV/VIS（Thermo Scientific，Massachusetts，EUA）评估了DNA数量和质量，并使用Illumina DNA Prep套件制备了测序文库。使用Illumina NextSeq 2000平台上的300 bp配对末端测序对DNA进行了测序，从而产生了1,169倍的序列深度。修剪过程导致仅删除1.37％的读数。确认fastQC 0.12.1（3）最初用于评估测序数据的质量，该质量总共产生了11,863,824读。这些读取使用三型0.39（4）进行修剪，并具有以下参数：尾随：10;领导：10;滑动窗口：4:20;最小长度为50 bp。使用黑桃3.15.4（5）进行简短读数的从头组装，将覆盖范围参数设置为“自动”，而K-Mers则将21、33、55、77、99和127。较短的重叠群从最终组装中排除了500 bp。使用Quast 5.2.0（6）评估组装质量。总共产生了61个重叠群，合并长度为2,736,418 bp，鸟嘌呤 - 环氨酸（GC）含量为37.93％，N50的N50为156,530。基因组完整性，揭示了杆菌类的完整性99.3％。