XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemPhage
使用
噬菌体是感染细菌并使用其宿主机械复制的病毒。它们是生物圈中最普遍，最多样化的生物学实体之一，具有较长的进化史。由于抗菌素耐药性（AMR）水平的增加和新发育的抗生素数量减少，人们对噬菌体治疗剂的兴趣更新。噬菌体在食品安全，水质，生物防治，疫苗和全球营养周期中也有应用。细菌和噬菌体都采用内部和外部自卫策略相互竞争，从而驱动基因组进化。虽然已经对许多噬菌体基因组进行了测序和注释，但噬菌体的蛋白质组学和脂肪组谱却几乎没有被探索，尤其是在感染阶段和溶酶体方面。本评论强调了在添加机器学习等工具的情况下，需要在-omics级别表征噬菌体 - 宿主关系。通过进一步了解噬菌体及其宿主之间的动态相互作用，可以利用合成生物学来设计新的解决方案，以应对我们当前的全球健康，农业和环境挑战。
利用噬菌体展示技术改善肽的药代动力学
摘要：噬菌体展示是一种多功能方法，常用于发现针对疾病相关生物标志物的肽。该技术的主要优势在于亲和力选择（也称为生物淘选）的简便性和成本效益，可用于识别新肽。虽然识别具有最佳结合亲和力的肽相对简单，但所选肽的药代动力学通常被证明是次优的。因此，仔细考虑实验条件，包括选择使用体外、原位或体内亲和力选择，对于生成具有高亲和力和特异性并表现出理想药代动力学的肽至关重要。具体而言，体内生物淘选或体外、原位和体内亲和力选择的组合已被证明会影响肽和肽结合纳米粒子的生物分布和清除。此外，还必须考虑肽和纳米粒子之间性质的显著差异。虽然肽的生物分布主要取决于生理化学性质，并且可以通过氨基酸修饰进行改变，但纳米颗粒的大小和形状也会影响吸收和分布。因此，优化所需的药代动力学特性应是生物淘选策略中的一个重要考虑因素，以便能够选择有效靶向体内生物标志物的肽和肽结合纳米颗粒。
解决现代噬菌体疗法的研发差距
抗菌耐药性在全球范围内正在上升，促使噬菌体疗法的研究和发育增加（R＆D）作为解决难以处理的细菌感染的一种策略。我们回顾了噬菌体治疗研究的当前状态，包括针对噬菌体研发的主要作战，认知和生物学挑战，并讨论了一些新的方法来开发最近突破性的突破，例如人工智力和合成噬菌体生产。此外，鉴于商业抗菌创新的持续困扰以及当前的公共私人努力，我们将这些研发挑战和挑战背景下，以振兴抗菌药物发现的渠道。我们以反映了在所有收入环境中易于获得新的噬菌体疗法的潜力，以更好地确保患者的访问权限，并考虑到当前公共和公共 - 私人私人解决方案的可能替代方案。
RNA和单链DNA噬菌体 书籍章节平均和时间分辨率的影响和影响对混合动力的充满活力，经济和技术问题的评估 书籍章节基于机器学习的检测，对心血管疾病的检测使用ECG信号：绩效与复杂性Huy Pham 1，Konstantin Egoro
2 Yamagata Yamagata Central Hospital，Yamagata 990-2292，日本Yamagata 990-2292的感染疾病和感染控制部朗兹·库伊（Longzhu Cui）等发表的一篇文章的出版。在2023年12月的国际分子科学杂志上。（nguyen，H.M。;渡边，; CUI，L。RNA和单链DNA噬菌体：从未经忽视的病毒世界中揭示了承诺。int。J. Mol。 SCI。 2023，24，17029。https：//doi.org/10.3390/ijms242317029） RNA和单链DNA噬菌体：从未经忽视的病毒世界中揭示了承诺。 in：编辑Noor Zarina Abd Wahab。 分子科学中的Prime档案：第4版。 印度海得拉巴：录像。 2024。J. Mol。SCI。 2023，24，17029。https：//doi.org/10.3390/ijms242317029） RNA和单链DNA噬菌体：从未经忽视的病毒世界中揭示了承诺。 in：编辑Noor Zarina Abd Wahab。 分子科学中的Prime档案：第4版。 印度海得拉巴：录像。 2024。SCI。2023，24，17029。https：//doi.org/10.3390/ijms242317029）RNA和单链DNA噬菌体：从未经忽视的病毒世界中揭示了承诺。in：编辑Noor Zarina Abd Wahab。分子科学中的Prime档案：第4版。印度海得拉巴：录像。2024。
基于CRISPR-CAS的自适应免疫介导牙周红色复合物病原体中的噬菌体耐药性
1个牙周病学系，Saveetha医学和技术科学研究所（SIMATS），Saveetha Dental College and Hospitals，Saveetha University，Chennai 600077，印度； arvamsi2009@gmail.com 2牙周牙科学院和医院牙周科，印度600119，东海岸路2/102； deeps.271@gmail.com 3牙科大学牙科牙科学院牙周牙科牙科学院，萨卡卡（Sakaka）72345，沙特阿拉伯4牙科学院，萨卡卡（Sakaka）72345，沙特阿拉伯萨卡卡（Jouf University），沙特阿拉伯（Saudi Arabia）； sultan.abdulkarim.alfatakh@jodent.org（s.a.a.a. ）; dr.haifa.ali@jodent.org（H.A.A.） 5卫生部，利雅得12613，沙特阿拉伯； maalobaida@moh.gov.sa（M.A.A。 ）; aalkaberi@moh.gov.sa（A.A.A。） 6口腔与上颌面外科和诊断科学系口腔医学和颌面放射科，萨卡卡郡乔夫大学牙科学院，沙特阿拉伯72345； drkcs.omr@gmail.com 7口腔医学与放射学系，Saveetha牙科学院，Saveetha医学与技术科学研究所，Saveetha University，Chennai 602105，印度 *通信：Pradeepkumar.sdc@save@save@save@saveetha.com（P.K.Y.1个牙周病学系，Saveetha医学和技术科学研究所（SIMATS），Saveetha Dental College and Hospitals，Saveetha University，Chennai 600077，印度； arvamsi2009@gmail.com 2牙周牙科学院和医院牙周科，印度600119，东海岸路2/102； deeps.271@gmail.com 3牙科大学牙科牙科学院牙周牙科牙科学院，萨卡卡（Sakaka）72345，沙特阿拉伯4牙科学院，萨卡卡（Sakaka）72345，沙特阿拉伯萨卡卡（Jouf University），沙特阿拉伯（Saudi Arabia）； sultan.abdulkarim.alfatakh@jodent.org（s.a.a.a.）; dr.haifa.ali@jodent.org（H.A.A.）5卫生部，利雅得12613，沙特阿拉伯； maalobaida@moh.gov.sa（M.A.A。）; aalkaberi@moh.gov.sa（A.A.A。）6口腔与上颌面外科和诊断科学系口腔医学和颌面放射科，萨卡卡郡乔夫大学牙科学院，沙特阿拉伯72345； drkcs.omr@gmail.com 7口腔医学与放射学系，Saveetha牙科学院，Saveetha医学与技术科学研究所，Saveetha University，Chennai 602105，印度 *通信：Pradeepkumar.sdc@save@save@save@saveetha.com（P.K.Y.）; sdeepti20@gmail.com（D.S.）
噬菌体lambda -dna-未消除
从受感染的大肠杆菌菌株W3350中分离出双链DNA（CL857 IND1 SAM7）分离出双链DNA。分子量为31.5 x 10e6 daltons，长度为48,502个碱基对。通过凝胶过滤从热诱导的溶菌原大肠杆菌CL857 S7中分离出噬菌体。通过苯酚/氯仿提取从纯化的噬菌体中分离出DNA，并透析透析于10mm Tris-HCl（pH7.4）和1mm EDTA。
作者更正：噬菌体辅助进化腺嘌呤碱基编辑器，提高 Cas 域兼容性和活性
在本文最初在线发表的版本中，图 2e 中位点 18 的编辑碱基被标记为 A6 和 A8；它们分别是 A9 和 A11。在补充图 6 中，位点 18 的 x 轴标签从左到右依次为 A2、A3、A4、A6、A8、A16、A17、A19 和 A20；正确的标签为 A5、A6、A7、A9、A11、A19、A20、A22 和 A23。这些错误已在本文的印刷版、PDF 版和 HTML 版中得到更正。
噬菌体DNA隔离套件产品插件
NORGEN的纯化技术纯化基于自旋色谱柱色谱法。噬菌体DNA优先纯化从其他细胞成分（例如蛋白质）中纯化，而无需使用苯酚，氯仿或氯化葡萄球菌。此过程的起始材料被阐明了噬菌体上清液，该噬菌体上清液已与液体培养物中的细菌碎片分离。最初，噬菌体颗粒通过提供的裂解缓冲液B通过热和化学裂解过程裂解（请参阅第4页的流程图）。异丙醇被添加到裂解物中，并将溶液加载到自旋柱上。Norgen的自旋柱以取决于离子浓度的方式结合核酸，因此只有DNA才能与柱结合，而大多数RNA和蛋白质在流潮中除去。然后用提供的洗涤溶液A洗涤结合的DNA，以去除剩余的杂质，并用洗脱缓冲液洗脱纯化的总DNA。纯化的总噬菌体DNA是最高的完整性，可用于许多下游应用。
根据基因组特征与宿主的距离推断环境噬菌体的生命周期
摘要：未培养噬菌体对环境的影响取决于其首选的生命周期（溶菌性或溶源性）。然而，我们预测它的能力非常有限。我们旨在通过比较溶菌性和溶源性噬菌体的基因组特征与其宿主的相似性来区分溶菌性和溶源性噬菌体，反映它们的共同进化。我们测试了两种方法：（1）四聚体相对频率的相似性，（2）基于精确的 k = 14 寡核苷酸匹配的无比对比较。首先，我们探索了 5126 种参考细菌宿主菌株和 284 种相关噬菌体，并找到了使用两种基于寡核苷酸的方法区分溶源性和溶菌性噬菌体的近似阈值。对 6482 个质粒的分析揭示了不同宿主属之间以及在某些情况下远距离细菌类群之间水平基因转移的可能性。随后，我们通过实验分析了 138 株肺炎克雷伯菌及其 41 种噬菌体的组合，发现实验室中与这些菌株相互作用次数最多的噬菌体与肺炎克雷伯菌的基因组距离最短。然后，我们将我们的方法应用于来自温泉生物膜的 24 个单细胞，其中包含 41 个未培养的噬菌体-宿主对，结果与在此环境中检测到的噬菌体的溶源生命周期相一致。总之，基于寡核苷酸的基因组分析方法可用于预测 (1) 环境噬菌体的生命周期、(2) 培养物保藏中宿主范围最广的噬菌体，以及 (3) 质粒的潜在水平基因转移。
蛋白质组学研究噬菌体与细菌宿主Klebsiella肺炎之间的相互作用
抽象的噬菌体和细菌已经获得了保护机制。在这种情况下，本研究的目的是分析从肺炎克雷伯氏菌的21个新型裂解噬菌体中分离出的蛋白质，以寻求针对细菌的防御机制，并确定噬菌体的感染能力。还进行了一项蛋白质组学研究，以研究受噬菌体感染的两种肺炎的临床分离株的防御机制。为此，对21个裂解噬菌体进行了测序并从头组装。宿主范围是在47个肺炎的47个临床同核中确定的，揭示了噬菌体的感染能力可变。基因组测序表明，所有噬菌体都是属于Caudovirale s的裂解噬菌体。噬菌体序列分析表明，蛋白质是在基因组内的功能模块中组织的。Although most of the proteins have unknown func- tions, multiple proteins were associated with defense mechanisms against bacteria, including the restriction-modi fi cation system, the toxin-antitoxin system, evasion of DNA degradation, blocking of host restriction and modi fi cation, the orphan CRISPR-Cas sys- tem, and the anti-CRISPR system.Proteomic study of the phage-host interactions (i.e., between isolates K3574 and K3320, which have intact CRISPR-Cas systems, and phages vB_KpnS-VAC35 and vB_KpnM-VAC36, respectively) revealed the presence of several defense mechanisms against phage infection (prophage, defense/virulence/resistance, oxidative stress and plasmid proteins)在细菌和噬菌体中的ACR候选者（抗CRISPR蛋白）中。