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利用蛋白质家族和蛋白质网络数据来识别膀胱癌的新药物
膀胱癌仍然是最常见的癌症形式之一，但小分子的靶向疗法有限。在这里，我们提出了一个计算平台，以确定膀胱癌疗法的新潜在靶标。我们的方法最初利用了一组已知驱动基因的膀胱癌，并结合了来自突变富集的蛋白质结构域家族的预测膀胱癌基因。我们使用蛋白质网络数据丰富了这组基因，以确定一组323个推定的膀胱癌靶标。途径和癌症标志分析强调了推定的机制与先前报道的该癌症的机制一致，并揭示了高度富集潜在驱动因素的蛋白质网络模块，这可能是靶向疗法的良好靶标。21我们潜在的药物靶标由FDA批准的其他疾病的药物靶向 - 其中一些是已知的驱动因素或已经针对膀胱癌（FGFR3，ERBB3，HDAC3，HDAC3，EGFR）。通过在我们内部的CATA内域功能家族（Funfams）中遗传药物映射来确定另外4个潜在的药物靶标。我们的Funfam数据还使我们能够鉴定出不太容易发生副作用的家族的药物靶标，即在结构相似的蛋白质结构域亲属在人类蛋白网络中分散较少。我们提供有关新型潜在癌症驱动基因的信息，以及与预测和已知膀胱癌驱动因素相关的途径，网络模块和标志的信息，我们强调了我们预计可能是药物靶标的驱动因素。
通过计算方法解码蛋白质聚集：蛋白质序列中容易发生区域的识别和评分
该预印本版的版权持有人于2024年6月12日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.06.11.598423 doi：Biorxiv Preprint
HP1 是一种负责……的蛋白质，其新功能
真核生物的染色体由DNA和组蛋白组成，组蛋白的甲基化、乙酰化等化学修饰可诱导染色体聚集和松弛，从而改变基因表达模式。HP1已被证实为H3K9甲基化的结合蛋白，在促进染色体聚集中发挥作用。由于哺乳动物中HP1蛋白有3个旁系同源物，我们利用基因组编辑技术建立了3个HP1均缺失的细胞，并与正常细胞进行比较，发现在HP1缺陷细胞中，H3K9甲基转移酶和去甲基化酶大幅降解，染色体不能恢复成正确的结构（图1）。对部分功能缺失的HP1突变体的分析表明，HP1将H3K9甲基转移酶和去甲基化酶束缚在染色质上，阻止这些酶降解（图2）。
了解 MCL-1 蛋白质稳定性的途径
图 1：MCL-1 抑制剂诱导的 MCL-1 蛋白上调、稳定性和诱导细胞凋亡的机制。已证实使用 MCL-1 抑制剂治疗后，MCL-1 蛋白有三种主要上调途径 (A – C)。 (A) MCL-1 蛋白稳定性在一定程度上是在与 MCL-1 抑制剂结合后得到促进的，导致蛋白质构象变化，从而通过上游 MEK/ERK 信号通路增强 MCL-1 Thr163 磷酸化。 (B) MCL-1 抑制剂治疗增强了 DUB 活性并诱导 Noxa 与 MCL-1 解离，随后 Noxa 快速降解，通过增强 USP9x：MCL-1 相互作用实现 MCL-1 稳定性。此外，MCL-1 抑制剂降低了 E3 连接酶 Mule 的水平，导致 MCL-1 泛素化缺陷。净效应表现为 MCL-1 蛋白稳定性增加。 (C) MCL-1 抑制剂与 MCL-1 蛋白结合，诱导 MCL-1 与 BAX/BAK 促凋亡蛋白复合物分离，促进其寡聚化，从而诱导细胞凋亡。黑色箭头表示增强作用，红色箭头表示抑制作用。X 标记表示正常通路中断。
中央教条DNA→RNA→蛋白质
您可能会遇到的事情：1。DNA复制只会在5'→3'方向上发生；也就是说，只有当我们添加到自由3'-OH时，才会发生DNA复制。因此，5'末端不会改变，但3'端会延长。2。如果DNA-Pol具有数量，则是细菌聚合酶；如果有希腊字母，那就是真核。3。当您考虑前导与滞后链时，请始终记住复制发生在5'→3'方向上；因此，充当模板的链必须沿3'→5'方向（进入复制叉进入复制叉），才能连续复制。如果模板为5'→3'，则将其复制在该链上，则将是不连续的。_______________________________________________________________________________
kilodalton核帽结合蛋白
已经表明，单甲基化的帽结构在核事件中起着重要作用。盖结构与增强前mRNA剪接有关。最近，还建议这种结构促进RNA从细胞核到细胞质的转运。我们先前已经从HELA细胞核提取物中鉴定出并纯化了8OKD核盖结合蛋白（NCBP），这可能会介导这些核活性。在本报告中，我们描述了编码NCBP的互补DNA（cDNA）的克隆。确定了NCBP的部分蛋白质序列，并从HELA cDNA文库中分离出NCBP的全长cDNA。该cDNA编码了790个氨基酸的开放阅读框，其计算的分子质量为91,734 daltons，其中包含大多数确定的蛋白质序列。但是，蛋白质序列与任何已知蛋白质都没有显着同源性。转染实验表明，在HELA细胞中瞬时表达的表位标记的NCBP仅在核质中定位。使用截短的NCBP cDNA进行的类似实验表明，这种核定位活性由N末端70氨基酸区域赋予。
使用 DiMeLo-seq 绘制蛋白质-DNA 相互作用
我们最近开发了定向甲基化和长读测序 (DiMeLo-seq)，以绘制全基因组范围内的蛋白质-DNA 相互作用。DiMeLo-seq 能够绘制单个 DNA 分子上的多个相互作用位点，在内源性 DNA 甲基化的背景下分析蛋白质结合，识别单倍型特异性蛋白质-DNA 相互作用，并绘制难以用短读方法研究的基因组重复区域中的蛋白质-DNA 相互作用。使用 DiMeLo-seq，通过使用蛋白质 A 将 Hia5 甲基转移酶束缚到抗体上，对目标蛋白质附近的腺嘌呤进行原位甲基化。然后通过使用长读单分子 DNA 测序平台（如纳米孔测序）直接读取腺嘌呤甲基化来检测蛋白质-DNA 相互作用。在这里，我们提供了执行 DiMeLo-seq 的详细协议和实用指南。该协议可以在新鲜、轻度固定或冷冻细胞的细胞核上运行。该方案需要 1-2 天进行原位靶向甲基化，1-5 天进行文库制备（取决于所需片段长度），1-3 天进行纳米孔测序（取决于所需测序深度）。该方案需要基本
蛋白质和肽分析的色谱柱调节
对于刚开始研究肽和蛋白质的人来说，可能会惊讶地发现，在使用低 pH 值和低离子强度流动相（0.1% 甲酸）的分离条件下，这些类型的分析物会吸附到金属表面。这种流动相通常用于 LC-MS 分析。肽和蛋白质上的带电位点可能会与色谱柱（筛板/色谱柱主体）、仪器硬件或连接材料中的金属表面相互作用。当首次使用新色谱柱时，由此产生的吸附可能会导致信号低和/或样品回收率降低。在极端情况下，即使多次注射肽或蛋白质样品后也可能观察不到信号。
新发心力衰竭的蛋白质生物标志物
通讯：尼古拉斯·吉尔德（Nicolas Girerd），医学博士，博士，中心研究cliriques-inserm chu de nancy，Institut lorrain du c– ur et des vaisseaux des vaisseaux louis Mathieu，4 Rue du Morvan，54500 vandoeuvrelèsnancyNancy，France，France。电子邮件n.girerd@chru-nancy.fr *n。 Girerd和D. Levy贡献了同样的贡献。补充材料可在https://www.ahajournals.org/doi/suppl/10.1161/circheartfailure.122.009694获得。有关资金和披露的来源，请参见第440页。©2023作者。流通：心力衰竭由沃尔特·克鲁威·健康公司（Wolters Kluwer Health，Inc。）代表美国心脏协会（American Heart Association）发表这是根据Creative Commons Attribution非商业性 - 突击许可的条款的开放式访问文章，该许可允许在任何媒介中使用，分发和复制，前提是适当地引用了原始作品，使用是非商业，并且不进行修改或改编。