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World File Search SystemNucleospin
优化的MACHEREY-NAGEL NUCLEOSPIN组织用于环境DNA提取的方案
摘自Nucleospin手册：使用Nucleospin Tissue套件时，穿着合适的防护服（例如，实验室外套，一次性手套和保护性护目镜）。有关更多信息，请咨询适当的材料安全数据表（MSDS在线可在http://www.mn-net.com/msds上在线提供）。谨慎：缓冲液B3中的盐烷盐酸盐和缓冲液BW与Bleach结合使用时会形成高反应性化合物！因此，请勿将漂白剂或酸性溶液直接添加到样品制备废物中。尚未对残留的感染材料进行测试，尚未测试用Nucleospin组织试剂盒产生的废物。由于强烈的裂解缓冲液和蛋白酶K处理，用残留的传染性物质对液体废物的污染极不可能，但不能完全排除。因此，必须将液体废物视为传染性，应根据当地安全法规处理和丢弃。
开发用于从遥远个体获得基因检测的生物样品的方案
Omega Bio Tek E.Z.N.A. 组织DNA KIT D3396-01 OMEGA BIO TEK MAG-BIND®血液和组织DNA HDQ 96 KIT M6399-00 OMAMGA BIO TEK E.Z.N.A. Kit CMG-196 Promega Wizard Genomic DNA Purification Kit A1120 Promega Wizard SV Genomic DNA Purification System A2360 Promega MagaZorb DNA Mini-Prep Kit MB1004 Promega ReliaPrep gDNA Tissue Miniprep System A2051 Promega Wizard HMW DNA Extraction Kit A2920 Promega ReliaPrep™ Blood gDNA Miniprep System A5081 Qiagen DNEasy Blood and Tissue Kit 69504 Qiagen QIAamp Fast DNA Tissue Kit 51404 Qiagen Puregene Tissue Kit 158063 Qiagen QIAGEN Genomic-tips 20/G 10223 Qiagen MagAttract HMW DNA Kit 67563 Qiagen QIAamp DNA Blood Mini Kit 51104 Qiagen Blood & Cell Culture DNA Mini Kit (25) 13323 Sigma-Aldrich Extract-N-AMP Tissue PCR Kit XNAT2-1KT Sigma-Aldrich GenElute Blood Genomic DNA Kit NA2010-1KT Takara NucleoSpin Tissue 740952.5 Takara NucleoMag Tissue 744300.1 Takara NucleoSpin® 96 DNA RapidLyse 740110.1 Takara NucleoBond HMW DNA 740160.2 Takara NucleoMag DNA Swab 744601.1 Takara NucleoSpin® Blood 740951.5 Takara NucleoMag® Blood 200 µL 744501.1 Thermo DNA Extract All Reagents Kit 4403319 Thermo MagMax DNA Multi-Sample Kit 4413020 Thermo JetFlex Genomic DNA Purification Kit A30700 Thermo GeneJet Genomic DNA Purification Kit K0721 Thermo GeneJet Genomic DNA Purification Kit K0721 Thermo PureLink Genomic DNA Mini Kit K182001 Thermo PureLink Genomic DNA Mini Kit K182001 Thermo ChargeSwitch gDNA Mini Tissue Kit CS11204 Zymo Quick-DNA MiniPrep D3024 Zymo Quick-DNA Miniprep Plus D4068 Zymo Quick-DNA magbead Plus Kit D4081 Zymo Quick-DNA HMW HMW Magbead d6060Omega Bio Tek E.Z.N.A.组织DNA KIT D3396-01 OMEGA BIO TEK MAG-BIND®血液和组织DNA HDQ 96 KIT M6399-00 OMAMGA BIO TEK E.Z.N.A. Kit CMG-196 Promega Wizard Genomic DNA Purification Kit A1120 Promega Wizard SV Genomic DNA Purification System A2360 Promega MagaZorb DNA Mini-Prep Kit MB1004 Promega ReliaPrep gDNA Tissue Miniprep System A2051 Promega Wizard HMW DNA Extraction Kit A2920 Promega ReliaPrep™ Blood gDNA Miniprep System A5081 Qiagen DNEasy Blood and Tissue Kit 69504 Qiagen QIAamp Fast DNA Tissue Kit 51404 Qiagen Puregene Tissue Kit 158063 Qiagen QIAGEN Genomic-tips 20/G 10223 Qiagen MagAttract HMW DNA Kit 67563 Qiagen QIAamp DNA Blood Mini Kit 51104 Qiagen Blood & Cell Culture DNA Mini Kit (25) 13323 Sigma-Aldrich Extract-N-AMP Tissue PCR Kit XNAT2-1KT Sigma-Aldrich GenElute Blood Genomic DNA Kit NA2010-1KT Takara NucleoSpin Tissue 740952.5 Takara NucleoMag Tissue 744300.1 Takara NucleoSpin® 96 DNA RapidLyse 740110.1 Takara NucleoBond HMW DNA 740160.2 Takara NucleoMag DNA Swab 744601.1 Takara NucleoSpin® Blood 740951.5 Takara NucleoMag® Blood 200 µL 744501.1 Thermo DNA Extract All Reagents Kit 4403319 Thermo MagMax DNA Multi-Sample Kit 4413020 Thermo JetFlex Genomic DNA Purification Kit A30700 Thermo GeneJet Genomic DNA Purification Kit K0721 Thermo GeneJet Genomic DNA Purification Kit K0721 Thermo PureLink Genomic DNA Mini Kit K182001 Thermo PureLink Genomic DNA Mini Kit K182001 Thermo ChargeSwitch gDNA Mini Tissue Kit CS11204 Zymo Quick-DNA MiniPrep D3024 Zymo Quick-DNA Miniprep Plus D4068 Zymo Quick-DNA magbead Plus Kit D4081 Zymo Quick-DNA HMW HMW Magbead d6060
克隆实验手册
1) 将大肠杆菌培养液（高拷贝质粒：2-10 ml）离心（12,000 x g，30秒），弃上清，得到沉淀。 ↓ ②加入150 μl A1 buffer（加RNase A），涡旋悬浮细胞。 ↓ ③加入250μl A2缓冲液，颠倒混合5次左右，静置2分钟。 [裂解] ↓ ④ 加入350 μl A3缓冲液，颠倒混匀，直至液体由蓝色变为完全无色。检查是否没有蓝色残留，然后离心（12,000 x g，3 分钟）。 ↓ ⑤将上清液转移到NucleoSpin® Plasmid EasyPure 柱中，离心（1,000-2,000 × g，30 秒）。 [结合] ↓ ⑥ 加入450 μl AQ缓冲液（+EtOH）并离心（12,000 × g，1分钟）。 [洗涤/干燥] ↓ ⑦向柱中加入50 μl AE缓冲液，室温下放置1分钟。 ↓ ⑧ 离心（12,000×g，1分钟）回收质粒溶液。 [洗脱]
RNA 引导的 AsCas12a 和 SpCas9 催化敲除...
寡核苷酸和基于序列的试剂 PCR 引物 本研究 从 IDT ssODN 合成 Ittiprasert 等人，2019 年和本研究 Ultramer DNA Oligos， 从 IDT 合成向导 RNA Ittiprasert 等人，2019 年和本研究 从 IDT 合成 化学品、酶和其他试剂 Alt-R® CRISPR-Sp HiFi Cas9 酶 V3 Integrated DNA Technologies 1081060 Alt-R® CRISPR-AsCas12a 酶 V3 Integrated DNA Technologies 1081068 DNAzol® ES 试剂 Molecular Research Center DN127 RNAzol® RT 试剂 Molecular Research Center RN190 Opti-MEM FisherScientific Gibco™ 31985062 DMEM FisherScientific 88364 胎牛血清 FisherScientific Gibco™ 26140079 100x 青霉素-链霉素-两性霉素 B FisherScientific SV30079.01 NucleoSpin® 凝胶和 PCR 纯化 Takara 740609
N. furzeri 的快速反向遗传学系统，N. furzeri 是研究脊椎动物衰老的合适模型生物
靶序列，并使用 PrimeSTAR Max（TaKaRa，日本草津）的寡核苷酸和引物 sgRNA-RV 从 pDR274 载体 26 进行 PCR 扩增 sgRNA 模板，并使用 NucleoSpin 凝胶和 PCR 清理试剂盒（MACHEREY-NAGEL，德国迪伦）进行纯化。使用 CUGA7 gRNA 合成试剂盒（日本东京 Nippon Gene）合成 sgRNA，并使用 NanoDrop Lite 分光光度计（美国马萨诸塞州沃尔瑟姆 Thermo Fisher Scientific）测量其浓度。注射溶液由无 RNase 水中三种 sgRNA（每种 20 pg）、Cas9 蛋白（1 nM，M0646，美国马萨诸塞州新英格兰生物实验室）和酚红（P0290，Sigma-Aldrich）组成。将该溶液注射到1细胞期受精卵或4细胞期胚胎的细胞体中，产生遗传嵌合体，并
利用 RNA 病毒载体对植物基因组进行可遗传的 CRISPR-Cas9 编辑
液氮 n/an/a 关键商业检测 NEBuilder® HiFi DNA 组装预混液 New England Biolabs E2621S BsaIHF®v2 (20 U/µL) New England Biolabs R3733S Phusion TM 高保真 DNA 聚合酶 Thermo Fisher Scientific F530S MluI (10 U/µL) Thermo Fisher Scientific ER0561 ApaI (10 U/µL) Thermo Fisher Scientific ER1411 XhoI (10 U/µL) Thermo Fisher Scientific ER0691 EcoRI (10 U/µL) Thermo Fisher Scientific ER0271 RevertAid TM 逆转录酶 Thermo Fisher Scientific EP0441 RiboLock RNase 抑制剂 (40 U/μL) Thermo Fisher Scientific EO0381 NucleoSpin® 质粒试剂盒 Macherey-Nagel 740588.250 Zymoclean 凝胶 DNA 回收试剂盒 Zymo Research D4001 Zymo-Spin I Zymo Research C1003-250 嗜热菌 (Tth) DNA 聚合酶 Biotools 10.003 寡核苷酸 D1789 GGGAATCAATCACAGTGTTGGC
DNA-DNA滑动摩擦和非平衡动力学在病毒基因组喷射和包装中的作用使用RNA
β-Mercaptoethanol PanReac-AppliChem A4338,0100 Sodium chloride (NaCl) PanReac-AppliChem 131659.1211 Tryptone Condalab 1612 Yeast Extract Condalab 1702 Bacteriological Agar Condalab 1800 Agarose D1 Medium EEO Condalab 8019 Liquid nitrogen n/a n/a Critical commercial assays NEBuilder® HiFi DNA Assembly Master Mix New England Biolabs E2621S Phusion TM High-fidelity DNA polymerase Thermo Fisher Scientific F530S MluI (10 U/µL) Thermo Fisher Scientific ER0561 BsaIHF®v2 (20 U/µL) New England Biolabs R3733S DNA Clean & Concentrator TM -5 Zymo研究D4004Nucleospin®质粒DNA纯化机构 - 纳格尔740588.250 Ribolock RNase抑制剂（40 u/μl）Thermo Fisher Scientific EO0381恢复TM逆转录（TM）逆转录酶Thero Fisher Fisher Fisher Scientific EP0441 Therus prolainsir prolapers themophirs dna Polymsisriast dna Polymsiss dna Prolymasse：003 3.003.003 3.003 3.003 3.003 3.003 3.003 3.003; 003 3.003 3.003 Nicotiana Benthamiana cas9（Bernabé-ortts等，2019）N/A寡核苷酸D2409 atttatattattAttCataCaatCaaAcc
比较DNA萃取方法用于检测罐头金枪鱼种类的DNA迷你 - 巴尔编码
金枪鱼因其高需求，快速生产率和广泛的价格点而容易受到物种错误标签的影响。DNA条形码是一种基于测序的技术，可以通过靶向标准的DNA区域来检测物种错误标签。线粒体控制区域（CR）DNA条形码已被发现能够对金枪鱼进行物种歧视，但是从罐头金枪鱼中回收整个DNA碎片是一项挑战。虽然CR的短片段（称为“迷你 - 巴士”）显示出在罐装金枪鱼物种识别方面的成功，但需要更多的研究以提高识别率。这项研究的目标是确定使用CR Mini-Barcoding鉴定罐头金枪鱼的最佳DNA提取方法。使用标记为Albacore，Light Tuina，Skipjack或Yellowfn的24个不同的金枪鱼的样品组比较了四个商业DNA提取试剂盒。所有样品均以重复测试。使用Qiagen Dneasy血液和组织试剂盒和Qiagen Dneasy Mericon食品试剂盒发现了最大的成功，这导致了42％的样品鉴定物种。相比，MP生物医学fastPREP-24 + MACHERY-NAGEL NUCLOSPIN组织试剂盒导致了30％样品的物种识别，以及Qiagen Dneasy血液和组织 + PowerClean Pro Clearup Kit在物种鉴定中导致了21％的样品。总体而言，与CR小型金枪鱼产品一起使用的最佳表现DNA提取方法被确定为Dneasy血液和组织试剂盒和Dneasy Mericon食品套件。
克隆复合物398甲氧西林 - 耐药葡萄球菌...
meCA -MRSA通过PCR靶向SA-442物种特异性片段和MECA基因（6，7）。我们使用PCR（8，9），与LUKF/ LUKS-PV基因的隶属关系和存在。我们通过使用磁盘扩散方法对抗生素抗性进行了表型检测，并根据欧洲抗菌敏感性测试版本14.0（10）提供的指南来解释结果。我们使用核素体微生物DNA隔离试剂盒提取DNA（Machery-Nagel，https://www.mn-net.com）。图书馆的准备和全基因组排序被外包给Eurofins（德国体育馆），其中使用了Illumina Novaseq6000技术（https：// www.illumina.com）。读取质量质量并通过使用Shovill v1.0.4（https://github.com/tseemann/shovill）来从头组装，我们通过使用quard v5.0.2（https://quast.sourceforge.net）评估了组装质量。We performed typing by using MLSTFinder v2.0.9 and spaTyper (Genomic Epidemiology Cen- ter, http://www.genomicepidemiology.org) and identified resistance and virulence genes by using ResFinder 4.1 and VirulenceFinder v2.0.3 (Genomic Epidemiology Center) (identity >95%) and confirmed resistance genes通过使用卡3.2.9。（https：//card。mcmaster.ca）。我们通过使用bakta 1.9.1（https：//bakta.computational.bio）来表征转座TN 554的遗传环境。要比较主体，我们使用了国家生物技术信息中心（NCBI）BLASTN工具（https：// bast。ncbi.nlm.nih.gov）。，我们通过使用Roary以前出版的繁殖（6）（Roary v3.13.0，Gubbins v2.4.1和SNP-Dist v0.7.0; https：/https：//github.com）在所有CC398 PVL-Posistive rypseques tripseq：
碱基编辑酶 APOBEC3A 以低效率和高选择性催化 RNA 中的胞嘧啶脱氨
A3A 和 eA3A 表达。A3A 表达构建体 (Addgene #109231) 之前已有描述，可用于纯化 A3A 作为融合蛋白 (MBP-A3A-His)，可进一步加工以生成分离的 A3A 结构域。32,33 对于 eA3A (A3A-N57G)，N57G 突变是通过 Q5 定点诱变 (New England Biolabs, NEB) 引入的。A3A 和 eA3A 构建体的细菌表达之前已有详细描述。 33 将纯化的 MBP-A3A-His、MBP-eA3A-His 或分离的 A3A 在 50 mM Tris-Cl（pH 7.5）、50 mM NaCl、10% 甘油、0.5 mM DTT 和 0.01% Tween-20 中透析过夜，并使用 BSA 标准曲线确定蛋白质浓度。基于 SwaI 的脱氨酶对 ssDNA 和嵌合底物的活性。5'-荧光素 (FAM) 荧光标记的底物 S35-dC 或具有单个靶核糖胞嘧啶的匹配底物（在其他 DNA 骨架中）（S35-rC）由 Integrated DNA Technologies (IDT) 合成，以及相关产品对照（S35-dU 和 S35-rU）。在最佳 A3A 反应条件（最终为 20 mM 琥珀酸：NaH 2 PO 4：甘氨酸 (SPG) 缓冲液 pH 5.5，0.1% Tween-20）下，用 6 倍稀释的未标记 A3A（从 1 µM 到 4 pM）处理 100 µM 寡核苷酸。反应在 37 ˚C 下进行 30 分钟，然后终止（95 ˚C，10 分钟）。然后加入 200 nM 互补链并退火。加入 SwaI (NEB)，在室温下消化过夜。加入甲酰胺上样缓冲液，样品加热变性（95 ˚C，20 分钟），然后在 50 ˚C 下在 20% 变性 TBE/尿素聚丙烯酰胺凝胶上运行。使用 Typhoon 成像仪（GE Healthcare）上的 FAM 滤光片对凝胶进行成像。使用 ImageJ 中的面积量化工具进行定量分析。720 碱基对 ssDNA 底物的合成。为了生成 ssDNA，使用 720 bp gBlock 基因片段 (IDT) 作为模板 (补充图 2a)，并使用 Taq 聚合酶 (NEB) 进行扩增，采用指数后线性 (LATE) PCR 反应方案，该方案采用相对于磷酸化的反向引物过量的正向引物。32 对反应物进行纯化 (NucleoSpin、Fisher)，然后在 37 ˚C 下用 核酸外切酶处理 1 小时以降解磷酸化链，然后进行热失活 (90 ˚C，10 分钟)。然后将产物在 2% 琼脂糖凝胶上运行，并使用凝胶 DNA 回收试剂盒 (Zymoclean) 回收 ssDNA。通过乙醇沉淀进一步纯化 ssDNA，并使用 Qubit ® 荧光计 (ThermoFisher) 测量其浓度。对于一个重复，ssDNA 以大分子寡核苷酸 (IDT) 的形式获得，并通过乙醇沉淀进一步纯化。720 聚体 RNA 底物的合成。使用 720 bp 基因块 (IDT) dsDNA 作为模板，在推荐条件下使用 TranscriptAid Enzyme Mix (ThermoFisher) 通过体外转录生成 RNA，并在 37 ˚C 下孵育两小时。然后通过苯酚-氯仿提取和乙醇沉淀纯化 RNA。将样品重新悬浮在无核酸酶的水中，并进一步用 MspI、XbaI 和 AclI 限制性酶 (NEB) 处理以消化任何剩余的 DNA 模板。在 37 ˚C 下孵育 1 小时后，使用 RNA Clean and Concentrator-5 试剂盒 (Zymo Research) 纯化 RNA。为了进一步确保完全去除模板 DNA，在 37 ˚C 下用 DNase I (Ambion) 处理 RNA 30 分钟。重复纯化 (RNA Clean and Concentrator-5)，并使用 Qubit ® 荧光计测量纯化 RNA 的浓度。通过“预测二级结构网络”预测 720 聚体中几个中尺度区域的二级结构