meCA -MRSA通过PCR靶向SA-442物种特异性片段和MECA基因(6,7)。我们使用PCR(8,9),与LUKF/ LUKS-PV基因的隶属关系和存在。我们通过使用磁盘扩散方法对抗生素抗性进行了表型检测,并根据欧洲抗菌敏感性测试版本14.0(10)提供的指南来解释结果。我们使用核素体微生物DNA隔离试剂盒提取DNA(Machery-Nagel,https://www.mn-net.com)。图书馆的准备和全基因组排序被外包给Eurofins(德国体育馆),其中使用了Illumina Novaseq6000技术(https:// www.illumina.com)。读取质量质量并通过使用Shovill v1.0.4(https://github.com/tseemann/shovill)来从头组装,我们通过使用quard v5.0.2(https://quast.sourceforge.net)评估了组装质量。We performed typing by using MLSTFinder v2.0.9 and spaTyper (Genomic Epidemiology Cen- ter, http://www.genomicepidemiology.org) and identified resistance and virulence genes by using ResFinder 4.1 and VirulenceFinder v2.0.3 (Genomic Epidemiology Center) (identity >95%) and confirmed resistance genes通过使用卡3.2.9。(https://card。mcmaster.ca)。我们通过使用bakta 1.9.1(https://bakta.computational.bio)来表征转座TN 554的遗传环境。要比较主体,我们使用了国家生物技术信息中心(NCBI)BLASTN工具(https:// bast。ncbi.nlm.nih.gov)。,我们通过使用Roary以前出版的繁殖(6)(Roary v3.13.0,Gubbins v2.4.1和SNP-Dist v0.7.0; https:/https://github.com)在所有CC398 PVL-Posistive rypseques tripseq:
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