XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemPhage
使用卷积子连续的多重噬菌体基因组编辑
170 171图1。临时性靶标基因组靶标基因组进行连续编辑a。 ICOMBIBRON示意图：A 172修饰的反龙生成ssDNA，该ssDNA包含供体序列，其与173个噬菌体基因组具有同源性的编辑序列，该基因组在SSB和SSAP复制过程中整合到噬菌体基因组中。RERON 174盒子是从包含逆转录酶（RT）和NCRNA的操纵子表达的。NCRNA的反向175个抄录区域以紫色显示为浅蓝色的供体序列，176编辑位点以橙色显示。第二个操纵子表示Csprect和mutl E32K。b。左：跨lambda噬菌体编辑的噬菌体177基因组（作为所有基因组的百分比）。用正向RT-DNA进行编辑以蓝色显示，紫色为178。在每个点的空心圆中显示三个单独的重复。右：使用179的编辑位点14,126（±SD）的重稳定物明显大于DRT对照的编辑（t检验，180 P = 0.0018）。c。左：在噬菌体T7上编辑的噬菌体基因组在每个位置进行了三个重复，在b中显示181。右：用现场22,872（±SD）的重稳定子进行编辑明显大于使用182 DRT对照的编辑（t检验，p = 0.0094）。d。左：在噬菌体T5上编辑的噬菌体基因组在每个183个位置上进行了三个重复，如b所示。右：用现场27,182（±SD）的重稳定子进行编辑显着高于使用DRT对照的编辑（t检验，p <0.0001）。e。位点30,840（f）（±SD）的Lambda的编辑与185张（±SD）与大肠杆菌SSB或T7 SSB的补充表达进行了比较。SSB 186表达（单向方差分析，p <0.0001，n = 3），大肠杆菌（p = 0.005）和T7（p = <0.0001）187均显着不同，与NO NO SSB条件显着不同（Dunnett's，校正）。f。与大肠杆菌SSB或T7 SSB的补充表达相比，位点11,160（R）188（±SD）的T7编辑。SSB表达（单向方差分析，p <0.0001，n = 3）具有显着的效应，大肠杆菌（P = 0.0002）和T7 190（p = 0.0127）均显着不同，与NO SSB条件显着不同（Dunnett's，更正）。g。示意图说明191编辑噬菌体的积累，并进行了多轮编辑。h。编辑的Lambda Phage的比例192
从富营养化池塘中分离的絮凝黄杆菌（Luteibacter flocculans sp. nov.）以及 LuteibacterPhage vB_LflM-Pluto 的分离和表征
Luteibacter 属是 Rhodanobacteraceae 科的一部分，属于变形菌门的 γ 亚纲。该科包含 17 个属，分别是 Aerosticca、Ahniella、Aquimonas、Chiayiivirga、Denitratimonas、Dokdonella、Dyella、Frateuria、Fulvimonas、Luteibacter、Oleiagrimonas、Pinirhizobacter、Pseudofulvimonas、Rehaibacterium、Rhodanobacter、Rudaea 和 Tahibacter，其中两个属尚未有效发表（Denitratimonas 和 Pinirhizobacter）[1]。Luteibacter 属由 Johansen 等人 [2] 基于 Luteibacter rhizovicinus DSM 16549 T 种建立。该属目前包含 5 个种，其中 3 个已有效发表：L. rhizovicinus DSM 16549 T [ 2 ]、L. yeojuensis DSM 17673 T [ 3 , 4 ]、L. anthropi CCUG 25036 T [ 4 ]，以及 L. jiangsuensis [ 5 ] 和 L. pinisoli [ 6 ]。Luteibacter 属的成员分离自各种环境，例如根际土壤 [ 2 , 6 ]、温室土壤 [ 3 ] 和人体血液 [ 4 ]。它们被描述为具有运动能力的、需氧的革兰氏阴性菌，呈杆状，呈黄色。此外，它们是过氧化氢酶和氧化酶阳性和脲酶阴性的。迄今为止，Luteibacter 或甚至是 Rhodanobacterceae 相关噬菌体都是未知的。噬菌体或细菌噬菌体是感染细菌的病毒。虽然温和噬菌体可以整合到细菌基因组中，但溶菌噬菌体在感染后直接开始繁殖。温和噬菌体会将其整合的基因组与宿主基因组一起复制，从而产生原噬菌体和溶原性细菌。通过添加其遗传物质，原噬菌体可以提供新的能力，保护宿主免受相关和不相关病毒的感染 [ 7 ]。在之前的研究中，我们从位于德国哥廷根的一个富营养化池塘中分离出一种环境 Luteibacter sp. nov. 菌株。分离 Luteibacter 菌株作为预期模型菌株，以研究与细菌感染相关的局部病毒多样性。
噬菌体 - 含量可诱导的染色体岛武器竞赛设计了dutpases的抑制剂
摘要STL是金黄色葡萄球菌致病岛（SAPIS）的主要阻遏物，靶向噬菌体编码的蛋白质来进行过度加压，并同步SAPI和辅助噬菌体生命周期。为了激活其循环，一些SAPI STL靶向噬菌体二聚体和噬菌体三聚体dutpass（DUT）作为抗压迫剂，它们是结构上无关的蛋白质，这些蛋白质对噬菌体执行相同的功能。SAPI的阻遏物与噬菌体诱导剂之间的这种紧密联系对STL进行了进化优化，从而允许与无关生物体的DUT相互作用。在这项工作中，我们通过与原型Sapibov1 STL的结构与原型和真核生物三聚合物进行了结构来表征这种复杂的专业化机制。与结核分枝杆菌和智人的杂膜复合物显示了STL的分子策略，以靶向来自不同王国的三聚体。我们的结构结果证实了三聚体在STL结合中的五个催化基序的参与，包括通过拥抱STL来增加因素的C末端活跃基序V。在有机硅和体外分析中，单次DUT支持STL认识到第三个DUT家族的能力，并确认该蛋白在不同王国的生活中是一种普遍的DUT抑制剂。
噬菌体疗法：从生物机制到未来……
作者 SA Strathdee · 2023 年 · 被引用 308 — 23 这些动态强烈影响了微生物的进化，细菌中存在多种病毒防御系统（例如限制修饰 [RM] 和。
CRISPR-Cas12a 系统与协同噬菌体重组蛋白在人类细胞中进行多重精确编辑
基于 CRISPR 的基因编辑技术的发展为基因组工程领域带来了一场前所未有的革命。Cas12a 是不同于 Cas9 的 2 类 V 型 CRISPR 相关核酸内切酶家族的成员，已被重新利用并开发为具有不同 PAM 识别位点和多重基因靶向能力的多功能基因编辑工具。然而，使用目前的 CRISPR/Cas12a 技术，在哺乳动物细胞中对长序列进行高效和精确的基因组编辑仍然是一项挑战。为了解决这一限制，我们利用噬菌体重组酶开发了一种高效的 CRISPR/Cas12a 工具，用于在哺乳动物细胞中进行多重精确编辑。通过蛋白质工程，我们能够将噬菌体重组蛋白招募到 Cas12a 中，以增强其同源定向修复效率。我们的噬菌体重组辅助 Cas12a 系统在不影响酶特异性的情况下，将人类细胞中千碱基级敲入的效率提高了 3 倍。该系统的性能与基因编辑任务中常用的酶 Cas9 参考相比毫不逊色，且特异性有所提高。此外，由于 Cas12a 系统的 RNA 处理活性，我们展示了具有类似改进活性的多靶点编辑。这种紧凑的多靶点编辑工具有可能帮助理解多基因相互作用。特别是，它为人类疾病的基因治疗方法铺平了道路，这种方法可以补充现有工具，适用于多基因疾病和需要长序列校正的疾病。
噬菌体传递 CRISPR-Cas 系统来对抗肠道微生物群中的多重耐药病原体
肠道微生物群中存在的宿主-微生物组相互作用以协同和异常的方式运作。此外，肠道微生物群的正常体内平衡和功能经常因多重耐药 (MDR) 病原体的介入而受到破坏。CRISPR-Cas（具有成簇的规律散布的短回文重复序列的 CRISPR 相关蛋白）被认为是一种原核免疫系统，已成为一种有效的基因组编辑工具，用于编辑和删除特定的微生物基因，以通过杀菌作用驱除细菌。在这篇综述中，我们展示了许多功能性的 CRISPR-Cas 系统，以对抗渗入胃肠道的多种病原体的抗菌耐药性。此外，我们讨论了用于杀死肠道 MDR 病原体的噬菌体递送 CRISPR-Cas 系统的开发进展。我们还讨论了使用噬菌体作为 CRISPR-Cas 基因递送系统的组合方法，以针对肠道微生物群中的致病菌群落来重新提高药物敏感性。最后，我们讨论了工程噬菌体作为 CRISPR-Cas 系统杀死致病菌和提高系统功效的一种可能的潜在选择。
RNA靶向CRISPR-Cas13提供广谱噬菌体免疫
。CC-BY-ND 4.0 国际许可下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2022 年 3 月 26 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.03.25.485874 doi：bioRxiv 预印本
使用镜像噬菌体显示
阿尔茨海默氏病和其他陶氏病与由tau蛋白以及有毒的tau低聚物组成的神经纤维缠结有关。因此，病理tau聚集的抑制剂是针对未来靶向aupathies的未来疗法的潜在有用的候选者。已知tau中的两个六肽，desiged phf6*（275-vqiink-280）和PHF6（306-vqivyk-311），已知可以促进tau聚集。最近，PHF6*段被描述为TAU聚集的更有效的驱动因素。因此，我们使用大型肽文库使用镜像噬菌体显示器来识别由D-替象体氨基酸组成的原纤维结合肽。已经证明了蛋白酶稳定且免疫原性的体内肽对体内应用的适合性。已鉴定的d-替代肽MMD3及其恢复形式，desig-
噬菌体的生物多样性感染了乳链球菌嗜热
摘要：嗜热链球菌 - 感染噬菌体是乳制品工业中的一个主要问题，尤其是与嗜热生产系统有关的问题。因此，已经进行了许多与全球乳制品行动中这种噬菌体的生物多样性有关的研究。在当前的综述中，我们概述了这些噬菌体的遗传和形态多样性，并通过比较蛋白质组的比较蛋白质组分析复制噬菌体的复制和形态发生模块来强调噬菌体中遗传镶嵌物的来源和程度。评估了选定的噬菌体编码受体结合蛋白（RBP）的系统发育，表明在某些情况下，RBP编码基因已分别获取到形态发生模块，从而突出了这些噬菌体的适应性。这篇综述进一步强调了这些噬菌体的遗传多样性群体所取得的显着进步，同时还总结了该研究领域的剩余知识差距。
噬菌体肽通过聚焦靶向窗口介导精准碱基编辑
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证永久有效。它是在预印本（未经同行评审认证）下提供的，作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。此版本的版权持有者于 2020 年 11 月 2 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.11.02.364430 doi：bioRxiv 预印本